Лаборатория генетики микроорганизмов

 

 

Новости и объявления

 

Заведующий лабораторией, Заведующий отделом генетических основ биотехнологии, Профессор Факультета медицинской и биологической физики, кафедры биоинформатики МФТИ ( http://mipt.ru/education/chairs/bioinformatics/), Ученый секретарь совета по координации научных исследований по направлению "Медицинские техника, технологии и фармацевтика" РАН, доктор биологических наук, профессор Даниленко Валерий Николаевич (Научная биография).

тел: (499) 135-41-94 (499) 135-30-56

e-mail: valerid(at)vigg.ru

 

 

Направления исследований:

 

- Исследования в области популяционной генетики микробной экосистемы человека: от пробиотических коменсалов Lactobacillus и Bifidobacterium до латентных форм сосуществования Mycobacterium;

 

- Изучение взаимодействия (коммуникаций) микробиом - мозг человека;

 

- Выявление роли сигнал-передающих систем серин-треониновых протеинкиназ (СТПК) и стресс-адаптивных систем токсин-антитоксин в адаптации к функционированию в конкретных эконишах индивидуума и популяции человека;

 

- Идентификация и характеристика генетического полиморфмизма генов СТПК и генов систем токсин-антитоксин в различных этно-региональных популяциях человека;

 

- Установление новых генетических механизмов взаимодействия коменсальных и некоменсальных бактерий с организмом  человека;

 

- Разработка биомишеней и тест-систем для отбора новых молекул – кандидатов в социально-значимые лекарства.

 

Сотрудники лаборатории


Структура лаборатории:

 

  1. Группа генетики микобактерий
  2. Группа генетики лактобацилл
  3. Группа сравнительной геномики бифидобактерий
  4. Группа клеточных технологий для скрининга
  5. Группа разработки биомишеней и тест-систем
  6. Группа скрининга in vitro
  7. Группа биоинформатики

 

Результаты сотрудничества лаборатории с другими институтами (НИИНА РАМН, ИОС УрО РАН, АНО «НИЦ «БИОАН», ЦНИИТ РАМН, НИОХ СО РАН им. Н.Н.Ворожцова, «Тверская государственная медицинская академия» Министерства здравоохранения Российской Федерации):

 

Синтезированы сотни новых веществ многих групп: бензодиазины, бензофталазины, карбораны, циклопентендионы, индолилмалеимиды, пиридазины, пиразолы, хиноксалины, тиазолы, тиазолтетразины;

 

Создана уникальная технологическая панель для скрининга лекарств для лечения социально значимых заболеваний человека;

 

Отобраны хит-соединения и мид-соединения перспективные для лечения онкологических, инфекционных  заболеваний и др.

 

Создана и охарактеризована коллекция пробиотических  штаммов лактобацилл и бифидобактерий для создания на их основе фармпрепаратов

 

С 2008 по настоящее время сотрудники лаборатории являются исполнителями исследований в рамках контрактов с  Минпромторгом России, Минобрнауки России, РФФИ, Российской академией наук:

 

Грант РФФИ

  1. «Структурно-функциональная характеристика серин-треониновых протеинкиназ актинобактерий - биомишеней для создания новых противоинфекционных лекарств» (2009-2010)
  2. «Биомишень-направленный скрининг противоинфекционных лекарств нового поколения на основе ингибиторов серин-треониновых протеинкиназ Mycobacterium tuberculosis» (2009-2010)
  3. «Разработка тест-системы диагностики штаммов пробиотических бактерий родов  Bifidobacterium и Lactobacillus, несущих гены адаптации к стрессовым условиям системы токсин-антитоксин» (2009-2010)
  4. «Разработка новой тест-системы для скрининга противотуберкулезных препаратов с использованием Mycobacterium smegmatis как рабочей модели» (2011-2012)

 

Минобрнаука

  1. «Разработка технологий универсального быстропереориентируемого производства заквасок прямого внесения для биотехнологической  промышленности» (2008-2010)
  2. «Создание новых мишень-специфических ингибиторов F0F1АТФсинтаз человека и бактерий» (2009-2010)
  3. «Получение кристаллов и рентгеноструктурные исследования аминогликозид-фосфотрансферазы тип VIII (Aph VIII), ключевого элемента тест-систем для скрининга ингибиторов серин-треониновых протеинкиназ» (2011-2012)
  4. «Доклинические исследования лекарственного препарата на основе комплекса бифидобактерий, лактобацилл и энтереккоков с установленной последовательностью генома для лечения неспецифического язвенного колита» (2014-2015)

 

Минпромторг

  1. «Доклинические исследования противотуберкулезного лекарственного средства, ингибитора микобактериальных протеинкиназ» (2011-2013)
  2. «Доклинические исследования полусинтетического противоопухолевого антибиотика группы макролактанов» (2011 -2013)
  3. «Доклинические исследования противолейкозного лекарственного средства – ингибитора протеинкиназы Pim-1»(2011-2013)
  4. «Доклинические исследования противотуберкулезного лекарственного средства на основе полусинтетических производных усниновой кислоты»  (2012-2014)
  5. «Доклинические исследования лекарственного средства – ингибитора топоизомераз на основе производного антрафурандиона для терапии резисистентных гемобластозов и солидных опухолей» Шифр «2.1 Топоизомеразы 2012» (2012-2014)
  6. «Доклиническая разработка нового ДНК-связывающего соединения на основе имидазолотетразина для терапии злокачественных лимфом». Соисполнитель.  (2013-2015)
  7. «Доклинические исследования лекарственного средства - мультикиназного ингибитора на основе алкильного катионного глицеролипида для терапии лейкозов». Соисполнитель. (2013-2015)
  8. «Доклинические исследования лекарственного средства на основе селективного ингибитора серин-треониновой протеинкиназы для лечения онкологических заболеваний» (2013-2015)
  9. «Доклинические исследования лекарственного средства- ингибитора IRAK-4 киназы для лечения аутоиммунных и хронических воспалительных заболеваний» (2013-2015)

 

Российская академия наук

 

  1. «Поддержка инноваций и разработок» «Создание  новой технологической платформы конструирования продуцентов макролидных антибиотиков» (2008г)
  2. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН «Фундаментальные науки – медицине» Механизмы усиления программированной гибели актинобактерий при мишень-направленном ингибировании серин-треониновых протеинкиназ эукариотического типа  (2009г.)
  3. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН «Фундаментальные науки – медицине» Роль протеинкиназ С в контроле продолжительности жизни: фермен-специфичные ингибиторы как потенциальные геропротекторы и инсектициды. (2009г.)
  4. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН «Фундаментальные науки – медицине»  Конструирование тест-системы и скрининг ингибиторов серин-треониновой протеинкиназы Streptomyces Pk17 – модуляторов программированной гибели актинобактерий (2010-2011гг.)
  5. Программа фундаментальных исследований Президиума РАН «Фундаментальные исследования для разработки биомедицинских технологий» Разработка экспериментального образца набора диагностикумов для идентификации видов и внутривидового разнообразия лактобацилл и бифидобактерий в микробиоте кишечника человека методом мультилокусного секвенирования (2014 -2016)

 

Международные

  1. Программа Евросоюза FP6 "Protein kinase - novel drug targets of post genomic era" ("протеинкиназы - новые мишени для лекарственных препаратов в пост-геномную эпоху")  Optimization of the bacterial test system and the pre-screening of serine/threonine protein kinase inhibitors ( both synthetic and natural including bacteria derived agents) (2007-2009)
  2. Грант РФФИ NIH (США-Россия) «Токсины-антитоксины и RpsA в лекарственной устойчивости и персистенции микобактерий туберкулеза» (2013-2014)

 

 

 

В период 2009 – 2014 годы результаты НИР были доложены на таких крупных мероприятиях, как:

 

Рабочее совещание "Состояние и перспективы развития науки о пробиотиках: вклад в поддержание здоровья населения России", Москва, ИОГен РАН, 18 марта 2009.

 

V Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, СИМПОЗИУМ "ГЕНЕТИКА И СЕЛЕКЦИЯ МИКРООРГАНИЗМОВ", Москва, 21 июня - 27 июня 2009.

 

Protein Kinase Research Annual meeting and General Assembly, Helsinki, 1.-5.7.2009.

 

14-й Европейский конгресс по биотехнологии, Барселона (Испания), 13-16 сентября 2009.

 

IV Национальный конгресс "Приоритеты развития экономики. Модернизация и технологическое развитие экономики России", Москва, 8 октября 2009.

 

Парламентские слушания "О совершенствовании законодательного обеспечения биотехнологической отрасли промышленности", Москва, 15 октября 2009.

 

XXXII International Congress of the Society for Microbial Ecology and Disease, St. Petersburg, Russia, October 28-30, 2009.

 

XVII Российский национальный конгресс "Человек и лекарство", Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств", 12 апреля 2010.

 

Научно-практическая конференция МЕДБИОТЕК-5 "Национальная сеть биологического скрининга (НСБС)" в рамках 2-го Международного конгресса "ЕвразияБио", Москва, 13 апреля 2010.

 

Joint Meeting of Russian Academy of Sciences and Massachusets Institute of Technology (USA), Moscow,     Russia, June 15, 2010.

 

US-Russia Scientific Forum Planning Meeting, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia, April 25-26, 2011.

 

ISTC Workshop, Canada , 7-9 August  2011.

 

Minisymposium  Antibiotic resistome in the food chain Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology (HKI), Jena, Germany, 11 October  2011.

 

U.S. – Russia Scientific Forum Meeting, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia, November 16-18, 2011.

 

International Human Microbiome Congress, Paris, France, March 19-21, 2012 .

 

US-RU Workshop “TB in AIDS-Infected Individuals: New Paradigm, Diagnosis and Drug Development” Within US-RU Scientific Forum for Biomedical Research, Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, June 28-29, 2012.

 

US-RU joint workshop “Human Microbiome: Metagenomics, New Biomarkers of Disease, Translational Research in Personalized Medicine” within US-RU Scientific Forum for Biomedical Research Vavilov Institute of General Genetics, Moscow, September 17-18, 2012.

 

Конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине», Казанский (Приволжский) федеральный университет, г. Казань, 22 - 24 ноября 2012.

 

Second International Scientific Conference “REGENERATIVE MEDICINE & HEALTHY AGING”, Astana, Kazakhstan, November 1-2, 2012.

 

International Conference “High-Throughpup Sequencing in Genomics” HSG, Russia, Novosibirsk, 21.07.2013.

 

«The 5th Congress of European Microbiologists»,Germany, Leipzig, 21.07.2013.

 

«38th FEBS Congress» Россия, Санкт-Петербург, 06.07.2013.

 

«19 Российско-Американской симпозиум по биотехнологии в промышленности, сельском хозяйстве и здравоохранении», США, Филадельфия, 11.03.2014.

 

Уральский Научный Форум «Современные проблемы органической химии», Россия, Екатеринбург, 08.06.2014

 

 

Достижения

1. В качестве примера успешной работы сотрудников лаборатории можно привести сконструированную панель бактериальных высокопроизводительных тест-систем для скрининга ингибиторов серин-треониновых протеинкиназ – основу мишень-направленного поиска химических соединений, потенциальных лекарственных препаратов. Метод основан на принципе модуляции активности фермента аминогликозидфосфотрансферазы VIII (APHVIII) путем его фосфорилирования.

 

2. Сотрудниками лаборатории  осуществлена структурная классификация серин-треониновых протеинкиназ Mycobacterium tuberculosis. Обнаружено, что серин-треониновые протеинкиназы М. tuberculosis располагаются в шести из двадцати групп филогенетического дерева грамм-положительных бактерий, построенного на основании гомологии каталитического домена 471 серин-треониновой протеинкиназы.

 

3. Впервые идентифицированы и охарактеризованы системы токсин-антитоксин II типа у бифидобактерий и лактобацилл

 

4. Секвенированы и анатированы геномы четырех штаммов лактобацилл, двух  бифидобактерий и одного стрептомицетов (№ депонирования в GenBank № SUB167727, № SUB168082, ATCC 19609 SUB524340, GT15 SUB167727, 51B SUB520601, K32 SUB524379 в NCBI)

 

5. Установлена кристаллическая структура (3Д) аминогликозид фосфотрансферазы aph VIII ( № депонирования 4Н05 в PDB )

 

6.Установлена специфичность иммуномодулирующей активности у различных штаммов лактобацилл

 

 

 

 

Основные публикации 2008 – 2016 гг:

2008

 

1. Беккер О.Б.,  Елизаров С.М.,  Алексеева М.Г., Любимова И.К.,  Даниленко В.Н. Ca2+ - зависимая модуляция устойчивости к антибиотикам у Streptomyces lividans 66 и  Streptomyces coelicolor А3(2)./ Микробиология. 2008. Т.77. №5. С.630-638.

elibrary.ru/item.asp

 

2. Симонов А.Ю., Лакатош С.А.,  Лузиков Ю.Н., Резникова М.И.,  Сусова О.Ю., Штиль А.А., Елизаров С.М., Даниленко В.Н., Преображенская М.Н. Синтез 4-замещенных 3-(3-(диалкиламинометил)индол-1-ил)малеинимидов и изучение их способности ингибировать протеинкиназу С-а, предотвращать развитие множественной лекарственной устойчивости опухолевых клеток и цитотоксичности . / Известия Академии наук. Серия химическая. 2008. № 9. С.1977-1985

elibrary.ru/item.asp

 

3. Danilenko V., Simonov A., Lakatosh S., Kubbutat M., Totzke F., Schaechtele C., Elizarov S., Bekker O., Printsevskaya S., Luzikov Y., Reznikova M., Shtil A., Preobrazhenskaya M. Search for Inhibitors of Bacterial and Human Protein Kinases Among Derivatives of Diazepines[1,4] Annelated with Maleimide and Indole Cycles / Journal of Medicinal Chemistry. 2008. V.51.  P.7731-7736.  doi.10.1021

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19053831

 

4. Лакатош С.А. Создание новых ингибиторов протеинкиназ для преодоления лекарственной устойчивости инфекций и злокачественных опухолей. Преображенская М.Н., Штиль А.А., Даниленко В.Н. Российский биотерапевтический журнал.2008. Т.7. № 2.С.23-24.

elibrary.ru/item.asp

 

2009

 

5. Алексеева М.Г., Елизаров С.М., Беккер О.Б., Любимова И.К., Даниленко В.Н. F0F1–АТР-синтаза стрептомицетов: модулирование активности и чувствительности к олигомицину серин-треониновыми протеинкиназами  / Биологические мембраны. 2009. Т.26. №1. С.41-49

elibrary.ru/item.asp

 

2010

 

6. Lysenkova L.N., Turchin K.F., Danilenko V.N., Korolev A.M., Preobrazhenskaya M.N. The first examples of chemical modification of oligomycin A / Journal of Antibiotics. 2010. V.63. P.17–22

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19911026

 

7. Прозоров А.А., Даниленко В.Н. Системы «токсин-антитоксин» у бактерий: инструмент апоптоза или модуляторы метаболизма? / Микробиология. 2010. Т.79.  №2.  С. 147-159.

elibrary.ru/item.asp

 

8. Ботина С.Г., Климина К.М., Коробан Н.В., Амерханова А.М., Зинченко В.В., Даниленко В.Н. Реклассификация отечественных пробиотических культур бактерий рода Lactobacillus / Генетика. 2010. Т.46. №11. С.1485–1492.

elibrary.ru/item.asp

 

9. Ботина С.Г., Коробан Н.В., Климина К.М., Глазова А.А., Захаревич Н.В., Зинченко В.В., Даниленко В.Н.  Генетическое разнообразие бактерий рода Lactobacillus из гастроинтестинальной микробиомы людей  / Генетика. 2010. Т.46. №12. С. 1589-1597.

elibrary.ru/item.asp

 

10. Беккер О.Б., Алексеева М.Г., Осолодкин Д.И., Палюлин В.А., Елизаров С.М., Зефиров Н.С., Даниленко В.Н. Новая тест-система для скрининга ингибиторов серин-треониновых протеинкиназ: конструкт Escherichia coli APHVIII/Pk25/ ActaNaturae. 2010. Т.2. № 3(6). С. 126-139

www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3347566/ анг.версия

 

11. Anizon F., Shtil A.A., Danilenko V.N., Moreau P. Fighting Tumor Cell Survival: Advances in the Design and Evaluation of Pim Inhibitors /  Current Medicinal Chemistry. 2010. V.17. № 34.  P. 4114-4133

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20939820

 

12. Botina SG, Klimina KM, Koroban NV, Zinchenko VV, Danilenko VN. Classification of domestic probiotic cultures of Lactobacillus genus.  Zh Mikrobiol Epidemiol Immunobiol. 2010. Т.5. С.3-7

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21061569

 

2011

 

13. Прозоров А.А., Даниленко В.Н. Явление аллолизиса у бактерий / Микробиология. 2011. Т.80. №1. C. 1-10

elibrary.ru/item.asp

 

14. Ботина С.Г., Полуэктова Е.У., Глазова А.А., Климина К.М., Захаревич Н.В., Коробан Н.В., Зинченко В.В., Бабыкин М.М., Жиленкова О.Г., Амерханова А.М., Даниленко В.Н. Характеристика устойчивости к антибиотикам потенциальных пробиотических бактерий рода Lactobacillus из гастроинтестинальной микробиомы человека / Микробиология. 2011. Т.80. №2. C. 175-183

elibrary.ru/item.asp

 

15. Osolodkin D., Zakharevich N., Palyulin V., Danilenko V., Zefirov N. Bioinformatic analysis of glycogen synthase kinase 3: human versus parasite kinases. Parasitology.  2011.V 138 . № 06, Р. 725 - 735

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21349219

 

16. Danilenko V.N., Osolodkin D.I., Lakatosh S.A., Preobrazhenskaya M.N., Shtil A.A. Bacterial Eukaryotic Type Serine-Threonine Protein Kinases: From Structural Biology to Targeted Anti-Infective Drug Design / Current Topics in Medicinal Chemistry. 2011. V.11. P. 1352-1369

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21513496

 

17. Даниленко В.Н. Сотрудничество в области биомедицинских исследований между учеными США и России / ActaNature. 2011. Т. 3, N 2 (9). С. 9-12

elibrary.ru/item.asp

 

18. Danilenko V.  Straight talk with…Valery Danilenko. Interviewed by Gary Peach. Nature Medicine. 2011 Jul 7; 17 (7), Р. 764

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21738143

 

19.Жукова Ю.Н., Алексеева М.Г., Захаревич Н.В., Штиль А.А., Даниленко В.Н. Протеинкиназы семейства Pim: структура, функции и роль в патогенезе гемобластозов / Молекулярная биология. 2011. Т. 45, № 5, С. 755–764

elibrary.ru/item.asp

 

20. Прозоров А.А., Даниленко В. Н. Микобактерии туберкулёзного комплекса: геномика, молекулярная эпидемиология, пути эволюции / Успехи современной биологии. 2011. Т.131. №3. С. 227-243

elibrary.ru/item.asp

 

2012

 

21. Lysenkova L., Turchin K., Korolev A., Danilenko V., Bekker O.B., Trenin A.S., Shtil  A.A.,  Preobrazhenskaya M. Synthesis and properties of  a novel brominated oligomycin A derivative / Journal of Antibiotics. 2012.  P.1-3

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22318333

 

22. Беккер О.Б., Мавлетова Д.А., Любимова И.К., Мирончева Т.А., Штиль А.А., Даниленко В.Н. Индукция программированного лизиса культуры Streptomyces lividans ингибиторами серин-треониновых протеинкиназ эукариотического типа / Микробиология. 2012. Т.81. №2. С.177-184.

elibrary.ru/item.asp

 

23. Прозоров А.А., Зайчикова М.В., Даниленко В.Н. Мутанты Mycobacterium tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью: история появления, генетические и молекулярные механизмы устойчивости, возникающие проблемы / Генетика. 2012. Т.48. N1. С. 5-20.

elibrary.ru/item.asp

 

24. Zakharevich N.V., Osolodkin D.I., Artamonova I.I., Palyulin V.A., Zefirov N.S., Danilenko V.N. Signatures of the ATP binding pocket as a basis for structural classification of the serine/threonine protein kinases of gram-positive bacteria. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 2012. V.80. №5. P.1363 – 1376.

onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.24032/pdf

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22275035

 

25. Елизаров С.М., Алексеева M.Г., Новиков Ф.Н.,  Чилов Г.Г., Маслов Д.А., Штиль А.А., Даниленко В.Н. Идентификация сайтов фосфорилирования аминогликозидфосфотрансферазы VIII Streptomyces rimosus/ Биохимия. 2012. т.77, вып.11, С.1504-1512

elibrary.ru/item.asp

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23240563

 

26. Averina O.V., Zakharevich N.V., Danilenko V.N. Identification and Characterization of WhiB-Like Family Proteins of the Bifidobacterium Genus / Anaerobe. 2012. V.18.   Р.421-429

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22609519

 

27. Аверина О.В., Незаметдинова В.З., Алексеева М.Г., Даниленко В.Н. Генетическая нестабильность пробиотических признаков у штамма Bifidobacterium longum subsp. longum В379М в процессе культивирования и поддержания  / Генетика. 2012. Т. 48, № 11, С. 1287-1296

elibrary.ru/item.asp

 

28. Lysenkova L., Turchin K., Korolev A., Bykov E., Danilenko V., Bekker O., Trenin A., Elizarov S., Dezhenkova L., Shtil A., Preobrazhenskaya M.,  A novel acyclic oligomycin А derivative formed via retro-aldol rearrangement of oligomycin A / Journal of Antibiotics. 2012. V.65. P.405–411

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22617550

 

29. Lapa G.B., Bekker O.B., Mirchink E.P., Danilenko V.N., Preobrazhenskaya  M.N. Regioselective acylation of congeners of 3-amino-1Hpyrazolo[3,4-b]quinolines, their activity on bacterial serine/threonine protein kinases and in vitro antibacterial (including antimycobacterial) activity / Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, 2012; Р.1-6 www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22957725

 

2013

 

30. Прозоров А.А., Зайчикова М.В., Даниленко В.Н. Системы генов и белков, влияющие на вирулентность микобактерий, и участие их в осуществлении конъюгации у Mycobacterium smegmatis / Генетика. 2013. т. 49, № 1, С. 125–141

elibrary.ru/item.asp

link.springer.com/article/10.1134%2FS1022795413010092

 

31. Аверина О.В., Алексеева М.Г., Абилев С.К., Ильин В.К., Даниленко В.Н. Распространение генов систем токсин-антитоксин MazEF и RelBE  у бифидобактерий кишечной микробиоты человека / Генетика. 2013. Т.49, № 3, С. 315-327

elibrary.ru/item.asp

link.springer.com/article/10.1134%2FS1022795413030022

 

32. Lyudmila N. Lysenkova, Konstantin F. Turchin , Alexander M. Korolev , Lyubov G. Dezhenkova ,Olga B. Bekker, Alexander A. Shtil, Valery N.Danilenko, Maria N. Preobrazhenskaya. Synthesis and cytotoxicity of oligomycin A derivatives modified in the side chain. Bioorganic Medicinal Chemistry 2013. №21. Р. 2918-2924

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23623676

 

33. Klimina K.M., Kjasova D.Ch., Poluektova E.U., Leuschner Y., Krügel H., Saluz H.P., Danilenko V.N. Identification and characterization of Toxin-Antitoxin systems in strains of Lactobacillus rhamnosus, isolated from humans.Anaerobe. 2013. №  Р.1-8

www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23727113

 

2014

 

Elibrary - 4

PubMed - 5

Scopus - 3

Web of Sctince – 3

Lysenkova L.N., Turchin K.F., Korolev A.M., Dezhenkova L.G., Preobrazhenskaya M.N., Danilenko V.N., Bekker O.B., Shtil A.A. Study on retroaldol degradation products of antibiotic oligomycin A. Journal of Antibiotics. 2014. Т. 67. № 2. С. 153-158.   1,73 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24084683

 

Nezametdinova V.Z., Zakharevich N.V., Alekseeva M.G., Averina O.V., Mavletova D.A., Danilenko V.N. Identification and characterization of the serine/threonine protein kinases in Bifidobacterium. Archives of Microbiology. 2014. V.70(3) PP.819-34. 1.67 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24395073

 

Fedorova I.A., Danilenko V.N. Immunogenic properties of a probiotic component of the human gastrointestinal tract microbiota. Biology Bulletin Reviews 2014, Volume 4, Issue 6, pp 457-466. 0,71 Impact Factor
http://elibrary.ru/item.asp?id=21586307

 

Prozorov A.A., Fedorova I.A., Bekker O.B., Danilenko V.N. The virulence factors of Mycobacterium tuberculosis: genetic control, new conceptions. Russian Journal of Genetics. 2014. V.50(8)., PP.775-797. 0.45 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25731019

 

Bekker O.B., Klimina K. M., Vatlin A.A., Zakharevich N. V., Kasianov A. S., Danilenko V. N. Draft Genome Sequence of Streptomyces fradiae ATCC19609, a strain highly sensitive to antibiotics. Genome Annoncements 2014, V.2, № 6, e01247-14. IF нет
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25477406

 

Zakharevich N.V., Averina O.V., Klimina K.M., Kudryavtseva A.V., Kasianov A.S., Makeev V.J., Danilenko V.N. Complete Genome Sequence of Bifidobacterium longum GT15:Unique Genes for Russian Strains. Genome Announcements. 2014. V.2 (6) e01348-14. IF нет
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25523785

 

2015

Публикаций -17

eLibrary- 11

PubMed- 13

Scopus-  8

Web of Sctince- 10

 

Alekseeva M. G., Mironcheva T. A., Mavletova D. A., Elizarov S. M., Zakharevich N. V., Danilenko V. N. FoF1 -ATP synthase of Streptomyces fradiae ATCC 19609: Structural, biochemical, and functional characterization. Biochemistry (Moscow), 2015, V.80 (3), pp 296-309. 1,3 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25761684

 

Bekker O.B., Sokolov D. N., Luzina O. A., Komarova N. I., Gatilov Y. V.,  Andreevskaya S. N., Smirnova T.G., Maslov D. A., Chernousova L. N., Salakhutdinov N. F.,  Danilenko V.N. Synthesis and activity of (+)- and (-)-usnic acid derivatives containing 1,3-thiazole cycle against Mycobacterium tuberculosis. Medicinal Chemistry Research. V.24 (7), pp 2926-2938. 1.4 Impact Factor
http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84923844467&partnerID=40&md5=c182a7cf0cb02e9c760c9ece5f18da9e

 

Krügel H., Klimina K., Mrotzek G., Tretyakov A., Schöfl G., Saluz H.-P., Brantl S., Poluektova E., Danilenko V. Expression of  the toxin –antitoxin genes yefMLrh, yoeBLrh in human Lactobacillus rhamnosus isolates. J.Basic Microbiology. 2015.V 54 (8). PP 982-91. 1,82 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25832734

 

Shur K. V., Klimina K. M., Zakharevich N. V., Maslov D. A., Bekker O. B., Zaychikova M. V., Kamaev E. Y., Kravchenko M. A., Skornyakov S. N., Zhang Y., Danilenko V. N. Draft Genome Sequence of Mycobacterium tuberculosis Strain E186hv of Beijing B0/W Lineage with Reduced Virulence. Genome Announcements 2015, V.3 (3), e00403-15. 0,0 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25953188

 

Yunes RA, Klimina KM, Emelyanov KV, Zakharevich NV, Poluektova EU, Danilenko VN. Draft Genome Sequences of Lactobacillus plantarum Strain 90sk and Lactobacillus brevis Strain 15f: Focusing on Neurotransmitter Genes.Genome Announcements. 2015, V.3(2). e00261-15. 0,0 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25883284

 

Zakharevich N.V., Averina O.V., Klimina K.M., Kudryavtseva A.V., Kasianov A.S., Makeev V. J., Danilenko V.N. Complete Genome Sequence of Bifidobacterium longum GT15: Identification and Characterization of Unique and Global Regulatory Genes. Microbial Ecology, 2015, V.70(3), PP.819-34. 3,12 Impact Factor
http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84928128319&partnerID=40&md5=ccff3a73537c842c251136e5d2d85ee8

 

Beliaeva EA, Chervinetz YV, Chervinetz VM, Troshin AV, Mironov AY, Nezametdinova VZ, Averina OV, Danilenko VN. The characteristics of probiotic properties of strains of genus of bifidobacterium separated from gastrointestinal tract of residents of the central region of Russia. Klinichescheskaya Laboratornaya Diagnostika. 2015 Feb;60(2), PP. 53-8. 1.124 Impact Factor
http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84936750109&partnerID=40&md5=1a77f55bb7f73ec305fa092cad41ada9

 

Maslov D.A., Shur K.V., Bekker O.B., Zakharevich N.V., Zaychikova M.V., Klimina K.M., Ustinova V.V, Zhang Y., Chernousova.L.A., Danilenko V.N. Draft genome sequence of a two PZA-resistant isolates of Mycobacterium tuberculosis 13-2459 and 13-4152. Genome Announcements 2015, V3 (4),e00758-15. 0,0 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26139726

Maslov D.A., Zaĭchikova M.V., Chernousova L.N., Bekker O.B. , Smirnova T.G., Larionova E.E., Andreevskaya S.N., Zhang Y., Danilenko V.N. Resistance to pyrazinamide in Russian Mycobacterium tuberculosis isolates: pncA sequencing versus Bactec MGIT 960. Tuberculosis 2015, V.95 pp. 608-612. 2,71 Impact Factor
http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84930608992&partnerID=40&md5=df9780d40ffa7c16ab7925afab9d8234

 

Averina O., Alekseeva M., Shkoporov A., Danilenko V.. Functional analysis of the type II toxin-antitoxin systems of the MazEF and RelBE families in Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697. Anaerobe 2015, V.35, Part B, PР.59–67.   2,48 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26210151

 

Dyachkova M.S., Klimina K.M., Kovtun A.S., Zakharevich N.V., Nezametdinova V.Z., Averina O.V., Danilenko V.N. Draft Genome Sequences of Bifidobacterium angulatum GT 102 and Bifidobacterium adolescentis 150: focusing on the genes potentially involved in the gut-brain axis. Genome Announcements, 2015, 3(4), pii: e00709-15.  0,0 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26139716

 

Luzina O.A.,Sokolov D.N., Pokrovskii M.A., Pokrovskii A.G., Bekker O.B., Danilenko V.N. Synthesis and biological acnivity of usnic acid enamine derivatives. Chemistry of Natural Compounds 2015, V.51., №4, P. 646-647.  0.51 Impact Factor
http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84938989741&partnerID=40&md5=7d1a72bdc97264f1845483c6d1863569

 

Даниленко В.Н. У человека есть «второй мозг». Комсомольская правда № 105-ч (26433-ч) , Союзный вече 2015, № 40 стр.12.
http://www.souzveche.ru/articles/community/28071/

 

Alekseeva M. G., Mavletova D. A., Kolchina N. V., Nezametdinova V. Z., Danilenko V. N. Isolation and purification of recombinant serine/threonine protein kinases of the strain Bifidobacterium longum B379M and investigation of their activity. Biochemistry (Moscow) 2015; 80(10):1303-1311. 1,3 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26567574

 

Vatlin A.A., Bekker O.B., Lysenkova L.N., Danilenko V.N. Draft Genome Sequence of Streptomyces fradiae olg1-1, a Strain Resistant to Nitrone-Oligomycin. Genome Announcements. 2015 Oct 22;3(5). pii: e01252-15. 0,0 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26494685

 

Averina O.V., Ermolenko E.I., Ratushniy A.Yu., Tarasova E.A., Borschev Yu.Yu., Leontieva G.F., Kramskaya T.A., Kotyleva M.P., Danilenko V.N., Suvorov A.N. Influence of probiotics on cytokine production in the in vitro and in vivo systems. Medical Immunology (Russia) 10/2015; 17(5):443. 0,48 Impact Factor
http://mimmun.ru/mimmun/article/view/932/821

 

Zaichikova M.V., Zakharevich N.V., Sagaydak M.O., Bogolyubova N.A., Smirnova T.G., Andreevskaya S.A., Chernousova L.N., Alekseeva M.G., Danilenko V.N. Mycobacterium tuberculosis type II toxin-antitoxin systems: a genetic polymorphism, functional properties and the possibility of using for genotyping. journal  PLoS One., 2015., e0143682., P.1-15. Impact Factor: 3.23
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26658274

 

Lysenkova L.N.; Godovikov I.A.; Korolev A.M.; Danilenko V. N.; Bekker O.B.; Mavletova D.A.; Vatlin, A.A. Synthesis and Anti-Actinomycotic Activity of the Oligomycin A Thiocyanato Derivative Modified at 2-Oxypropyl Side Chain. MACROHETEROCYCLES, 2015; 8(4):424-428.  Impact Factor: 0.94  Doi: 10.6060/mhc151084s
https://macroheterocycles.isuct.ru/ru/system/files/mhc151084s.pdf

 

2016

Публикаций -12

eLibrary- 3

PubMed- 4

Scopus-  5

Web of Sctince- 2

 

Krasnov VP, Vigorov AY, Musiyak VV, Nizova IA, Gruzdev DA, Matveeva TV, Levit GL, Kravchenko MA, Skornyakov SN, Bekker OB, Danilenko VN, Charushin VN.Synthesis and antimycobacterial activity of N-(2-aminopurin-6-yl) and N-(purin-6-yl) amino acids and dipeptides// Bioorg Med Chem Lett. 2016, 26(11), P: 2645-8.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27107949

 

Boyko KM, Gorbacheva MA, Korzhenevskiy DA, Alekseeva MG, Mavletova DA, Zakharevich NV, Elizarov SM, Rudakova NN, Danilenko VN, Popov VO. Structural characterization of the novel aminoglycoside phosphotransferase AphVIII from Streptomyces rimosus with enzymatic activity modulated by phosphorylation// Biochemical and Biophysical Research Communications (BBRC) 2016,  477(4):595-601 doi:10.1016/j.bbrc.2016.06.097   2.371 Impact Factor
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27338640

 

Ватлин А.А., Беккер О.Б., Лысенкова А.М.,Королев А.М., Щекотихин А.Е., Даниленко В.Н. Секвенирование и анализ резистома Streptomyces fradiae ATCC19609 с целью разработки тест-системы для скрининга новых антибактериальных веществ// Генетика, 2016, Т.52, № 6, С. 723-727.  0.448 Impact Factor 
http://elibrary.ru/item.asp?id=26301574

 

Shur KV, Zaychikova MV, Mikheecheva NE, Klimina.KM, Bekker OB, Zhdanova SN, Ogarkov OB, Danilenko VN. Draft Genome Sequence of Mycobacterium tuberculosis Strain B9741 of Beijing B0/W lineage from HIV positive patient from Siberia //  Genom Data. 2016 ;10, PP:61-62. eCollection 2016. DOI :  10.1016/j.gdata.2016.08.001  Impact Factor
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27761405

 

Yunes R.A., Poluektova E.U., Dyachkova M.S., Klimina K.M., Kovtun A.S.,Averina O.V., Orlova V.S., Danilenko V.N. GABA production and structure of gadB/gadC genes in Lactobacillus and Bifidobacterium strains from human microbiota// Anaerobes, 2016. - № 42. - C. 1-8. DOI :10.1016/j.anaerobe.2016.10.011 1.67 Impact Factor
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1075996416301305

 

Юнес, Р.А., Полуэктова Е.У., Дьячкова М.С., Козловский Ю.Е., Орлова В.С., Даниленко В.Н. Отбор бактерий-симбионтов рода Lactobacillus и Bifidobacterium по их способности синтезировать гамма-аминомасляную кислоту – один из подходов в получении психобиотиков // Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Экология и безопасность жизнедеятельности. 2016. - № 4 – С. 67-79.

 

Даниленко В.Н. Микробная эндокринология и ось головной мозг - желудочно-кишечный тракт// ActaNaturae 2016, СПЕЦВЫПУСК, Т.1.,С.92   1.79 Impact Factor
https://cloud.mail.ru/public/5Y7h/1fo9GvZRb

 

Климина К.М., Емельянов К.В., Захаревич Н.В., Полуэктова Е.У., Касьянов А.С., Даниленко В.Н. Использование функциональных биомаркеров систем токсин-антитоксин II типа для изучения штаммового разнообразия в метагеномах кишечника человека // ActaNaturae 2016, СПЕЦВЫПУСК, Т.2., С.112  1.79 Impact Factor
https://cloud.mail.ru/public/8hFX/tjPcRas7X

Захаревич Н.В., Ковтун А.С., Аверина О.В., Незаметдинова В.З., Даниленко В.Н. Геномика бифидобактерий, уникальные гены и гены коммуникации.// ActaNaturae 2016, СПЕЦВЫПУСК, Т.2., С.201    1.79 Impact Factor
https://cloud.mail.ru/public/8hFX/tjPcRas7X

 

Беккер О.Б., Кравченко М.А., Маслов Д.А., Даниленко В.Н. Отбор кандидатов в потенциальные противотуберкулезные препараты среди соединений классов аминопиримидинов и аминопиридинов / В книге: Структура и динамика молекулярных систем сборник тезисов докладов и сообщений на XXIII Всероссийской конференции "Структура и динамика молекулярных систем", 14-й Школы молодых ученых "Спектроскопия молекулярных систем" и симпозиума "Современные подходы к лечению туберкулеза". 2016. С. 14.
http://elibrary.ru/item.asp?id=26797886

 

Маслов Д.А., Беккер О.Б., Алексеева М.Г., Даниленко В.Н. Ингибиторы микобактериальных серин-треониновых протеинкиназ классов аминопиримидинов и аминопиридинов – потенциальные противотуберкулезные препараты нового поколения/ В книге: Структура и динамика молекулярных систем сборник тезисов докладов и сообщений на XXIII Всероссийской конференции "Структура и динамика молекулярных систем", 14-й Школы молодых ученых "Спектроскопия молекулярных систем" и симпозиума "Современные подходы к лечению туберкулеза". 2016. С. 87-88.
http://elibrary.ru/item.asp?id=26798051

 

Shtil A.A., Vatlin A.A., Maslov D.A., Danilenko V.N FOF1 ATP SYNTHASE, A THERAPEUTIC TARGET FOR AIDS ASSOCIATED LYMPHOMA: DESIGN OF NEW INHIBITORS. / ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2016. Т. 8. № 2. С. 112-114.
http://elibrary.ru/item.asp?id=26232338

 

Аверина О.В., Даниленко В.Н. Микробиота кишечника человека: роль в становлении и функционировании нервной системы // Микробиология 2017 86(1) : 1-19

 

Червинец В.М., Червинец Ю.В., Беляева Е.А., Лебедев С.Н., Чаркова А.Р., Трошин А.В., Даниленко В.Н., Урдабаев Ж.К., Жарасов М.Ж., Зевалкина Е.В. Сравнительная характеристика лактобацилл, выделенных из фекалий здоровых людей, проживающих в Российской Федерации и Казахстане // Современные проблемы науки и образования. – 2016. – № 6.  1.028 Impact Factor

 

Lysenkova L.N., Saveljev O.Y., Korolev A.M., Danilenko V.N., Bekker O.B., Mavletova D.A., Vatlin A.A., Omelchuk O.A., Shchekotihin A.E. Synthesis of 33-(R,S)-Bromo-33-deoxyoligomycin A / Macroheterocycles 2016 9(3) 307-313 DOI: 10.6060/mhc160422s