Лаборатория мутагенеза и генетической токсикологии

 

Лаборатория мутагенеза и генетической токсикологии, входящая в состав Санкт-Петербургского филиала ИОГен, была основана в 2013 году.

 

 

 

 

 

 

 

 

Зав. лабораторией — Елена Игоревна Степченкова,

e-mail: stepchenkova(at)gmail.com

тел. +7(905)282-57-72

 

 

 

 

 

 

Главной темой исследований, проводимых в лаборатории, является изучение фундаментальных механизмов мутагенеза. Работы в рамках этой тематики развиваются в следующих направлениях:

-изучение молекулярных механизмов поддержания стабильности генома;

-разработка методов и подходов для выявления мутаций и мутагенных факторов.

Особое внимание в лаборатории уделяют изучению процессов возникновения, взаимопревращения и влияния на фенотип первичных повреждений генетического материала. К числу важнейших направлений, разрабатываемых в лаборатории, относятся исследование роли метаболизма нуклеотидов в контроле точности синтеза ДНК и изучение механизмов, регулирующих активность репликативных и специализированных ДНК-полимераз, способных осуществлять синтез ДНК на поврежденной матрице. В лаборатории проводятся работы, направленные на совершенствование тест-системы (альфа-тест), которая позволяет выявлять и оценивать частоту различных нарушений генетического материала: потерь хромосомы, плеча хромосомы, рекомбинационных событий, точковых мутаций и первичных повреждений генетического материала.

 

 

 

Состав лаборатории:

Задорский Сергей Павлович, к.б.н., с.н.с.

Жук Анна Сергеевна, к.б.н., м.н.с.

Тараховская Елена Роллановна, к.б.н., м.н.с.

Андрейчук Юлия Вячеславовна, аспирант

Зотова Ирина Владимировна, аспирант

Афанасова Дарья Вячеславовна, студ.

Гринько Алина Геннадиевна, студ.

 

 

 

 

Используемые объекты: Микроорганизмы (дрожжи и бактерии), гены и белки человека

 

Межлабораторное сотрудничество

1.Институт исследования рака, Медицинский центр университета штата Небраска, Омаха, США

2.Кафедра генетики и биотехнологии, СПбГУ

3.Кафедра ФБР, СПбГУ

 

Избранные публикации:

1.Zhuk A.S.,  Zadorsky S.P., Shiriaeva A.A., Kochenova O.V., Inge-Vechtomov S.G., Stepchenkova E.I. Identification of the kar1-1 mutation, leading to increase of cytoduction frequency and decrease of hybridization frequency in yeast Saccharomyces cerevisiae // Genetika (Rus). 2018. V. 54,  P. S18–S21.

2.Popova E.A., Protas A.V., Mukhametshina A.V., Ovsepyana G.K., Suezov R.V., Eremin A.V., Stepchenkova E.I., Tarakhovskaya E.R., Fonin A.V., Starova G.L., Mikolaichuk O.V., Porozov Y.B., Trifonov R.E. Synthesis, Biological Evaluation, and Molecular Docking Studies on the DNA and BSA Binding Interactions of palladium(II) and platinum(II) complexes featuring amides of tetrazol-1-yl- and tetrazol-5-ylacetic acids // Polyhedron. 2019. V. 158. P. 36–46.

3.Stepchenkova E.I., Shiriaeva A.A., Pavlov Y.I. Deletion of the DEF1 gene does not confer UV-immutability but frequently leads to self-diploidization in yeast Saccharomyces cerevisiae // DNA Repair. 2018. V. 70. P. 49-54.

4.Ji D., Stepchenkova E.I., Cui J., Menezes M.R., Pavlov Y.I., Kool E.T. Measuring deaminated nucleotide surveillance enzyme ITPA activity with an ATP-releasing nucleotide chimera. // Nucleic Acids Res. 2017. V. 45(20). P. 11515-11524.

5.Lada A. G., Stepchenkova E. I., Zhuk A. S., Kliver S. F., Rogozin I. B., Polev D. E., Dhar A., Pavlov Y.I. Recombination is responsible for the increased recovery of drug-resistant mutants with hypermutated genomes in resting yeast diploids expressing APOBEC deaminases // Frontiers in Genetics. 2017. 8:202.

6.Zhuk A. S., Stepchenkova E. I., Pavlov Y. I., Inge-Vechtomov S. G. Evaluation of methods of synchronization of cell division in yeast Saccharomyces cerevisiae. Cell and Tissue Biology. 2017. V. 11(2), P. 111-122.

7.Andreychuk Yu. V., Shiryaeva A. A., Zhuk A. S., Stepchenkova E. I., Inge-Vechtomov S. G. Impact of prionization of the Sup35 protein [PSI+] on the frequency of genetic changes, accounted in the alpha-test in yeast Saccharomyces cerevisiae. Russian Journal of Genetics: Applied Research. 2017. V. 7(2), P. 172-174.

8.Stepchenkova E.I., Tarakhovskaya E.R., Siebler H.M., Pavlov Y.I. Defect of Fe-S cluster binding by DNA polymerase δ in yeast suppresses UV-induced mutagenesis, but enhances DNA polymerase ζ – dependent spontaneous mutagenesis. DNA Repair 2017. V. 49, P. 60-69.

9.Northam M.R., Moore E.A., Mertz T.M., Binz S.K., Stith C.M., Stepchenkova E.I., Wendt K.L., Burgers P.M., Shcherbakova P.V. DNA polymerases ζ and Rev1 mediate error-prone bypass of non-B DNA structures. Nucleic Acids Res. 2014; 42(1): 290-306.

10.Kozmin S. G., Stepchenkova E. I., Schaaper R. M. TusA (YhhP) and IscS are required for molybdenum cofactor-dependent base-analog detoxification. MicrobiologyOpen 2013; V. 2(5), P. 743–755 doi: 10.1002/mbo3.108.

11. Lada A.G., Stepchenkova E.I., Waisertreiger I.S., Noskov V.N., Dhar A., Eudy J.D., Boissy R.G., Hirano M., Cooper M.D., Rogozin I.B., Pavlov Y.I. Genome-wide mutation avalanches induced in diploid yeast cells by a base analog or an APOBEC deaminase // PLoS Genet 9(9): e1003736.

12.Kozmin S.G., Stepchenkova E.I., Chow S., Schaaper. R. A critical role for the putative NCS2 nucleobase permease YjcD in sensitivity of Escherichia coli to cytotoxic and mutagenic purine analogs"MBio. 2013. V. 4(6). e00661-13.