Категория: Сегодня и завтра
Всеволод Макеев о функциональной аннотации генома млекопитающих
Московский семинар по биоинформатике, четверг, 20 февраля 2014, 18.00 в Институте молекулярной биологии РАН
Московский семинар по биоинформатике
Четверг, 20 февраля 2014, 18.00
Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта РАН. Ул. Вавилова 32, 3 этаж, конференц-зал.
Всеволод Макеев, Иван Кулаковский, Илья Воронцов и консорциум FANTOM5
Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН
Обзор предварительных результатов 5й стадии проекта FANTOM по функциональной аннотации генома млекопитающих
Проект FANTOM (Functional ANnoTation Of Mammals) осуществляется международным консорциумом, организованным Yoshihide Hayashizaki (RIKEN, Yokohama, Japan) , и его коллегами в 2000 году для изучения транскриптов и транскрипционных регуляторных сетей у млекопитающих. На пятой стадии проекта были выявлены промоторы, экспрессирующиеся более чем в 200 типах клеток у человека и мыши (всего около 1400 образцов). Для этого использовалась технология CAGE (Cap Analysis of Gene Expression), дополненная секвенированием одиночных молекул Helicos. Проект дает уникальную информацию об архитектуре промоторов млекопитающих, тканеспецифичности и уровнях экспрессии, а также о ключевых регуляторах состояния клетки и функциях основных кодирующих и некодирующих транскриптов. В презентации будут объяснены основные типы данных, которые станут доступны в течении ближайших нескольких месяцев, и работа по определению роли мотивов в ДНК, ответственных за специфическое связывание факторов регуляции транскрипции и формировании специфического
профиля экспрессии промоторов.