Информация по соглашению №14.613.21.0068

В ходе выполнения проекта по Соглашению о предоставлении субсидии от 3 октября 2017 года №14.613.21.0068 (Идентификатор соглашения RFMEFI61317X0068) с Минобрнауки России в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» на этапе №2 в период с 01.01.2018 по 31.12.2018 выполнялись следующие работы:

 

  1. Проведение полногеномного секвенирования ДНК изолятов M. tuberculosis из коллекции;
  2. Создание каталога мутаций в генах вирулентности, характерных для линии Beijing B0/W-148;
  3. Анализ in silico полиморфизмов генов вирулентности и лекарственной устойчивости, выявление корреляции между мутациями в генах вирулентности и лекарственно-устойчивым фенотипом, оценка распространения линии Beijing B0/N-90 в России и поиск новых «молодых» подгрупп в рамках группы Beijing B0/W-148 в России;
  4. Создание генетических конструкций для сверхэкспрессии генов дикого типа и их мутантных вариантов, характерных для линии Beijing B0/N-90, а также генов вирулентности, мутации в которых коррелируют с фенотипом лекарственной устойчивости, в клетках M. smegmatis mc2 155 и M. tuberculosis H37Ra.

 

При этом были получены следующие результаты:

 

- Проведено полногеномное секвенирование 100 образцов ДНК изолятов M. tuberculosis.

 

- Проведен анализ in silico полиморфизмов генов вирулентности и лекарственной устойчивости, выявление корреляции между мутациями в генах вирулентности и лекарственно-устойчивым фенотипом, оценка распространения линии Beijing B0/N-90 в России и поиск новых «молодых» подгрупп в рамках группы Beijing B0/W-148 в России. Выявлены маркеры эпидемиологически-опасных сублиний Beijing-B0.

 

- Создан каталог мутаций в генах вирулентности, характерных для линии Beijing B0.

 

- Созданы генетические конструкции для сверхэкспрессии генов дикого типа и их мутантных вариантов, характерных для линии Beijing B0/N-90, а также генов вирулентности, мутации в которых коррелируют с фенотипом лекарственной устойчивости, в клетках M. smegmatis mc2 155 и M. tuberculosis H37Ra. Полученные конструкции будут тестированы на предмет влияния аллельных вариантов генов на уровень лекарственной устойчивости.

- Проведено материально-техническое обеспечение работ.

 

Таким образом, результаты проведенной работы соответствуют задачам, сформулированным в Техническом задании Соглашения, что обеспечивает возможность выполнения его заключительного этапа – создание диагностического набора для выявления эпидемиологически-опасных линий M. tuberculosis.

Информация о работах, выполняемых по Соглашению с Минобрнауки РФ

 

В ходе выполнения проекта по Соглашению о предоставлении субсидии от 3 октября 2016 года №14.607.21.0152 (Идентификатор соглашения RFMEFI60716X0125) с Минобрнауки России в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» на этапе №1 в период с 03.10.2016 по 31.12.2016 выполнялись следующие работы:

 

1 Аналитический обзор современной научно-технической, нормативной, методической литературы, затрагивающей научно-техническую проблему, исследуемую в рамках ПНИЭР;

2 Патентные исследования.

3 Обоснование и выбор методов и средств, направления исследований и способов решения поставленных задач;

4 Сравнительная оценка вариантов возможных решений исследуемой проблемы с учетом результатов прогнозных исследований, проводившихся по аналогичной тематике;

5 Исследование рынка программного обеспечения для обработки геномных данных и идентификации мутаций в клетках опухолей;

6 Анализ баз данных мутаций, возникающих в ходе онкогенеза на основе открытых источников;

7 Материально-техническое обеспечение работ.

 

При этом были получены следующие результаты:

1 Выполнен аналитический обзор информационных источников, который подтвердил актуальность выбранного направления исследований, а также новизну предлагаемых подходов и методов решения поставленных задач.

2 Проведены патентные исследования. В ходе проведения патентного исследования был обработан информационный массив в объеме свыше 5400 единиц патентной документации. При анализе было отобрано 24 патентных документа, касающихся объекта исследования с разной степенью релевантности. В результате сопоставительного анализа отобранных патентных документов и разрабатываемого технического решения не установлено тождество признаков в сравниваемых объектах, т. е. разрабатываемое решение отличается от известных из уровня техники. Следовательно, разрабатываемое техническое решение соответствует критерию патентоспособности «новизна».

3 В результате сравнительной оценки вариантов возможных решений исследуемой проблемы с учетом результатов прогнозных исследований, проводившихся по аналогичной тематике в качестве метода анализа мутаций в образцах опухолей выбран и обоснован метод высокопроизводительного секвенирования ДНК с применением технологии Illumina с дальнейшей биоинформатической обработкой данных с использованием алгоритмов оценки вариаций числа копий фрагментов ДНК нормальных и опухолевых клонов клеток в пределах одного клинического образца;

4 Исследование рынка программного обеспечения для обработки геномных данных показало, что актуальность и перспективность рынка программного обеспечения для анализа генетических данных обусловлена развитием персонализированной медицины, генной терапии, а также стремительным формированием потребительской группы врачей-генетиков, использующих генетические данные в своей практике;

5 Проведен анализ основных баз данных мутаций солидных опухолей и определен полный перечень онкогенов для проведения дальнейших исследований;

6 Выполнено материально-техническое обеспечение работ.

Поставленные на 1 этапе выполнения ПНИЭР задачи решены в полном объеме, что позволило выбрать пути проведения исследований для перехода к разработке прикладного программного обеспечения для идентификации мутаций на основе анализа массивов данных, полученных методом высокопроизводительного секвенирования ДНК.

Таким образом, результаты проведенной работы соответствуют задачам, сформулированным в Техническом задании Соглашения, что обеспечивает возможность выполнения его последующих этапов.