Группа биоинформатики

 

 

 

 

 

 

 

Руководитель группы кандидат биологических наук,

старший научный сотрудник Артамонова  Ирена Игоревна

Профиль на Google Scholar

 

Основные направления исследований:

I) Изучение особенностей CRISPR-систем прокариотического иммунитета

II) Исследования эволюции генных паралогических семейств человека

III) Улучшение автоматической аннотации генов/геномов

IV) Анализ пан-геномов бактерий

V) Анализ регуляции транскрипции у бактерий при помощи альтернативных сигма-факторов

VII) Исследование горизонтального переноса пластидных генов у растений и водорослей

Избранные публикации

Монографии, главы в монографиях:

Irena I. Artamonova, Stefan Kramer and D. Frishman. Data mining in genome annotation. In Modern Genome Annotation. The Biosapiens Network. Frishman, D.; Valencia, A. (Eds.) Springer. 2008, chapter 4.3, p. 191-212

 

Статьи:

Maya Polishchuk, Inbal Paz, Refael Kohen, Rona Mesika, Zohar Yakhini, Yael Mandel-Gutfreunda. A Combined Sequence and Structure Based Method for Discovering Enriched Motifs in RNA from in-vivo Binding Data //Methods. – 2017.

 

Ekaterina Savitskaya, Anna Lopatina, Sofia Medvedeva, Mikhail Kapustin, Sergey Shmakov, Alexey Tikhonov, Irena I. Artamonova, Maria Logacheva, Konstantin Severinov. Dynamics of Escherichia coli type I‐E CRISPR spacers over 42,000 years //Molecular Ecology. – 2016.

 

Irena I Artamonova, Tanya Lappi, Liudmila Zudina, Arcady R Mushegian. Prokaryotic genes in eukaryotic genome sequences: when to infer horizontal gene transfer and when to suspect an actual microbe //Environmental microbiology. – 2015. – Т. 17. – №. 7. – С. 2203-2208.

 

Matan Drory Retwitzer, Maya Polishchuk, Elena Churkin, Ilona Kifer, Zohar Yakhini, Danny Barash. RNAPattMatch: a web server for RNA sequence/structure motif detection based on pattern matching with flexible gaps //Nucleic acids research. – 2015. – С. gkv435.

 

Anna A Gogleva, Mikhail S Gelfand, Irena I Artamonova. Comparative analysis of CRISPR cassettes from the human gut metagenomic contigs //BMC genomics. – 2014. – Т. 15. – №. 1. – С. 202.

 

Irena I Artamonova, Arcady R Mushegian. Genome sequence analysis indicates that the model eukaryote Nematostella vectensis harbors bacterial consorts //Applied and environmental microbiology. – 2013. – Т. 79. – №. 22. – С. 6868-6873.

 

Iakov I Davydov, Ingo Wohlgemuth, Irena I Artamonova, Henning Urlaub, Alexander G Tonevitsky, Marina V Rodnina. Evolution of the protein stoichiometry in the L12 stalk of bacterial and organellar ribosomes //Nature communications. – 2013. – Т. 4. – С. 1387.

 

Mukhina V. S. Origination and evolution of plastids //Zhurnal obshchei biologii. – 2013. – Т. 75. – №. 5. – С. 329-352.