Лаборатория генетики микроорганизмов

Доктор биологических наук, профессор, Заведующий лабораторией генетики микроорганизмов, Заведующий отделом генетических основ биотехнологии ИОГен РАН, Научный руководитель и координатор Российского консорциума «Нутригеномика. Микробиом», Профессор кафедры биоинформатики Факультета медицинской и биологической физики, МФТИ (http://mipt.ru/education/chairs/bioinformatics/).

Контактный телефон - +74991354194, +79037965463

Электронный адрес - valerid@vigg.ru

 

Лаборатория генетики микроорганизмов была создана в 1973 году, с 2006 года лабораторию возглавляет профессор, доктор биологических наук - Даниленко Валерий Николаевич.

 

Структура лаборатории:

  1. Группа метагеномики и сравнительной геномики микробиом человека.
  2. Группа генетических и омиксных биотехнологий создания фармабиотиков.
  3. Группа изучения механизмов лекарственной устойчивости и разработки генетических технологий и препаратов для ее преодоления.


Основные направления деятельности лаборатории на 2022-2027 годы:

  • Структурно-функциональный анализ генетической композиции микробиом кишечника в норме, при патологиях, при воздействии стрессовых условий на организм человека.
  • Коэволюция микробиом, иммунной системы и когнитом человека.
  • Микробиом – источник биологически и фармакологически активных ингредиентов и генетических ресурсов создания фарм препаратов, а также лечебных и функциональных продуктов питания.
  • Микробиом и биобезопасность жизнедеятельности человека.
  • Изучение новых механизмов природной лекарственной устойчивости, поиск новых биомишений, разработка препаратов и технологий для борьбы с инфекционными бактериальными заболеваниями, отягощёнными множественной лекарственной устойчивостью.

 

Основные научные результаты:

В последние годы В.Н. Даниленко активно участвовал в создании нового направления научных исследований в России: изучения микробиом (микробиоты) кишечника в норме и патологиях. Он сформировал новую концепцию метагеномного анализа микробиом человека, основанную на анализе функциональных биомаркеров, включая группы генов, контролирующих синтез и метаболизм нейротрансмиттеры, антиоксидантов, иммуномодуляторов и др. Сформировано понятие коровой сигнатуры «ген-бактерия» для характеристики исследуемых метагеномов у здоровых людей. Разработанные подходы и алгоритмы были успешно использованы в рамках реализации проекта РНФ № 17-15-01488 «Полный метагеномный анализ энтеральной микробиоты у детей с расстройством аутистического спектра: поиски маркерных композиций генов» по метагеномному исследованию микробиоты детей с аутическим спектром расстройств. Выявлены бактерии и гены их содержащие коррелирующие с данным заболеванием. Разработанные биоинформатические подходы и алгоритмы в настоящее время используются в реализации другого проекта РНФ 20-14-00132 "Метагеномный анализ кишечной микробиоты людей с депрессивными расстройствами для выявления маркерных композиций генов." по изучению связи микробиом с депрессивными состояниями. Значимым результатом данных проектов является создание каталогов генов с нейромодулирующей активностью. Принципы формирования данного каталога открывают перспективы быстрого создания подобных каталогов генов (их продуктов) с иммуномодулирующей и антиоксидантной активностью. Изучение функциональных свойств лактобацилл и бифидобактерий важных обитателей микробиом человека позволило идентифицировать и охарактеризовать системы токсин-антитоксин, которые были использованы для штаммовой идентификации данных групп бактерий. Системы токсин-антитоксин были удачно использованы при метагеномном анализе микробиом для выявления штаммового разнообразия определенных видов бактерий.

В лаборатории генетики микроорганизмов разработаны оригинальные методы и подходы in silico, in vitro и in vivo для выявления штаммов лактобацилл с уникальными антиоксидантными и иммуномодулирующими свойствами. Это флюоресцирующие трансгенная культура E. coli; паракват индуцируемая модель оксидативного стресса на основе C.elegans как необходимая и существенная база для последующих исследований. Создана коллекция из нескольких сотен комменсальных бактерий микробиом человека. Заложен биобанк образцов микробиоты (фекалий) здоровых людей центрального региона России (http://vigg.ru/institute/podrazdelenija/otdel-geneticheskikh-osnov-biotekhnologii/laboratorija-genetiki-mikroorganizmov/). Созданная структура биобанка образцов микробиоты предполагается использовать для формирования атласа микробиом различных этнокультуральных групп из различных регионов России.

В коллекции «Биобанк микробиоты человека» хранится более 150 образцов фекалий микробиоты человека. Сформирована коллекция лактобацилл 17 видов, в основном это представители 8 видов: L.rhamnosus, L.plantarum, L.fermentum, L.casei, L.brevis, L.buncheri, L.helveticus, L.salivarius. Общая численность – 200 штаммов. Также коллекция насчитывает 165 штаммов 20-ти видов бифидобактерий человека и животных. В коллекции представлены штаммы бифидобактерий, выделенные из микробиоты здоровых взрослых людей и детей, проживающих в центральном регионе России. Среди коллекции штаммов бифидобактерий и лактобацилл проведён скрининг продуцентов гамма-аминомасляной кислоты (ГАМК), серотонина, допамина и др. Выявлена видо- и штаммоспецифичность проявляемых признаков. Отобраны высокопродуктивные штаммы как потенциальный психобиотики. Создан каталог около 100 бактериальных ферментов, участвующих в метаболизме различных иммуномодулирующих, антиоксидантных и нейроактивных соединений. К этим фермент отобраны ортологи у бактерий, относящихся к 54 родам и составлен каталог аминокислотных последовательностей. Для этого был разработан алгоритм поиска ортологов.  Для поиска ортологов в исследуемых геномах разработан пайплайн. С использованием каталога ортологов и разработанного алгоритма был проведён поиск генов, кодирующих ферменты, участвующие в синтезе таргетных соединение, в геномах различных штаммов и видов бактерий рода Bifidobacterium и Lactobacillus из международной базы данных и сформированы коллекции.

Коллекция поддерживается и хранится  при помощи комплекта специального оборудования «КСОНМ-170», который включает в себя программируемый Криозамораживатель  Kryo 360, насос PUMP LNP4, контейнер для хранения в азоте Arpege 172 л, контейнер многоугольный Visotube, сосуды Дьюара различной емкости, подставки на колесах для сосудов, кельвинатор, лиофильную сушку, оргтехнику, морозильник, холодильник и необходимую мебель.

Лаборатория генетики микроорганизмов располагает комплексом необходимого оборудования и специальных боксов для работы с микроорганизмами и образцами микробиоты.

С использованием сравнительного геномного анализа и омиксных технологий отобраны уникальные штаммы с нейромодулирующей, антиоксидантной активностью и иммуномодулирующей активностью. Выявлена способность некоторых из них синтезировать белки и пептиды, по-видимому, определяющие их иммуномодулирующие и антиоксидантные свойства. То есть заложена основа для детального изучения их иммуномодулирующих и антиоксидантных свойств и создания фармабиотиков и метабиотиков следующего поколения. Одним из таких уникальных штаммов является Lactobacillus fermentum U21, Lactobacillus brevis.

Важным в научном и практическом плане результатом исследований пробиотических штаммов лактобацилл по свойствам их антиоксидантной активности было обнаружение штамма Limosilactobacillus (Lactobacillus) fermentum U21. обладающий высокой антиоксидантной активностью. В результате анализа белков культуральной жидкости штамма удалось идентифицировать белок и пептид, потенциально определяющие антиоксидантные свойства штамма (белок ClpB и пептид STpLfU21). Белок ClpB (76,7 кД), казеинолитическая пептидаза, ААА АТФ-зависимый шаперон. Белки этого типа вместе с DnaK, DnaJ и GrpE осуществляют рефолдинг и дезагрегацию белков. В культуральной жидкости штамма L. fermentum U21 в значительных количествах присутствует белок с м.м. 22кД, содержащий домен LysM, определяющий связывание с пептидогликанами и содержащий в своей структуре пептид STpLfU21 штамма L. fermentum U21 S - TTPATSTAATTTTSSS.

Впервые идентифицирован и охарактеризован видоспецифический оперон PFNA, встречающийся только у рода Bifidobacterium. Функция данного оперона предположительно связана с механизмом видоспецифической коммуникации бифидобактерий с иммунной системой организма-хозяина. Одним из ключевых генов кластера является ген fn3. Он кодирует белок, содержащий два фибронектиновых домена типа III (FN3), включающих в себя мотивы цитокиновых рецепторов. Была исследована способность фрагмента FN3-белка штамма B. longum GT15 специфически связываться с цитокинами человека. Показана способность фрагмента FN3-белка специфически связываться с TNFα. Продемонстрировано, что в присутствии провоспалительного цитокина TNFα в среде роста B. longum GT15 изменяется уровень транскрипции у ряда оперонов; в частности, усиливается экспрессия генов кластера PFNA, в том числе и гена fn3, кодирующего FN3-белок.

Даниленко В.Н. автор и создатель высокопроизводительных штаммов и технологий получения антибиотиков и фармабиотиков, диагностикумов различного назначения (разработки защищены патентами РФ), соавтор экспериментальных и обзорных статей в ведущих отечественных и зарубежных журналах. Большое внимание Даниленко В.Н. уделяет подготовке научных кадров. Под его руководством защищено 25 кандидатских диссертаций, из них 7 за последние 5 лет (2016 -2021). С 2013г. - является профессором кафедры Биоинформатики «Факультета медицинской и биологической физики» МФТИ. Читает курс лекций "Введение в метагеномику» (http://мфти.рф/education/chairs/bioinformatics/education/courses/bachelor_courses/introduction_to_metagenomics.html). В настоящее время в лаборатории генетики микроорганизмов под руководством Даниленко Валерия Николаевича выполняется ряд магистерских работ студентами МФТИ, МГУ им. Ломоносова, РУДН, МГУПП, РГАУ-МСХА. Даниленко В.Н. является членом редколлегии журналов «Вавиловский журнал генетики и селекции» г. Новосибирск, "Вестник РГМУ" г. Москва. Индекс Хирше - 17, общее количество публикаций по Scopus – 239, индекс цитируемости – 1462.

 

Международное сотрудничество:

В.Н. Даниленко имеет большой опыт сотрудничества с крупными фармкомпаниями в России и за рубежом. Участвуя в Межгосударственных научно – исследовательских программах и проектах имеет опыт работы в области биомедицинских исследований в первую очередь проблем туберкулеза и микробиоты человека со специалистами Франции, США, Китая, ЮАР, Германии, Болгарии и др. Имеет опыт организационной работы по проведению научных мероприятий: в 1989 – 2016 гг. был вице-президентом и президентом организационных комитетов ряда Международных симпозиумов и конгрессов, проводимых в странах Европы и России в том числе Российско – Американских и стран БРИКС.

В рамках программы Евросоюза FP6 был руководителем группы Российских лабораторий по теме "Protein kinases – Novel Drug Targets of Post Genomic Era". В 2011 г.

В.Н. Даниленко стал одним из инициаторов и организаторов Российско - Американского сотрудничества в области биомедицинских исследований. 16-18 ноябре 2011г. был проведен Российско – Американский научный форум по биомедицинским исследованиям. А в 2012г. два рабочих совещания: первое совещание 28-29 июня «Туберкулёз у больных ВИЧ-инфекцией: новые парадигмы, диагностика и создание лекарств» и 17-18 сентября

«Микробиом человека: метагеномика, новые биомаркеры заболевания, трансляционные исследования в персонализированной медицине». В 2013-2014 годах В.Н. Даниленко был со-руководителем в проекте «Токсины-антитоксины и RpsA в лекарственной устойчивости и персистенции микобактерий туберкулеза», выполнявшимся совместно проф. Йинг Джангом (Ying Zhang) из Университета Джонса Хопкинса.

В 2013 году при активном участии В.Н. Даниленко Россия вступила в Международный консорциум «TBResist: Международный консорциум по полногеномному секвенированию в составе нескольких российских институтов. Где В.Н. Даниленко стал Координатором российской группы консорциума ««TBResist: Международный консорциум по полногеномному секвенированию штаммов туберкулеза, устойчивого к лекарственным препаратам». В рамках данного консорциума проведено в июне 2014г в Москве российско-американского рабочего совещания «Вирулентность и множественная лекарственная устойчивость Mycobacterium tuberculosis: полногеномное секвенирование, эпидемиологические и биоинформатические аспекты. На сегодняшний день база данных консорциума включает более 1000 полногеномных последовательностей полностью охарактеризованных клинических изолятов M. tuberculosis, в том числе российских.

На сегодняшний день ведутся исследования проблем лекарственной устойчивости, вирулентности и филогенетики M. tuberculosis совместно с исследовательскими группами из США, ЮАР и КНР, и Евросоюза.

Осуществляется сотрудничество в рамках проекта РФФИ 2020-2022гг. "Анализ основных компонентов и изучение механизмов, определяющих антиоксидантные свойства бактерий Bifidobacterium longum и Lactobacillus brevis" с кафедрой биотехнологии Университета пищевых технологий Болгарии (Пловдив, Болгария).

В рамках сотрудничества союзного государства «Исследование микробиома человека и животных как источника генетических ресурсов для развития инновационных биотехнологий» подготовлена и согласуется на международном уровне концепция проекта с ФГБУ «Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт».

С 2017года по настоящее время сопредседатель организационного комитета и член наградного комитета Евразийского творческого форума https://ecuforum.kz/.

За последние годы проведено 3 мероприятия на базе Каспийского университета г.Алма-Ата «Биоресурсы и экология каспийского моря и его регионов». 27 января 2022г. состоялась Первая международная научно-практическая конференция «Биобезопасность жизнедеятельности человека и охрана окружающей среды», г.Алматы, Казахстан (http://www.forum.cu.edu.kz/).

 

Научно-организационная и общественная деятельность Даниленко В.Н.:

Ученый секретарь научно-координационного совета РАН «Биомедицинские и диагностические исследования» - руководитель вице-президент РАН Григорьев А.И. 2009-2016гг.

Член научно-технического Совета Минпромторга РФ «ФАРМА – 2020» 2010-2015гг.

 

В настоящее время сотрудники лаборатории являются исполнителями исследований в рамках следующих контрактов:

 

Российский Фонд Фундаментальных Исследований (РФФИ):

  1. Анализ основных компонентов и изучение механизмов, определяющих антиоксидантные свойства бактерий Bifidobacterium longum и Lactobacillus brevis» (2020-2022).
  2. Исследование функции системы токсин-антитоксин vapBC2 Mycolicibacterium smegmatis: РНКазная и шаперонная активность, участие в устойчивости к антибиотикам.» (2020-2022).

 

Минобрнауки:

  1. Роль регион-специфичных полиморфизмов генов вирулентности в формировании лекарственной устойчивости Mycobacterium tuberculosis. (2020-2022)
  2. Гос. задание – Выполнение научных исследований по теме «Генетические технологии в биологии, медицине, сельскохозяйственной и природохозяйственной деятельности». Руководитель - Столповский Ю.А. №0112-2019-0002
  • Подтема: Микробиом (микробиота) Российского человека: функционирование в экстремальных условиях, гены коммуникации и адаптации с организмом хозяина». Руководитель - Даниленко В.Н.
  • Подтема: «Генетический контроль лекарственной устойчивости и вирулентности микобактерий». 2019-2022. Руководитель - Даниленко В.Н.
  • 3. Гос. задание – Выполнение научных исследований по теме «Механизмы генетических процессов у микроорганизмов, растений, животных и человека». Руководитель - Абилев С.К.  №0092-2019-0007
  • Подтема: «Микробиом ЖКТ человека -функциональные биомаркеры для его характеристики в норме и патологии». Руководитель - Даниленко В.Н.

 

Российский научный фонд (РНФ):

  1. Поиск биомишеней потенциальных противотуберкулезных препаратов класса азоло[1,2,4,5]тетразинов. (2020-2022)
  2. Метагеномный анализ кишечной микробиоты людей с депрессивными расстройствами для выявления маркерных композиций генов. (2020-2022)

 

Из них международные:

«Analysis of the major components and study of the mechanisms determining the antioxidant properties of the bacteria Bifidobacterium longum and Lactobacillus brevis» (2020-2022).

 

В период 2017 – 2022 годы результаты НИР были доложены на таких крупных мероприятиях, как:

1. «Биотехнология: состояние и перспективы развития» IX международный конгресс -  2017г.

2. Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты: X Международная научная конференция, Минск, 5–9 июня 2017 г.

3. 2nd International Caparica Conference in Antibiotic Resistance. Caparica – Portugal. 12th – 15th June 2017.

4. XVI  Всероссийский научный Форум с международным участием имени академика В.И. Иоффе «Дни иммунологии в Санкт-Петербурге» /Медицинская иммунология. 2017

5. International multiconference Biotechnology for the future medicine, July 23-28, 2017, Новосибирск.

6. In silico characterization of functional signatures for neurotransmitter synthesis in intestinal microbiota of healthy human./ Симпозиум 2017

7. Priming for health: The relevance of the brain-gut communication IUPS-2017 Congress, 1-5 августа 2017, Brazil,Rio de Janeiro. Доклад

8. Научно-практическая конференция с международным участием. Ростов-на-Дону, 2–4 ноября 2017 г.

9. 42nd FEBS Congress, Jerusalem, Israel, 10-14 September 2017

10. Всероссийской научно-практической конференции фтизиатров с международным участием "Междисциплинарный подход в решении проблемы туберкулеза", Москва, 15 ноября 2017 г.

11.  Международный симпозиум по геномике. Минск. 21-23 ноября 2017 г.

12.  Selection of psychobiotics among Lactobacillus and Bifidobacterium strains isolated from the human gut. г. Килларни, Ирланлия           26-28 июня 2018г.

13.  Международный форум Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни. Секция Метагеномика и персонализированная медицина.  23-25 мая 2018 Москва

14.  Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Актуальные вопросы противотуберкулезной помощи в РФ: консолидация усилий в борьбе с туберкулезом», 31.05.2018, г. Москва.

15.  Международный  Симпозиум «Астана Биотех 2018».

16.  7th International Human Microbiome Consortium Meeting. Killarney, Ireland, 26-28 June, 2018.

17.  Всероссийский Конгресс по медицинской микробиологии, клинической микологии и иммунологии (XXI Кашкинские чтения). 6-8 июня 2018 г., Санкт-Петербург, Россия.

18.  Всероссийская научно-практической конференции с международным участием "Актуальные вопросы противотуберкулезной помощи в РФ: консолидация усилий в борьбе с туберкулезом", Москва, 1 июня 2018 г.

19.  43rd FEBS Congress, Прага, 7-12 июля 2018 г.

20.  Международная научно-практическая конференция «Молекулярная Диагностика 2018», 28 сентября 2018 г., Минск, Республика Беларусь.

21.  I Евразийском Творческом Форуме «Современная Евразия: Синтез науки и Искусства», 12 октября 2018 г., Алматы, Казахстан.

22.  Российско-Итальянская конференция, Круглый  стол “Проблема внутрибольничных инфекционных заболеваний и антибиотикорезистентности”, 16 апреля 2018, НИИ  им. Н. А. Семашко

23.  XI Международный конгресс НЕЙРОРЕБИЛИТАЦИЯ -2019, Симпозиум "Влияние микробиоты на нейродегенеративные и психические заболевания", 14 - 15 марта 2019, Москва

24.  Симпозиум "Влияние микробиоты на нейродегенеративные и психические заболевания", 14 - 15 марта 2019, Москва

25.  XI Международный конгресс НЕЙРОРЕБИЛИТАЦИЯ -2019, Симпозиум "Влияние микробиоты на нейродегенеративные и психические заболевания", 14 - 15 марта 2019, Москва

26.  I Национальный Конгресс с международным участием «Лабораторные технологии в репродуктивной медицине и неонатологии: от науки к практике» СЕКЦИЯ Диагностика нарушений микроценоза влагалища у женщин репродуктивного возраста, 22-23 апреля 2019, ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. Академика В.И. Кулакова» Минздрава России, Москва

27.  Конференция «Патофизиология, клиника и последствия нарушений микробиоты» 25 мая 2019, Москва, Россия

28.  IV Всероссийский Форуме «Наука Будущешго – Наука Молодых». 14-17 мая 2019 года, Сочи.

29.  2019 The Belt and Road & Developing Countries Workshop on Research Progress of Mycobacterial Diseases”, 3-19 июня 2019, Гуанчжоу, Китай.

30.  Международный научно-практический форум «Россия в веке: глобальные вызовы, риски и решения, Секция Научно-технологические решения в противодействии техногенным, биогенным, социокультурным угрозам, терроризму и идеологическому экстремизму, киберугрозам и иным источникам опасности для общества, экономики и государства, Москва, РАН, 5 июня 2019

31.  4-я Российская конференция по медицинской химии с международным участием МедХим-Россия 2019, 9-14 июня 2019 года, Уральский федеральный университет им. первого Президента России Б.Н.Ельцина - УрФУ, г.Екатеринбург

32.  The 44th FEBS Congress, 6-11 июля 2019 г., Краков, Польша.

33.  44th FEBS Congress, From Molecules to Living Systems, Krakow, Poland, July 6‐11, 2019.

34.  Международный конгресс «VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы», 18-22 июня 2019 г., Санкт-Петербург.

35.  Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего», секции Микробиом человека – ключевые биомаркеры и путы коррекции, 29.06-2.07. 2019, г. Новосибирск

36.  6th International Forum on Clinical Microbiology and Infectious Diseases2019 год, 18-20 октября, Шанхай, Китай,

37.  The 22nd Word Conference on Oxidative Stress Reduction, Redox Homeostasis & Antioxidants. Virtual congress. October 8-9, 2020

38.  Научно-практическая конференция «Психическое здоровье человека и общества. Актуальные междисциплинарные проблемы» Москва, 2020

39.  Форум «Актуальные вопросы медицинского права» РУДН,  Москва, 2020

40.  III Национальный Конгресс с международным участием «Лабораторные технологии в репродуктивной медицине и неонатологии: от науки к практике» 2 апреля 2021, Москва, Россия

41.  Республиканская научно-практическая конференция с международным участием «LIFE AFTER COVID-19», 24 апреля 2021 г.

42.  ICOBM-2021 2021 год, 01-06 июня, Ростов-на-Дону, Россия

43.  World Microbe Forum 20-24 June 2021

44.  The 45th FEBS Congress, 3-8 июля 2021 г., Любляна, Словения.

45.  Научно-практическая конференция с международным участием "Исследования и инновации в современной фтизиатрии", 16-17 сентября 2021 г., г. Новосибирск, Россия.

46.  Конференция «Исследования и инновации в современной фтизиатрии» 6-17 сентября 2021 г., Новосибирск, Россия

47.  Онлайн конференция «Инновационные технологии в неврологии и смежных специальностях», 6 октября 2021г.

48.  Заседание подкомитета по разработке, производству, применению функциональных и специализированных пищевых продуктов. Москва, декабрь 2021г.

49.  Международная научная конференция «Преобразование геномов. X Жебраковские чтения - 2021» Минск, Беларусь 07.12.2021г.

50.  I Международная научно-практическая конференция "Современные достижения в области апидологии". ‒ Уфа: ФГБОУ ВО «БГПУ им. М. Акмуллы», 2021.

51.  5-ая Международная научно-практическая конференция "Пчеловодство холодного и умеренного климата" / Еськов Е. К. ‒ Москва-Псков: ФГБОУ ВО «Российский государственный аграрный заочный университет», 2021.

 

Перечень конференций, в которых организатором секций по их проведению является Даниленко В.Н:

  1. Круглый стол «Микробиом (микробиота) человека в норме и патологии» в рамках X Международной научной конференции «Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты», Минск 5-9 июня 2017г.
  2. Рабочее совещание «Туберкулез в странах БРИКС и УврАзЭС: инновационные подходы решения проблем» 13 октября 2017 ИОГен РАН
  3. Научная секция «Новые парадигмы и перспективы разработки противотуберкулезных антибиотиков, генно-инженерных вакцин и их адъювантов в России» в рамках VI Конгресса Национальной Ассоциации Фтизиатров «Современные направления развития фтизиатрии: научные разработки, междисциплинарная интеграция, итоги и перспективы», г. Санкт- Петербург, 25 октября 2017г.
  4. Цикл семинаров «CRISPR-Cas системы у бактерий: эволюция, новые функции, поиски аналогов, использование для геномного редактирования» 8 февраля 2018 г, ИОГен РАН
  5. Семинар "Микробиота ЖКТ и психические расстройства" 9 февраля в 13:00, ФГБУ «НМИЦ ПН им. В.П. Сербского» г. Москва, Кропоткинский пер., д.23
  6. Руководитель секции Метагеномика и персонализированная медицина Международного форума Биотехнология: состояние и перспективы развития. 23-25 мая 2018г. Москва, Гостиный Двор, Ильинка,4
  7. Член оргкомитета Всероссийской научно-практической конференции с международным участием "Актуальные вопросы противотуберкулезной помощи в РФ: консолидация усилий в борьбе с туберкулезом" Сопредседатель симпозиума «Новые механизмы лекарственной устойчивости, вирулентности и другие аспекты эволюции M. tuberculosis в эпоху антибиотиков и глобализации»
  8. I Евразийский Творческий Форум «Современная Евразия: Синтез Науки и Искусства» 12 октября 2018, г. Алматы, Казахстан http://ecuforum.kz/
  9. Секция Генетика «Микробиом человека, проблема лекарственной устойчивости, фармабиотики: перспективы, правовые вопросы регулирования» Форума «Актуальные вопросы медицинского права» РУДН 16-19 февраля 2021года
  10. Секция «Микробиом – источник фармакологически активных нутриентов» Конференции Beneficial Microbes
  11. Первая международная научно-практическая конференция «Биобезопасность жизнедеятельности человека и охрана окружающей среды». 27.01.2022г. г.Алматы, Казахстан, онлайн

 

СПИСОК основных публикаций Даниленко В.Н. c 2017 – 2022 гг.

2017

1.         Mikheecheva N.E., Zaychikova M.V., Melerzanov A.V., Danilenko V.N. A nonsynonymous SNP catalog of Mycobacterium tuberculosis virulence genes and its use for detecting new potentially virulent sublineages //Genome Biology and Evolution, 2017, 9(4), 887-899,  https://doi.org/10.1093/gbe/evx053, Q 1, SJR 2,578; IF 4,1 [PMID: 28338924]

2018

2.         Marsova M.V., Abilev S.K., Poluektova E.U., Danilenko V. N. A bioluminescent test system reveals valuable antioxidant properties of lactobacillus strains from human microbiota // World Journal of Microbiology and Biotechnology, 2018, 34(2), 27, https://doi.org/10.1007/s11274-018-2410-2, Q 2; SJR 0,743; IF 2.8 [PubMed: 29344877]

3.         Nezametdinova V.Z. Mavletova D.A., Alekseeva M.G., Chekalina M.S., Zakharevich N.V., Danilenko V.N. Species-specific serine-threonine protein kinase Pkb2 of Bifidobacterium longum subsp. longum: Genetic environment and substrate specificity //Anaerobe, 2018, 51, 26-35, https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2018.03.003, Q 2; SJR 1.08; IF 2.84 [PMID: 29534913]

4.         Klimina, K.; Poluektova E.; Kudryavtseva A.; Kasianov A.; Danilenko V. Type II toxin-antitoxin systems for metagenomic studies // FEBS OPEN BIO, 2018, ‏ 8(1), 451-451, DOI: 10.1002/2211-5463.12453, WOS:000437674105132, Q 2; SJR 0.746; I F: 2,36 https://apps.webofknowledge.com/full_record.do?product=WOS&search_mode=GeneralSearch&qid=6&SID=E4dM5OfMHe9aXlk8Aax&page=4&doc= 38

5.         Maslov D. A.; Shur, K. V.; Vatlin, A. A.; Bekker, O. B.; Korotina, A. V.; Rusinov G. L.; Charushin, V. N.; Danilenko, V. N. Search for azolo[1,2,4,5]tetrazines biotargets in mycobacteria // FEBS OPEN BIO, 2018, 8(1), 263-263, WOS:000437674103174 , Q 2; SJR 0.746; I F: 2,36 https://apps.webofknowledge.com/full_record.do?product=WOS&search_mode=GeneralSearch&qid=6&SID=E4dM5OfMHe9aXlk8Aax&page=4&doc=36

6.         Chekalina, M.; Danilenko, V. Study of the PFNA cluster in bifidobacteria: structure, evolution and possible functions // FEBS OPEN BIO, 2018, 8(1), 381-382, WOS:000437674104224, Q 2; SJR 0.746; I F: 2,36 https://apps.webofknowledge.com/full_record.do?product=WOS&search_mode=GeneralSearch&qid=6&SID=E4dM5OfMHe9aXlk8Aax&page=4&doc=37

7.         Omelchuk O.; Mavletova D.; Koshenko T.; Lysenkova L.; Bekker O.; Vatlin A.; Danilenko V.; Shchekotikhin A. ATP-synthase inhibition by semi-synthetic oligomycin A derivatives // FEBS OPEN BIO, 2018, 8(1), 487-487 WOS:000437674105246, Q 2; SJR 0.746; I F: 2,36 https://apps.webofknowledge.com/full_record.do?product=WOS&search_mode=GeneralSearch&qid=6&SID=E4dM5OfMHe9aXlk8Aax&page=4&doc=39

2019

8.         Dyachkova MS, Chekalin EV, Danilenko VN. Positive Selection in Bifidobacterium Genes Drives Species-Specific Host-Bacteria Communication // Frontiers in Microbiology 2019, 10, 2374, https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.02374 eCollection 2019, Q 1; SJR 1.63; IF 4.019 [PMID: 31681231]

9.         Liu J., Shi W., Zhang S., Hao X., Maslov D.A., Shur K.V., Bekker O.B., Danilenko V.N., Zhang Y. Mutations in efflux pump Rv1258c (Tap) cause resistance to pyrazinamide, isoniazid and streptomycin in M. tuberculosis // Frontiers in Microbiology, 2019,10, 216, https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00216 Q 1, SJR 1.21; I F 4.259 [PMID: 30837962]

10.       Maslov DA, Korotina AV, Shur KV, AA. Vatlin, Bekker OB, Tolshchina SG, Ishmetova RI, Ignatenko NK, Rusinov GL, Charushin VN, Danilenko VN. Synthesis and antimycobacterial activity of imidazo[1,2-b][1,2,4,5]tetrazines. // European Journal of Medicinal Chemistry, 2019, 178, 39-47, https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2019.05.081, Q 1; SJR 1.21; IF 4.83 [PMID: 31176094]

11.       Fetissov S.O., Averina O.V., Danilenko V.N. Neuropeptides in the microbiota-brain axis and feeding behavior in autism spectrum disorder // Nutrition, 2019, 61, 43-48,

https://doi.org/10.1016/j.nut.2018.10.030, Q 2, SJR 2.18; I F 3.568  [PMID: 30684851]

12.       Klimina KM, Kasianov AS, Poluektova EU, Emelyanov KV, Voroshilova VN, Zakharevich NV, Kudryavtseva AV, Makeev VJ, Danilenko VN. Employing toxin-antitoxin genome markers for identification of Bifidobacterium and Lactobacillus strains in human metagenomes. // PeerJ, 2019., 2019(3),e6554, DOI: 10.7717/peerj.6554,  Q 2; SJR1.04 ; IF 2.118 [PMID: 30863681]

13.       Alekseeva M.G., Boyko K.M., Nikolaeva A.Yu, Mavletova D.A., Rudakova N.N., Zakharevich N.V., Korzhenevskiy D.A., Ziganshin R.H., Popov V.O., Danilenko V.N. Identification, functional and structural characterization of novel aminoglycoside phosphotransferase APH(3'')-Id from Streptomyces rimosus subsp. rimosus ATCC 10970. // Archives of Biochemistry and Biophysics, 2019, 671,111-122, https://doi.org/10.1016/j.abb.2019.06.008 Q 2, SJR 1.15; IF 3.118 [PMID: 31251922]

14.       Klimina KM, Batotsyrenova EG, Yunes RA, Gilyaeva EH, Poluektova EU, Kostrova TA, Kudryavtseva AV, Odorskaya MV, Kashuro VA, Kasianov AS, Ivanov MB, Danilenko VN. The effects of desynchronosis on the gut microbiota composition and physiological parameters of rats. // BMC Microbiology 2019 Jul 12; 19(1),160, https://doi.org/10.1186/s12866-019-1535-2 Q 2; SJR 1.27; IF 3.287 [PMID: 31299889]

15.       Lysenkova LN, Saveljev OY, Omelchuk OA, Zatonsky GV, Korolev AM, Grammatikova NE, Bekker OB, Danilenko VN, Dezhenkova LG, Mavletova DA, Scherbakov AM, Shchekotikhin AE. Synthesis, antimicrobial and antiproliferative properties of epi-oligomycin A, the (33S)-diastereomer of oligomycin A // Natural Product Research, 2019 May 10,1-9, DOI: 10.1080/14786419.2019.1608540, Q 2; SJR 0.602; IF 1.999 [PMID: 31075992]

16.       Maslov D.A., Shur K.V., Vatlin A.A., Danilenko V.N. MmpS5/MmpL5 efflux pump provides imidazo[1,2-b][1,2,4,5]tetrazine resistance to Mycobacterium smegmatis. // FEBS Open Bio 2019; 9 (Suppl. 1), 118, WOS:000486972401157, Q 2; SJR 0.74; IF 2.126 https://apps.webofknowledge.com/full_record.do?product=WOS&search_mode=GeneralSearch&qid=6&SID=E4dM5OfMHe9aXlk8Aax&page=3&doc=21

2020

17.       Klimina K.M., Voroshilova V.N., Poluektova E.U., Veselovsky V.A., Yunes R.A., Kovtun A.S., Kudryavtseva A.V., Kasianov A.S., Danilenko V.N. Toxin-antitoxin systems: a tool for taxonomic analysis of human intestinal microbiota. // Toxins.,2020, 12(6), 388; https://doi.org/10.3390/toxins12060388, Q 1, IF 3.895 [PMID: 31677091]

18.       Veselovsky V.A., Dyachkova M.S., Menyalo EA., Polyeva P.S., Olekhnovich E.I., Shitikov E.A., Bespiatykh D.A., Semashko T. A., Kasianov A.S., Ilina E.N., Danilenko V.N., Klimina K.M. Gene networks underlying the resistance of Bifidobacterium longum to inflammatory factors // Frontiers in Immunology 2020, 16, https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.595877,  Q 1; IF 6.43; SJR 2.12

19.       Averina O.V., Zorkina Y.A., Yunes R.A., Ushakova V.M., Morozova A.Yu., Kostyuk G.P., Danilenko V.N., Chekhonin V.P. Bacterial Metabolites of Human Gut Microbiota Correlating with Depression // International Journal of Molecular Sciences. 2020, 21(23), 9234; https://doi.org/10.3390/ijms21239234  (registering DOI), Q1; IF 4,5; SJR 1.32 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33287416/

20.       Marsova M., Odorskaya M., Novichkova M., Polyakova V., Abilev S., Kalinina E., Shtil A., Poluektova E., Danilenko V. The Lactobacillus brevis 47 f Strain Protects the Murine Intestine from Enteropathy Induced by 5-Fluorouracil // Microorganisms 2020, 8(6): 1-14, 876; https://doi.org/10.3390/microorganisms8060876, Q 2; SJR 0.224; IF 4.167

21.       Maslov DA, Shur KV, Vatlin AA, Danilenko VN. MmpS5-MmpL5 Transporters Provide Mycobacterium smegmatis Resistance to imidazo[1,2-b][1,2,4,5]tetrazines // Pathogens. 2020, 9(3):166. https://doi.org/10.3390/pathogens9030166. Q 2; SJR 1.216; IF 3.31 [PMID: 32121069]

22.       Yunes R.A., Poluektova, E.U., Vasileva E.V., Odorskaya M.V., Marsova M.V., Kovalev G.I., Danilenko V.N. A Multi-strain Potential Probiotic Formulation of GABA-Producing Lactobacillus plantarum 90sk and Bifidobacterium adolescentis 150 with Antidepressant Effects //Probiotics and Antimicrobial Proteins 2020.12(3), 973-979, https://doi.org/10.1007/s12602-019-09601-1, Q 2; SJR 0.72; IF 3.05 [PMID: 31677091]

23.       Vatlin, A.A., Bekker, O.B., Lysenkova, L.N., Shchekotikhin, A.E., Danilenko, V.N. Bioinformatics analysis of genes of Streptomyces xinghaiensis (fradiae) ATCC 19609 with a focus on mutations conferring resistance to oligomycin A and its derivatives //Journal of Global Antimicrobial Resistance, 2020, 22, 47-53, https://doi.org/10.1016/j.jgar.2020.01.026, Q 2; IF 2,706; SJR 0,762 [PMID: 32061812]

2021

24.       Frolova S.G., Klimina K.M., Kumar R., Vatlin A.A., Salunke D.B., Kendrekar P., Danilenko V.N., Maslov D.A. Identification of mutations conferring tryptanthrin resistance to mycobacterium smegmatis // Antibiotics, 2021, 10(1), стр. 1–10, doi:10.3390/antibiotics10010006, Q1; IF 2.921 ; SJR 1.173 https://www.scopus.com/record/display.uri?eid=2-s2.0-85098773850&origin=resultslist

25.       Vatlin A.A., Shitikov E.A., Shahbaaz M., Bespiatykh D.A., Klimina K.M., Christoffels A., Danilenko V.N. and Maslov D.A. Transcriptomic Profile of Mycobacterium smegmatis in Response to an Imidazo[1,2-b][1,2,4,5]tetrazine Reveals Its Possible Impact on Iron Metabolism // Front. Microbiol. 2021, 12:724042. doi: 10.3389/fmicb.2021.724042. Q1 Impact Factor 4.446

26.       Nezametdinova VZ, Yunes RA, Dukhinova MS, Alekseeva MG, Danilenko VN. The Role of the PFNA Operon of Bifidobacteria in the Recognition of Host’s Immune Signals: Prospects for the Use of the FN3 Protein in the Treatment of COVID-19. International Journal of Molecular Sciences. 2021 Jan;22(17):9219. IF=5.9 , Q2.

27.       Averina, O. V.;  Poluektova, E.U.; Marsova, M.V.; Danilenko, V. N. Biomarkers and Utility of the Antioxidant Potential of Probiotic Lactobacilli and Bifidobacteria as Representatives of the Human Gut Microbiota. Biomedicines 2021, 9, 1340. https://doi.org/10.3390/biomedicines9101340  IF.6,  Q1

28.       Poluektova E, Yunes R, Danilenko V. The Putative Antidepressant Mechanisms of Probiotic Bacteria: Relevant Genes and Proteins. Nutrients. 2021 May;13(5):1591. IF= 4.5, Q1.

29.       Danilenko, V.N., Devyatkin, A.V., Marsova, M.V., Shibilova, M.U., Ilyasov, R.A., Shmyrev, V.I., 2021. Common inflammatory mechanisms in COVID-19 and Parkinson’s diseases: the role of microbiome and probiotics in their prevention. Journal of Inflammation Research 2021 Nov 30;14:6349-6381. doi: 10.2147/JIR.S333887. eCollection 2021. IF= 6,92, Q1.

30.       Olekhnovich E., Batotsyrenova E., Yunes R., Kashuro V., Poluektova E., Veselovsky V., Ilina E., Danilenko V. and Ksenia M. Klimina. The efects of Levilactobacillus brevis on the physiological parameters and gut microbiota composition of rats subjected to desynchronosis. Microb Cell Fact. 2021 Dec 20;20(1):226. doi:10.1186/s12934-021-01716-x. Q1 IF 4,9

2022

31.       Buravchenko G.I., Maslov D.A., Alam M.S., Grammatikova N.E., Frolova S.G., Vatlin A.A., Tian X., Ivanov I.V., Bekker O.B., Kryakvin M.A., Dontsova O.A., Danilenko V.N., Zhang T., Shchekotikhin A.E. Synthesis and Characterization of Novel 2-Acyl-3-trifluoromethylquinoxaline 1,4-Dioxides as Potential Antimicrobial Agents // Pharmaceuticals. 2022, 15(2), 155; https://doi.org/10.3390/ph15020155 IF= 5,67, Q1.

32.       Shahbaaz M., Maslov D.A., Vatlin A.A., Danilenko V.N., Grishina M., Christoffels A. Repurposing based identification of novel inhibitors against MmpS5-MmpL5 efflux pump of Mycobacterium smegmatis: A combined in silico and in vitro study // Biomedicines. 2022, 10(2), 333; https://doi.org/10.3390/biomedicines10020333 (IF=6.081, Q1)

33.       I.A. Lutsenko, D.E. Baravikov, K.A. Koshenskova, M.A. Kiskin, Y.V. Nelyubina, P.V. Primakov, Y.K. Voronina, V.V. Garaeva, D.A. Aleshin, T.M. Aliev, V.N. Danilenko, O.B. Bekker, I.L. Eremenko. What are the prospects for using complexes of copper(II) and zinc(II) to suppress the vital activity of Mycolicibacterium smegmatis? RSC Advances Issue 9, 2022, Issue in Progress IF=3,39, Q1

 

Новости и объявления

1. 27 января 2022г. состоялась Первая международная научно-практическая конференция «Биобезопасность жизнедеятельности человека и охрана окружающей среды», г.Алматы, Казахстан.

Презентация доклада В.Н.Даниленко "Биобезопасность жизнедеятельности человека через призму микробиом кишечника".

С презентацией Валерия Николаевича Вы можете ознакомиться на сайте http://vigg.ru/fileadmin/user_upload/Danilenko_2022.pdf

 

2. 7 декабря (Вторник) 2021г. в г.Минск в Большом зале Президиума НАН Беларуси состоялась Международная конференция «Преобразование геномов. X Жебраковские чтения-2021 г». С пленарным докладом на тему «Микробиом. Фармабиотики. Нутригеномика. Перспективы использования в постковидную эру» выступил заведующий лабораторией генетики микроорганизмов Института общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН, д.б.н., профессор Даниленко Валерий Николаевич.

С программой конференции и с презентацией Валерия Николаевича Вы можете ознакомиться на сайте http://vigg.ru/fileadmin/user_upload/Programma_Prezentacija_Minsk.pdf