Лаборатория генетики микроорганизмов

 

Новости и объявления

 

Заведующий лабораторией, Заведующий отделом генетических основ биотехнологии, Профессор Факультета медицинской и биологической физики, кафедры биоинформатики МФТИ ( http://mipt.ru/education/chairs/bioinformatics/), Ученый секретарь совета по координации научных исследований по направлению "Медицинские техника, технологии и фармацевтика" РАН, доктор биологических наук, профессор Даниленко Валерий Николаевич (Научная биография).

тел: (499) 135-41-94 (499) 135-30-56

e-mail: valerid(at)vigg.ru

 

Лаборатория генетики микроорганизмов проводит исследования по двум направлениям: Микробиом (микробиота) человека и туберкулез новые вызовы – адекватные ответы.

 

 

Темы исследований:

 

- Исследования в области популяционной генетики микробной экосистемы человека: от пробиотических комменсалов Lactobacillus и Bifidobacterium до латентных форм сосуществования Mycobacterium;

 

- Изучение взаимодействия (коммуникаций) микробиом - мозг человека;

 

- Выявление роли сигнал-передающих систем серин-треониновых протеинкиназ (СТПК) и стресс-адаптивных систем токсин-антитоксин в адаптации к функционированию в конкретных эконишах индивидуума и популяции человека;

 

- Идентификация и характеристика генетического полиморфмизма генов СТПК и генов систем токсин-антитоксин в различных этно-региональных популяциях человека;

 

- Установление новых генетических механизмов взаимодействия коменсальных и некоменсальных бактерий с организмом  человека;

 

- Разработка биомишеней и тест-систем для отбора новых молекул – кандидатов в социально-значимые лекарства.

 

Структура лаборатории:

  1. Группа генетики и сравнительной геномики микобактерий
  2. Группа генетики и сравнительной геномики лактобацилл
  3. Группа генетики и сравнительной геномики бифидобактерий
  4. Группа генетики микробной нейроэндокринологии регуляторных сетей коммуникации микроб-хозяин
  5. Группа генетической разработки биомишеней и тест-систем
  6. Группа биоинформатики

 

Микробиота  кишечника – коммуникация с мозгом в норме и патологиях.

 

Изучение микробиоты (микробиом) человека является глобальным мировым трендом последних лет в области биомедицинских исследований: открытие двунаправленного взаимодействия микробиота кишечника – мозг – произвело революционный идейный переворот в осмыслении функционирования центральной нервной системы, эндокринной и иммунной системы человека. Установлено, что коменсальные микробиоты кишечника способны синтезировать нейротрансмиттеры и многие классы веществ с нейромодулирующей активностью включая серотонин, допамин, адреналин, гамма аминомасляную кислоту, короткоцепочечные жирные кислоты и др. Появилось новое направление в науке получившее название микробной эндокринологии.

 

Лаборатория генетики микроорганизмов ИОГен РАН им. Вавилова в течение последних пяти лет занимается молекулярно генетическими, геномными и метагеномными исследованиями микробиоты (микробиом) человека.  Цель этих исследований выявление роли «пробиотического» компонента микробиоты (бифидобактерий, лактобацилл и др.) в коммуникации с организмом хозяина в норме и в экстремальных стрессовых условиях. В первую очередь речь идет о взаимодействии прямо или косвенно с периферической и центральной нервной системой. Создаются каталоги известных генов с нейромодулирующей активностью и их ортологов, разрабатываются программы для анализа секвенированых метагеномов с целью поиска  «сигнатуры» (композиции генов и видов бактерий их содержащих) характеризующих микробиом ЖКТ человека в норме и при различных заболеваниях, связанных с депрессивными состояниями и нарушениями когнитивных функций. Разрабатываются диагностические наборы для раннего выявления таких заболеваний. Помимо этого проводятся работы по отбору штаммов лактобактерий и бифидобактерий содержащих композиции генов кодируемых ими продуктов способных оказывать нейромодулирующую активность, в частности продуцировать гамма- аминомасляную кислоту, короткоцепные жирные кислоты и другие нейромодуляторы. Неотъемлемой частью этих работ является формирование коллекции образцов микробиоты и штаммов бактерий представителей.

 

Биобанк микробиоты человека.

 

Коллекция была создана в 2009 году для реализации двух проектов:

 

- Государственного контракта №02.522.12.2009 2008–2010 гг. «Разработка технологий универсального быстропереориентируемого производства заквасок прямого внесения для биотехнологической промышленности», РК №01200851378;

 

- Проекта РФФИ 09-04-13709-офиц, 2009-2010 гг. «Разработка тест-системы диагностики штаммов пробиотических бактерий родов Bifidobacterium и Lactobacillus, несущих гены адаптации к стрессовым условиям системы токсин-антитоксин».

 

В последующие годы коллекция пополнилась в основном в рамках следующих проектов: - Государственного контракта Минобрнауки 14N08.12.0021 «Доклинические исследования лекарственного препарата на основе комплекса бифидобактерий, лактобацилл и энтерококков с установленной последовательностью генома для лечения неспецифического язвенного колита» (2014-2015),

 

-  Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Фундаментальные исследования для разработки биомедицинских технологий» «Разработка экспериментального образца набора диагностикумов для идентификации видов и внутривидового разнообразия лактобацилл и бифидобактерий в микробиоте кишечника человека методом мультилокусного секвенирования» (2014 -2016).

 

На сегодняшний день коллекция является уникальной для России и имеет статус внутриинститутской. Коллекция является базовой основой для формирования межотраслевой коллекции под эгидой ФАНО в рамках формируемого Консорциума КПНИ проекта «Микробиом человека».

 

В коллекции «Биобанк микробиоты человека» хранится более 150 образцов фекалий микробиоты человека. Сформирована коллекция лактобацилл 17 видов, в основном это представители 8-ми видов: L. rhamnosus, L.plantarum, L.fermentum, L.casei, L.brevis, L.buchneri, L.helveticus, L.salivarius. Общая численность – 150 штаммов. Также коллекция насчитывает 165 штаммов 20-ти видов бифидобактерий. В коллекции представлены штаммы бифидобактерий, выделенные из микробиоты здоровых взрослых людей и детей, проживающих в центральном регионе России. Среди коллекции штаммов бифидобактерий и лактобацилл проведен скрининг продуцентов гамма-аминомаслянной кислоты (ГАМК), серотонина, допамина и др. Выявлена видо- и штаммоспецифичность проявляемых признаков. Отобраны высокопродуктивные штаммы как потенциальные психобиотики.

 

Коллекция поддерживается и хранится  при помощи комплекта специального оборудования «КСОНМ-170», который включает в себя программируемый Криозамораживатель  Kryo 360, насос PUMP LNP4, контейнер для хранения в азоте Arpege 172 л, контейнер многоугольный Visotube, сосуды Дьюара различной емкости, подставки на колесах для сосудов, кельвинатор, лиофильную сушку, оргтехнику, морозильник, холодильник и необходимую мебель. В лаборатории работают квалифицированные кадры, способные поддерживать жизнеспособность и видовую специфичность коллекции, обеспечить работу по криозамораживанию и длительному хранению биоматериала. Есть помещение, оборудованное ламинарными боксами для проведения работ с лакто и бифидобактериями, образцами фекалий микробиоты человека. Помещение соответствует требованиям техники безопасности. Осуществляется своевременная поставка необходимого количества жидкого азота. Имеется надежная система энергообеспечения, вентиляции и водоснабжения, обеспечивающая длительное хранение биоматериала. Существует установившаяся система обслуживания криозамораживания и хранения коллекции «Биобанк микробиоты человека». Поддержание и развитие коллекции проводится с использованием следующих стандартных операционных процедур (СОП) и методов: 1) СОПы и методы для поддержания единиц хранения: Пересев штаммов для поддержания жизнеспособности бактерий. 2) СОПы и методы контроля качества единиц хранения: Моноклональный рассев бактериальных культур с целью определения морфологической однородности колоний штаммов и отсутствия посторонней микрофлоры в образцах. Определение видовой специфичности штаммов методом ПЦР с использованием наборов видоспецифических праймеров или методом секвенирования генов 16S рибосомальной РНК.3)  СОПы и методы для коррекции нарушений качества единиц хранения: Моноклональный рассев бактериальных культур каждого штамма на селективных средах с целью отбора колоний, типичных по морфологическим и культуральным признакам; подтверждение видовой специфичности штаммов методом ПЦР с использованием наборов видоспецифических праймеров или методом секвенирования генов 16S рибосомальной РНК. 4) методы расширения коллекции: Отбор образцов микробиоты (фекальные пробы, пробы слюны, дентальные соскобы) 5) методы характеризации единиц хранения: Определение видовой специфичности штаммов методом ПЦР с использованием наборов видоспецифических праймеров или методом секвенирования генов 16S рибосомальной РНК. Определение пробиотических свойств штаммов; способности к синтезу биологически активных соединений: ГАМК, антиоксидантов, нейротрансмиттеров, бактериоцинов, иммуномодулирующих компонентов. Для штаммов, перспективных в качестве специализированных пробиотиков – проведение полногеномного секвенирования.  Для отбора проб фекалий и их хранения используются стандартизованные методы: InternationalHumanMicrobiomeStandards

http://www.microbiome-standards.org/fileadmin/Content/IHMS/_IHMS__Deliverable_Report_D2.2.pdf

 

 

Туберкулез новые вызовы – адекватные ответы.

 

Опыт последних десятилетий по изучению механизмов возникновения МЛУ/ШЛУ фенотипа M. tuberculosis и созданию новых антибиотиков, активных в отношении таких штаммов, а также создание профилактических и лечебных генноинженерных вакцин и адъювантов к ним указывает на существование ряда научных проблем, препятствующих их дальнейшей реализации.

 

В лаборатории ведутся исследования, направленные на разработку новых подходов к созданию антибиотиков с принципиально новым механизмом действия, мукозальных вакцин и ДНК-вакцин, адьювантов к данным вакцинам на основе иммуномодулирующих пробиотиков, разработку рекомендаций по использованию существующих и вновь созданных противотуберкулезных препаратов.

 

Согласно оценкам ВОЗ, в 2019 г. число заболевших туберкулезом составило около 10,4 млн. человек, число умерших от этого заболевания приближается к 1,8 млн (WHO's Global tuberculosis report, 2019). Вакцинация против данного заболевания проводится повсеместно, но заболеваемость остается чрезвычайно высокой, поскольку эффективность вакцины BCG, применяемой для глобальной иммунизации, ставится под сомнение. Она может варьировать от 0 до 80% в зависимости от значительного числа факторов, включая возраст, иммунный статус и т.д. (Mangtani P et al., Clin Infect Dis. 2014, 58(4) Pp 470-480.). Поэтому проблема создания новой противотуберкулезной вакцины относится к числу наиболее приоритетных задач фтизиатрии. Наиболее перспективными в настоящее время являются субъединичные вакцины (Kaufmann S.H. et al., Int J Infect Dis. 2017, doi: 10.1016/j.ijid.2016.10.018; Méndez-Samperio P., Scand J., Immunol. 2016, 84(4), Pp 204-10). При разработке таких вакцин ключевой задачей является поиск оптимальных антигенов (Andersen P., Kaufmann S.H., Cold Spring Harb Perspect Med. 2014, 4(6). doi: 10.1101/cshperspect. a018523). Высокую антигенность демонстрируют структурные элементы патогенности, которых у M. tuberculosis насчитывается более 300, и ряд из них в настоящее время рассматривается в качестве основы для разработки субъединичных вакцин (Forrellad M.A., et al., Virulence. 2013, 4(1), Pp 3-66).  Для многих из этих генов характерно наличие однонуклеотидных полиморфизмов, возникавших и накапливавшихся в ходе эволюции, значительная часть которых, приводящая к замене аминокислоты, может оказывать влияние на структуру белка-продукта, изменяя его свойства, в т.ч. антигенную активность. При производстве генно-инженерных вакцин в настоящее время внутривидовое разнообразие M. tuberculosis не учитывается. Используется последовательность целевых генов у лабораторного штамма H37Rv. Но в отношении используемого для изготовления вакцин штамма M. bovis BCG установлено, что возникновение мутаций, вследствие микроэволюции при длительном культивировании, влияет на эффективность вакцины (Brosch R., Proc Natl Acad Sci U S A. 2007, 104(13), Pp 5596-601). Возможно, что антигенная активность белков у штаммов разных линий M. tuberculosis, также различна.

 

Еще одним перспективным направлением представляется разработка кандидатной мукозальной вакцины против туберкулеза, индуцирующей формирование в первую очередь местного мукозального иммунитета. Важность индукции местного противотуберкулезного иммунитета показана в ряде работ, в которых интраназальное введение защитных IgA, предварительная обработка вирулентных M. tuberculosis защитными IgA или же интраназальное введение M. bovis BCG, приводило к формированию эффективного ответа на M. tuberculosis (Uranga S. et al.,  J Vis Exp. 2016,  doi: 10.3791/54440; Zimmermann N. et al., EMBO Mol Med. 2016, 8(11), Pp 1325-39; Alvarez N. et al., Malays J Med Sci. 2014, 21(3), Pp 31-7; Alvarez N., BMC Immunol. 2013, Suppl.1-S3). Применение мукозальной вакцины (отдельно или вместе с подкожной формой), могло бы решить проблемы, возникающие при BCG-вакцинации.

 

Тем не менее, к настоящему моменту ни одна из новых противотуберкулезных вакцин не применяется в клинической практике. Слабой стороной таких вакцин зачастую является низкая иммуногенность, что обусловливает использование в составе вакцинных препаратов иммуноадъювантов. Интраназальное введение пробиотиков также может оказывать адъювантное и иммуномодулирующее действие, повышая эффективность мукозальной иммунной защиты. Отдельные штаммы пробиотиков, в частности бифидобактерий, способны потенциировать продукцию Th17- и Th1- цитокинов (López P. et al., Int J Food Microbiol. 2010, 138(1-2), Pp 157-65), которые играют важную роль в мукозальном иммунном ответе при туберкулезной инфекции (Uranga S. et al., J Vis Exp. 2016,  doi: 10.3791/54440). Таким образом интраназальное введение пробиотиков может оказать адъювантный эффект в отношении мукозальной противотуберкулезной вакцины с формированием протективного иммунитета к вирулентным штаммам M. tuberculosis.

 

Другой серьезной проблемой, стоящей перед современной фтизиатрией, является широкое распространение штаммов с множественной и широкой лекарственной устойчивостью. Первостепенное значение для развития лекарственной устойчивости имеют мутации, приводящие к изменению структуры либо  мишени препарата, либо активатора лекарства. Столь широкое распространение эти штаммы получили в том числе из-за длительного применения одного и того же набора препаратов. Так, бедаквилин недавно стал первым за более чем 40 лет новым противотуберкулезным препаратом, применяемым в клинике (Chahine E.B., et al., Ann Pharmacother. 2014, 48(1), Pp. 107–115).

 

В связи с этим важной задачей является разработка новых противотуберкулезных препаратов, к которым предъявляются определенные требования: высокая антимикобактериальная активность как в отношении лекарственно-чувствительных штаммов M. tuberculosis, так и в отношении штаммов с МЛУ, наличие новой биомишени и отсутствие токсичности.

 

Тем не менее, помимо приобретенной лекарственной устойчивости, существует и природная лекарственная устойчивость, характеризующаяся низким (по сравнению с индуцированной) уровнем устойчивости к антибиотикам. Так при воздействии антибиотика на клетки M. tuberculosis, в клетках патогена активируются транскрипционные факторы, контролирующие экспрессию генов, чьи продукты способны к модификации антибиотиков или их мишеней, обратному транспорту антибиотиков или их активных производных из клеток M. tuberculosis и других генов. Также клетки M. tuberculosis способны к конститутивному неспецифичному обратному транспорту антибиотиков из клеток, благодаря работе многочисленных клеточных транспортеров. Совокупность генов, чьи продукты вовлечены в реализацию природной лекарственной устойчивости называется резистом.

 

Считается, что мутации, приводящие к устойчивости к разным препаратам, возникают независимо друг от друга, хотя в ряде случаев наблюдается перекрестная устойчивость.

 

Явление перекрестной устойчивости - феномена, при котором возникновение устойчивости к одному препарату ведет за собой появление устойчивости к другим, обусловлено генами резистома.  Как было описано выше, функционирование транскрипционных факторов «клеточного стресса» обуславливает экспрессию множества генов резистома и зачастую приводит к повышению лекарственной устойчивости клеток M. tuberculosis сразу к нескольким классам антибиотиков.

 

Сочетание индуцированной и природной, перекрестной, лекарственной устойчивости приводит к повышению общего уровня лекарственной устойчивости патогена. Использование антибиотиков при лечении сопутствующих туберкулезу инфекционных заболеваний или при попадании антибиотиков с продуктами питания может способствовать повышению лекарственной устойчивости M. tuberculosis.

 

Развитие повышенного уровня лекарственной устойчивости, сочетающего в себе индуцированную и природную лекарственную устойчивость, в особенности ее способности к формированию перекрестной лекарственной устойчивости, является важной проблемой, решение которой позволит оптимизировать и усовершенствовать курсы противотуберкулезной терапии.

 

Таким образом, решение проблемы туберкулеза требует комплексного подхода, включающего как разработку новых вакцин для специфической профилактики заболевания, так и разработку новых подходов к лечению, включая поиск новых противотуберкулезных препаратов (Даниленко В.Н., 2019, Разработка технологической платформы для создания инновационных противотуберкулезных препаратов, активных в отношении штаммов с множественной лекарственной устойчивостью, Вестник РАН)

 

С 2015 по настоящее время сотрудники лаборатории являются исполнителями исследований в рамках следующих контрактов:


Российский Фонд Фундаментальных Исследований (РФФИ)

«Изучение функций аминогликозидфосфотрансфераз штамма Streptomyces rimosus subsp. rimosus АТСС10970, обуславливающих природную устойчивость к аминогликозидным антибиотикам» (2017-2019)

«Серин-треониновые протеинкиназы – потенциальная биомишень для коррекции таксономического состава кишечной микробиоты человека при диабете 2 типа». (2018-2019)

 

Минобрнауки

«Доклинические исследования лекарственного препарата на основе комплекса бифидобактерий, лактобацилл и энтереккоков с установленной последовательностью генома для лечения неспецифического язвенного колита» (2013-2015)

«Доклинические исследования пробиотика на основе глутатион-продуцирующего штамма Lactobacillus brevis (с установленной последовательностью генома) для терапии лекарственной энтеропатии» (2016-2018)

 

Минпромторг

«Доклиническая разработка нового ДНК-связывающего соединения на основе имидазолотетразина для терапии злокачественных лимфом» (2013 - 2015)

«Доклинические исследования лекарственного средства на основе селективного ингибитора серин-треониновой протеинкиназы для лечения онкологических заболеваний» (2013-2015)

«Доклинические исследования лекарственного средства- ингибитора IRAK-4 киназы для лечения аутоиммунных и хронических воспалительных заболеваний» (2013-2015)

 

Российский научный фонд

«Полный метагеномный анализ энтеральной микробиоты у детей с расстройством аутистического спектра: поиски маркерных композиций генов» (2017-2019)

«Поиск биомишеней потенциальных противотуберкулезных препаратов класса азоло [1,2,4,5] тетразинов» (2017-2019)

 

Российская академия наук

Программа фундаментальных исследований Президиума РАН «Фундаментальные исследования для разработки биомедицинских технологий» Разработка экспериментального образца набора диагностикумов для идентификации видов и внутривидового разнообразия лактобацилл и бифидобактерий в микробиоте кишечника человека методом мультилокусного секвенирования (2014 -2016)

Гос. задание Выполнение фундаментальных научных исследований по теме «Генетические технологии в биологии, медицине, сельскохозяйственной и природохозяйственной деятельности» - «Микробиом (микробиота) российского человека: функционирование в экстремальных условиях, гены коммуникации и адаптации с организмом хозяина» 2014 – 2020

Гос. задание Выполнение фундаментальных научных исследований по теме «Генетические технологии в биологии, медицине, сельскохозяйственной и природохозяйственной деятельности» - «Генетический контроль лекарственной устойчивости и вирулентности микобактерий» 2019-

 

Международные

«Роль регион-специфичных полиморфизмов генов вирулентности в формировании лекарственной устойчивости Mycobacterium tuberculosis» (госконтракт Минобрнауки, Рамочная программа БРИКС по научно-технологическому и инновационному сотрудничеству, 2017-2019)

 

В период 2015 – 2020 годы результаты НИР были доложены на таких крупных мероприятиях, как:

- The 2015 TB SUMMIT European Scientific Conferences, United Kingdom, London, March 23-26, 2015

 

- 5th International Human Microbiome Congress - IHMC Congress (IHMC), Luxembourg, 31March – 2 April, 2015

 

- Международный военно-технический форум «АРМИЯ-2015» круглый стол «Медицинское обеспечение ВС РФ в условиях Арктики», 16-19 июня, КВЦ "Патриот", Московская область, г.Кубинка

 

- International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics – IPC2015, Budapest, 23rd – 25th June 2015

 

- MedChem 2015, 2nd Russian Conference on Medicinal Chemistry, Novosibirsk, Russia, July 5-10, 2015

 

рабочее совещание «Научное сотрудничество Российского фонда фундаментальных исследований и Национальных институтов здоровья США, Санкт-Петербург, Россия, 13.04.2016

 

- Международный конгресс: Биотехнология: состояние и перспективы развития, Москва, Гостиный Двор, 20-22 февраля 2017

 

- Second UK-Russia roundtable discussion “Antimicrobial resistance (AMR): action plans implementation”, Москва, 20-21 февраля 2017

 

- Круглый стол «Микробиом (микробиота) человека в норме и патологии» X Международной научной конференции «Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты» г. Минск, 7 июня 2017 г.

 

- Семинар «CRISPR-Cas системы у бактерий: эволюция, новые функции, поиски аналогов, использование для геномного редактирования» 08 февраля 2018

 

- Russian-Italian Workshop 15 April 2018

 

- NGS 2018 17 мая 2018

 

- Международный форум «Биотехнология: состояние и перспективы развития» 23 мая 2018г.

 

- Конференция «Патофизиология, клиника и последствия нарушения микробиоты» 26 мая 2018г

 

- Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием "Актуальные вопросы противотуберкулезной помощи в РФ: консолидация усилий в борьбе с туберкулезом" 31 мая 2018-01 июня 2018

 

- Международный симпозиум «Астана Биотех 2018» 12-13 июня 2018

 

- 7th International Human Microbiome Consortium (IHMC 2018) June 26-28 2018

 

- The 43rd FEBS Congress 7-12 july 2018

 

- Международный форум «Неделя национальной безопасности» Конференция «Прорывные разработки и технологии в области медицинского и продовольственного обеспечения военнослужащих» Армия-2018 «24» августа 2018

 

- XI Международный конгресс "Нейрореабилитация 2019", Москва, 15 марта 2019г.

 

- I Национальный Конгресс с международным участием «Лабораторные технологии в репродуктивной медицине и неонатологии: от науки к практике», Москва, Россия, 23 апреля 2019

 

- Конференция «Патофизиология, клиника и последствия нарушений микробиоты». Симпозиум I «Микробиота и кишечная проницаемость – основные патогенетические факторы формирования функциональных и органических заболеваний ЖКТ», 25 мая 2019, Москва, Россия

 

- Форум «Россия в 21 веке глобальные вызовы, риски и решения» Секция «Научно-технологические решения в противодействии техногенным, биогенным, социокультурным угрозам, терроризму и идеологическому экстремизму, киберугрозам и иным источникам опасности для общества, экономики и государства», Москва, 5-6 июня 2019г

 

- Международный научно-практический форум Россия в  ХХI веке: глобальные вызовы, риски и решения», Секция «Направленный поиск препаратов для лечения и предупреждения туберкулеза и других социально-значимых инфекционных заболеваний: фундаментальные и практические аспекты», 11июня 2019 года, Екатеринбург, Россия

 

- Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего». Секция «Микробиом человека: композиция, ключевые биомаркеры и пути коррекции при патологии», Новосибирск 1 июля 2019 г. С 100.

 

- The 44th FEBS Congress. Krakov, Poland, 6-11 July 2019

 

- MNS, 25th july 2019, Marrakesh, Morocco

 

- II Евразийский творческий форум Современная Евразия: синтез науки и искусства «Каспий-колыбель евразийской цивилизации» Алматы, Казахстан 15 октября 2019 г.

 

6th International Forum on Clinical Microbiology and Infectious Diseases&3th Prevention and Control of MDR Summit, we are pleased to invite you to participate at the conference in Shanghai, China, October 18, 2019.

 

II Национальный Конгресс с международным участием «Лабораторные технологии в репродуктивной медицине и неонатологии: от науки и практике», Москва, 13 марта 2020г.

 

Достижения лаборатории


За последние годы создана уникальная технологическая панель для скрининга лекарств для лечения социально значимых заболеваний человека, включая туберкулез. Проверены сотни новых веществ многих групп (бензодиазины, бензофталазины, карбораны, циклопентендионы, индолилмалеимиды, пиридазины, пиразолы, хиноксалины, тиазолы, тиазолтетразины); Отобраны кандидаты в лекарства, перспективные для лечения инфекционных заболеваний, в первую очередь туберкулеза, а также иммунологических и онкологических заболеваний. Сотрудниками лаборатории сконструирована панель бактериальных высокопроизводительных тест-систем для скрининга ингибиторов серин-треониновых протеинкиназ – основа мишень-направленного поиска химических соединений, потенциальных лекарственных препаратов. Создана и охарактеризована коллекция пробиотических штаммов лактобацилл и бифидобактерий для создания на их основе фармпрепаратов, включая иммуномодуляторы, антиоксиданты, противовоспалительные препараты и адъюванты для вакцин различных классов.

 

Впервые идентифицированы и охарактеризованы системы токсин-антитоксин II типа у бифидобактерий и лактобацилл и на их основе созданы диагностикумы для щтаммовой идентификации геномов и метагеномов ЖКТ человека. Установлена специфичность иммуномодулирующей активности ряда штаммов лактобацилл и бифидобактерий. Секвенированы и аннотированы геномы более 20 штаммов лактобацилл, 10 бифидобактерий, 5 стрептомицетов и боле 20 штаммов M. tuberculosis. Разработана система генотипирования M. tuberculosis, основанная на полиморфизме генов систем токсин-антитоксин II типа и вирулентности. Установлена кристаллическая структура (3D) аминогликозид фосфотрансферазы aph VIII (№ депонирования 4Н05 в PDB).

 

Большой прогресс достигнут сотрудниками лаборатории по направлению микробиом (микробиота) человека. Созданы штаммы лактобактерий и бифидобактерий продуценты ГАМК потенциальные психобиотики. Разработана концепция и технологии создания фармобиотиков с заданными свойствами для профилактики и комплексного лечения различных патологий.

 

В лаборатории генетики микроорганизмов ИОГен РАН создан музей из полутора сотен штаммов лактобацилл; 16 штаммов видов Lactobacillus rhamnosus, L.fermentum, L.plantarum, L.brevis секвенированы и депонированы и в GenBank. Осуществлена плазмидная трансформация лактобацилл электропорацией. Проводится изучение свойств лактобацилл (антиоксидантных, иммуностимулирующих, способности продуцировать ГАМК), генетики (системы токсин-антиоксин), методов скрининга до уровня штамма. Проводятся биоинформатические исследования геномов лактобацилл, а также бифидобактерий, стрептомицетов, микобактерий. Успешно клонирован в клетках E. coli ряд генов (аминогликозидфосфотрансферазы Aph VIII Streptomyces rimosus, субъединиц FoF1 АТФ-синтазы Streptomyces fradiae, серин-треониновых протеинкиназ Bifidobacterium longum и генов систем токсин-антитоксин B. longum и Lactobacillus rhamnosus). Оптимизированы условия экспрессии клонированных генов; отработаны методы выделения рекомбинантных белков методом металлоаффинной хроматографии; белки выделены в препаративных количествах и исследована их ферментативная активность. Проведён предварительный анализ CRISPR-Cas систем у Lactobacillus, Bifidobacterium, Mycobacterium. Результаты доложены на межинститутском семинаре в ИОГен РАН «CRISPR-Cas системы у бактерий: эволюция, новые функции, поиски аналогов, использование для геномного редактирования»» (http://vigg.ru/news/ news-single/article/press-reliz-pervogo-mezhinstitutskogo-seminara-crispr-cas/ и vigg.ru/news/news-single/article/press-reliz-vtorogo-mezhinstitutskogo-seminara-crispr-cas/).

 

Международное сотрудничество

 

Лаборатория генетики микроорганизмов ИОГен РАН является членом международного консорциума TBResist (http://projects.iq.harvard.edu/tbresist/home). Консорциум был основан в 2011году и на данный момент в него входят 29 научных коллективов из 9 стран (включая США, ЮАР, КНР, Росиию, Швецию и др.). Основным направлением деятельности консорциума является исследование генетических механизмов лекарственной устойчивости M. tuberculosis, в частности МЛУ и ШЛУ. Консорциумом создана база данных полногеномных сиквенсов более 800 клинических изолятов M. tuberculosis, сопровождаемых детальной характеристикой, включающей в себя клинические метаданные и результаты лечения. Подписано соглашение и осуществляется сотрудничество по направлению «Микробиом человека: коммуникация кишечник – мозг с Руанским университетом Франции на 2017- 2022 годы. Подготовлен проект создания Совместной Российско-Французской лаборатории по этому направлению.

 

Основные публикации 2015 – 2020гг:

1. Алексеева М.Г., Мирончева Т.А., Мавлетова Д.А., Елизаров С.М., Захаревич Н.В., Даниленко В. Н..Биохимическая и структурная характеристика F0F1-АТФ-синтазы Streptomyces fradiae АТСС 19609/ Биохимия, 2015, № 3, С. 358-373

2. Bekker O.B., Sokolov D. N., Luzina O. A., Komarova N. I., Gatilov Y. V., Andreevskaya S. N., Smirnova T.G., Maslov D. A., Chernousova L. N., Salakhutdinov N. F., Danilenko V.N. Synthesis and activity of (+)- and (-)-usnic acid derivatives containing 1,3-thiazole cycle against Mycobacterium tuberculosis. Medicinal Chemistry Research. 2015, V.24 (7), P. 2926-2938.

3. Krügel H., Klimina K., Mrotzek G., Tretyakov A., Schöfl G., Saluz H.-P., Brantl S., Poluektova E., Danilenko V. Expression of the toxin –antitoxin genes yefMLrh, yoeBLrh in human Lactobacillus rhamnosus isolates. J.Basic Microbiology. 2015.V 54 (8). P. 982-91.

4. Shur K. V., Klimina K. M., Zakharevich N. V., Maslov D. A., Bekker O. B., Zaychikova M. V., Kamaev E. Y., Kravchenko M. A., Skornyakov S. N., Zhang Y., Danilenko V. N. Draft Genome Sequence of Mycobacterium tuberculosis Strain E186hv of Beijing B0/W Lineage with Reduced Virulence. Genome Announcements 2015, V.3 (3), e00403-15.

5. Yunes RA, Klimina KM, Emelyanov KV, Zakharevich NV, Poluektova EU, Danilenko VN. Draft Genome Sequences of Lactobacillus plantarum Strain 90sk and Lactobacillus brevis Strain 15f: Focusing on Neurotransmitter Genes.Genome Announcements. 2015, V.3(2). e00261-15.

6. Zakharevich N.V., Averina O.V., Klimina K.M., Kudryavtseva A.V., Kasianov A.S., Makeev V. J., Danilenko V.N. Complete Genome Sequence of Bifidobacterium longum GT15: Identification and Characterization of Unique and Global Regulatory Genes. Microbial Ecology, 2015, V.70(3), P.819-34

7. Беляева Е.А., Червинец Ю.В., Червинец В.М., Трошин А.В., Миронов А.Ю., Незаметдинова В.З., Аверина О.В., Даниленко В.Н. Характеристика пробиотических свойств штаммов рода bifidobacterium, Выделенных из желудочно-кишечного тракта жителей центрального региона России / Клиническая лабораторная диагностика. 2015. Т. 60. № 2. С. 53-58.

8. Maslov D.A., Shur K.V., Bekker O.B., Zakharevich N.V., Zaychikova M.V., Klimina K.M., Ustinova V.V, Zhang Y., Chernousova.L.A., Danilenko V.N. Draft genome sequence of a two PZA-resistant isolates of Mycobacterium tuberculosis 13-2459 and 13-4152. Genome Announcements 2015, V3 (4), e00758-15.

9. Maslov D.A., Zaĭchikova M.V., Chernousova L.N., Bekker O.B., Smirnova T.G., Larionova E.E., Andreevskaya S.N., Zhang Y., Danilenko V.N. Resistance to pyrazinamide in Russian Mycobacterium tuberculosis isolates: pncA sequencing versus Bactec MGIT 960. Tuberculosis 2015, V.95 P. 608-612.

10. Averina O., Alekseeva M., Shkoporov A., Danilenko V. Functional analysis of the type II toxin-antitoxin systems of the MazEF and RelBE families in Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697. Anaerobe 2015, V.35, Part B, P.59–67

11. Dyachkova M.S., Klimina K.M., Kovtun A.S., Zakharevich N.V., Nezametdinova V.Z., Averina O.V., Danilenko V.N. Draft Genome Sequences of Bifidobacterium angulatum GT 102 and Bifidobacterium adolescentis 150: focusing on the genes potentially involved in the gut-brain axis. Genome Announcements, 2015, 3(4), pii: e00709-15

12. Luzina O.A.,Sokolov D.N., Pokrovskii M.A., Pokrovskii A.G., Bekker O.B., Danilenko V.N. Synthesis and biological acnivity of usnic acid enamine derivatives. Chemistry of Natural Compounds 2015, V.51., №4, P. 646-647

13. Алексеева М.Г., Мавлетова Д.А., Колчина Н.В., Незаметдинова В.З., Даниленко В.Н.  Выделение и очистка рекомбинантных белков серин-треониновых протеинкиназ штамма Bifidobacterium longum B379M и изучение их активности. / БИОХИМИЯ, 2015, том 80(10), с. 1579 – 1588

14. Vatlin A.A., Bekker O.B., Lysenkova L.N., Danilenko V.N. Draft Genome Sequence of Streptomyces fradiae olg1-1, a Strain Resistant to Nitrone-Oligomycin. Genome Announcements. 2015 Oct 22;3(5). pii: e01252-15.

15. Averina O.V., Ermolenko E.I., Ratushniy A.Yu., Tarasova E.A., Borschev Yu.Yu., Leontieva G.F., Kramskaya T.A., Kotyleva M.P., Danilenko V.N., Suvorov A.N. Influence of probiotics on cytokine production in the in vitro and in vivo systems. Medical Immunology (Russia) 10/2015; 17(5):443.

16. Zaichikova M.V., Zakharevich N.V., Sagaydak M.O., Bogolyubova N.A., Smirnova T.G., Andreevskaya S.A., Chernousova L.N., Alekseeva M.G., Danilenko V.N. Mycobacterium tuberculosis type II toxin-antitoxin systems: a genetic polymorphism, functional properties and the possibility of using for genotyping. /journal PLoS One., 2015., e0143682., P.1-15.

17. Lysenkova L.N.; Godovikov I.A.; Korolev A.M.; Danilenko V. N.; Bekker O.B.; Mavletova D.A.; Vatlin, A.A. Synthesis and Anti-Actinomycotic Activity of the Oligomycin A Thiocyanato Derivative Modified at 2-Oxypropyl Side Chain. MACROHETEROCYCLES, 2015; 8(4):424-428.

18. Krasnov VP, Vigorov AY, Musiyak VV, Nizova IA, Gruzdev DA, Matveeva TV, Levit GL, Kravchenko MA, Skornyakov SN, Bekker OB, Danilenko VN, Charushin VN.Synthesis and antimycobacterial activity of N-(2-aminopurin-6-yl) and N-(purin-6-yl) amino acids and dipeptides// Bioorg Med Chem Lett. 2016, 26(11), P: 2645-8.

19. Boyko KM, Gorbacheva MA, Korzhenevskiy DA, Alekseeva MG, Mavletova DA, Zakharevich NV, Elizarov SM, Rudakova NN, Danilenko VN, Popov VO. Structural characterization of the novel aminoglycoside phosphotransferase AphVIII from Streptomyces rimosus with enzymatic activity modulated by phosphorylation// Biochemical and Biophysical Research Communications (BBRC) 2016,  477(4):595-601

20. Ватлин А.А., Беккер О.Б., Лысенкова А.М.,Королев А.М., Щекотихин А.Е., Даниленко В.Н. Секвенирование и анализ резистома Streptomyces fradiae ATCC19609 с целью разработки тест-системы для скрининга новых антибактериальных веществ// Генетика, 2016, Т.52, № 6, С. 723-727

21. Shur KV, Zaychikova MV, Mikheecheva NE, Klimina.KM, Bekker OB, Zhdanova SN, Ogarkov OB, Danilenko VN. Draft Genome Sequence of Mycobacterium tuberculosis Strain B9741 of Beijing B0/W lineage from HIV positive patient from Siberia // Genom Data. 2016 ;10, P:61-62. eCollection 2016.

22. Yunes R.A., Poluektova E.U., Dyachkova M.S., Klimina K.M., Kovtun A.S.,Averina O.V., Orlova V.S., Danilenko V.N. GABA production and structure of gadB/gadC genes in Lactobacillus and Bifidobacterium strains from human microbiota// Anaerobes, 2016. - № 42. C. 1-8.

23. Юнес, Р.А., Полуэктова Е.У., Дьячкова М.С., Козловский Ю.Е., Орлова В.С., Даниленко В.Н. Отбор бактерий-симбионтов рода Lactobacillus и Bifidobacterium по их способности синтезировать гамма-аминомасляную кислоту – один из подходов в получении психобиотиков // Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Экология и безопасность жизнедеятельности. 2016. - № 4 – С. 67-79.

24. Червинец В.М., Червинец Ю.В., Беляева Е.А., Лебедев С.Н., Чаркова А.Р., Трошин А.В., Даниленко В.Н., Урдабаев Ж.К., Жарасов М.Ж., Зевалкина Е.В. Сравнительная характеристика лактобацилл, выделенных из фекалий здоровых людей, проживающих в Российской Федерации и Казахстане // Современные проблемы науки и образования. – 2016. – № 6.

25. Lysenkova L.N., Saveljev O.Y., Korolev A.M., Danilenko V.N., Bekker O.B., Mavletova D.A., Vatlin A.A., Omelchuk O.A., Shchekotihin A.E. Synthesis of 33-(R, S)-Bromo-33-deoxyoligomycin A / Macroheterocycles 2016 9(3) 307-313

26. Poluektova E.U., Yunes R.A., Epiphanova M.V., Orlova V.S., Danilenko V.N. The Lactobacillus rhamnosus and Lactobacillus fermentum strains from human biotopes characterized with MLST and toxin-antitoxin gene polymorphism / Archives of microbiology, 2017 Feb 17.

27. Аверина О.В., Даниленко В.Н. (Обзор) Микробиота кишечника человека: роль в становлении и функционировании нервной системы/ Микробиология, 2017, 86(1): 5-24

28. Маслов Д.А., Беккер О.Б., Алексеева М.Г., Князева Л.М., Мавлетова Д.А., Афанасьев И.И., Василевич Н.И., Даниленко В.Н. Ингибиторы серин-треониновых протеинкиназ классов аминопиридинов и аминопиримидинов - кандидаты в препараты для лечения лекарственно-устойчивых форм туберкулеза/ ВЕСНИК РГМУ, 2017, 1:42-47

29. Шур К.В., Маслов Д.А., Беккер О.Б., Даниленко В.Н. Генотипирование клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis, выделенных в московском регионе, методом MIRU-VNTR / ВЕСНИК РГМУ, 2017, 1:48-51

30. Lysenkova LN, Saveljev OY, Grammatikova NE, Tsvetkov VB, Bekker OB, Danilenko VN, Dezhenkova LG, Bykov EE, Omelchuk OA, Korolev AM, Shchekotikhin AE Verification of oligomycin A structure: synthesis and biological evaluation of 33-dehydrooligomycin A/J Antibiot (Tokyo). 2017 Apr 19

31. Ковтун А.С., Алексеева М.Г., Аверина О.В., Даниленко В.Н. Идентификация аминогликозидфосфотрансфераз клинических штаммов бактерий в микробиоте жителей России/ ВЕСНИК РГМУ, 2017, 2:14-19

32. Захаревич Н.В., Даниленко В.Н. Серин-треориновые протеинкиназы бактерий- потенциальная мишень для регуляции состава микробиоты человека/ ВЕСНИК РГМУ, 2017, 2:20-29

33. Mikheecheva N.E., Zaychikova M.V., Melerzanov A.V., Danilenko V.N. A nonsynonymous SNP catalog of Mycobacterium tuberculosis virulence genes and its use for detecting new potentially virulent sublineages //Genome Biology and Evolution, 2017, 9 (4): 887-899.

34. Lysenkova LN, Saveljev OY, Grammatikova NE, Tsvetkov VB, Bekker OB, Danilenko VN, Dezhenkova LG, Bykov EE, Omelchuk OA, Korolev AM, Shchekotikhin AE Verification of oligomycin A structure: synthesis and biological evaluation of 33-dehydrooligomycin A/J Antibiot (Tokyo). 2017 Apr 19. doi: 10.1038/ja.2017.48.

35. Нежинская Г.И., Ермоленко Е.И., Евдокимова Н.Р., Шабанов П.Г., Даниленко В.Н., Суворов А.Н. Влияние количественного содержания бактерий на иммунотоксичность пробиотических препаратов / Медицинская иммунология. 2017. Т. 19. № S. С. 70.

36. Klimina, K.M., Poluektova, E.U., Danilenko, V.N. Bacterial toxin–antitoxin systems: Properties, functional significance, and possibility of use (Review) / Applied Biochemistry and Microbiology, 2017, Vol. 53, No. 5, pp. 494–505.

37. Shur K. V., Maslov D. A., Mikheecheva N. E., Akimova N. I., Bekker O. B., Danilenko V. N. The Intrinsic Antibiotic Resistance to β-Lactams, Macrolides, and Fluoroquinolones of Mycobacteria Is Mediated by the whiB7 and tap Genes / Russian Journal of Genetics, 2017, Vol. 53, No. 9, p. 1006–1015.

38. Bekker O.B., Vatlin A.A., Lysenkova L.N., Shchekotikhin A.E., Danilenko V.N. Draft genome sequencing and analysis of mutations of Streptomyces fradiae strain ATCC19609-Olg4R, resistant to (33S)-33-deoxy-33-thiocyanatooligomycin А / Russian Journal of Genetics, 2017, Vol. 53, No. 9, pp. 1105–1108.

39. Chervinets Y, Chervinets V, Shenderov B, Belyaeva E, Troshin A, Lebedev S, Danilenko V. Adaptation and Probiotic Potential of Lactobacilli, Isolated from the Oral Cavity and Intestines of Healthy People / Probiotics Antimicrob Proteins. 2018, Volume 10, Issue 1, pp 22–33, DOI: 10.1007/s12602-017-9348-9, IF: 1,6

40. Marsova M.V., Abilev S.K., Poluektova E.U., Danilenko V. N. A bioluminescent test system reveals valuable antioxidant properties of lactobacillus strains from human microbiota/ World Journal of Microbiology and Biotechnology, 2018, 34(2):27, doi: 10.1007/s11274-018-2410-2, Q 2; SJR 0,743; IF 2.8

41. Nezametdinova V.Z. Mavletova D.A., Alekseeva M.G., Chekalina M.S., Zakharevich N.V., Danilenko V.N. Species-specific serine-threonine protein kinase Pkb2 of Bifidobacterium longum subsp. longum: Genetic environment and substrate specificity //Anaerobe, 2018, Volume 51, Pages 26-35, doi: 10.1016/j.anaerobe.2018.03.003, Q 2; SJR 1.08; IF 2.84

42. Vatlin AA, Bekker OB, Lysenkova LN, Shchekotikhin AE, Danilenko VN. A functional study of the global transcriptional regulator PadR from a strain Streptomyces fradiae-nitR+bld, resistant to nitrone-oligomycin. / Journal of Basic Microbiology, 2018, Volume 58, Issue 9, Pages 739-746, doi: 10.1002/jobm.201800095, Q 2; SJR 0.529; IF 1.79

43. Zaychikova M., Mikheecheva N., Belay Y., Alekseeva M., Melerzanov A. Single nucleotide polymorphisms of Beijing lineage Mycobacterium tuberculosis toxin-antitoxin system genes: their role in the changes of protein activity and evolution / Tuberculosis, 2018, 112:11-19, doi: 10.1016/j.tube.2018.06.011, Q 2; SJR 1.277; IF 2.72

44. Omelchuk O.A., Lysenkova L.N., Belov N.M., Korolev A.M., Dezhenkova L.G., Grammatikova N.E., Bekker O.B., Danilenko V.N., Shchekotikhin A.E. Synthesis and biological activity of 7(7,11)-hydroderivatives of oligomycin A // Macroheterocycles, 2018, Volume 11, Issue 3, Pages 322-328, doi: 10.6060/mhc180795o, Q 3; SJR 0.304; I F 1.01

45. Omelchuk OA., Belov NM., Tsvetkov VB., Korolev AM., Dezhenkova LG., Grammatikova NE., Lysenkova LN., Bekker OB., Danilenko VN., Shchekotikhin AE. Synthesis and Biological Activity of 16,33-O, O-Diformyl- 16,17-dihydro-16(S),17(R)-dihydroxyoligomycin Aand 33-O-Formyloligomycin A // Macroheterocycles, 2018, 11(2): 181-192, doi: 10.6060/mhc170834o, Q 3; SJR 0.304; I F 1.01

46. Chervinets, Y., Chervinets, V., Shenderov, B., Belyaeva, E., Troshin, A.,Lebedev, S.,Danilenko, V. Adaptation and Probiotic Potential of Lactobacilli, Isolated from the Oral Cavity and Intestines of Healthy People/ Probiotics and Antimicrobial Proteins, 2018,  Volume 10, Issue 1,  Pages 22-33, doi: 10.1007/s12602-017-9348-9, Q3, SJR 0.559; I F 3.05

47. Алексеева М.Г., Рудакова Н.Н., Захаревич Н.В., Мавлетова Д.А., Бойко К.М., Николаева А.Ю., Корженевский Д.А., Даниленко В.Н. Новый ген аминогликозидфосфотрансферазы aph(3'')-Id из Streptomyces rimosus АТСС10970, кодирующий устойчивость к стрептомицину / Генетика, 2018, 54(10):1228-1232, doi: 10.1134/S1022795418100034, Q4; SJR 0,224; I F: 0.51

48. Vatlin A.A, Bekker O.B., Lysenkova L.N., Shchekotikhin A.E., Danilenko V.N. Analysis of Mutations of the Strains of Streptomyces fradiae ATCC 19609-Olg2R Resistant to (33S)-Azido-33-Deoxyoligomycin A/ Russian Journal of Genetics, 2018, Volume 54, Issue 11, 1 Pages 1375-1377, doi: 10.1134/S1022795418110169, Q4; SJR 0.224; I F 0.51

49. Danilenko V.N., Zaychikova M.V., Dyakov I.N., Shur K.V.,Maslov D.A. Mycobacterium tuberculosis: Drug resistance, virulence and possible solutions // Bulletin of Russian State Medical University, 2018, Volume 7, Issue 3, Pages 5-12, doi: 10.24075/brsmu.2018.038, Q 4; SJR 0.11; I F 0.15

50. Zaychikova M.V.,  Zakharevich N.V.,  Chekalina M.S.,  Danilenko V.N CRISPR-as systems of Mycobacterium tuberculosis: The structure, transformation in different lineages in the process of evolution and a possible role in the formation of virulence and drug resistance // Bulletin of Russian State Medical University, 2018, Volume 7, Issue 2, Pages 5-13, doi: 10.24075/brsmu.2018.016, Q 4; SJR 0.11; I F:  0.15

51. Kovtun A.S., Averina O.V., Zakharevich N.V., Kasianov A.S., Danilenko V.N. In silico Identification of Metagenomic Signature Describing Neurometabolic Potential of Normal Human Gut Microbiota// Russian Journal of Genetics, 2018 Volume 54, Issue 9, Pages 1101-1110, doi: 10.1134/S0016675818090084, Q 4; SJR 0.224; I F: 0.51

52. Maslov D.A.,  Bekker O.B.,  Shur K.V.,  Vatlin A.A.,  Korotina A.V.,  Danilenko V.N. Whole-genome sequencing and comparative genomic analysis of mycobacterium smegmatis mutants resistant to imidazo[1,2-b][1,2,4,5]tetrazines, antituberculosis drug candidates // Bulletin of Russian State Medical University, 2018,Volume 7, Issue 3, Pages 19-22, doi: 10.24075/brsmu.2018.039, Q 4; SJR 0.11; I F 0.15

53. Shur K.V., Umpeleva T.V., Bekker O.B., Maslov D.A., Zaychikova M.V., Vakhrusheva D.V., Danilenko V.N. Compilation of the mycobacterium tuberculosis Beijing-b0 lineage sample and identifying predictors of immune dysfunction in source patients// Bulletin of Russian State Medical University, 2018, Volume 7, Issue 3, Pages 23-27, doi: 10.24075/brsmu.2018.040, Q 4; SJR 0.11; I F 0.15

54. Shur K.V., Bekker O.B., Zaichikova M.V., Maslov D.A., Akimova N.I., Zakharevich N.V., Chekalina M.S., Danilenko V.N. Genetic Aspects of Drug Resistance and Virulence in Mycobacterium tuberculosis/ Russian Journal of Genetics 2018, Volume 54, Issue 12, Pages 1385-1396, doi: 10.1134/S1022795418120141, Q4; SJR 0,224; I F 0.51

55. Алексеева М.Г., Мавлетова Д.А., Даниленко В.Н. Тест-система Escherichia coli/aphVIII/gsk3β для селективного скрининга ингибиторов серин-треониновой протеинкиназы GSK3β.//Генетика, 2018, Т.54, приложение с.S14-S17, doi: 10.1134/S0016675818130039, Q4; SJR 0.224; I F: 0.51

56. Klimina, K.; Poluektova E.; Kudryavtseva A.; Kasianov A.; Danilenko V. Type II toxin-antitoxin systems for metagenomic studies/ BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY, FEBS OPEN BIO, 2018, Том: 8 Стр.: 451-451, doi:10.1002/2211-5463.12453, WOS:000437674105132, Q4; SJR; I F: 2,36

57. Maslov D. A.; Shur, K. V.; Vatlin, A. A.; Bekker, O. B.; Korotina, A. V.; Rusinov G. L.; Charushin, V. N.; Danilenko, V. N. Search for azolo[1,2,4,5]tetrazines biotargets in mycobacteria/ FEBS OPEN BIO Том: 8  Стр.: 263-263, Q4; SJR; I F: 2,36

58. Chekalina, M.; Danilenko, V. Study of the PFNA cluster in bifidobacteria: structure, evolution and possible functions/ BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY, FEBS OPEN BIO, 2018, Том: 8 Стр.: 381-382, Q4, WOS:000437674104224, Q4; SJR; I F: 2,36

59. Omelchuk O.; Mavletova D.; Koshenko T.; Lysenkova L.; Bekker O.; Vatlin A.; Danilenko V.; Shchekotikhin A. ATP-synthase inhibition by semi-synthetic oligomycin A derivatives/ BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY, FEBS OPEN BIO, 2018, Том: 8 Стр.: 487-487 WOS:000437674105246, Q4; SJR; I F: 2,36

60. Klimina K., Batotsyrenova E.G., Odorskaya M., Yunes R., Kasyanov A., Danilenko V. Analysis of gut microbiota diversity and physiological parameters in different light/dark cycles / Translating microbiome science IHMC 2018 Book of Abstracts. 2018. С. 193. / 7TH INTERNATIONAL HUMAN MICROBIOME CONSORTIUM MEETING, Killarney, Ireland, 26-28 июня 2018 г.

61. Dyachkova MS, Chekalin EV, Danilenko VN. Positive Selection in Bifidobacterium Genes Drives Species-Specific Host-Bacteria Communication // Frontiers in Microbiology 2019 Oct 15; 10:2374., doi: 10.3389/fmicb.2019.02374. eCollection 2019., Q1; SJR 1.63; IF 4.019

62. Liu J., Shi W., Zhang S., Hao X., Maslov D.A., Shur K.V., Bekker O.B., Danilenko V.N., Zhang Y. Mutations in efflux pump Rv1258c (Tap) cause resistance to pyrazinamide, isoniazid and streptomycin in M. tuberculosis// Frontiers in Microbiology, 2019, V.10., P.1., doi.org/10.3389/fmicb.2019.00216, Q 1, SJR 1.21; I F 4.259

63. Maslov DA, Korotina AV, Shur KV, AA. Vatlin, Bekker OB, Tolshchina SG, Ishmetova RI, Ignatenko NK, Rusinov GL, Charushin VN, Danilenko VN. Synthesis and antimycobacterial activity of imidazo[1,2-b][1,2,4,5]tetrazines. // European Journal of Medicinal Chemistry, 2019, 2019 May 31;178:39-47. doi: 10.1016/j.ejmech.2019.05.081, Q1; SJR 1.21; IF 4.833

64. Fetissov S.O., Averina O.V., Danilenko V.N. Neuropeptides in the microbiota-brain axis and feeding behavior in autism spectrum disorder// Nutrition, 2019, V. 61., P. 43-48, https://doi.org/10.1016/j.nut.2018.10.030, Q2, SJR 2.18; I F 3.568

65. Klimina KM, Kasianov AS, Poluektova EU, Emelyanov KV, Voroshilova VN, Zakharevich NV, Kudryavtseva AV, Makeev VJ, Danilenko VN. Employing toxin-antitoxin genome markers for identification of Bifidobacterium and Lactobacillus strains in human metagenomes. // PeerJ, 2019., 7: e6554, doi: 10.7717/peerj.6554, Q2; SJR1.04; IF 2.118

66. Alekseeva M.G., Boyko K.M., Nikolaeva A.Yu, Mavletova D.A., Rudakova N.N., Zakharevich N.V., Korzhenevskiy D.A., Ziganshin R.H., Popov V.O., Danilenko V.N. Identification, functional and structural characterization of novel aminoglycoside phosphotransferase APH(3'')-Id from Streptomyces rimosus subsp. rimosus ATCC 10970. // Archives of Biochemistry and Biophysics, 2019, 671, P. 111-122., doi: 10.1016/j.abb.2019.06.008, Q2, SJR 1.15; IF 3.118

67. Klimina KM, Batotsyrenova EG, Yunes RA, Gilyaeva EH, Poluektova EU, Kostrova TA, Kudryavtseva AV, Odorskaya MV, Kashuro VA, Kasianov AS, Ivanov MB, Danilenko VN. The effects of desynchronosis on the gut microbiota composition and physiological parameters of rats. // BMC Microbiology 2019 Jul 12;19(1):160. doi: 10.1186/s12866-019-1535-2. Q 2; SJR 1.27; IF 3.287

68. Yunes R.A., Poluektova E.U., Vasileva E.V., Odorskaya M.V., Marsova M.V., Kovalev G.I., Danilenko V.N. A Multi-strain Potential Probiotic Formulation of GABA-Producing Lactobacillus plantarum 90sk and Bifidobacterium adolescentis 150 with Antidepressant Effects. //Probiotics Antimicrob Proteins. 2019 Nov 1. doi: 10.1007/s12602-019-09601-1. Q 2, SJR 0.56; IF 2.962

69. Lysenkova LN, Saveljev OY, Omelchuk OA, Zatonsky GV, Korolev AM, Grammatikova NE, Bekker OB, Danilenko VN, Dezhenkova LG, Mavletova DA, Scherbakov AM, Shchekotikhin AE. Synthesis, antimicrobial and antiproliferative properties of epi-oligomycin A, the (33S)-diastereomer of oligomycin A.// Natural Product Research, 2019 May 10:1-9. doi: 10.1080/14786419.2019.1608540, Q 2; SJR 0.602; IF 1.999

70. Danilenko V.N. Developing a Technological Platform to Create Innovative TB Drugs Active against Multidrug-Resistant Strains// Herald of the Russian Academy of Sciences, 2019, Vol. 89, No. 2, pp. 144–150. doi: 10.1134/S1019331619020035, Q3; SJR 0.277; IF 0.492

71. Maslov D.A., Shur K.V., Vatlin A.A., Danilenko V.N. MmpS5/MmpL5 efflux pump provides imidazo[1,2-b] [1,2,4,5] tetrazine resistance to Mycobacterium smegmatis. // FEBS Open Bio 2019; 9 (Suppl. 1) Pp. 118. doi: 10.1002/2211-5463.12675, Q 4; SJR 0.75; IF 2.126

72. Zakharevich N.V., Nezametdinova V.Z., Averina O.V., Chekalina M.S., Alekseeva M.G., Danilenko V.N. Complete Genome Sequence of Bifidobacterium angulatum GT102: Potential Genes and Systems of Communication with Host // Russian Journal of Genetics, 2019, Volume 55, Issue 7, 1 July 2019, Pages 847-864, doi: 10.1134/S1022795419070160, Q4, SJR 0.224; IF 0.982

73. Захаревич Н. В., Аверина О. В., Незаметдинова В. З., Даниленко В. Н. ПОЛНЫЙ ГЕНОМ Bifidobacterium angulatum GT102. I. ПОТЕНЦИАЛЬНЫЕ ГЕНЫ И ГЕННЫЕ КЛАСТЕРЫ, УЧАСТВУЮЩИЕ ВО ВЗАИМОСВЯЗИ С КЛЕТКАМИ ХОЗЯИНА. // Генетика, 2019, том 55, № 8, с. 876–886. doi: 1134/S0016675819070166, Q 4; SJR 0.224; IF 0.982

74. Незаметдинова В.З., Захаревич Н.В., Аверина О.В., Чекалина М.С., Алексеева М.Г., Даниленко В.Н. Полный геном Bifidobacterium angulatum GT102. II. Системы сигнальной трансдукции и адаптивные гены. // Генетика, 2019, том 55, № 9, с. 1021-1030, doi: 10.1134/S0016675819090108, Q 4; SJR 0.224; IF 0.982

75. Bekker OB, Vatlin AA, Zakharevich NV, Lysenkova LN, Shchekotikhin AE, Danilenko VN. Draft Genome Sequence of Streptomyces xinghaiensis (fradiae) OlgR, a Strain Resistant to Oligomycin A. // Microbiology Resource Announcements, 2019, Jan 10;8(2). pii: e01531-18. doi: 10.1128/MRA.01531-18, Q4; SJR 0.486; I F нет

76. Vatlin AA, Shur KV, Danilenko VN, Maslov DA.  Draft Genome Sequences of 12 Mycolicibacterium smegmatis Strains Resistant to imidazo[1,2-b] [1,2,4,5] tetrazines. // Microbiology Resource Announcements, 2019 Apr 18;8(16). pii: e00263-19. doi: 10.1128/MRA.00263-19.2019, Q 4; SJR 0.486; I F нет

77. Zakharevich Natalia V., Zaychikova Marina V., Shur Kirill V., Bekker Olga B., Maslov Dmitry A., Danilenko Valery N. Sequencing and Analysis of Three Mycobacterium tuberculosis Genomes of the B0/N-90 Sublineage// Microbiology Resource Announcements, 2019 Sep 26;8(39). pii: e00796-19. doi:10.1128/MRA.00796-19. Q 4; SJR 0.486; IF нет

78. Shur KV, Zakharevich NV, Akimova NI, Yunes RA, Frolova SG, Maslov DA, Danilenko VN. Draft Genome Sequences of Mycobacterium tuberculosis Clinical Isolates from the Ural Region of Russia That Carry the pks15/1 Gene. // Microbiol Resour Announc. 2019 Dec 5;8(49). pii: e01126-19. doi: 10.1128/MRA.01126-19 Q 4; SJR 0.486; IF нет

79. Kovtun A.S., Averina O.V., Alekseeva M.G., Danilenko V.N. Antibiotic resistance genes in the gut microbiota of children with autistic spectrum disorder as possible predictors of the disease // Microbial Drug Resistance, 2020, Jan 9.  doi: 10.1089/mdr.2019.0325, Q 3; SJR 0.095; IF 2.4

80. Rudakova N.N., Alekseeva M.G., Zakharevich N.V., Mavletova D.A., Danilenko V.N. Aminoglycoside Phosphotransferase AphSR2 from Stremtomyces rimosus ATCC 10970: Dependence of Antibiotic Resistance on Serine-Threonine Protein Kinases PkSR1 and PkSR2. //Russian Journal of Genetics, 2020, Vol. 56, No. 1, pp. 112–117. doi: 10.1134/S1022795420010093. Q4; SJR 0.224; IF 0.97

81. Aleksey A. Vatlin, Olga B. Bekker, Ludmila N. Lysenkova, Andrey E. Shchekotikhin, Valery N. Danilenko. Bioinformatic analysis of genes of Streptomyces xinghaiensis (fradiae) ATCC 19609 with a focus on mutations conferring resistance to oligomycin A and its derivatives //Journal of Global Antimicrobial Resistance. Q 2; IF 2.469

82. Averina O.V.; Kovtun A.; Polyakova S.I.; Savilova A.M.; Rebrikov D.V.; Danilenko V.N. The bacterial neurometabolic signature of the gut microbiota of young children with autism spectrum disorders //Journal of Medical Microbiology 2020, Q 2; SJR 0.869; IF 2.112

83. Захаревич Н.В., Даниленко В. Н. Коррекция таксономического состава кишечной микробиоты человека. Серин-треониновые протеинкиназы в качестве биомишеней// Успехи современной биологии, 2020 том 140, № 2, с. 116–129

Q4; IF 0.749; SJR 0.224

84. Зайчикова М. В., Даниленко В. Н. Оперон mce актинобактерий – структура и функции// Успехи современной биологии, 2020 том 140, № 3, с. 1-7

Q4; IF 0.749; SJR 0.224

85. Рудакова Н.Н., Алексеева М.Г., Даниленко В.Н. Гены аминогликозидфосфотрансфераз у почвенных бактерий рода Streptomyces. // Успехи современной биологии, 2020. том 140, № 3, с.8-14

Q4; IF 0.749; SJR 0.224

86. Ватлин А.А., Даниленко В.Н. FОF1-АТФаза бактерий – наномотор для синтеза и гидролиза АТФ, механизм взаимодействия с макролидным антибиотиком олигомицином А. // Успехи современной биологии, 2020 № 3

Q4; IF 0.749; SJR 0.224