Лаборатория ДНК-метилом и редактирования транскриптома

Заведующая лабораторией:

Сперанская Анна Сергеевна, к.б.н.

 

Сотрудники:

КАГАН МИХАИЛ ВЛАДИМИРОВИЧ

Старший лаборант

КРИНИЦЫНА АНАСТАСИЯ АЛЕКСАНДРОВНА

ведущий научный сотрудник

НИКИТИН ПАВЕЛ АНДРЕЕВИЧ

Лаборант

ОДИНЦОВА ДАРЬЯ АЛЕКСАНДРОВНА

Лаборант

СПЕРАНСКАЯ АННА СЕРГЕЕВНА

ведущий научный сотрудник

ЩЕРБАКОВ АЛЕКСЕЙ ВЯЧЕСЛАВОВИЧ

Лаборант

ЩЕРБАКОВА ЕЛЕНА СЕРГЕЕВНА

Старший научный сотрудник

 

Достижения и основные направления исследований (2010-2020)

 

  1. 1. Разработка метода идентификации микроорганизмов с помощью инфракрасной спектроскопии с преобразованием Фурье
  • R.R. Guliev, A.Y. Suntsova, T.Y. Vostrikova, A.N. Shchegolikhin, D.A. Popov, M.A. Guseva, A.B. Shevelev, I.N. Kurochkin. Discrimination of Staphylococcus aureus Strains from Coagulase-Negative Staphylococci and Other Pathogens by Fourier Transform Infrared Spectroscopy. Analytical Chemistry 2020 Apr 7; 92(7): 4943-494, Q1, doi: 10.1021/acs.analchem.9b05050
  • А.Ю. Сунцова, Р. Р. Гулиев, Д.А. Попов, Т.Ю. Вострикова, Д.В. Дубоделов, А.Н. Щеголихин, Б.К. Лайпанов, Т.В. Припутневич, А.Б. Шевелев, И.Н. Курочкин. Идентификация микроорганизмов с помощью инфракрасных Фурье-спектров. Вестник РГМУ. 2018. № 4. С. 57-65. DOI: 10.24075/vrgmu.2018.046.

 

  1. 2. Разработка новых лекарственных средств для терапии социально-значимых заболеваний инфекционной, онкологической и аутоиммунной этиологии
  • A.B. Shevelev, N. La Porta, E.P. Isakova, S. Martens, Y.K. Biryukova, A.S. Belous, D.A. Sivokhin, E.V.  Trubnikova, M.V. Zylkova, A.V. Belyakova, M.S. Smirnova and Y.I. Deryabina. In vivo antimicrobial and wound-healing activity of Resveratrol, Dihydroquercetin and Dihydromyricetin against Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa and Candida albicans. Pathogens 2020, 9, 296; Q2, doi:10.3390/pathogens9040296
  • Д.И. Дергачева, О.И. Кляйн, А.А. Мариничев, Н.Н. Гесслер, Е.С. Богданова, М.С. Смирнова, Е.П. Исакова, Ю.И. Дерябина. ГЕПАТОПРОТЕКТОРНОЕ ДЕЙСТВИЕ ПОЛИФЕНОЛОВ ПРИ ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЙ ТОКСИЧЕСКОЙ ПАТОЛОГИИ ПЕЧЕНИ, ВЫЗВАННОЙ ТИОАЦЕТАМИДОМ. ВЕСТНИК РГМУ 2019, 6, 27-33. 10.24075/brsmu.2019.076
  • Е.Н. Ходот, А. Б. Шевелев, А. В. Шибаева, М.С. Смирнова, Н.В. Позднякова, О.О. Рябая, Е.С. Богданова, М.А. Гусева, В.А. Волнухин, В.А. Кузьмин. ИССЛЕДОВАНИЕ ФОТОТОКСИЧЕСКОГО ЭФФЕКТА НОВЫХ ЗАМЕЩЕННЫХ ПРОИЗВОДНЫХ ФУРОДИГИДРОХИНОЛИНА – ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ СРЕДСТВ ДЛЯ ФОТОТЕРАПИИ ПСОРИАЗА БИООРГАНИЧЕСКАЯ ХИМИЯ, 2020, том 46, №2, с. 1–12. 10.31857/S0132342320020116
  • А.Б. Шевелев, Е.П. Исакова, Е.В. Трубникова, Н. Ла Порта, Ш. Мартенс, О.А. Медведева, Д.В. Трубников, Р.М. Акбаев, Ю.К. Бирюкова, М.В. Зылькова, А.А. Лебедева, М.С. Смирнова, Ю.И. Дерябина. Исследования антимикробной активности полифенолов из древесного сырья. Вестник РГМУ. 2018. № 4. С. 53-56. DOI: 10.24075/vrgmu.2018.043.
  • V.I. Turobov, A.V. Danilkovich, A.B. Shevelev, Yu.K. Biryukova, N.V. Pozdniakova, V.N. Azev, A.N. Murashev, V.M. Lipkin, I.P. Udovichenko. Efficacy of synthetic peptide corresponding to the ACTH-like sequence of human immunoglobulin G1 in experimental autoimmune encephalomyelitis. Frontiers in Pharmacology. 2018; 9:113. doi: 10.3389/fphar.2018.00113.
  • V.I. Turobov, V.N. Azev, A.B. Shevelev, N.V. Pozdniakova, Yu.K. Birykova, A.N. Murashev, V.M. Lipkin, I.P. Udovichenko. Immunosuppressant peptide Abu-TGIRIS-Abu-NH2 and its application for treatment of multiple sclerosis. BioNanoScience. 2018; 8(1):484-489. doi: 10.1007/s12668-018-0513-8.
  • Н.В. Позднякова, Д.В. Белых, И.С. Худяева, А.Б. Шевелев. Водорастворимые комплексы метилпирофеофорбида–α с белками-носителями для фотодинамической терапии. Окологический Журнал. 2018. Т. 1. № 1. С. 73-77.
  • А.С. Белоус, А.Б. Шевелев, Е. В. Трубникова, Ю.К. Бирюкова, Е.С. Мишина, Е.А. Лойко, М.В. Зылькова, Я.И. Бурьянов, Н.С. Захарченко, А.А. Лебедева. Лечение ран экстрактом листьев трансгенного каланхоэ с цекропином Р1 (гистологическое исследование). Вестник РГМУ. 2017, № 1, С 70-78.
  • Белоус А.С., Бирюкова Ю.К., Затолокина М.А., Лавриненко К.И., Лойко Е.А., Маль Г.С., Шевелев А.Б., Трубникова Е.В. Трофические изменения скелетной мускулатуры крыс после фармакотерапии силденафилом и церебролизином при моделировании ишемии нижних конечностей. Вестник Российского государственного медицинского университета. 2016. № 4. С. 69-74.
  • В.М. Андреев, Н.В. Кузнецова, А.Б. Шевелев, М.А. Гусева, Ю.К. Кудыкина, Е.С. Лисицына, В.А. Кузьмин. Исследования фотосенсибилизирующих свойств 3,3' диэтилтиакарбоцианина в биологических средах. Радиационная биология. Радиоэкология. 2014. Том 54. № 4. С. 367-376.
  • А.В. Шибаева, Н.В. Позднякова, В.В. Спиридонов, М.С. Смирнова, Д.Б. Корман, Л.А. Островская, А.В. Белякова, Ю.К. Бирюкова, М.В. Зылькова, К.П. Иванов, А.Б. Шевелев, В.А. Кузьмин. Синтез и исследование противоопухолевой активности полиакрилатов золота (III). Вестник РГМУ. 2018. № 5. С. 111-118. DOI: 10.24075/brsmu.2018.071

 

  1. 3. Разработка новых средств лабораторной диагностики заболеваний человека и животных
  • Я.Я. Тыньо, Г.В. Морозова, Ю.К. Бирюкова, Д.А. Сивохин, Н.В. Позднякова, М.В. Зылькова, Е.С. Богданова, М.С. Смирнова, А.Б. Шевелев. Синтез линолевой кислоты, меченной 13С и 14С, для проведения диагностических дыхательных тестов заболеваний гепатобилиарной системы. ВЕСТНИК РГМУ 2, 2020, Q4,  DOI: 10.24075/vrgmu.2020.000
  • R.M. Akbayev, A.S. Belous, E.V. Trubnikova, E.S. Bogdanova, A.V. Belyakova, E.Y. Epova, M.V. Zylkova, Y.K. Biryukova, A.B. Shevelev. Impact of Poultry Red Mite (Dermanyssus gallinae) Infestation on Blood Parameters of Laying Hens. BioNanoScience volume 10, pages318–329(2020), Q3, DOI: 10.1007/s12668-019-00705-0
  • Я.Я. Тыньо, Г.В Морозова, Ю.К. Бирюкова, Е.В. Трубникова, М.В. Зылькова, Д.А. Сивохин, К.П. Иванов, Н.В. Позднякова, Е.А. Казакова, Е.С. Мутных, А.Б. Шевелев. ИССЛЕДОВАНИЕ ТОКСИЧНОСТИ 13C-МЕЧЕНЫХ ЛИНОЛЕВОЙ И ЛИНОЛЕНОВОЙ КИСЛОТ, ПРЕДНАЗНАЧЕННЫХ ДЛЯ ПРОВЕДЕНИЯ ДИАГНОСТИЧЕСКИХ ДЫХАТЕЛЬНЫХ ТЕСТОВ. ВЕСТНИК РГМУ 2019, 3, 20-26 10.24075/vrgmu.2019.044
  • T.V. Kuznetsova, A. Ivanova-Pozdejeva, I. Reshetnjak, J. Geller, K. Värv, R. Rumvolt, M. Vikentjeva, E.V. Trubnikova, N.V. Pozdniakova, A.B. Shevelev, I. Golovljova. Hepatitis E virus infection in different groups of Estonian patients and people who inject drugs. J Clin Virol. 2018;104:5-10. doi: 10.1016/j.jcv.2018.04.011.
  • Т.В. Кузнецова, М.С. Смирнова, О.А. Леонович, И.В. Гордейчук, Ю.К. Бирюкова, М.В. Зылькова, Я.Я. Тыньо, А.В. Белякова, А.Б. Шевелев. Разработка нового метода получения белка-антигена NS5a вируса гепатита С. Вопросы Вирусологии. 2017. Т. 62. № 1. С. 17-25. DOI dx.doi.org 10.18821/0507-4088-2017-62-1-17-25.
  • Н.В. Позднякова, В. И. Туробов, Е.Е. Гаранина, О.А. Рябая, Ю.К. Бирюкова, Н.И. Минкевич, Е.В. Трубникова, А.Б. Шевелев, Т.В. Кузнецова, А.В. Белякова, И.П. Удовиченко. Временная динамика цитокинов в крови при экспериментальном аутоиммунном энцефаломиелите у крыс. Вестник РГМУ. 2017. № 6. С. 75-83.
  • O.O. Yanushevich, R.A. Ayvazova, A.V. Shibaeva, D.V. Rebrikov, E.V. Trubnikova, Yu.K. Kudykina, M.V. Zylnikova, R.S. Zaripova, A.B. Shevelev. Quantitative PCR studies of Aggregatibacter actinomycetemcomitans and Treponema denticola/Tanerella forsythensis Complex as Etiological Factors of Chronic Periodontitis. Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 2016. V. 160. № 4. P. 502-504.
  • А.В. Шибаева, Р.А. Айвазова, Д.В. Ребриков, Е.В. Трубникова, Ю.К. Кудыкина, А.В. Белякова, Р.С. Зарипова, А.Б. Шевелев. Применение метода ПЦР в реальном времени для изучения микробиома пародонта у пациентов с сочетанной патологией гастродуоденальной зоны и хроническим пародонтитом. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016. № 1. С. 26-30.
  • A.V. Shibaeva, R.A. Ayvazova, D.V. Rebrikov, E.V. Trubnikova, Yu.K. Kudykina, A.V. Belyakova, R.S. Zaripova, A.B. Shevelev. The Use of Real Time PCR for Study of the Periodontal Microbiome in Patients with Combined Pathology of the Gastroduodenal Zone and Chronic Periodontitis. Molecular Genetics, Microbiology and Virology. 2016. V. 31. № 1. P. 30–35.
  • O. Zorina, N. Petrukhina, A. Shibaeva, A. Basova, A. Shevelev Identification of Key Components of The Healthy Periodontium Microbiome That Protect Against Aggressive Periodontitis by Metagenomic Sequencing. PARIPEX - Indian journal of research. 2015. V. 4. № 5. P. 109-114.
  • О.О. Янушевич, Р.А. Айвазова, А.В. Шибаева, Д.В. Ребриков, Е.В. Трубникова, Ю.К. Кудыкина, М.В. Зылькова, Р.С. Зарипова, А.С. Епремян, А.Б. Шевелев. Исследование Aggregatibacter actinomycetemcomitans и комплекса Treponema denticola/Tanerella forsythensis в качестве этиологического фактора хронического пародонтита с применением методов количественной ПЦР. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины (Издательство РАМН). 2015. Т. 160. № 10. С.502-504.
  • А.В. Шибаева, Н.К. Аймадинова, Е.В. Трубникова, Т.В. Кузнецова, О.А. Зорина, Ю.К. Кудыкина, А.Б. Шевелев. Изучение роли P. intermedia в развитии хронического пародонтита методом ПЦР в реальном времени. Вестник РГМУ (Вестник российского государственного медицинского университета). 2015. № 4. C.11-15.
  • О.О. Янушевич, Р.А. Айвазова, А.В. Шибаева, Ю.К. Кудыкина, А.Б. Шевелев. Использование комплексной ПЦР-диагностики в обследовании пациентов с сочетанной патологией гастродуоденальной зоны и пародонта. Стоматология детского возраста и профилатика. Том XIII. 3(50) 2014. С.48-51.
  • А.В. Шибаева, М.С. Смирнова, Е.С. Маракасова, Ю.К. Кудыкина, О.А. Леонович, Т.Н. Казеева, Е.М. Елагина, А.А. Лебедева, Т.В. Кузнецова, Р.С. Зарипова, А.М. Савилова, А.Б. Шевелев. Новый метод подготовки биологического материала к проведению протеомного и фосфопротеомного анализа. 2013. Фундаментальные исследования. 2013. №1-1. C. 51-55.
  • O.A. Zorina, N.B. Petrukhina, A.A. Basova, A.V. Shibaeva, E.V. Trubnikova, A.B. Shevelev. Identification of key markers of normal and pathogenic microbiota determining health of periodontium by NGS-sequencing 16S-rDNA libraries of periodontal swabs]. Stomatologiia (Mosk). 2014. V. 93. № 6. P. 25-31.
  • Е.С. Петраков, Е.Ю. Эпова, Е.В. Баннова, Ю.К. Кудыкина, А.В. Шибаева, А.А. Лебедева, А.Н. Овчарова, А.Б. Шевелев. Оценка токсичности наноматериалов с использованием биолюминесценции рекомбинантного штамма дрожжей Yarrowia lypolytica. Проблемы биологии продуктивных животных. 2013. № 4 с. 20-27.
  • O.N. Lygo, T.D. Nekipelova, V.A. Kuzmin, V.V. Shakhmatov, V.A. Volnukhin, A.V. Shibaeva, E.N. Khodot, V.V. Vargin, A.B. Shevelev Spectral and luminescence properties and photochemical transformations of 7,7,9-trimethyl-6,7-dihydrofuro[3,2-f]quinoline. High Energy Chemistry. 2012. Т. 46. № 3. С. 171-176.
  • Е.А. Ткаченко, Т.К. Дзагурова, А.Д. Бернштейн, Н.М. Окулова, Н.А. Коротина, Д.В. Транквилевский, В.Г. Морозов, Ю.В. Юничева, Д.Л. Завора, М.В. Баловнева, С.Е. Соцкова, Е.С. Мутных, М.С. Смирнова, О.А. Леонович, А.Б. Шевелёв, Г.А. Малкин. Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом в России – проблема XXI века. // Вестник российской академии естественных наук, медицина. – 2012. - № 1. – С. 48-54.
    • Т.Н. Казеева, А.Б. Шевелев, О.А. Леонович, Т.Х. Фаизов, А.В. Белякова, А.А. Лебедева, Т.В. Кузнецова, Е.С. Маракасова, О.В. Ермохина, Е.Ю. Эпова, М.Г Дудорова., Д.В. Соцкова, Е.А. Волкова, А.С. Терехина, Т.Ю Воронова., Васильев И.А. Igase2 - структурные и функциональные особенности IGA1-протеаз. // Современные проблемы науки и образования. – 2012. - № 1. ИФ РИНЦ 0,306.
    • О.Н. Лыго, Т.Д. Некипелова, Е.Н. Ходот, В.А. Кузьмин, В.В. Шахматов, В.А. Волнухин, В.В. Варгин, А.Б. Шевелев, А.В. Шибаева Cпектральнo люминесцентные свойства и фотохимические превращения 7,7,9-триметил-6,7-дигидрофуро[3,2 f]хинолина. // Химия высоких энергий. – 2012. – Том 46 № 3. – С. 216-221. ИФ РИНЦ 0,597.
    • М.С. Смирнова, М.В. Баловнева, М.А. Гусева, О.А. Леонович, Е.М. Елагина, А.А. Иванов, Р.А. Шишкин, М.Ф. Ворович, И.Л. Терехина, Т.К. Дзагурова, А.Б. Шевелев Метод определения остаточной ДНК клеток хозяина в вирусных препаратах вакцинного назначения с помощью ПЦР в реальном времени. // Ветеринарный Врач. – 2010. - № 5. – С. 45-48. ИФ РИНЦ 0,122.

 

  1. 4. Разработка экспрессионных систем и рекомбинантных продуцентов биологически активных соединений белковой и другой природы
  • Е.П. Исакова, Ю.И. Дерябина, А.В. Белякова, Ю.К. Бирюкова, В.В. Теплова, А.Б. Шевелев. Исследование накопления белка REC A Bacillus subtilis в митохондриях рекомбинантного штамма дрожжей Y. lipolytica. Прикладная биохимия и микробиология. 2016, Т. 52. № 6. С. Том 52. № 2. С. 621-631.
  • A.V. Letarov, Yu.K. Biryukova, A.S. Epremyan, and A.B. Shevelev. Prospects of the Use of Bacteriophage-based Virus-like Particle in the Creation of Anthrax Vaccines. Applied Biochemistry and Microbiology. 2016, Vol. 52, No. 9, pp. 36–45.
  • I.K. Biriukova, A.B. Shevelev, M.V. Zylkova, V.N. Trifan, A.A. Lebedeva, A.V. Belyakova, E.E. Kulikov and A.V. Letarov. Secreting producer of truncated Bacillus anthracis protective antigen in Bacillus subtilis. Journal of Pure and Applied Microbiology. 2016. Vol. 10 No. 4. P. 2627-2632.
  • E.Yu. Epova, M.V. Balovneva, E.P. Isakova, Yu.K. Kudykina, M.V. Zylkova, Yu.I. Deryabina, A.B. Shevelev. Expression system for Yarrowia lipolytica based on a promoter of the mitochondrial potential-dependent porin VDAC gene. Biotechnology and bioprocess engineering. 2016. V.21 №3, P. 408-413.
  • А.В. Летаров, Ю.К. Бирюкова, А.С. Епремян, А.Б. Шевелев. Перспективы использования вирусоподобных частиц на основе белков бактериофагов для создания вакцин против сибирской язвы. Биотехнология. 2016. № 2, C. 43-56.
  • М.С. Смирнова, О.А. Леонович, А.В. Шибаева, Ю.К. Кудыкина, А.Б. Шевелев. Сенсор на основе слитого белка LacZ с плексин-семафориновым доменом бета-3-интегрина – маркера эндотелиоцитов капилляров сетчатки и потенциального рецептора хантавирусов. Здоровье населения и среда обитания. 2013. № 7. Т. 244. с. 31-34.
  • Т.Х. Фаизов, Ю.К. Кудыкина, Е.В. Баннова, М.В. Зылькова, М.А. Гусева, А.Б. Шевелев. Разработка научно-технологических основ создания технологий утилизации пищевых отходов с использованием экстремофильных дрожжей Yarrowia lipolytica. Вестник Казанского ГАУ. 2013. № 4 (30). С. 150-152.
  • Зылькова М.В., Гусева М.А., Белякова А.В., Гра О.А., Осипенкова О.В., Филимонова Н.А., Елагина Е.М., Казеева Т.Н., Куликов Е.Е., Кузьмин П.А., Зарипова Р.С., Шевелев А.Б. Рекомбинантный продуцент соматолиберина свиньи на основе дрожжей Yarrowia lipolytica. // Проблемы биологии продуктивных животных; раздел Молекулярно-биологические и клеточные технологии. – 2012. - № 2. – С. 5-12. ИФ РИНЦ 0,349.
    • М.А. Гусева, Е.Ю. Эпова, О.В. Осипенкова, Е.М. Елагина, А.Б. Шевелев Молекулярные маркеры адаптации к росту при высоких значениях pH у экстремофильных дрожжей Yarrowia lipolytica. // Международный журнал экспериментального образования. – 2011. - № 3. С. 63-64.
    • М.А. Гусева, Е.Ю. Эпова, Л.И. Ковалев, А.Б. Шевелев Изучение механизмов адаптации дрожжей Yarrowia lipolytica к щелочным условиям среды методами протеомики. // Прикладная б