Лаборатория генетики микроорганизмов

 

 

Новости и объявления

 

Заведующий лабораторией, Заведующий отделом генетических основ биотехнологии, Профессор Факультета медицинской и биологической физики, кафедры биоинформатики МФТИ ( http://mipt.ru/education/chairs/bioinformatics/), Ученый секретарь совета по координации научных исследований по направлению "Медицинские техника, технологии и фармацевтика" РАН, доктор биологических наук, профессор Даниленко Валерий Николаевич (Научная биография).

тел: (499) 135-41-94 (499) 135-30-56

e-mail: valerid(at)vigg.ru

 

Лаборатория генетики микроорганизмов проводит исследования по двум направлениям: Микробиом (микробиота) человека и туберкулез новые вызовы – адекватные ответы.

 

 

Темы исследований:

 

- Исследования в области популяционной генетики микробной экосистемы человека: от пробиотических коменсалов Lactobacillus и Bifidobacterium до латентных форм сосуществования Mycobacterium;

 

- Изучение взаимодействия (коммуникаций) микробиом - мозг человека;

 

- Выявление роли сигнал-передающих систем серин-треониновых протеинкиназ (СТПК) и стресс-адаптивных систем токсин-антитоксин в адаптации к функционированию в конкретных эконишах индивидуума и популяции человека;

 

- Идентификация и характеристика генетического полиморфмизма генов СТПК и генов систем токсин-антитоксин в различных этно-региональных популяциях человека;

 

- Установление новых генетических механизмов взаимодействия коменсальных и некоменсальных бактерий с организмом  человека;

 

- Разработка биомишеней и тест-систем для отбора новых молекул – кандидатов в социально-значимые лекарства.

 

Структура лаборатории:

  1. Группа генетики и сравнительной геномики микобактерий
  2. Группа генетики и сравнительной геномики лактобацилл
  3. Группа генетики и сравнительной геномики бифидобактерий
  4. Группа генетики микробной нейроэндокринологии регуляторных сетей коммуникации микроб-хозяин
  5. Группа генетической разработки биомишеней и тест-систем
  6. Группа биоинформатики

 

Микробиота  кишечника – коммуникация с мозгом в норме и патологиях.

 

Изучение микробиоты (микробиом) человека является глобальным мировым трендом последних лет в области биомедицинских исследований: открытие двунаправленного взаимодействия микробиота кишечника – мозг – произвело революционный идейный переворот в осмыслении функционирования центральной нервной системы, эндокринной и иммунной системы человека. Установлено, что коменсальные микробиоты кишечника способны синтезировать нейротрансмиттеры и многие классы веществ с нейромодулирующей активностью включая серотонин, допамин, адреналин, гамма аминомасляную кислоту, короткоцепочечные жирные кислоты и др. Появилось новое направление в науке получившее название микробной эндокринологии.

 

Лаборатория генетики микроорганизмов ИОГен РАН им. Вавилова в течение последних пяти лет занимается молекулярно генетическими, геномными и метагеномными исследованиями микробиоты (микробиом) человека.  Цель этих исследований выявление роли «пробиотического» компонента микробиоты (бифидобактерий, лактобацилл и др.) в коммуникации с организмом хозяина в норме и в экстремальных стрессовых условиях. В первую очередь речь идет о взаимодействии прямо или косвенно с периферической и центральной нервной системой. Создаются каталоги известных генов с нейромодулирующей активностью и их ортологов, разрабатываются программы для анализа секвенированых метагеномов с целью поиска  «сигнатуры» (композиции генов и видов бактерий их содержащих) характеризующих микробиом ЖКТ человека в норме и при различных заболеваниях, связанных с депрессивными состояниями и нарушениями когнитивных функций. Разрабатываются диагностические наборы для раннего выявления таких заболеваний. Помимо этого проводятся работы по отбору штаммов лактобактерий и бифидобактерий содержащих композиции генов кодируемых ими продуктов способных оказывать нейромодулирующую активность, в частности продуцировать гамма- аминомасляную кислоту, короткоцепные жирные кислоты и другие нейромодуляторы. Неотъемлемой частью этих работ является формирование коллекции образцов микробиоты и штаммов бактерий представителей.

 

Биобанк микробиоты человека.

 

Коллекция была создана в 2009 году для реализации двух проектов:

 

- Государственного контракта №02.522.12.2009 2008–2010 гг. «Разработка технологий универсального быстропереориентируемого производства заквасок прямого внесения для биотехнологической промышленности», РК №01200851378;

 

- Проекта РФФИ 09-04-13709-офиц, 2009-2010 гг. «Разработка тест-системы диагностики штаммов пробиотических бактерий родов Bifidobacterium и Lactobacillus, несущих гены адаптации к стрессовым условиям системы токсин-антитоксин».

 

В последующие годы коллекция пополнилась в основном  в рамках следующих проектов: -  Государственного контракта Минобрнауки 14N08.12.0021 «Доклинические исследования лекарственного препарата на основе комплекса бифидобактерий, лактобацилл и энтерококков с установленной последовательностью генома для лечения неспецифического язвенного колита» (2014-2015),

 

-   Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Фундаментальные исследования для разработки биомедицинских технологий» «Разработка экспериментального образца набора диагностикумов для идентификации видов и внутривидового разнообразия лактобацилл и бифидобактерий в микробиоте кишечника человека методом мультилокусного секвенирования»  (2014 -2016).  На сегодняшний день коллекция является уникальной для России и имеет статус внутриинститутской. Коллекция является базовой основой для формирования межотраслевой коллекции под эгидой ФАНО в рамках формируемого Консорциума КПНИ проекта «Микробиом человека».

 

В коллекции «Биобанк микробиоты человека» хранится более 150 образцов фекалий  микробиоты человека. Сформирована коллекция лактобацилл 17 видов, в основном это представители 8-ми видов: L.rhamnosus, L.plantarum, L.fermentum, L.casei, L.brevis, L.buchneri, L.helveticus, L.salivarius. Общая численность – 150 штаммов. Также коллекция насчитывает 165 штаммов 20-ти видов бифидобактерий. В коллекции  представлены штаммы бифидобактерий, выделенные из микробиоты здоровых взрослых людей и детей, проживающих в центральном регионе России. Среди коллекции штаммов бифидобактерий и лактобацилл проведен скрининг продуцентов гамма-аминомаслянной кислоты (ГАМК), серотонина, допамина и др. Выявлена видо- и штаммоспецифичность проявляемых признаков. Отобраны высокопродуктивные штаммы как потенциальные психобиотики. Геномы штаммов секвенированы и депонированы в базе данных NCBI: B. adolescentis 150 (LBHQ00000000); B. angulatum GT 102 (LAHN00000000); L. plantarum 90sk (JXAX00000000); L. brevis 15f (JXCD00000000). В геномах штаммов выявлены гены, участвующие в продукции и транспорте ГАМК, а также другие гены, участвующие в метаболизме нейроактивных соединений.

 

Коллекция невозобновимая в случае потери образцов. Микробиота человека это невозобновимый ресурс в силу уникальности видового и штаммового разнообразия, а также композиции штаммов в образцах.

 

Коллекция поддерживается и хранится  при помощи комплекта специального оборудования «КСОНМ-170», который включает в себя программируемый Криозамораживатель  Kryo 360, насос PUMP LNP4, контейнер для хранения в азоте Arpege 172 л, контейнер многоугольный Visotube, сосуды Дьюара различной емкости, подставки на колесах для сосудов, кельвинатор, лиофильную сушку, оргтехнику, морозильник, холодильник и необходимую мебель. В лаборатории работают квалифицированные кадры, способные поддерживать жизнеспособность и видовую специфичность коллекции, обеспечить работу по криозамораживанию и длительному хранению биоматериала. Есть помещение, оборудованное ламинарными боксами для проведения работ с лакто и бифидобактериями, образцами фекалий микробиоты человека. Помещение соответствует требованиям техники безопасности. Осуществляется своевременная поставка необходимого количества жидкого азота. Имеется надежная система энергообеспечения, вентиляции и водоснабжения, обеспечивающая длительное хранение биоматериала. Существует установившаяся система обслуживания криозамораживания и хранения коллекции «Биобанк микробиоты человека». Поддержание и развитие коллекции проводится с использованием следующих стандартных операционных процедур (СОП) и методов: 1)  СОПы и методы для поддержания единиц хранения: Пересев штаммов для поддержания жизнеспособности бактерий. 2) СОПы и методы контроля качества единиц хранения: Моноклональный рассев бактериальных культур с целью определения морфологической однородности колоний штаммов и отсутствия посторонней микрофлоры в образцах. Определение видовой специфичности штаммов методом ПЦР с использованием наборов видоспецифических праймеров или методом секвенирования генов 16S рибосомальной РНК.3)  СОПы и методы для коррекции нарушений качества единиц хранения: Моноклональный рассев бактериальных культур каждого штамма на селективных средах с целью отбора колоний, типичных по морфологическим и культуральным признакам; подтверждение видовой специфичности штаммов методом ПЦР с использованием наборов видоспецифических праймеров или методом секвенирования генов 16S рибосомальной РНК. 4) методы расширения коллекции: Отбор образцов микробиоты (фекальные пробы, пробы слюны, дентальные соскобы) 5)методы характеризации единиц хранения: Определение видовой специфичности штаммов методом ПЦР с использованием наборов видоспецифических праймеров или методом секвенирования генов 16S рибосомальной РНК. Определение пробиотических свойств штаммов; способности к синтезу биологически активных соединений: ГАМК, антиоксидантов, нейротрансмиттеров, бактериоцинов, иммуномодулирующих компонентов. Для штаммов, перспективных в качестве специализированных пробиотиков – проведение полногеномного секвенирования.  Для отбора проб фекалий и их хранения используются стандартизованные методы: InternationalHumanMicrobiomeStandards:  http://www.microbiome-standards.org/fileadmin/Content/IHMS/_IHMS__Deliverable_Report_D2.2.pdf

 

 

Туберкулез новые вызовы – адекватные ответы.

на русском языке


Опыт последних десятилетий по изучению механизмов возникновения МЛУ/ШЛУ фенотипа M. tuberculosis и созданию новых антибиотиков, активных в отношении таких штаммов, а также создание профилактических и лечебных генноинженерных вакцин и адъювантов к ним указывает на существование ряда научных проблем, препятствующих их дальнейшей реализации.

 

В лаборатории ведутся исследования направленные  на разработку новых подходов к созданию антибиотиков с принципиально новым механизмом действия, мукозальных вакцин и  ДНК-вакцин, адьювантов к данным вакцинам на основе иммуномодулирующих пробиотиков, разработку рекомендаций по использованию существующих и вновь созданных противотуберкулезных препаратов.

 

Согласно оценкам ВОЗ, в 2015 г. число заболевших туберкулезом составило около 10,4 млн. человек, число умерших от этого заболевания приближается к 1,8 млн (WHO's Global tuberculosis report, 2016). Вакцинация против данного заболевания проводится повсеместно, но заболеваемость остается  чрезвычайно высокой, поскольку эффективность вакцины BCG, применяемой для глобальной иммунизации, ставится под  сомнение. Она может варьировать от 0 до 80% в зависимости от значительного числа факторов, включая возраст, иммунный статус и т.д. (Mangtani P et al., Clin Infect Dis. 2014, 58(4) Pp 470-480.). Поэтому проблема создания новой противотуберкулезной вакцины относится к числу наиболее приоритетных задач фтизиатрии. Наиболее перспективными в настоящее время являются субъединичные вакцины  (Kaufmann S.H. et al., Int J Infect Dis. 2017, doi: 10.1016/j.ijid.2016.10.018; Méndez-Samperio P., Scand  J.,  Immunol. 2016, 84(4), Pp 204-10). При разработке таких вакцин ключевой задачей является поиск оптимальных антигенов (Andersen P., Kaufmann S.H., Cold Spring Harb Perspect Med. 2014, 4(6). doi: 10.1101/cshperspect.a018523). Высокую антигенность демонстрируют структурные элементы патогенности, которых у M. tuberculosis насчитывается более 300, и ряд из них  в настоящее время рассматривается в качестве основы для разработки субъединичных вакцин (Forrellad M.A., et al., Virulence. 2013, 4(1), Pp 3-66).  Для многих из этих генов  характерно наличие однонуклеотидных полиморфизмов, возникавших и накапливавшихся в ходе эволюции, значительная часть которых, приводящая к замене аминокислоты, может оказывать влияние на структуру белка-продукта, изменяя его свойства, в т.ч. антигенную активность. При производстве генно-инженерных вакцин в настоящее время внутривидовое разнообразие M. tuberculosis не учитывается. Используется последовательность целевых генов у лабораторного штамма H37Rv. Но в отношении используемого для изготовления вакцин штамма M. bovis BCG установлено, что возникновение мутаций, вследствие микроэволюции при длительном культивировании, влияет на эффективность вакцины (Brosch R.,  Proc Natl Acad Sci U S A. 2007, 104(13), Pp 5596-601). Возможно, что антигенная активность белков у штаммов разных линий M. tuberculosis, также различна.

 

Еще одним  перспективным направлением представляется разработка кандидатной мукозальной вакцины против туберкулеза, индуцирующей формирование в первую очередь местного мукозального иммунитета. Важность индукции местного противотуберкулезного иммунитета показана в ряде работ, в которых интраназальное введение защитных IgA, предварительная обработка вирулентных M. tuberculosis защитными IgA или же интраназальное введение M. bovis BCG, приводило к формированию эффективного ответа на M. tuberculosis (Uranga S. et al.,  J Vis Exp. 2016,  doi: 10.3791/54440; Zimmermann N. et al., EMBO Mol Med. 2016, 8(11), Pp 1325-39; Alvarez N. et al., Malays J Med Sci. 2014, 21(3), Pp 31-7; Alvarez N., BMC Immunol. 2013, Suppl.1-S3). Применение мукозальной вакцины (отдельно или вместе с подкожной формой), могло бы решить проблемы, возникающие при BCG-вакцинации.

 

Тем не менее, к настоящему моменту ни одна из новых противотуберкулезных вакцин не применяется в клинической практике. Слабой стороной таких  вакцин зачастую является низкая иммуногенность, что обусловливает использование в составе вакцинных препаратов иммуноадъювантов. Интраназальное введение пробиотиков также может оказывать адъювантное и иммуномодулирующее действие, повышая эффективность мукозальной иммунной защиты. Отдельные штаммы пробиотиков, в частности бифидобактерий, способны потенциировать продукцию Th17- и Th1- цитокинов (López P. et al., Int J Food Microbiol. 2010, 138(1-2), Pp 157-65), которые играют важную роль в мукозальном иммунном ответе при туберкулезной инфекции (Uranga S. et al.,  J Vis Exp. 2016,  doi: 10.3791/54440). Таким образом интраназальное введение пробиотиков может оказать  адъювантный эффект в отношении мукозальной противотуберкулезной вакцины с формированием протективного иммунитета к вирулентным штаммам M. tuberculosis.

 

Другой  серьезной  проблемой, стоящей перед современной фтизиатрией, является широкое распространение штаммов с множественной и широкой лекарственной устойчивостью.    В 2015 году пациентов, страдающих МЛУ- и ШЛУ- туберкулезом засчитывалось более 580 тыс. Первостепенное значение для развития лекарственной устойчивости имеют мутации, приводящие к изменению структуры либо  мишени препарата, либо активатора лекарства. Столь широкое распространение эти штаммы получили в том числе из-за длительного применения одного и того же набора препаратов. Так, бедаквилин недавно стал первым за более чем 40 лет новым противотуберкулезным препаратом, применяемым в клинике (Chahine E.B., et al., Ann Pharmacother. 2014, 48(1), Pp. 107–115).

 

В связи с этим важной задачей является разработка новых противотуберкулезных препаратов, к которым предъявляются определенные требования: высокая антимикобактериальная активность как в отношении лекарственно-чувствительных штаммов M. tuberculosis, так и в отношении штаммов с МЛУ, наличие новой биомишени и отсутствие токсичности.

 

Тем не менее, помимо приобретенной лекарственной устойчивости, существует и природная лекарственная устойчивость, характеризующаяся низким (по сравнению с индуцированной) уровнем устойчивости к антибиотикам. Так при воздействии антибиотика на клетки M. tuberculosis, в клетках патогена активируются транскрипционные факторы, контролирующие экспрессию генов, чьи продукты способны к модификации антибиотиков или их мишеней, обратному транспорту антибиотиков или их активных производных из клеток M. tuberculosis и других генов. Также клетки M. tuberculosis способны к конститутивному неспецифичному обратному транспорту антибиотиков из клеток, благодаря работе многочисленных клеточных транспортеров. Совокупность генов, чьи продукты вовлечены в реализацию природной лекарственной устойчивости называется резистом.

 

Считается, что мутации, приводящие к устойчивости к разным препаратам, возникают независимо друг от друга, хотя в ряде случаев наблюдается перекрестная устойчивость.

 

Явление перекрестной устойчивости -  феномена, при котором возникновение устойчивости к одному препарату ведет за собой появление устойчивости к другим,  обусловлено генами резистома.  Как было описано выше, функционирование транскрипционных факторов «клеточного стресса» обуславливает экспрессию множества генов резистома и зачастую приводит к повышению лекарственной устойчивости клеток M. tuberculosis сразу к нескольким классам антибиотиков.

 

Сочетание индуцированной и природной, перекрестной, лекарственной устойчивости приводит к повышению общего уровня лекарственной устойчивости патогена. Использование антибиотиков при лечении сопутствующих туберкулезу инфекционных заболеваний или при попадании антибиотиков с продуктами питания  может способствовать повышению лекарственной устойчивости M. tuberculosis.

 

Развитие повышенного уровня лекарственной устойчивости, сочетающего в себе индуцированную и природную лекарственную устойчивость, в особенности ее способности к формированию перекрестной лекарственной устойчивости, является важной проблемой, решение которой позволит оптимизировать и усовершенствовать курсы противотуберкулезной терапии.

 

Таким образом, решение проблемы туберкулеза требует комплексного подхода, включающего как разработку новых вакцин для специфической профилактики заболевания, так и разработку новых подходов к лечению, включая поиск новых противотуберкулезных препаратов.

 

С 2010 по настоящее время сотрудники лаборатории являются исполнителями исследований в рамках контрактов с  Минпромторгом России, Минобрнауки России, РФФИ, РНФ, Российской академией наук:

на русском языке


Грант РФФИ

«Структурно-функциональная характеристика серин-треониновых протеинкиназ актинобактерий - биомишеней для создания новых противоинфекционных лекарств» (2009-2010)

«Биомишень-направленный скрининг противоинфекционных лекарств нового поколения на основе ингибиторов серин-треониновых протеинкиназ Mycobacterium tuberculosis» (2009-2010)

«Разработка тест-системы диагностики штаммов пробиотических бактерий родов  Bifidobacterium и Lactobacillus, несущих гены адаптации к стрессовым условиям системы токсин-антитоксин» (2009-2010)

«Разработка новой тест-системы для скрининга противотуберкулезных препаратов с использованием Mycobacterium smegmatis как рабочей модели» (2011-2012)

«Изучение функций аминогликозидфосфотрансфераз штамма Streptomyces rimosus subsp. rimosus АТСС10970, обуславливающих природную устойчивость к аминогликозидным антибиотикам» (2017-2019)

 

Минобрнаука

«Разработка технологий универсального быстропереориентируемого производства заквасок прямого внесения для биотехнологической  промышленности» (2008-2010)

«Создание новых мишень-специфических ингибиторов F0F1АТФсинтаз человека и бактерий» (2009-2010)

«Получение кристаллов и рентгеноструктурные исследования аминогликозид-фосфотрансферазы тип VIII (Aph VIII), ключевого элемента тест-систем для скрининга ингибиторов серин-треониновых протеинкиназ» (2011-2012)

«Доклинические исследования лекарственного препарата на основе комплекса бифидобактерий, лактобацилл и энтереккоков с установленной последовательностью генома для лечения неспецифического язвенного колита» (2013-2015)

«Доклинические исследования пробиотика на основе глутатион-продуцирующего штамма Lactobacillus brevis (с установленной последовательностью генома) для терапии лекарственной энтеропатии» (2016-2018)

«Доклинические исследования противотуберкулезного лекарственного средства на основе синтетического производного глутаминовой кислоты»  (2017-2019)

 

Минпромторг

«Доклинические исследования противотуберкулезного лекарственного средства, ингибитора микобактериальных протеинкиназ» (2011-2013)

«Доклинические исследования противотуберкулезного лекарственного средства на основе полусинтетических производных усниновой кислоты»  (2012-2014)

«Доклинические исследования лекарственного средства на основе селективного ингибитора серин-треониновой протеинкиназы для лечения онкологических заболеваний» (2013-2015)

«Доклинические исследования лекарственного средства- ингибитора IRAK-4 киназы для лечения аутоиммунных и хронических воспалительных заболеваний» (2013-2015)

«Доклинические исследования лекарственного средства – ингибитора киназы гликогенсинтазы 3 бета на основе N-замещенного производного амринона для лечения диабета 2 типа» (2014-2016)

 

РНФ

«Полный метагеномный анализ энтеральной микробиоты у детей с расстройством аутистического спектра: поиски маркерных композиций генов»  (2017-2019)

 

Российская академия наук

Программа фундаментальных исследований Президиума РАН «Фундаментальные науки – медицине»  Конструирование тест-системы и скрининг ингибиторов серин-треониновой протеинкиназы Streptomyces Pk17 – модуляторов программированной гибели актинобактерий (2010-2011гг.)

Программа фундаментальных исследований Президиума РАН «Фундаментальные исследования для разработки биомедицинских технологий» Разработка экспериментального образца набора диагностикумов для идентификации видов и внутривидового разнообразия лактобацилл и бифидобактерий в микробиоте кишечника человека методом мультилокусного секвенирования (2014 -2016)

 

Международные

Грант РФФИ NIH (США-Россия) «Токсины-антитоксины и RpsA в лекарственной устойчивости и персистенции микобактерий туберкулеза» (2013-2014)

 

 

В период 2012 – 2017 годы результаты НИР были доложены на таких крупных мероприятиях, как:


International Human Microbiome Congress, Paris, France, March 19-21, 2012 .

US-RU Workshop “TB in AIDS-Infected Individuals: New Paradigm, Diagnosis and Drug Development” Within US-RU Scientific Forum for Biomedical Research, Central Research Institute of Epidemiology, Moscow, June 28-29, 2012.

US-RU joint workshop “Human Microbiome: Metagenomics, New Biomarkers of Disease, Translational Research in Personalized Medicine” within US-RU Scientific Forum for Biomedical Research Vavilov Institute of General Genetics, Moscow, September 17-18, 2012.

Конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине», Казанский (Приволжский) федеральный университет, г. Казань, 22 - 24 ноября 2012.

Second International Scientific Conference “REGENERATIVE MEDICINE & HEALTHY AGING”, Astana, Kazakhstan, November 1-2, 2012.

International Conference “High-Throughpup Sequencing in Genomics” HSG, Russia, Novosibirsk, 21.07.2013.

«The 5th Congress of European Microbiologists»,Germany, Leipzig, 21.07.2013.

«38th FEBS Congress» Россия, Санкт-Петербург, 06.07.2013.

«19 Российско-Американской симпозиум по биотехнологии в промышленности, сельском хозяйстве и здравоохранении», США, Филадельфия, 11.03.2014.

Уральский Научный Форум «Современные проблемы органической химии», Россия, Екатеринбург, 08.06.2014

International Conference “High-Throughpup Sequencing in Genomics”, Russia, Novosibirsk, 21.07.2013

The 5th Congress of European Microbiologists, Germany, Leipzig 21.07.2013

38th FEBS Congress, Saint Petersburg, Russia, July 6-11, 2013

Международная конференция,  посвященная 75-летию кафедры биотехнологии и 20-летию НИИ проблем биологии и биотехнологии «АКТУАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ БИОТЕХНОЛОГИИ, НАНОТЕХНОЛОГИИ И ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ»

Казахстан, Алматы,21.11.2013

19 Russian-American Symposium on Biotechnology in industry, agriculture and health, Philadelphia, USA , March 11 - 16, 2014

Ecoforum, Saint Petersburg, Russia, September 21-24, 2014

Международный форум «Фармацевтика и медицинские изделия» 2014, Томск, Россия, 23-24 сентября 2014г

8-й международный биотехнологический Форум-выставка  «РосБиоТех 2014» Москва, Россия, октябрь 27-28, 2014

The 2015 TB SUMMIT European Scientific Conferences, United Kingdom, London, March 23-26, 2015

5th International Human Microbiome Congress - IHMC Congress (IHMC), Luxembourg, 31March – 2 April, 2015

Международный военно-технический форум «АРМИЯ-2015» круглый стол «Медицинское обеспечение ВС РФ в условиях Арктики», 16-19 июня, КВЦ "Патриот", Московская область, г.Кубинка

International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics – IPC2015, Budapest, 23rd – 25th June 2015

MedChem 2015, 2nd Russian Conference on Medicinal Chemistry, Novosibirsk, Russia, July 5-10, 2015

Microbios-2015, Ташкент, Узбекистан, 25-27 ноября,  2015

рабочее совещание  "Научное сотрудничество Российского фонда фундаментальных исследований и Национальных институтов здоровья США, Санкт-Петербург, Россия, 13.04.2016

III Международная научная конференция «Генетика и биотехнология XXI века: проблемы, достижения, перспективы», посвящённая 115-летию со дня рождения академика А.Р. Жебрака и XI съезд Белорусского общества генетиков и селекционеров, Минск, 23-25 ноября 2016

Международный конгресс: Биотехнология: состояние и перспективы развития, Москва, Гостиный Двор, 20-22 февраля 2017

Second UK-Russia roundtable discussion “Antimicrobial resistance (AMR): action plans implementation”, Москва, 20-21 февраля 2017

Круглый стол «Микробиом (микробиота) человека в норме и патологии» X Международной научной конференции «Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты» г. Минск, 7 июня 2017 г.

 

Достижения лаборатории


За последние годы создана уникальная технологическая панель для скрининга лекарств для лечения социально значимых заболеваний человека, включая туберкулез. Проверены сотни новых веществ многих групп (бензодиазины, бензофталазины, карбораны, циклопентендионы, индолилмалеимиды, пиридазины, пиразолы, хиноксалины, тиазолы, тиазолтетразины);  Отобраны кандидаты в лекарства, перспективные для лечения инфекционных заболеваний, в первую очередь туберкулеза, а также иммунологических и онкологических заболеваний. Сотрудниками лаборатории сконструирована панель бактериальных высокопроизводительных тест-систем для скрининга ингибиторов серин-треониновых протеинкиназ – основа мишень-направленного поиска химических соединений, потенциальных лекарственных препаратов. Создана и охарактеризована коллекция пробиотических штаммов лактобацилл и бифидобактерий для создания на их основе фармпрепаратов, включая иммуномодуляторы, антиоксиданты, противовоспалительные препараты и адъюванты для вакцин различных классов.

 

Впервые идентифицированы и охарактеризованы системы токсин-антитоксин II типа у бифидобактерий и лактобацилл и на их основе созданы диагностикумы для щтаммовой идентификации геномов и метагеномов ЖКТ человека. Установлена специфичность иммуномодулирующей активности ряда штаммов лактобацилл и бифидобактерий. Секвенированы и аннотированы геномы более 20 штаммов лактобацилл, 10 бифидобактерий, 5 стрептомицетов и боле 20 штаммов M.tuberculosis. Разработана система генотипирования M.tuberculosis, основанная на полиморфизме генов систем токсин-антитоксин II типа и вирулентности. Установлена кристаллическая структура (3D) аминогликозид фосфотрансферазы aph VIII (№ депонирования 4Н05 в PDB).

 

Большой прогресс достигнут сотрудниками лаборатории по направлению микробиом (микробиота) человека. Созданы штаммы лактобактерий и бифидобактерий продуценты ГАМК потенциальные психобиотики. Разработана концепция и технологии создания фармобиотиков с заданными свойствами для профилактики и комплексного лечения различных патологий.

 

Международное сотрудничество


Лаборатория генетики микроорганизмов ИОГен РАН является членом международного консорциума TBResist (http://projects.iq.harvard.edu/tbresist/home). Консорциум был основан в 2011году и на данный момент в него входят 29 научных коллективов из 9 стран (включая США, ЮАР, КНР, Росиию, Швецию и др.). Основным направлением деятельности консорциума является исследование генетических механизмов лекарственной устойчивости M. tuberculosis, в частности МЛУ и ШЛУ. Консорциумом создана база данных полногеномных сиквенсов более 800 клинических изолятов M. tuberculosis, сопровождаемых детальной характеристикой, включающей в себя клинические метаданные и результаты лечения. Подписано соглашение и осуществляется сотрудничество по направлению «Микробиом человека: коммуникация кишечник – мозг с Руанским университетом Франции. Подготовлен проект создания Совместной Российско-Французской лаборатории по этому направлению.

 

Основные публикации 2012 – 2017гг:


1. Lysenkova L., Turchin K., Korolev A., Danilenko V., Bekker O.B., Trenin A.S., Shtil  A.A.,  Preobrazhenskaya M. Synthesis and properties of  a novel brominated oligomycin A derivative / Journal of Antibiotics. 2012.  P.1-3  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22318333

 

2. Беккер О.Б., Мавлетова Д.А., Любимова И.К., Мирончева Т.А., Штиль А.А., Даниленко В.Н. Индукция программированного лизиса культуры Streptomyces lividans ингибиторами серин-треониновых протеинкиназ эукариотического типа / Микробиология. 2012. Т.81. №2. С.177-184. http://elibrary.ru/item.asp?id=17679676

 

3. Прозоров А.А., Зайчикова М.В., Даниленко В.Н. Мутанты Mycobacterium tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью: история появления, генетические и молекулярные механизмы устойчивости, возникающие проблемы / Генетика. 2012. Т.48. N1. С. 5-20. http://elibrary.ru/item.asp?id=17312900

 

4. Zakharevich N.V., Osolodkin D.I., Artamonova I.I., Palyulin V.A., Zefirov N.S., Danilenko V.N. Signatures of the ATP binding pocket as a basis for structural classification of the serine/threonine protein kinases of gram-positive bacteria. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 2012. V.80. №5. P.1363 – 1376. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22275035

5. Елизаров С.М., Алексеева M.Г., Новиков Ф.Н.,  Чилов Г.Г., Маслов Д.А., Штиль А.А., Даниленко В.Н. Идентификация сайтов фосфорилирования аминогликозидфосфотрансферазы VIII Streptomycesrimosus/ Биохимия. 2012. т.77, вып.11, С.1504-1512 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23240563

 

6. Averina O.V., Zakharevich N.V., Danilenko V.N. Identification and Characterization of WhiB-Like Family Proteins of the Bifidobacterium Genus / Anaerobe. 2012. V.18.   Р.421-429 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22609519

 

7.Аверина О.В., Незаметдинова В.З., Алексеева М.Г., Даниленко В.Н. Генетическая нестабильность пробиотических признаков у штамма Bifidobacterium longum subsp. longum В379М в процессе культивирования и поддержания  / Генетика. 2012. Т. 48, № 11, С. 1287-1296 http://elibrary.ru/item.asp?id=18040407

 

8. Lysenkova L., Turchin K., Korolev A., Bykov E., Danilenko V., Bekker O., Trenin A., Elizarov S., Dezhenkova L., Shtil A., Preobrazhenskaya M.,  A novel acyclic oligomycin А derivative formed via retro-aldol rearrangement of oligomycin A / Journal of Antibiotics. 2012. V.65. P.405–411 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22617550

 

9. Lapa G.B., Bekker O.B., Mirchink E.P., Danilenko V.N., Preobrazhenskaya  M.N. Regioselective acylation of congeners of 3-amino-1Hpyrazolo[3,4-b]quinolines, their activity on bacterial serine/threonine protein kinases and in vitro antibacterial (including antimycobacterial) activity / Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, 2012; Р.1-6 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22957725

 

10.  Прозоров А.А., Зайчикова М.В., Даниленко В.Н. Системы генов и белков, влияющие на вирулентность микобактерий, и участие их в осуществлении конъюгации у Mycobacterium smegmatis / Генетика. 2013. т. 49, № 1, С. 125–141 http://elibrary.ru/item.asp?id=18445219

 

11.  Аверина О.В., Алексеева М.Г., Абилев С.К., Ильин В.К., Даниленко В.Н. Распространение генов систем токсин-антитоксин MazEF и RelBE  у бифидобактерий кишечной микробиоты человека / Генетика. 2013. Т.49, № 3, С. 315-327 http://elibrary.ru/item.asp?id=18797091

 

12.  Lyudmila N. Lysenkova, Konstantin F. Turchin , Alexander M. Korolev , Lyubov G. Dezhenkova ,Olga B. Bekker, Alexander A. Shtil, Valery N.Danilenko, Maria N. Preobrazhenskaya. Synthesis and cytotoxicity of oligomycin A derivatives modified in the side chain. Bioorganic Medicinal Chemistry 2013. №21. Р. 2918-2924 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23623676

 

13.  Klimina K.M., Kjasova D.Ch., Poluektova E.U., Leuschner Y., Krügel H., Saluz H.P., Danilenko V.N. Identification and characterization of Toxin-Antitoxin systems in strains of Lactobacillus rhamnosus, isolated from humans.Anaerobe. 2013. №  Р.1-8 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23727113

 

14.  Lysenkova L.N., Turchin K.F., Korolev A.M., Dezhenkova L.G., Preobrazhenskaya M.N., Danilenko V.N., Bekker O.B., Shtil A.A. Study on retroaldol degradation products of antibiotic oligomycin A. Journal of Antibiotics. 2014. Т. 67. № 2. С. 153-158.   1,73 Impact Factor http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24084683

 

15.  Nezametdinova V.Z., Zakharevich N.V., Alekseeva M.G., Averina O.V., Mavletova D.A., Danilenko V.N. Identification and characterization of the serine/threonine protein kinases in Bifidobacterium. Archives of Microbiology. 2014. V.70(3) P.819-34. 1.67 Impact Factor http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24395073

 

16.  Федорова И.А., Даниленко В.Н. Иммуногенные свойства пробиотического компонента микробиоты желудочно-кишечного тракта человека  /Успехи современной биологии. 2014. Т. 134. № 2. С. 99-110.

http://elibrary.ru/item.asp?id=21586307

 

17.  Прозоров А.А., Федорова И.А., Беккер О.Б., Даниленко В.Н. Факторы вирулентности Mycobacterium tuberculosis: генетический контроль, новые концепции. /Генетика. 2014. Т. 50. № 8. С. 885-908.

http://elibrary.ru/item.asp?id=21803483

 

18.  Bekker O.B., Klimina K. M., Vatlin A.A., Zakharevich N. V., Kasianov A. S., Danilenko V. N. Draft Genome Sequence of Streptomyces fradiae ATCC19609, a strain highly sensitive to antibiotics. Genome Annoncements 2014, V.2, № 6, e01247-14. IF нет http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25477406

 

19.  Zakharevich N.V., Averina O.V., Klimina K.M., Kudryavtseva A.V., Kasianov A.S., Makeev V.J., Danilenko V.N. Complete Genome Sequence of Bifidobacterium longum GT15:Unique Genes for Russian Strains. Genome Announcements. 2014. V.2 (6) e01348-14. IF нет http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25523785

 

20.  Алексеева М.Г., Мирончева Т.А., Мавлетова Д.А., Елизаров С.М., Захаревич Н.В., Даниленко В.Н.Биохимическая и структурная характеристика F0F1-АТФ-синтазы Streptomyces fradiae АТСС 19609/ Биохимия, 2015,  № 3, С. 358-373

http://elibrary.ru/item.asp?id=23215384

 

21.   Bekker O.B., Sokolov D. N., Luzina O. A., Komarova N. I., Gatilov Y. V.,  Andreevskaya S. N., Smirnova T.G., Maslov D. A., Chernousova L. N., Salakhutdinov N. F.,  Danilenko V.N. Synthesis and activity of (+)- and (-)-usnic acid derivatives containing 1,3-thiazole cycle against Mycobacterium tuberculosis. Medicinal Chemistry Research. V.24 (7), p. 2926-2938. 1.4 Impact Factor http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84923844467&partnerID=40&md5=c182a7cf0cb02e9c760c9ece5f18da9e

 

22.   Krügel H., Klimina K., Mrotzek G., Tretyakov A., Schöfl G., Saluz H.-P., Brantl S., Poluektova E., Danilenko V. Expression of  the toxin –antitoxin genes yefMLrh, yoeBLrh in human Lactobacillus rhamnosus isolates. J.Basic Microbiology. 2015.V 54 (8). P. 982-91. 1,82 Impact Factor http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25832734

 

23.   Shur K. V., Klimina K. M., Zakharevich N. V., Maslov D. A., Bekker O. B., Zaychikova M. V., Kamaev E. Y., Kravchenko M. A., Skornyakov S. N., Zhang Y., Danilenko V. N. Draft Genome Sequence of Mycobacterium tuberculosis Strain E186hv of Beijing B0/W Lineage with Reduced Virulence. Genome Announcements 2015, V.3 (3), e00403-15. 0,0 Impact Factor http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25953188

 

24.   Yunes RA, Klimina KM, Emelyanov KV, Zakharevich NV, Poluektova EU, Danilenko VN. Draft Genome Sequences of Lactobacillus plantarum Strain 90sk and Lactobacillus brevis Strain 15f: Focusing on Neurotransmitter Genes.Genome Announcements. 2015, V.3(2). e00261-15. 0,0 Impact Factor http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25883284

 

25.   Zakharevich N.V., Averina O.V., Klimina K.M., Kudryavtseva A.V., Kasianov A.S., Makeev V. J., Danilenko V.N. Complete Genome Sequence of Bifidobacterium longum GT15: Identification and Characterization of Unique and Global Regulatory Genes. Microbial Ecology, 2015, V.70(3), P.819-34. 3,12 Impact Factor http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84928128319&partnerID=40&md5=ccff3a73537c842c251136e5d2d85ee8

 

26.   Беляева Е.А., Червинец Ю.В., Червинец В.М., Трошин А.В., Миронов А.Ю., Незаметдинова В.З., Аверина О.В., Даниленко В.Н. Характеристика пробиотических свойств штаммов рода bifidobacterium, Выделенных из желудочно-кишечного тракта жителей центрального региона России / Клиническая лабораторная диагностика. 2015. Т. 60. № 2. С. 53-58. 1.124 Impact Factor http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84936750109&partnerID=40&md5=1a77f55bb7f73ec305fa092cad41ada9

 

27.   Maslov D.A., Shur K.V., Bekker O.B., Zakharevich N.V., Zaychikova M.V., Klimina K.M., Ustinova V.V, Zhang Y., Chernousova.L.A., Danilenko V.N. Draft genome sequence of a two PZA-resistant isolates of Mycobacterium tuberculosis 13-2459 and 13-4152. Genome Announcements 2015, V3 (4),e00758-15. 0,0 Impact Factor http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26139726

 

28.  Maslov D.A., Zaĭchikova M.V., Chernousova L.N., Bekker O.B. , Smirnova T.G., Larionova E.E., Andreevskaya S.N., Zhang Y., Danilenko V.N. Resistance to pyrazinamide in Russian Mycobacterium tuberculosis isolates: pncA sequencing versus Bactec MGIT 960. Tuberculosis 2015, V.95 p. 608-612. 2,71 Impact Factor http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84930608992&partnerID=40&md5=df9780d40ffa7c16ab7925afab9d8234

 

29.   Averina O., Alekseeva M., Shkoporov A., Danilenko V.. Functional analysis of the type II toxin-antitoxin systems of the MazEF and RelBE families in Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697. Anaerobe 2015, V.35, Part B, P.59–67.   2,48 Impact Factor http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26210151

 

30.   Dyachkova M.S., Klimina K.M., Kovtun A.S., Zakharevich N.V., Nezametdinova V.Z., Averina O.V., Danilenko V.N. Draft Genome Sequences of Bifidobacterium angulatum GT 102 and Bifidobacterium adolescentis 150: focusing on the genes potentially involved in the gut-brain axis. Genome Announcements, 2015, 3(4), pii: e00709-15.  0,0 Impact Factor http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26139716

 

31.   Luzina O.A.,Sokolov D.N., Pokrovskii M.A., Pokrovskii A.G., Bekker O.B., Danilenko V.N. Synthesis and biological acnivity of usnic acid enamine derivatives. Chemistry of Natural Compounds 2015, V.51., №4, P. 646-647.  0.51 Impact Factor

http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-84938989741&partnerID=40&md5=7d1a72bdc97264f1845483c6d1863569

 

32.   Даниленко В.Н. У человека есть «второй мозг». Комсомольская правда № 105-ч (26433-ч) , Союзный вече 2015, № 40 стр.12. http://www.souzveche.ru/articles/community/28071/

 

33.   Алексеева М.Г., Мавлетова Д.А., Колчина Н.В., Незаметдинова В.З., Даниленко В.Н.  Выделение и очистка рекомбинантных белков серин-треониновых протеинкиназ штамма Bifidobacterium longum B379M и изучение их активности./ БИОХИМИЯ, 2015, том 80(10), с. 1579 – 1588   1,3 Impact Factor http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26567574

 

34.   Vatlin A.A., Bekker O.B., Lysenkova L.N., Danilenko V.N. Draft Genome Sequence of Streptomyces fradiae olg1-1, a Strain Resistant to Nitrone-Oligomycin. Genome Announcements. 2015 Oct 22;3(5). pii: e01252-15. 0,0 Impact Factor

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26494685

 

35.   Averina O.V., Ermolenko E.I., Ratushniy A.Yu., Tarasova E.A., Borschev Yu.Yu., Leontieva G.F., Kramskaya T.A., Kotyleva M.P., Danilenko V.N., Suvorov A.N. Influence of probiotics on cytokine production in the in vitro and in vivo systems. Medical Immunology (Russia) 10/2015; 17(5):443. 0,48 Impact Factor

http://mimmun.ru/mimmun/article/view/932/821

 

36.   Zaichikova M.V., Zakharevich N.V., Sagaydak M.O., Bogolyubova N.A., Smirnova T.G., Andreevskaya S.A., Chernousova L.N., Alekseeva M.G., Danilenko V.N. Mycobacterium tuberculosis type II toxin-antitoxin systems: a genetic polymorphism, functional properties and the possibility of using for genotyping. journal  PLoS One., 2015., e0143682., P.1-15. Impact Factor: 3.23

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26658274

 

37.   Lysenkova L.N.; Godovikov I.A.; Korolev A.M.; Danilenko V. N.; Bekker O.B.; Mavletova D.A.; Vatlin, A.A. Synthesis and Anti-Actinomycotic Activity of the Oligomycin A Thiocyanato Derivative Modified at 2-Oxypropyl Side Chain. MACROHETEROCYCLES, 2015; 8(4):424-428.  Impact Factor: 0.94  Doi: 10.6060/mhc151084s https://macroheterocycles.isuct.ru/ru/system/files/mhc151084s.pdf

 

38.  Krasnov VP, Vigorov AY, Musiyak VV, Nizova IA, Gruzdev DA, Matveeva TV, Levit GL, Kravchenko MA, Skornyakov SN, Bekker OB, Danilenko VN, Charushin VN.Synthesis and antimycobacterial activity of N-(2-aminopurin-6-yl) and N-(purin-6-yl) amino acids and dipeptides// Bioorg Med Chem Lett. 2016, 26(11), P: 2645-8.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27107949

 

39.   Boyko KM, Gorbacheva MA, Korzhenevskiy DA, Alekseeva MG, Mavletova DA, Zakharevich NV, Elizarov SM, Rudakova NN, Danilenko VN, Popov VO. Structural characterization of the novel aminoglycoside phosphotransferase AphVIII from Streptomyces rimosus with enzymatic activity modulated by phosphorylation// Biochemical and Biophysical Research Communications (BBRC) 2016,  477(4):595-601 doi:10.1016/j.bbrc.2016.06.097   2.371 Impact Factor

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27338640

 

40.   Ватлин А.А., Беккер О.Б., Лысенкова А.М.,Королев А.М., Щекотихин А.Е., Даниленко В.Н. Секвенирование и анализ резистома Streptomyces fradiae ATCC19609 с целью разработки тест-системы для скрининга новых антибактериальных веществ// Генетика, 2016, Т.52, № 6, С. 723-727.  0.448 Impact Factor  http://elibrary.ru/item.asp?id=26301574

 

41.   Shur KV, Zaychikova MV, Mikheecheva NE, Klimina.KM, Bekker OB, Zhdanova SN, Ogarkov OB, Danilenko VN. Draft Genome Sequence of Mycobacterium tuberculosis Strain B9741 of Beijing B0/W lineage from HIV positive patient from Siberia //  Genom Data. 2016 ;10, P:61-62. eCollection 2016. DOI :  10.1016/j.gdata.2016.08.001  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27761405

 

42.   Yunes R.A., Poluektova E.U., Dyachkova M.S., Klimina K.M., Kovtun A.S.,Averina O.V., Orlova V.S., Danilenko V.N. GABA production and structure of gadB/gadC genes in Lactobacillus and Bifidobacterium strains from human microbiota// Anaerobes, 2016. - № 42. - C. 1-8. DOI :10.1016/j.anaerobe.2016.10.011 1.67 Impact Factor

www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1075996416301305

 

43.   Юнес, Р.А., Полуэктова Е.У., Дьячкова М.С., Козловский Ю.Е., Орлова В.С., Даниленко В.Н. Отбор бактерий-симбионтов рода Lactobacillus и Bifidobacterium по их способности синтезировать гамма-аминомасляную кислоту – один из подходов в получении психобиотиков // Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Экология и безопасность жизнедеятельности. 2016. - № 4 – С. 67-79.

 

44.   Даниленко В.Н. Микробная эндокринология и ось головной мозг - желудочно-кишечный тракт// ActaNaturae 2016, СПЕЦВЫПУСК, Т.1.,С.92   1.79 Impact Factor

https://cloud.mail.ru/public/5Y7h/1fo9GvZRb

 

45.   Климина К.М., Емельянов К.В., Захаревич Н.В., Полуэктова Е.У., Касьянов А.С., Даниленко В.Н. Использование функциональных биомаркеров систем токсин-антитоксин II типа для изучения штаммового разнообразия в метагеномах кишечника человека // ActaNaturae 2016, СПЕЦВЫПУСК, Т.2., С.112  1.79 Impact Factor https://cloud.mail.ru/public/8hFX/tjPcRas7X

 

46.  Захаревич Н.В., Ковтун А.С., Аверина О.В., Незаметдинова В.З., Даниленко В.Н. Геномика бифидобактерий, уникальные гены и гены коммуникации.// ActaNaturae 2016, СПЕЦВЫПУСК, Т.2., С.201    1.79 Impact Factor https://cloud.mail.ru/public/8hFX/tjPcRas7X

 

47.   Беккер О.Б., Кравченко М.А., Маслов Д.А., Даниленко В.Н. Отбор кандидатов в потенциальные противотуберкулезные препараты среди соединений классов аминопиримидинов и аминопиридинов / В книге: Структура и динамика молекулярных систем сборник тезисов докладов и сообщений на XXIII Всероссийской конференции "Структура и динамика молекулярных систем", 14-й Школы молодых ученых "Спектроскопия молекулярных систем" и симпозиума "Современные подходы к лечению туберкулеза". 2016. С. 14.

http://elibrary.ru/item.asp?id=26797886

 

48.   Маслов Д.А., Беккер О.Б., Алексеева М.Г., Даниленко В.Н. Ингибиторы микобактериальных серин-треониновых протеинкиназ классов аминопиримидинов и аминопиридинов – потенциальные противотуберкулезные препараты нового поколения/ В книге: Структура и динамика молекулярных систем сборник тезисов докладов и сообщений на XXIII Всероссийской конференции "Структура и динамика молекулярных систем", 14-й Школы молодых ученых "Спектроскопия молекулярных систем" и симпозиума "Современные подходы к лечению туберкулеза". 2016. С. 87-88. http://elibrary.ru/item.asp?id=26798051

 

49.   Shtil A.A., Vatlin A.A., Maslov D.A., Danilenko V.N FOF1 ATP SYNTHASE, A THERAPEUTIC TARGET FOR AIDS ASSOCIATED LYMPHOMA: DESIGN OF NEW INHIBITORS. / ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2016. Т. 8. № 2. С. 112-114. http://elibrary.ru/item.asp?id=26232338

 

50.  Червинец В.М., Червинец Ю.В., Беляева Е.А., Лебедев С.Н., Чаркова А.Р., Трошин А.В., Даниленко В.Н., Урдабаев Ж.К., Жарасов М.Ж., Зевалкина Е.В. Сравнительная характеристика лактобацилл, выделенных из фекалий здоровых людей, проживающих в Российской Федерации и Казахстане // Современные проблемы науки и образования. – 2016. – № 6.  1.028 Impact Factor https://science-education.ru/ru/article/view?id=25904

 

51.  Lysenkova L.N., Saveljev O.Y., Korolev A.M., Danilenko V.N., Bekker O.B., Mavletova D.A., Vatlin A.A., Omelchuk O.A., Shchekotihin A.E. Synthesis of 33-(R,S)-Bromo-33-deoxyoligomycin A / Macroheterocycles 2016 9(3) 307-313 0.80 Impact Factor  https://macroheterocycles.isuct.ru/en/mhc160422s

 

52.   Poluektova E.U., Yunes R.A., Epiphanova M.V., Orlova V.S., Danilenko V.N. The Lactobacillus rhamnosus and Lactobacillus fermentum strains from human biotopes characterized with MLST and toxin-antitoxin gene polymorphism / Archives of microbiology, 2017 Feb 17. 1.760 Impact Factor https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28213763

 

53.  Аверина О.В., Даниленко В.Н. Микробиота кишечника человека: роль в становлении и функционировании нервной системы/ Микробиология, 2017, 86(1) : 5-24, 0.796 Impact Factor  http://elibrary.ru/item.asp?id=28172244

 

54.  Маслов Д.А., Беккер О.Б., Алексеева М.Г., Князева Л.М., Мавлетова Д.А., Афанасьев И.И., Василевич Н.И., Даниленко В.Н. Ингибиторы серин-треониновых протеинкиназ классов аминопиридинов и аминопиримидинов  - кандидаты в препараты для лечения лекарственно-устойчивых форм туберкулеза/ ВЕСНИК РГМУ, 2017, 1:42-47, 0,106 Impact Factor  http://vestnikrgmu.ru/archive/2017/1/4/abstract?lang=ru

 

55.  Шур К.В., Маслов Д.А., Беккер О.Б., Даниленко В.Н. Генотипирование клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis, выделенных в московском регионе, методом MIRU-VNTR / ВЕСНИК РГМУ, 2017, 1:48-51, 0,106 Impact Factor

http://vestnikrgmu.ru/files/issues/2017/1/2017-1-5_ru.pdf?lang=ru

 

56.  Mikheecheva  N.E., Zaychikova  M.V., Melerzanov  A.V., Danilenko V.N. A nonsynonymous SNP catalog of Mycobacterium tuberculosis virulence genes and its use for detecting new potentially virulent sublineages //Genome Biology and Evolution, 2017

4,0 Impact Factor  https://doi.org/10.1093/gbe/evx053

 

57.  Lysenkova LN, Saveljev OY, Grammatikova NE, Tsvetkov VB,  Bekker OB, Danilenko VN, Dezhenkova LG, Bykov EE, Omelchuk OA, Korolev AM, Shchekotikhin AE Verification of oligomycin A structure: synthesis and biological evaluation of 33-dehydrooligomycin A/J Antibiot (Tokyo). 2017 Apr 19. doi: 10.1038/ja.2017.48. 2.173 Impact Factor https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28420869

 

58.  Ковтун А.С., Алексеева М.Г., Аверина О.В., Даниленко В.Н. Идентификация аминогликозидфосфотрансфераз клинических штаммов бактерий в микробиоте жителей России/ ВЕСНИК РГМУ, 2017, 2:14-19. 0,106 Impact Factor

http://vestnikrgmu.ru/files/issues/2017/2017-2_ru.pdf

 

59.  Захаревич Н.В., Даниленко В.Н. Серин-треориновые протеинкиназы бактерий- потенциальная мишень для регуляции состава микробиоты человека/ ВЕСНИК РГМУ, 2017, 2:20-29. 0,106 Impact Factor

http://vestnikrgmu.ru/files/issues/2017/2017-2_ru.pdf