Категория: Семинары
Продолжение лекции Н.Н.Хромова-Борисова
5 октября в 14.00"Современное общедоступное программное обеспечение для биостатистических вычислений", Семинар отдела генетической безопасности.
Будут представлены программные пакеты, которые не вошли в первую лекцию, и проведены практические занятия.
28 сентября в 15.00
в конференц-зале ИОГен РАН состоится лекция-семинар на тему:
Современное общедоступное программное обеспечение для биостатистических вычислений
Лектор:
Никита Николаевич Хромов-Борисов
доцент каф. физики, математики и информатики
СПбГМУ им. акад. И.П. Павлова (Санкт-Петербург)
В программе:
1. Общестатистическое ПО
R, AtteStat, PAST, Instat+, LePAC, LePrep, G*Power, WinBUGS, ISW
2. Генетико-популяционное ПО
GENEPOP, GenAlEx, PowerMarker, Arlequin, GDA, ABOestimator.
Приглашаются все желающие, в особенности аспиранты и молодые сотрудники.
Просьба придти со своими ноутбуками с заранее установленными программами.
Список программ и ссылок, составленный Н.Н.Хромовым-Борисовым, необходимых для практического освоения на семинаре (коллекция свободно распространяемого ПО).
Общий объем программ - около 270 МБ.
Для планируемых занятий по современным статистическим и популяционно-генетических программ необходимо скачать и установить на свой компьютер новейшие версии следующих программ:
Если на компьютере находятся более ранние версии, то перед установкой свежих версий старые версии лучше всего удалить (т.е. не записывать новые версии поверх старых).
1.R - свободная программная среда для вычислений с открытым исходным кодом
http://cran.r-project.org/bin/windows/base/R-2.15.1-win.exe
2.RStudio - интегрированная среда разработки
3.Программа анализа данных AtteStat, 32-разрядная (64-разрядная плохо работает)
http://attestatsoft.narod.ru/download/AtteStat_32.exe
Программа устанавливается как надстройка к Excel, поэтому перед ее установкой должны быть закрыты все экселевские страницы.
Там же стоит скачать очень полезное мощное 500-страничное «Руководство пользователя»:
http://attestatsoft.narod.ru/download/AtteStat_Manual.pdf
Это одна из немногих программ, для которой свободно доступен также исходный текст программы:
http://attestatsoft.narod.ru/download/AtteStat_code.exe
Автор считает, что в публикациях достаточно ссылаться на его сайт, но, но некоторые научные журналы не принимают такие ссылки, и поэтому я бы рекомендовал, кроме ссылки на сайт программы, ссылаться и на его статью:
Гайдышев И.П. Статистика в публикациях // «Гений ортопедии», 2005. - №4. - С. 155-161.
4.PAST – пакет программ для анализа данных
http://www.nhm2.uio.no/norlex/past/Past.exe
Программа не требует инсталляции, ею можно пользоваться даже на флэшке.
Там же следует скопировать полезное руководство
http://www.nhm2.uio.no/norlex/past/pastmanual.pdf
Там же можно скопировать некоторые дополнительные обучающие материалы и примеры.
Авторы постоянно совершенствуют программу PAST и расширяют ее возможности, поэтому полезно подписаться на рассылку новостей и обсуждений (число подписчиков достигает почти 1700):
https://sympa.uio.no/nhm.uio.no/info/past-users
В публикациях авторы просят ссылаться на:
Hammer, Ø., Harper, D.A.T., Ryan, P.D. 2001. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontologia Electronica, 2001. – Vol. 4. – No. 1: 9pp. http://palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm
5.Instat+, статистический пакет общего назначения
http://www.reading.ac.uk/ssc/n/software/instat/337/Instat+_v3.37.msi
Там же доступно руководство
http://www.reading.ac.uk/ssc/n/software/instat/tutorial.pdf
Не путать с довольно примитивной программой InStat (http://www.graphpad.com/scientific-software/instat/) от фирмы GraphPad, выпускающей полезную, но коммерческую программу Prism (http://www.graphpad.com/)
6.LePAC – программа для статистического анализа экспериментальных данных, посвященная в основном бейзовским методам
http://www.univ-rouen.fr/LMRS/Persopage/Lecoutre/telechargements/LePAC2Englishsetup.zip
Для предпочитающих французский язык там же доступна французская версии программы.
Полезно также ознакомиться с публикациями автора на этом сайте.
7.LePrep – «вероятности воспроизведения и статистические предсказания»
http://www.univ-rouen.fr/LMRS/Persopage/Lecoutre/telechargements/LePrep2setup.zip
Для владеющих французским языком там же доступна французская версия.
8.Программа G*Power для анализа мощности статистических критериев
Для ссылок авторы просят цитировать одну из двух или обе статьи, доступные на сайте:
Faul F., Erdfelder E., Buchner A., Lang A.-G. Statistical power analyses using G*Power 3.1: Tests for correlation and regression analyses // Behavior Research Methods, 2009. – Vol. 41. – P. 1149-1160.
Faul F., Erdfelder E., Lang A.-G., Buchner A. G*Power 3: A flexible statistical power analysis program for the social, behavioral, and biomedical sciences // Behavior Research Methods, 2007. – Vol. 39. – P. 175-191.
Руководство к программе организовано не слишком удобно в виде вэб-страниц: оно состоит из трех глав, каждая из которых разбита на мелкие вэб-страницы:
http://www.psycho.uni-duesseldorf.de/abteilungen/aap/gpower3/user-guide-by-design
http://www.psycho.uni-duesseldorf.de/abteilungen/aap/gpower3/user-guide-by-distribution
http://www.psycho.uni-duesseldorf.de/abteilungen/aap/gpower3/user-guide-type_of_power_analysis
На сайте доступны также ссылки на работы, иллюстрирующие различные применения программы G*Power; некоторые из них представлены в виде электронных копий.
9.GENEPOP – мощный пакет генетико-популяционных программ
http://kimura.univ-montp2.fr/~rousset/Genepop.htm
Программа не требует ирсталляции.
При цитировании ссылаться на:
Rousset F. genepop’007: a complete re-implementation of the genepop software for Windows and Linux // Molecular Ecology Resources, 2008. – Vol. 8. – No. 1. – P. 103–106.
10.Reference Value Advisor – надстройка для Excel с макросами для вычисления референсных интервалов.
http://www.biostat.envt.fr/spip/spip.php?article63
При цитировании следует ссылаться на
Geffré A., Concordet D., Braun J.P., Trumel C. Reference Value Advisor: a new freeware set of macroinstructions to calculate reference intervals with Microsoft Excel // Vet. Clin. Pathol., 2011. – Vol. 40. – N0. 1. – P. 107-112.
Статья свободно доступна:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1939-165X.2011.00287.x/pdf
11.Популяционно-генетическая программа GenAlEx - генетический анализ в Excel.
http://biology.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html
К ней прилагается 131-страничное руководство
http://biology.anu.edu.au/GenAlEx/Download_files/GenAlEx%206.5b3%20Guide.pdf
Как ссылаться:
Peakall R., Smouse P.E. (2012) GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research-an update // 2012. Bioinformatics, 2012, In press.
Статья свободно доступна:
12.PowerMarker – набор статистических методов для всестороннего анализа данных о генетических маркерах
http://statgen.ncsu.edu/powermarker/downloads/PowerMarker%20Installer.msi
Здесь же можно скачать руководство к программе:
http://statgen.ncsu.edu/powermarker/downloads/Manual.pdf
Перед установкой этой программы требуется установить Microsoft .NET Framework, но не новейшие версии, а 1.1.4322:
http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=26
Без нее PowerMarker не работает.
13.Arlequin – интегрированное программное обеспечение для анализа генетико-популяционных данных
http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/win/winarl35.zip
Не требует инсталляции.
Цитирование:
Excoffier L., H.E. L. Lischer H.E.L. Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform
population genetics analyses under Linux and Windows // Molecular Ecology Resources, 2010. – Vol. 10. – No. 3. - P. 564-567.
14.GDA – анализ генетических данных
Создана как сопровождение для книги Б.С. Вейра «Анализ генетических данных» ("Genetic Data Analysis" by Bruce S. Weir, 1996, Sinaur Associates)
http://hydrodictyon.eeb.uconn.edu/people/plewis/downloads/gda-1.1.win32.zip
15.Обучающая программа Winstats – русская версия
http://math.exeter.edu/rparris/peanut/wsru32z.exe
16.WinBUGS – гибкое программное обеспечение для бейзовского анализа сложных статистических моделей с использованием методов Монте-Карло на марковских цепях
http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/bugs/winbugs/WinBUGS14.exe
После установки требуется скопировать и установить заплатку (patch):
http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/bugs/winbugs/WinBUGS14_cumulative_patch_No3_06_08_07_RELEASE.txt
и ключ:
http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/bugs/winbugs/WinBUGS14_immortality_key.txt
Ссылка для цитирования:
Lunn D.J., Thomas A., Best N., Spiegelhalter D. (2000) WinBUGS -- a Bayesian modelling framework: concepts, structure, and extensibility // Statistics and Computing, 2000. – Vol. 10. – P. 325--337.
Некоторые программы работаю посредством вызова WinBUGS из среды R.
Для этого в R требуется установить пакет R2WinBUGS:
http://cran.r-project.org/web/packages/R2WinBUGS/index.html
Легче всего это осуществляется в интегрированной среде RStudio.
17.OpenBUGS – дальнейшее развитие WinBUGS
http://www.openbugs.info/w/OpenBUGS_3_2_2?action=AttachFile&do=get&target=OpenBUGS322setup.exe
Для вызова из среды R следует в R установить пакет R2OpenBugs:
http://cran.r-project.org/web/packages/R2OpenBUGS/index.html
Другой вариант – установить в R пакет BRugs:
http://cran.r-project.org/web/packages/BRugs/index.html
13.S2 ABOestimator – оценка аллельных частот и проверка согласия с РХВ в системе групп крови AB0
http://webpages.fc.ul.pt/~pjns/Soft/ABOestimator/
http://webpages.fc.ul.pt/~pjns/Soft/ABOestimator/S2ABO.zip
14.ISW - Статистический анализ интервальных наблюдений одномерных непрерывных случайных величин
http://www.ami.nstu.ru/~headrd/ISw_exe-r993-2012.09.12-13_10.zip
Руководитель семинара проф. С.К. Абилев