Научная биография
Даниленко Валерий Николаевич
Доктор биологических наук, профессор,
Заведующий лабораторией генетики микроорганизмов,
Заведующий отделом генетических основ биотехнологии ИОГен РАН, Советник ректора Каспийского Университета (г. Алматы, Казахстан) по международному сотрудничеству Научный руководитель и координатор Российского консорциума «Нутригеномика. Микробиом» Профессор кафедры биоинформатики Факультета медицинской и биологической физики, МФТИ (http://mipt.ru/education/chairs/bioinformatics/)
Член редколлегии журналов «Вавиловский журнал генетики и селекции» г. Новосибирск, "Вестник РГМУ" г. Москва.
Контактный телефон - +74991354194, +79037965463
Электронный адрес - valerid@vigg.ru
Дата рождения - 08.05.1947
Ученая степень, год присуждения - Доктор биологических наук, 1991
Ученное звание, год присуждения - Профессор, 1995.
C 2008г. по 2020г. Ученый секретарь Совета при Президиуме Российской академии наук по координации научных исследований по направлению «Медицинская техника, технологии и фармацевтика» (medtechpharm-ras.ru).
Публикации Q1 (за последние 5 лет): 16 публикаций, в том числе в журнале Nature Neuroscience.
Служебные достижения
Даниленко Валерий Николаевич родился в дер. Удога Чериковского района Могилевской области 8 мая 1947 года. В 1964 г. закончил среднюю школу №1 г. Кричева Могилевской области с серебряной медалью. В 1966 году поступил на биологический факультет МГУ им М.В. Ломоносова (кафедру генетики). С 1971 по 1975 году обучался в аспирантуре на кафедре генетики МГУ им. М.В. Ломоносова. В 1971г. окончил кафедру генетики биологического факультета Московского госуниверситета им. Ломоносова, а в 1975 году – окончил аспирантуру того же факультета. В 1977г. защитил кандидатскую диссертацию по специальности «Генетика», а в 1991 г. – докторскую по специальности «Генетика», с 1994г. – профессор по специальности «Генетика». С 1975 по 2006г. Даниленко В.Н. работал в научно- исследовательских институтах непосредственно участвовавших в создании штаммов, и фармпрепаратов для микробиологической и фармацевтической промышленности страны: ГосНИИгенетика, ВНИИантибиотиков, ГосНИИсинтезбелок. В 1983г. Даниленко В.Н. возглавил вновь организованную лабораторию генетической биотехнологии продуцентов антибиотиков ВНИИантибиотиков Минмедпрома СССР. C 1991г. по 2006г. возглавлял аналогичные лаборатории в ГосНИИгенетика и ГосНИИсинтезбелок. Им было создано в России направление научных исследований – генная инженерия и генетическая биотехнология продуцентов антибиотиков. В период с 1988 по 2002г. он участвовал в создании научно-технологической базы проекта по строительству завода субстанции антибиотиков в г. Орле. С 2002г. по 2006г. В.Н.Даниленко возглавлял ФГУП «ГосНИИсинтезбелок». С 2006г. по настоящее время – заведующий лабораторией генетики микроорганизмов, заведующий отделом генетических основ биотехнологии Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН. Первое направление лаборатории – разработка фармакологических биомишеней, тест-систем и создание на их основе инновационных противоинфекционных лекарств. Второе направление лаборатории – микробиом (микробиота) человека: коммуникация с организмом хозяина, источник создания фармабиотиков нового поколения.
Даниленко В.Н. д.б.н., проф. - является одним из основателей направления микробиома человека в России. Область интересов направлена на изучение коммуникации пробиотических компонентов микробиоты кишечника с центральной нервной и иммунной системами человека. Руководимая им лаборатория генетики микроорганизмов (http://vigg.ru/institute/podrazdelenija/otdel-geneticheskikh-osnovbiotekhnologii/laboratorija-genetiki-mikroorganizmov/) в течение ряда лет занимается разработкой фармабиотиков с нейромодулирующей, иммуномодулирующей и антиоксидантной активностью. Специалист в области генетических основ микробных экосистем человека, включая использование сравнительного геномного, метагеномного и транскриптомного анализов при их исследовании. В рамках реализации гос. задания ИОГен РАН в 2020 году им была разработана концепции проекта «Микробиом (микробиота) человека в стрессовых условиях пребывания в Арктике: поиски новых биомаркеров для ранней диагностики нарушений и отбор штаммов пробиотиков для профилактики и лечения нервно-депрессивных состояний и других стресс-индуцируемых заболеваний». с полной биографией можно ознакомиться на сайте ИОГен РАН www.vigg.ru/institute/subdivisions/department-of-genetics-and-biotechnology/laboratory-of-bacterial-genetics/danilenko-cv/.
Награды и премии за научную деятельность:
В 1990 г. Даниленко В.Н. награжден Медалью «Ветеран труда», 1998 награжден Медалью «850 лет Москвы», 2003 г. присвоено звание «Почетный химик», 2004 г. награжден почетной грамотой Министерства промышленности, науки и технологий Российской Федерации за большой личный вклад в развитие отечественной биотехнологической промышленности, 2006 г. отмечен благодарностью Федерального Агентства «Роспром» РФ, отмечен Министерством обороны РФ дипломом международного военно-технического форума «Армия 2015» за лучший доклад на мероприятиях научно-деловой программы форума, отмечен Министерством обороны РФ дипломом международного военно-технического форума «Армия 2018» за лучший доклад на мероприятиях научно-деловой программы форума. В 2021 г. награжден ведомственной наградой Минобрнауки России Медалью «За безупречный труд и отличие».
Научно-организационная деятельность
В 1988г. по инициативе Даниленко В.Н. на базе ВНИИА была создана Международная лаборатория генной инженерии продуцентов антибиотиков стран- участниц СЭВ. С 1990г. по 1999г. - Даниленко В.Н. по совместительству директор Ассоциации биотехнологии антибиотиков Министерства науки и технологий РФ. В 1999 году - основал Научно-исследовательский центр "БИОАН" www.bioan.ru являющийся преемником Ассоциации «БИОАН». С 1998г. по 2001г. – директор центра по исследованиям и развитию ЗАО «Орловская фармкомпания». С 1985г. по 1989г. – внештатный эксперт ЮНЕСКО от России по вопросам биотехнологии. C 1984г. по 2001г. член редколлегии журнала «Антибиотики и химиотерапия». С 2001г. по 2011г. - член Экспертного совета по биотехнологии Государственной Думы РФ. С 2002 г. по настоящее время – член Комитета торгово-промышленной палаты РФ по развитию биологической и медицинской промышленности. С 2011г. по 2018г. – соруководитель Научно – технического совета секции «Трансляционная медицина» Технологической платформы «Медицина будущего». С 2009г. по 2019г. - член Научно-технического совета Минпромторга по реализации мероприятий в области развития химической, медицинской и фармацевтической промышленности, а также биотехнологического комплекса России.
Основные научные достижения за последние годы:
В последние годы В.Н. Даниленко активно участвовал в создании нового направления научных исследований в России: изучения микробиом (микробиоты) кишечника в норме и патологиях https://expert.ru/expert/2023/34/put-k-mozgu-lezhit-cherez-mikrobiom/. Он сформировал новую концепцию метагеномного анализа микробиом человека, основанную на анализе функциональных биомаркеров, включая группы генов, контролирующих синтез и метаболизм нейротрансмиттеры, антиоксидантов, иммуномодуляторов и др. Сформировано понятие коровой сигнатуры «ген-бактерия» для характеристики исследуемых метагеномов у здоровых людей. Разработанные подходы и алгоритмы были успешно использованы в рамках реализации проекта РНФ № 17-15-01488 «Полный метагеномный анализ энтеральной микробиоты у детей с расстройством аутистического спектра: поиски маркерных композиций генов» по метагеномному исследованию микробиоты детей с аутическим спектром расстройств. Выявлены бактерии и гены их содержащие коррелирующие с данным заболеванием. Разработанные биоинформатические подходы и алгоритмы в настоящее время используются в реализации другого проекта РНФ 20-14-00132 "Метагеномный анализ кишечной микробиоты людей с депрессивными расстройствами для выявления маркерных композиций генов." по изучению связи микробиом с депрессивными состояниями. Значимым результатом данных проектов является создание каталогов генов с нейромодулирующей активностью. Принципы формирования данного каталога открывают перспективы быстрого создания подобных каталогов генов (их продуктов) с иммуномодулирующей и антиоксидантной активностью. Изучение функциональных свойств лактобацилл и бифидобактерий важных обитателей микробиом человека позволило идентифицировать и охарактеризовать системы токсин-антитоксин, которые были использованы для штаммовой идентификации данных групп бактерий. Системы токсин-антитоксин были удачно использованы при метагеномном анализе микробиом для выявления штаммового разнообразия определенных видов бактерий. В лаборатории генетики микроорганизмов разработаны оригинальные методы и подходы in silico, in vitro и in vivo для выявления штаммов лактобацилл с уникальными антиоксидантными свойствами. Это флюоресцирующие трансгенная культура E. coli; паракват индуцируемая модель оксидативного стресса на основе C.elegans как необходимая и существенная база для последующих исследований. Создана коллекция из нескольких сотен комменсальных бактерий микробиом человека. Заложен биобанк образцов микробиоты (фекалий) здоровых людей центрального региона России (http://vigg.ru/institute/podrazdelenija/otdel-geneticheskikh-osnov-biotekhnologii/laboratorija-genetiki-mikroorganizmov/). Созданная структура биобанка образцов микробиоты предполагается использовать для формирования атласа микробиом различных этнокультуральных групп из различных регионов России. С использованием сравнительного геномного анализа и омиксных технологий отобраны уникальные штаммы с нейромодулирующей, антиоксидантной активностью и иммуномодулирующей активностью. Выявлена способность некоторых из них синтезировать белки и пептиды, определяющие их нейромодулирующие, иммуномодулирующие и антиоксидантные свойства. То есть заложена основа для детального изучения их иммуномодулирующих и антиоксидантных свойств и создания фармабиотиков и метабиотиков следующего поколения. Одним из таких уникальных штаммов является Lactobacillus fermentum U21. Важным в научном и практическом плане результатом исследований пробиотических штаммов лактобацилл по свойствам их антиоксидантной активности было обнаружение штамма Limosilactobacillus (Lactobacillus) fermentum U21. обладающий высокой антиоксидантной активностью. В результате анализа белков культуральной жидкости штамма удалось идентифицировать белок и пептид, потенциально определяющие антиоксидантные свойства штамма (белок ClpB и пептид STpLfU21). На основе данного штамма создается фармабиотик «Супербакт» для лечения паркинсонизма. Впервые идентифицирован и охарактеризован видоспецифический оперон PFNA, встречающийся только у рода Bifidobacterium. Функция данного оперона предположительно связана с механизмом видоспецифической коммуникации бифидобактерий с иммунной системой организма-хозяина. Одним из ключевых генов кластера является ген fn3. Он кодирует белок, содержащий два фибронектиновых домена типа III (FN3), включающих в себя мотивы цитокиновых рецепторов. Показана способность фрагмента FN3-белка специфически связываться с TNFα. На основе данного белка разрабатываются препараты для регуляции уровня иммунных реакций при воспалительных процессах различной этиологии. Даниленко В.Н. автор и создатель высокопроизводительных штаммов и технологий получения антибиотиков и фармабиотиков, диагностикумов различного назначения (разработки защищены патентами РФ), соавтор экспериментальных и обзорных статей в ведущих отечественных и зарубежных журналах. Большое внимание Даниленко В.Н. уделяет подготовке научных кадров. Под его руководством защищено 25 кандидатских диссертаций, из них 9 за последние 5 лет; 2 докторские диссертации. С 2013г. - является профессором кафедры Биоинформатики «Факультета медицинской и биологической физики» МФТИ. Читает курс лекций "Введение в метагеномику» (http://мфти.рф/education/chairs/bioinformatics/education/courses/bachelor_courses/introduction_to_metagenomics.html). В настоящее время в лаборатории генетики микроорганизмов под руководством Даниленко Валерия Николаевича выполняется ряд магистерских работ студентами МФТИ, МГУ им. Ломоносова, РУДН, МГУПП, РГАУ-МСХА.
Международное сотрудничество:
В.Н. Даниленко имеет большой опыт сотрудничества с крупными фармкомпаниями в России и за рубежом. Участвуя в Межгосударственных научно – исследовательских программах и проектах имеет опыт работы в области биомедицинских исследований в первую очередь проблем туберкулеза и микробиоты человека со специалистами Франции, США, Китая, Южной Кореи, ЮАР, Германии, Болгарии и др. Имеет опыт организационной работы по проведению научных мероприятий: в 1989 – 2016 гг. был вице-президентом и президентом организационных комитетов ряда Международных симпозиумов и конгрессов, проводимых в странах Европы и России в том числе Российско – Американских и стран БРИКС. В рамках программы Евросоюза FP6 был руководителем группы Российских лабораторий по теме "Protein kinases – Novel Drug Targets of Post Genomic Era". В 2011 г. В.Н. Даниленко стал одним из инициаторов и организаторов Российско - Американского сотрудничества в области биомедицинских исследований. 16-18 ноябре 2011г. был проведен Российско – Американский научный форум по биомедицинским исследованиям. А в 2012г. два рабочих совещания: первое совещание 28-29 июня «Туберкулёз у больных ВИЧ-инфекцией: новые парадигмы, диагностика и создание лекарств» и 17-18 сентября «Микробиом человека: метагеномика, новые биомаркеры заболевания, трансляционные исследования в персонализированной медицине». В 2013-2014 годах В.Н. Даниленко был со-руководителем в проекте «Токсины-антитоксины и RpsA в лекарственной устойчивости и персистенции микобактерий туберкулеза», выполнявшимся совместно проф. Йинг Джангом (Ying Zhang) из Университета Джонса Хопкинса. В 2013 году при активном участии В.Н. Даниленко Россия вступила в Международный консорциум «TBResist: Международный консорциум по полногеномному секвенированию в составе нескольких российских институтов. Где В.Н. Даниленко стал Координатором российской группы консорциума ««TBResist: Международный консорциум по полногеномному секвенированию штаммов туберкулеза, устойчивого к лекарственным препаратам». В рамках данного консорциума принято решение о проведении в мае-июне 2014г в Москве российско-американского рабочего совещания «Вирулентность и множественная лекарственная устойчивость Mycobacterium tuberculosis: полногеномное секвенирование, эпидемиологические и биоинформатические аспекты. На сегодняшний день база данных консорциума включает более 800 полногеномных последовательностей полностью охарактеризованных клинических изолятов M. tuberculosis, в том числе российских. На сегодняшний день ведутся исследования проблем лекарственной устойчивости, вирулентности и филогенетики M. tuberculosis совместно с исследовательскими группами из США, ЮАР и КНР, и Евросоюза. С 2017года по настоящее время сопредседатель организационного комитета и член наградного комитета Евразийского творческого форума https://ecuforum.kz/. Имеется сотрудничество в рамках проекта РФФИ "Анализ основных компонентов и изучение механизмов, определяющих антиоксидантные свойства бактерий Bifidobacterium longum и Lactobacillus brevis" с кафедрой биотехнологии Университета пищевых технологий Болгарии (Пловдив, Болгария). В рамках сотрудничества союзного государства «Исследование микробиома человека и животных как источника генетических ресурсов для развития инновационных биотехнологий» подготовлена и согласуется на международном уровне концепция проекта с ФГБУ «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт». За последние годы проведено 5 мероприятия на базе Каспийского университета г. Алматы, в том числе 27 января 2022г. состоялась Первая международная научно-практическая конференция «Биобезопасность жизнедеятельности человека и охрана окружающей среды», г. Алматы, Казахстан. В июне 2023г. организовал международную молодежную конференцию «Искусственный интелект: возможности практического применения».
Наиболее значимые публикации за последние годы:
1. James T. Morton, Dong-Min Jin, Robert H. Mills, Yan Shao, Gibraan Rahman, Daniel McDonald, Kirsten Berding, Brittany D. Needham, Maria Fernanda Zurita, Maude David, Olga V. Averina, Alexey S. Kovtun, Antonio Noto, Michele Mussap, Mingbang Wang, Daniel N. Frank, Ellen Li, Wenhao Zhou, Vassilios Fanos, Valery N. Danilenko, Dennis P. Wall, Paul Cardenas, Manuel E. Baldeon, Ramnik J. Xavier, Sarkis K. Mazmanian, Rob Knight, Jack A. Gilbert, Sharon M. Donovan, Trevor D. Lawley, Bob Carpenter, Richard Bonneau and Gaspar Taroncher-Oldenburg. Multi-level analysis of the gut–brain axis shows autism spectrum disorder-associated molecular and microbial profiles. Nat Neurosci 26, 1208–1217 (2023). Q1, IF 25
2. Averina, O.V.; Kovtun, A.S.; Mavletova, D.A.; Ziganshin, R.H.; Danilenko, V.N.; Mihaylova, D.; Blazheva, D.; Slavchev, A.; Brazkova, M.; Ibrahim, S.A.; et al. Oxidative Stress Response of Probiotic Strain Bifidobacterium longum subsp. longum GT15. Foods 2023, 12, 3356. Q1, IF 5,6
3. Buravchenko G.I., Maslov D.A., Alam M.S., Grammatikova N.E., Frolova S.G., Vatlin A.A., Tian X., Ivanov I.V., Bekker O.B., Kryakvin M.A., Dontsova O.A., Danilenko V.N., Zhang T., Shchekotikhin A.E. Synthesis and Characterization of Novel 2-Acyl-3-trifluoromethylquinoxaline 1,4-Dioxides as Potential Antimicrobial Agents // Pharmaceuticals. 2022, 15(2), 155. Q1, IF 5,215.
4. Shahbaaz M., Maslov D.A., Vatlin A.A., Danilenko V.N., Grishina M., Christoffels A. Repurposing based identification of novel inhibitors against MmpS5-MmpL5 efflux pump of Mycobacterium smegmatis: A combined in silico and in vitro study // Biomedicines. 2022, 10(2), 333. Q1, IF=6,081.
5. Nezametdinova VZ, Yunes RA, Dukhinova MS, Alekseeva MG, Danilenko VN. The Role of the PFNA Operon of Bifidobacteria in the Recognition of Host’s Immune Signals: Prospects for the Use of the FN3 Protein in the Treatment of COVID-19. International Journal of Molecular Sciences. 2021 Jan;22(17):9219. Q2, IF=5,9.
6. Averina, O. V.; Poluektova, E.U.; Marsova, M.V.; Danilenko, V. N. Biomarkers and Utility of the Antioxidant Potential of Probiotic Lactobacilli and Bifidobacteria as Representatives of the Human Gut Microbiota. Biomedicines 2021, 9, 1340. Q1, IF 6.
7. Poluektova E, Yunes R, Danilenko V. The Putative Antidepressant Mechanisms of Probiotic Bacteria: Relevant Genes and Proteins. Nutrients. 2021 May;13(5):1591. Q1, IF 4,5.
8. Danilenko, V.N., Devyatkin, A.V., Marsova, M.V., Shibilova, M.U., Ilyasov, R.A., Shmyrev, V.I. Common Inflammatory Mechanisms in COVID-19 and Parkinson’s Diseases: The Role of Microbiome, Pharmabiotics and Postbiotics in Their Prevention. Journal of Inflammation Research Nov 30; 14:6349-6381. 2021. Q1, IF 4,631.
9. Olekhnovich E., Batotsyrenova E., Yunes R., Kashuro V., Poluektova E., Veselovsky V., Ilina E., Danilenko V. and Ksenia M. Klimina. The efects of Levilactobacillus brevis on the physiological parameters and gut microbiota composition of rats subjected to desynchronosis. Microb Cell Fact. 2021 Dec 20;20(1):226. doi:10.1186/s12934-021-01716-x. Q1 IF 4,9
10. Veselovsky V.A., Dyachkova M.S., Menyalo EA., Polyeva P.S., Olekhnovich E.I., Shitikov E.A., Bespiatykh D.A., Semashko T. A., Kasianov A.S., Ilina E.N., Danilenko V.N., Klimina K.M. Gene networks underlying the resistance of Bifidobacterium longum to inflammatory factors // Frontiers in Immunology 2020, 16, https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.595877, Q1, IF 6,43.