Сотрудники и аспиранты лаборатории:

Слева направо:

Марина Владимировна Шитова

Галина Алексеевна Рубцова

Константин Иванович Афанасьев

Биологический анализ кеты на рыбоводном заводе (о. Итуруп, Южные Курилы)

Татьяна Владимировна Малинина

Светлана Юрьевна Кордичева

Татьяна Алексеевна Ракицкая

Павел Константинович Афанасьев

Валентина Дмитриевна Прохоровская

Евгений Гаджирамазанович Шайхаев

В поисках уникальных популяций

Основные научные направления:

Популяционная генетика рыб:

- изучение популяционной структуры вида у тихо-океанских лососей и других лососевых рыб ДальнегоВостока России;

- исследование генетической организации популяцийлососевых, тресковых, окунеобразных и других рыб по ДНК-маркерам;

- анализ генетического состава стад в связи с ихискусственным воспроизводством на рыбоводных заводах;

- генетическая дифференциация внутривидовыхэкологических форм (сезонных рас, озерной и речной,жилой и проходной форм, других группировок);

- разработка и применение ДНК-маркеров в целяхидентификации популяций и особей;

- оценка генетического состояния стад для решенияпроблем экологической сертификации морскогорыболовства;

- сохранение редких и исчезающих видов и популяцийрыб, в т.ч. в регионах с высоким антропогеннымдавлением.

 

Эволюция и структура ДНК-маркеров у лососевых рыб:

- изучение эволюционных изменений в структуремаркерных локусов у лососевых рыб;

- выявление нуль-аллелей микросателлитных локусов ианализ их географического распространения утихоокеанских лососей;

- исследование дуплицированных маркеров утихоокеанских лососей в связи с их тетраплоиднымпроисхождением;

- оценка темпов эволюционных изменений для различныхтипов ДНК-маркеров;

- выявление филогеографической структуры игенеалогических связей внутривидовых группировок.

 

Тесное сотрудничество лаборатории в области популяционной генетики рыб:

Всероссийский НИИ рыбного хозяйства и океанографии, ВНИРО (Москва)

Сахалинский НИИ рыбного хозяйства и океанографии, СахНИРО (Южно-Сахалинск)

Камчатский НИИ рыбного хозяйства и океанографии, КамчатНИРО (Петропавловск-Камчатский)

ЗАО «Гидрострой» (Курильск, Южно-Сахалинск)

Институт биологических проблем Севера ДВО РАН (Магадан)

Сахалинский государственный университет (г. Южно-Сахалинск)

Институт биологии моря ДВО РАН (Владивосток)

МГУ, кафедра ихтиологии (Москва)

Отдел рыболовства Университета штата Аляска (Джуно)

Университет штата Вашингтон (Сиэтл)

 

Другие интересы:

 

Генетическая история человечества и дифференциация популяций человека:

- гаплогруппы Y-хромосомы, мтДНК и аутосомных блоков как маркеры древних популяционных событий;

- популяционно-генетические аспекты расовой и этнической дифференциации;

- популяционные проблемы судебной генетики.

 

Тесное сотрудничество:

Стэнфордский университет (Калифорния)

Эстонский Биоцентр (Тарту)

Институт криминалистики Республики Беларусь (Минск)

Институт биологических проблем Севера ДВО РАН (Магадан)

Институт генетики и физиологии АН Башкортостана (Уфа)

 

Студенты, аспиранты, стажёры:

Студентам кафедры генетики и разведения животных МСХА им. К.А. Тимирязева сотрудники лаборатории читают курс лекций по популяционной генетике (Животовский Л.А.) и проводят семинары по генетике и биометрии (Шитова М.В.).

Курс лекций по генетике популяций читается студентам Сахалинского и Тартусского университетов (Животовский Л.А.).

С аспирантами лаборатории и другими молодыми сотрудниками ИОГЕН и других учреждений с 2009г. ведётся углубленное изучение теории популяционной генетики (Животовский Л.А.).

В лаборатории проходят производственную практику и делают диплом студенты кафедры генетики и разведения животных МСХА им. К.А. Тимирязева и других вузов Москвы (руководители: Афанасьев, Малинина, Животовский).

В лаборатории проходят стажировку и проводят совместные исследования сотрудники других учреждений: каф. ихтиологии МГУ, ВНИРО, КамчатНИРО, Сахалинского гос. университета (консультанты: Афанасьев К.И., Рубцова Г.А., Малинина Т.В.,Прохоровская В.Д., Ракицкая Т.А., Шитова М.В., Животовский Л.А.).

Студенты и аспиранты участвуют в экспедициях лаборатории на Южные Курильские острова, Сахалин, Камчатку, Приморье, Чукотку.

 

Статьи за последнее время (2008-2011):

 

2011 (принятые и представленные)

Афанасьев К.И., Рубцова Г.А., Шитова М.В., Малинина Т.В., Ракицкая Т.А., Прохоровская В.Д., Шевляков Е.А., Заварина Л.О., Бачевская Л.Т., Черешнев И.А., Брыков В.А., Ковалёв М.Ю., Шевляков В.А., Сидорова С.В., Борзов С.И., Погодин В.П., Фёдорова Л.К., и Животовский Л.А. Популяционная структура кеты (Oncorhynchus keta) российского Дальнего Востока, выявленная по микросателлитным маркерам. Биология моря (в печати)

Афанасьев К.И., Г.А. Рубцова, М.В. Шитова, Т.В. Малинина, А.М. Каев, Л.К. Федорова, и Л.А. Животовский. Межрегиональная дифференциация кеты Сахалина и Южных Курил по микросателлитным локусам. В сб. «Генетика, селекция, гибридизация, племенное дело и воспроизводство рыб». Изд. ГосНИОРХ, С-Петербург. (в печати)

Животовский Л.А., Рубцова Г.И., Шитова М.В., Шевляков Е.А., Фёдорова Л.К., и Афанасьев К.И. База микросателлитных ДНК-данных по кете Дальнего Востока России. В: Шунтов В.П. (ред.). Реализация «Концепции дальневосточной бассейновой программы изучения тихоокеанских лососей». Владивосток, ТИНРО-центр. Бюл. № 5.

Животовский Л.А., Рубцова Г.А., Шитова М.В., Малинина Т.В., Ракицкая Т.А., Прохоровская В.Д., и Афанасьев К.И. Перспективы создания банка ДНК-данных в целях экологической сертификации промысла тихоокеанских лососей. В сб. «Генетика, селекция, гибридизация, племенное дело и воспроизводство рыб». Изд. ГосНИОРХ, С-Петербург. (в печати)

Жиркова В.В., С.А.Федорова, В.Л.Ахметова, Л.А.Животовский, Э.К.Хуснутдинова. Аллельный полиморфизм шести микросателлитных локусов ДНК в популяциях республики Саха (Якутии). Молек. биология (в печати)

Рубцова Г.А., Афанасьев К.И., Малинина Т.В., Шитова М.В., Ракицкая Т.А., Прохоровская В.Д., Животовский Л.А. 2010. Сравнительный анализ дифференциации популяций кеты (Oncorhynchus keta W.) по микросателлитным и аллозимным маркерам. В сб. «Генетика, селекция, гибридизация, племенное дело и воспроизводство рыб». Изд. ГосНИОРХ, С-Петербург. (в печати)

Шитова М.В., Г.А.Рубцова, К.И.Афанасьев, Т.В.Малинина, и Л.А.Животовский. 2010.

Экологическая сертификация морского рыболовства: возможности и перспективы генетических исследований (на примере кеты Сахалинской области). В сб. «Иинновации аграрной науки». Изд. Московской с/х академии им. К.А. Тимирязева, Москва (в печати)

Шитова М.В., Г.А. Рубцова, К.И. Афанасьев, Т.В. Малинина, Л.А. Животовский. 2010.

Микросателлитный анализ как метод изучения генетической структуры заводских популяций кеты (Oncorhynchus keta Walbaum) островов Сахалин и Итуруп. В сб. «Генетика, селекция, гибридизация, племенное дело и воспроизводство рыб». Изд. ГосНИОРХ, С-Петербург. (в печати).

Rand, P.S., B. Allee, B. Berejikian, A. Bidlack, D. Bottom, J. Gardner, J. Gordon, M. Kaeriyama, R. Lincoln, M. Nagata, T. Pearsons, M. Schmidt, W. Smoker, L. Weitkamp and L. Zhivotovsky.

Ecological interactions between wild and hatchery salmon and key recommendations for research and management actions in selected regions of the North Pacific. Special Issue: Ecological Interactions Between Wild and Hatchery Salmon. Environmental Biology of Fishes, Springer Netherlands. (subm.)

Zhivotovsky, L.A., L.K. Fedorova, G.A. Rubtsova, M.V. Shitova, T.A. Rakitskaya, V.D. Prokhorovskaya, B.P. Smirnov, A.M. Kaev, V.M. Chupakhin, V.G. Samarsky, V.P. Pogodin, S.I. Borzov, and K.I. Afanasiev. 2010. Ecological and genetic impacts of an expanded hatchery stock on neighboring wild populations: An example from a chum salmon metapopulation in Iturup Island. Special Issue: Ecological Interactions Between Wild and Hatchery Salmon.

Environmental Biology of Fishes, Springer Netherlands. (subm.)

Shitova M.V., A.A. Yurchenko, E.G. Shaykhaev, G.O. Shaykhaev, A.Yu. Semenchenko, and L.A. Zhivotovsky. A new set of microsatellite markers for endangered salmonid Sakhalin taimen Parahucho perryi. (ms for Conservation Biology).

 

2010

Животовский Л.А., Самарский В.Г., Диденко С.Ю. 2010. Заводскому и дикому лососю – дружить и умножаться! www.fishkamchatka.ru

Животовский Л.А. 2010. О сохранении генофондов лососей в лососевых рыбохозяйственных заповедных зонах. В кн. «Лососевые рыбохозяйственные заповедные зоны на Дальнем Востоке России» (ред. Павлов Д.С. и Глубоковский М.К.). изд. ВНИРО. С. 83-92.

Животовский Л.А.,Фёдорова Л.К., Шитова М.В., Борзов С.И., Погодин В.П., Рубцова Г.И., и Афанасьев К.И. 2010. Изменчивость цвета мяса у производителей заводской кеты о. Итуруп. Вопросы рыболовства, т. 11, №2, с. 313-326.

Кордичева С.Ю., Рубцова Г.А., Шитова М.В., Шайхаев Г.О., Афанасьев К.И., Животовский Л.А. 2010. Выявление нуль-аллелей в микросателлитном локусе кеты (Oncorhynchus keta Walbaum). Генетика 46: 1143-1147.

Цыбовский И.С., В.М.Веремейчик, С.В. Крицкая, С.А. Евмененко, С.М. Лобацевич, А.В. Павлюченко, Н.А.Картель и Л.А. Животовский. 2010. Референтная база данных аутосомных ДНК-маркеров: возможности анализа больших массивов генотипов современного населения Беларуси. Доклады НАН Беларуси.

Pereira L., F. Alshamali, R. Andreassen, R. Ballard, W. Chantratita, N.S. Cho, C. Coudray, J.-M. Dugoujon, M. Espinoza, F. Gonz?lez-Andrade, S. Hadi, U.-D. Immel, N.a Jeran, D. Havas, C. Marian, A. Gonzalez-Martin, G. Mertens, W. Parson, C. Perone, L. Prieto, H. Takeshita, H.R. Villalobos, Zh. Zeng, L. Zhivotovsky, R. Camacho, N. A. Fonseca. 2010. PopAffiliator: Online calculator for individual affiliation to a major population group based on 17 autosomal STR genotype profile. International Journal of Legal Medicine DOI 10.1007/s00414-010-0472-2.

Underhill P.A., N.M. Myres, S. Rootsi, M. Metspalu, L.A. Zhivotovsky, R. King, A. Lin, Ch.-E. T. Chow, O. Semino, I. Kutuev, M. J?rve, G. Chaubey, A. Qasim, S. Sengupta, E.I. Rogaev, E.K. Khusnutdinova, A. Pchenichnov, N. Jeran, D.H. Augustin, M. Baldovic, R.J. Herrera, K. Thangaraj, L. Singh, P. Majumder, R. Villems, and T. Kivisild. 2010. Separating the post-glacial coancestry of European and Asian Y chromosomes within haplogroup R1a. European Journal of Human Genetics 18: 479-484.

Zhivotovsky, L.A. 2010. Studies in genetic structure of Pacific salmon populations in the Russian Far East with use of microsatellite markers. Bull. North Pacific Anadrom Fish Comission. Doc. #1274.

 

2009

Животовский Л.А. 2009. Популяционные и эволюционные исследования Николая Петровича Дубинина.

Животовский Л.А. и Имашева А.Г. 2009. Одиссея мужской хромосомы. Природа №2: 48-55.

Животовский Л.А., Л.К. Фёдорова, Б.П. Смирнов, В.М. Чупахин. 2009. Статистические проблемы анализа данных «скат-возврат» при оценке работы лососевых рыбоводных заводов (на примере Курильского ЛРЗ, о. Итуруп). В: Шунтов В.П. (ред.). Реализация «Концепции дальневосточной бассейновой программы изучения тихоокеанских лососей». Владивосток, ТИНРО-центр. Бюл. № 4. С. 140-147.

Животовский Л.А., Г.А. Рубцова, М.В. Шитова, Т.В. Малинина, Т.А. Ракицкая, В.Д. Прохоровская, К.И.Афанасьев. 2009.

Генетические принципы экологической сертификации промысла тихоокеанских лососей. В: Шунтов В.П. (ред.). Реализация «Концепции дальневосточной бассейновой программы изучения тихоокеанских лососей». Владивосток, ТИНРО-центр. Бюл. № 4. С. 117-125.

Салменкова Е.А, В.Т.Омельченко, К.И.Афанасьев, Г.А.Рубцова, М.Ю.Ковалев. Генетическая дивергенция популяций белого гольца Salvelinus albus Glubokovsky, северной и южной форм мальмы Salvelinus malma Walbaum (Salmonidae) по микросателлитным локусам.

Строганов А.Н., Орлов А.М., Афанасьев К.И., Бурякова М.Е., Рубцова Г.А. 2009.

Предварительные данные по изменчивости трех микросателлитных локусов у тихоокеанской Gadus macrocephalus и атлантической G. morhua трески (Gadidae). Вопросы ихтиологии 49:191-199.

Цыбовский И.С., В.М.Веремейчик, С.В. Крицкая, С.А. Евмененко, С.М. Лобацевич, А.В. Павлюченко, Н.А. Картель, и Л.А. Животовский. 2009. Оценка принципиальной возможности использования больших массивов генотипов населения для создания референтной базы данных аутосомных ДНК-маркеров в Республике Беларусь.

Молекулярная и прикладная генетика, Ин-т генетики и цитологии НАН Беларуси, изд. «Право и экономика», Минск, т. 9: 103-113.

Шитова М.В., К.И. Афанасьев, Г.А. Рубцова, Т.В. Малинина, C.В. Сидорова, Л.А. Животовский. 2009. Микросателлитная изменчивость заводских популяций кеты (Oncorhynchus keta Walbaum) о. Сахалин. Вопросы рыболовства 10, №1: 102-115.

Hammer M.F., Behar D.M., Karafet T.M., Mendez F.L., Hallmark B., Erez T., Zhivotovsky L.A., Rosset S., Skorecki K..2009. Extended Y chromosome haplotypes resolve multiple and unique lineages of the Jewish priesthood. Human Genetics 126: 707-717

Hammer M.F., Behar D.M., Karafet T.M., Mendez F.L., Hallmark B., Erez T., Zhivotovsky L.A., Rosset S., Skorecki K..2009. Response. Human Genetics. [Epub ahead of print] PMID: 19813024 [PubMed]

J?rve M., L.A. Zhivotovsky, S. Rootsi, H. Help, E.I. Rogaev, E.K. Khusnutdinova, T. Kivisild, and J.J. Sanchez. 2009. Decreased rate of evolution in Y chromosome STR loci of increased size of the repeat unit. PLoS ONE 4: e7276 (open access).

Klari?, I.M., M.P. Salihovi?, L.B. Lauc, L.A. Zhivotovsky, S. Rootsi, and B. Jani?ijevi?. 2009.

Dissecting molecular architecture and origin of Bayash Romani patrilineages: Genetic influences from South-Asia and the Balkans. American Journal of Physical Anthropology 138: 333-342.

Zhivotovsky L.A., V.M. Veremeichyk, N.N. Kuzub, L. A. Atramentova, I.G. Udina, N.A. Kartel, and I.S. Tsybovsky. 2009. A reference data base on STR allele frequencies in the Belarus population developed from paternity cases. Forensic Science International (Genetics) 3: e107-e109.

Zhivotovsky L.A., B.A. Malyarchuk, M.V. Derenko, M. Wozniak, T. Grzybowski. 2009. Developing STR data bases on structured populations: The native South Siberian population versus the Russian population. Forensic Science International (Genetics) 3: e111-e116.

Zhivotovsky L.A., V.L. Akhmetova, S.A. Fedorova, V.V. Zhirkova, and E.K. Khusnutdinova. 2009.

An STR database on the Volga-Ural population. Forensic Science International (Genetics) 3: e133-e136.

 

2008

Афанасьев К.И., Г.А. Рубцова, М.В. Шитова, Т.В. Малинина, и Л.А. Животовский. 2008.

Межрегиональная дифференциация кеты Сахалина и Южных Курил по микросателлитным локусам. Генетика 44, №7: 956-963.

Животовский Л.А., Афанасьев К.И., Рубцова Г.А., Шитова М.В., Малинина Т.В., Ракицкая Т.А., Прохоровская В.Д., Салменкова Е.А., Фёдорова Л.К., Борзов С.И., Погодин В.П. 2008. О создании базы ДНК-данных для решения проблем воспроизводства, идентификации и сертификации популяций тихоокеанских лососей на примере кеты о. Итуруп. Вопросы рыболовства. Т. 9, №1 (33), С. 96-109.

Каев А.М., Афанасьев К.И., Рубцова Г.А., Малинина Т.В., Шитова М.В., Борзов С.И., Фёдорова Л.К. и Животовский Л.А. 2008. О генетической дифференциации кеты речного и озёрного экотипов на о. Итуруп (Курильские острова). В кн. «Современное состояние водных биоресурсов». Владивосток: ТИНРО-центр, С. 372-374.

Рубцова Г.И., Афанасьев К.И., Малинина Т.В., Шитова М.В., Ракицкая Т.А., Прохоровская В.Д., Животовский Л.А. 2008.

Дифференциация популяций кеты (Oncorhynchus keta Walbaum) по микросателлитным и аллозимным маркерам: сравнительный анализ. Генетика 44, №7: 964-971.

Салменкова Е.А., В.Т. Омельченко, К.И. Афанасьев, Г.А. Рубцова. 2008. Генетическое разнообразие азиатской кеты Oncorhynchus keta Walbaum (Salminidae, Salmoniformes) и динамика генофондов сахалинских популяций при искусственном воспроизводстве. Вопросы ихтиологии 48, №3: 361-373.

Cadenas A.M., L.A. Zhivotovsky, L.L Cavalli-Sforza, P.A. Underhill, and R.J. Herrera. 2008. Ychromosome diversity characterizes the Gulf of Oman. European Journal of Human Genetics 16: 374-386.

King R.J., ?zcan S.S., Carter T., Kalfo?lu E., Atasoy S., Triantaphylldis C., Kouvatsi A., Lin A.A., Chow C.-E. T., Zhivotovsky L.A., Michalodimitrakis M. and Underhill P.A. 2008. Differential Ychromosome Anatolian influence on the Greek and Creatan Neolithic. Annals of Human Genetics 72: 205-214.

Zhivotovsky L.A., K.V. Krutovsky. 2008. Self-citation can inflate h-index. Scientometrics 77: 373-375.

 

Наш отдых:

Из стенгазеты на встрече Нового Года