Аннотации статей. Том 60, 2024 г., № 3
МНОГОЛИСТОЧКОВОСТЬ ЛЮЦЕРНЫ: ЕЕ ПРИЧИНЫ И ВЛИЯНИЕ
1 Федеральный научный центр кормопроизводства и агроэкологии им. В.Р. Вильямса, Московская область,
Лобня, 141055 Россия; e-mail: keepter@yandex.ru
2 Российский государственный аграрный университет – МСХА им. К.А. Тимирязева, Москва, 127434 Россия
Увеличение облиственности богатой белком люцерны (Medicago) возможно не только через селекцию на изменение размеров пластинки листа. Одни из первых сообщений об изучении явления формирования дополнительных листочков, названного впоследствии многолисточковостью, датируются тридцатыми годами XX в. В обзоре упомянуты основные статьи, связанные с изучением признака. Описано строение листа и собрана информация по корреляциям многолисточковости с высотой, междоузлиями, длиной дня, температурой. Указано влияние зародышевой плазмы и методик исследований на получение противоречивых данных. Рассмотрены изначально выдвинутые исследователями предположения об атавистическом характере проявления признака, а позднее и о наличии рецессивной мутации с двумя аддитивными генами, регулирующими экспрессию. Показаны методика нахождения индекса оценки экспрессии многолисточковости, предложенная Крейгом Шиффером, и подтверждения сильного характера наследования признака в классической селекции через рекуррентный отбор. В заключении собраны наиболее значимые гены и семейства генов, прямо или косвенно влияющие на проявление многолисточковости, среди которых PALM1 и KNOX.
DOI: 10.31857/S0016675824030013
EDN: DQBTZC
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
N. M. Barsukov, E. S. Leonova, I. S. Zaitsev
Multifoliate Alfalfa: Its Causes and Effect
DOI: 10.1134/S1022795424030037
ЦИТОГЕОГРАФИЯ ПОЛИПЛОИДНОГО КОМПЛЕКСА Bassia prostrata s. l. (Chenopodiaceae) ПО ДАННЫМ АНАЛИЗА РАЗМЕРА ГЕНОМА И PCR-RFLP хпДНК
1 Центральный сибирский ботанический сад Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, 630090 Россия; e-mail: ankova_tv@mail.ru
2 Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук,
Новосибирск, 630090 Россия
3 Институт ботаники и фитоинтродукции, Алматы, 050040 Республика Казахстан
Методом проточной цитометрии (FCM) исследована цитогеография полиплоидного комплекса Bassia prostrata s. l. на материале из 39 природных популяций в Армении, Казахстане и России. На основе определения содержания ДНК в ядрах (2C-value) выявлено три цитотипа: диплоидный (2n = 18), тетраплоидный (2n = 36) и гексаплоидный (2n = 54). Верификация уровня плоидности, установленной по содержанию ДНК, проведена параллельным прямым подсчетом числа хромосом. Большинство изученных популяций представлены единственным цитотипом, в трех популяциях отмечена смешанная плоидность, когда наряду с диплоидами встречаются тетраплоиды или гексаплоиды. Выявлена генетическая обособленность хлоропластной ДНК диплоидного и полиплоидных цитотипов. Показаны предположительные варианты эволюционной связи цитотипов по спектрам рестрикции хпДНК.
DOI: 10.31857/S0016675824030025
EDN: DPXHPA
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
T. V. Pankova, M. N. Lomonosova, O. V. Vaulin, A. Yu. Korolyuk, E. A. Korolyuk, D. N. Shaulo, B. Osmonali
Cytogeography of the Polyploid Complex Bassia prostrata s. l. (Chenopodiaceae) Based on Genome Size Analysis and PCR-RFLP cpDNA
DOI: 10.1134/S1022795424030116
ИЗМЕНЧИВОСТЬ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ ЯРОВОГО ЯЧМЕНЯ ПО ГОРДЕИН-КОДИРУЮЩИМ ЛОКУСАМ ЗА 40-ЛЕТНИЙ ПЕРИОД НАУЧНОЙ СЕЛЕКЦИИ В КРАСНОЯРСКОМ КРАЕ
1 Красноярский научно-исследовательский институт сельского хозяйства Федерального исследовательского центра
“Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук”, Красноярск, 660041 Россия
2 Красноярский государственный аграрный университет, Красноярск, 660049 Россия; e-mail: shevtsovaln48@rambler.ru
3 Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук, Москва, 119071 Россия
В статье рассмотрены и обобщены результаты исследований полиморфизма гордеинов (HRD) ярового ячменя методом электрофореза в Красноярском НИИ сельского хозяйства (КНИИСХ) за период с 1988 по 2021 г. Проведенный анализ динамики генетического разнообразия сортообразцов ячменя экологического и селекционных питомников КНИИСХ, районированных и допущенных к использованию сортов в Красноярском крае показал существенное сужение частоты встречаемости и утрату ряда аллелей, характерных для условий Приенисейской Сибири, и появление редких вариантов для Сибирского региона. На основе многолетних наблюдений состава гордеинов селекционных образцов (перспективные и браковки), созданных по разным направлениям селекции, выявлена сопряженность ряда аллелей с хозяйственно ценными признаками.
DOI: 10.31857/S0016675824030037
EDN: DPHBMH
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
N. A. Surin, L. N. Shevtsova, N. S. Kozulina, Yu. M. Borisov
Variability of Genetic Diversity of Spring Barley by Hordein-Coding Locus over a 40-Year Period of Scientific Breeding in Krasnoyarsk Krai
DOI: 10.1134/S102279542403013X
СТРУКТУРА ГИБРИДНОЙ ЗОНЫ МЕЖДУ БЛИЗКИМИ ВИДАМИ ОБЫКНОВЕННЫХ ПОЛЕВОК Microtus arvalis И M. obscurus: ВЛИЯНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ФАКТОРОВ И ЛАНДШАФТНО-ГЕОГРАФИЧЕСКИХ УСЛОВИЙ
1 Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова
Российской академии наук, Москва, 119071 Россия; e-mail: llavrenchenko@gmail.com
2 Национальный исследовательский Нижегородский государственный университет им. Н. И. Лобачевского
(Арзамасский филиал), Арзамас, 607220 Россия
Исследованы особенности интрогрессии отдельных генетических маркеров через зону гибридизации между двумя видами обыкновенных полевок Microtus arvalis s. str. и M. obscurus на четырех участках этой зоны: на северо-западе Нижегородской области, на востоке Владимирской и юго-западе Нижегородской области, на юге Липецкой области, и на северо-западе Воронежской обл. Анализ клинальной изменчивости по трем молекулярно-генетическим маркерам (cytb, tp53, SMCY11) и кариотипу выявил сходство в структуре “владимирско-нижегородского”, “нижегородского” и “воронежского” участков гибридной зоны. Наибольшая ширина клины показана для гена cytb, наименьшая – для SMCY11; клины по гену tp53 и хромосомная клина занимают промежуточное положение по этому параметру. Кроме того, на этих трансектах обнаружено смещение на юг или на восток (в пределы ареала M. obscurus) центра клины cytb относительно центров трех остальных клин. Обнаруженная асимметричная интрогрессия митохондриального генома от M. arvalis к M. obscurus может быть объяснена формированием гибридной зоны в результате вселения M. obscurus в ареал M. arvalis. “Липецкая” трансекта отличается от трех вышеперечисленных трансект очень узкими клинами с практически совпадающими центрами, что связано с локализацией гибридной зоны на этом участке вдоль р. Воронеж. Полученные результаты позволяют предполагать, что структура изученной зоны гибридизации определяется преимущественно пространственным совпадением (или несовпадением) ее центра с локальными физико-географическими преградами.
DOI: 10.31857/S0016675824030046
EDN: DPGSZI
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
L. A. Lavrenchenko, A. R. Gromov, A. A. Martynov, D. S. Kostin, V. A. Komarova, D. M. Krivonogov, E. V. Cherepanova
Structure of the Hybrid Zone between Allied Species of the Common Vole, Microtus arvalis and M. obscurus: Influence of Genetic Factors and Landscape-Geographical Conditions
DOI: 10.1134/S1022795424030086
СТРУКТУРА СУБПОПУЛЯЦИЙ АЙРШИРСКОГО, ГОЛШТИНСКОГО И ДЖЕРСЕЙСКОГО СКОТА ЮЖНЫХ РЕГИОНОВ РОССИИ ПО CSN2 (rs43703011), CSN3 (rs43703016) И МИКРОСАТЕЛЛИТНЫМ ЛОКУСАМ (BM1818, BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA023, SPS115, TGLA126, TGLA122, TGLA227, TGLA53)
Краснодарский научный центр по зоотехнии и ветеринарии, Краснодар, 350055 Россия; e-mail: NVK1972@yandex.ru
В ходе исследований с использованием молекулярно-биологических методов генотипировано по локусам BM1818, BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA023, SPS115, TGLA126, TGLA122, TGLA227, TGLA53, CSN2 (rs43703011) и CSN3 (rs43703016) 3000 образцов крови коров айрширской, голштинской и джерсейской пород из стад Краснодарского и Ставропольского краев. В среднем частота встречаемости гомозиготных генотипов по 12 микросателлитным локусам у джерсейского скота составила 0.38, у голштинского и айрширского – 0.30 и 0.27соответственно; наиболее высокое аллельное разнообразие выявлено у голштинского скота (9.0 ± 1.7 аллелей на локус). Следует отметить значительные отличия генетического профиля айрширского скота. Для айрширских животных типичными (но малораспространенными у скота джерсейской и голштинской пород) оказались аллельные варианты: 270 локуса ВМ1818, 137 локуса ВМ2113, 213 локуса ETH10, 119 локуса ETH3, 142 локуса ETH225, 87 локуса TGLA227, 166 локуса TGLA53. В изученной субпопуляции джерсейского скота частота встречаемости генотипа А2А2 локуса CSN2 (rs43703011) (бета-казеина) составила 0.68, а в группах айрширского и голштинского лишь 0.25 и 0.31 соответственно. Генотип ВВ локуса CSN3 (rs43703016) (каппа-казеина) встречался в джерсейской группе животных с частотой 0.76, а у айрширов и голштинов – 0.04 и 0.15 соответственно. Генотипированные группы джерсейских, айрширских и голштинских животных значительны по объему; предполагаем, что выявленные закономерности характерны для скота указанных пород на юге России. Считаем, что полученные данные в дальнейшем можно использовать в практической работе по отнесению тех или иных групп скота к типичным голштинским, айрширским или джерсейским и при создании стад – продуцентов молока определенного типа (например молока типа А2).
DOI: 10.31857/S0016675824030055
EDN: DPECEM
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
N. V. Kovalyuk, A. E. Volchenko, E. V. Shiryaeva, L. I. Yakusheva, Yu. Yu. Shakhnazarova
Structure of Subpopulations of Ayrshire, Holstein, and Jersey Cattle in the Southern Regions of Russia by CSN2 (rs43703011), CSN3 (rs43703016), and Microsatellite Loci (BM1818, BM1824, BM2113, ETH10, ETH225, ETH3, INRA023, SPS115, TGLA126, TGLA122, TGLA227, TGLA53)
DOI: 10.1134/S1022795424030074
ПОЛИМОРФИЗМ МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ЛОКУСОВ В ПОПУЛЯЦИЯХ КАВКАЗСКИХ СКАЛЬНЫХ ЯЩЕРИЦ И ЕГО ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ДЛЯ ОЦЕНКИ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ КОМПЛЕКСА Darevskia raddei
1 Институт биологии гена Российской академии наук, Москва, 117334 Россия; e-mail: irena-m@yandex.ru
2 Ереванский государственный университет, Ереван, 0025 Армения
Изучение кавказских скальных ящериц комплекса Darevskia raddei sensu lato, представленного несколькими подвидами, имеет большой интерес и научную значимость в связи с их участием в межвидовых гибридизациях с образованием пяти из семи известных однополых (партеногенетических) видов рода Darevskia. В статье приведены генетические параметры для популяций (подвидов) D. r. raddei и D. r. nairensis, полученные на основе анализа изменчивости десяти микросателлитных локусов 230 особей из 17 популяций Армении и Арцаха (Нагорного Карабаха). Согласно этим параметрам, популяции D. r. raddei характеризуются большим разнообразием по числу аллелей и генотипов по сравнению с популяциями D. r. nairensis. Анализ генетической дифференциации показал, что популяции D. r. raddei подразделяются на две группы, одна из которых ближе к D .r. nairensis, чем к D. r. raddei. Анализ индекса ассоциаций показал отсутствие свободной перекомбинации аллелей между подвидами, что говорит об их изоляции и отсутствии скрещивания между особями. Таким образом, на основе расширенной популяционной выборки и разработанной панели микросателлитных маркеров получены новые данные о популяционной структуре вида D. raddei, о генетическом разнообразии и дифференциации популяций D. r. raddei и D. r. nairensis.
DOI: 10.31857/S0016675824030069
EDN: DPBCHD
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
D. O. Odegov, A. A. Valyaeva, M. S. Arakelyan, A. P. Ryskov, V. I. Korchagin, I. A. Martirosyan
Polymorphism of Microsatellite Loci in Populations of Caucasian Rock Lizards and Its Use for Assessing the Genetic Diversity of Darevskia raddei
DOI: 10.1134/S1022795424030104
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ МИКРОСАТЕЛЛИТНЫЙ АНАЛИЗ ЗЕБУВИДНОГО СКОТА С ПОРОДАМИ Bos taurus
1 Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва, 119991 Россия; e-mail: svbeketov@gmail.com
2 Главный ботанический сад им. Н.В. Цицина Российской академии наук, Москва, 127276 Россия
С использованием 14 STR-локусов (BM1824, BM2113, CSRM60, CSSM66, ETH3, ETH10, ETH225, ILSTS006, INRA023, SPS115, TGLA53, TGLA122, TGLA126, TGLA227)проведено сравнительное генотипирование популяции зебувидного скота (Bos taurus × Bos indicus) и восьми популяций пород B. taurus, включая шесть отечественных (холмогорская, ярославская, красная горбатовская, костромская, тагильская, серая украинская), а также двух трансграничных европейских пород (голштинская и бурая швицкая). Всего было исследовано 562 особи. По результатам STR-анализа установлено, что все популяционные выборки B. taurus характеризовались средним аллельным разнообразием AR = 4.87–6.7 и достаточно высоким уровнем генетической изменчивости HE = 0.68–0.76 с незначительным преобладанием случайных спариваний FIS = –0.1... 0.0. У зебувидного скота соответствующие показатели составили AR = 5.96, HE = 0.72 и FIS = –0.0278. При этом различия в генетической структуре рассматриваемых пород В. taurus в значительной степени определялись популяционно-демографическими колебаниями, а выявляемые в популяции зебувидного скота генетическая и фенотипическая неоднородности связаны с уменьшением действия искусственного отбора.
DOI: 10.31857/S0016675824030079
EDN: DOVSFO
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
S. V. Beketov, G. R. Svishcheva, V. P. Upelniek, S. A. Senator, S. B. Kuznetsov, E. A. Nikolaeva, Yu. A. Stolpovsky
Comparative Microsatellite Analysis of Zeboid Cattle with Breeds of Bos taurus
DOI: 10.1134/S1022795424030050
ИССЛЕДОВАНИЕ РОЛИ ГЕНОВ, УЧАСТВУЮЩИХ В МЕТАБОЛИЗМЕ ГИСТАМИНА, В РАЗВИТИИ АЛЛЕРГИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ ДЫХАТЕЛЬНЫХ ПУТЕЙ
1 Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Уфимского федерального исследовательского
центра Российской академии наук, Уфа, 450054 Россия; e-mail: * olyasavelie@yandex.ru, ** carunas@list.ru
2 Уфимский университет науки и технологий, Уфа, 450076 Россия
3 Башкирский государственный медицинский университет, Уфа, 450008 Россия
4 Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, 199034 Россия
В основе патогенеза аллергических заболеваний (АЗ) находится взаимодействие генетических, эпигенетических и внешнесредовых факторов. Аллергический ринит (АР) и атопическая бронхиальная астма (БА) являются тесно взаимосвязанными и часто сочетающимися друг с другом АЗ дыхательных путей. Хроническое рецидивирующее течение этих заболеваний определяет необходимость дальнейшего и более глубокого исследования механизмов развития данных патологий. Гистамин является важнейшим медиатором воспаления, высвобождаемым при аллергических реакциях. Цель данной работы изучение роли полиморфных вариантов генов AOC1, HRH2, HRH3, ALDH7A1, ADCYAP1, HNMT, PSAP, SCG3, участвующих в метаболизме гистамина, в развитии различных эндофенотипов АЗ дыхательных путей, у индивидов, проживающих в Республике Башкортостан. Материалом для исследования являлись образцы ДНК 358 больных АЗ дыхательных путей различной этнической принадлежности (русские – 165, татары – 143, башкиры – 50) и 200 индивидов контрольной группы с неотягощенной наследственностью в отношении АЗ (русские – 75, татары – 83, башкиры – 42). Генотипирование полиморфных вариантов проведено методом ПЦР в режиме реального времени и ПЦР-ПДРФ-анализа. Обнаружено, что генотип rs1049793*СC и аллель rs1049793*С гена AOC1 ассоциированы с риском развития АЗ дыхательных путей и БА с сопутствующим АР у русских. Выявлен значительно более высокий уровень общего IgE у русских больных АЗ дыхательных путей с генотипом rs1049793*СС гена AOC1 по сравнению с носителями генотипов rs1049793*СG и rs1049793*GG. Установлена ассоциация аллеля rs17525472*С полиморфного варианта, локализованного вблизи гена SCG3, с развитием АР у индивидов русской этнической принадлежности. Результаты исследования свидетельствуют от том, что гены AOC1 и SCG3, участвующие в метаболизме гистамина, вовлечены в развитие различных эндофенотипов АЗ дыхательных путей у детей.
DOI: 10.31857/S0016675824030089
EDN: DOPBIB
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
O. N. Savelieva, A. S. Karunas, A. R. Biktasheva, A. O. Vlasova, I. M. Khidiyatova, E. I. Etkina, E. K. Khusnutdinova
Study of the Role of Genes Involved in the Metabolism of Histamine in the Development of Allergic Respiratory Diseases
DOI: 10.1134/S1022795424030128
ПОИСКИ ЭПИСТАТИЧЕСКИ ВЗАИМОДЕЙСТВУЮЩИХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ В СОСТАВЕ БИАЛЛЕЛЬНЫХ СОЧЕТАНИЙ С ВАЗОВАГАЛЬНЫМИ ОБМОРОКАМИ
1 Национальный медицинский исследовательский центр кардиологии им. академика Е.И. Чазова Москва, 121552 Россия; e-mail: olga.favorova@gmail.com
2 Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова Москва, 117997 Россия
Наиболее частой причиной внезапной потери сознания являются вазовагальные обмороки (ВВО), которые возникают вследствие гипоперфузии головного мозга из-за нарушения вегетативного контроля кровообращения, приводящего к артериальной гипотензии. Известно, что к ВВО существует генетическая предрасположенность, однако данные о роли отдельных генов довольно противоречивы. С помощью программного обеспечения APSampler, использующего метод Монте-Карло Марковскими цепями и Байесовскую непараметрическую статистику, мы выявили биаллельные сочетания, ассоциированные с ВВО, и исследовали характер взаимодействия между их компонентами. Для анализа использовали полученные нами ранее результаты геномного типирования однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) пяти генов, продукты которых участвуют в нейрогуморальной регуляции, и четырех SNP, расположенных в локусе 2q32.1, пополненные данными для новых индивидов, включенных в исследование. В общую выборку вошло 175 больных с подтвержденным диагнозом ВВО и 200 индивидов контрольной группы без обмороков в анамнезе. Обнаружено 11 ассоциированных с ВВО попарных сочетаний SNP различных генов. пять из этих сочетаний оказались эпистатическими, причем в четырех из них вовлечены SNP локуса 2q32.1, лежащие внутри или вблизи генов некодирующих РНК. Высказано предположение, что гены некодирующих РНК, локализованные на хромосоме 2, могут прямо или опосредованно (через каскады взаимодействий) участвовать в регуляции активности генов, образующих с ними эпистатические пары.
DOI: 10.31857/S0016675824030092
EDN: DOIQHK
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
B. V. Titov, N. A. Matveeva, E. A. Bazyleva, A. V. Pevzner, O. O. Favorova
Search for Epistatically Interacting Genetic Variants That Are Associated with Vasovagal Syncope within Biallelic Combinations
DOI: 10.1134/S1022795424030153
ЭКЗОСОМАЛЬНЫЕ микроРНК-146a И микроРНК-424 КАК ВОЗМОЖНЫЕ ПРЕДИКТОРЫ ОТВЕТА НА ТЕРАПИЮ ИНГИБИТОРАМИ ИММУННЫХ КОНТРОЛЬНЫХ ТОЧЕК ПРИ СВЕТЛОКЛЕТОЧНОЙ ПОЧЕЧНО-КЛЕТОЧНОЙ КАРЦИНОМЕ
1 Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Уфимского федерального исследовательского
центра Российской академии наук, Уфа, 450054 Россия; e-mail: * dilara.asadullina@yandex.ru, ** gilyasova_irina@mail.ru
2 Башкирский государственный медицинский университет, Уфа, 450008 Россия
Светлоклеточная почечно-клеточная карцинома (скПКК) – злокачественная опухоль почки с плохим прогнозом и трудно поддающаяся лечению. Несмотря на значительные успехи в лечении скПКК, ингибиторы контрольных точек иммунного ответа (ИКТИ) все еще имеют ограниченную терапевтическую эффективность. Все больше работ показывают, что экзосомальные микроРНК являются ключевыми модуляторами опухолевой сигнализации и детерминантами опухолевого микроокружения. Нарушение регуляции микроРНК может влиять на иммуногенность рака и ответ на терапию ИКТИ, что делает их привлекательными для использования в качестве прогностических молекулярно-генетических биомаркеров. Мы оценили уровень экспрессии экзосомальных микроРНК (микроРНК-424, -146а, -503, -144) до и после терапии ИКТИ в образцах плазмы, полученных от 42 больных со скПКК. Анализ экспрессии проводили методом ПЦР в режиме реального времени. Результаты показали, что уровни экспрессии микроРНК-424 и микроРНК-146a были повышены после терапии ИКТИ (микроРНК-424 = Mean ± SEM 1.202 ± 0.15 и микроРНК-146a = 12.22 ± 1.45) по сравнению с уровнями экспрессии до терапии (микроРНК-424 = Mean ± SEM 0.63 ± 0.17; p-value = 0.03 и микроРНК-146a = 7.03 ± 0.90; p-value = 0.006). МикроРНК-424 и микроРНК-146a могут быть использованы для создания панели молекулярных маркеров для оценки эффективности терапии ингибиторами иммунных контрольных точек. Несмотря на то что полученные данные являются весьма предварительными и требуют дальнейшего изучения на более крупной выборке, они еще больше повышают интерес к использованию микроРНК в качестве дополнительных маркеров терапии ИКТИ, способных модулировать иммунную толерантность.
DOI: 10.31857/S0016675824030107
EDN: DOGQTN
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
D. D. Asadullina, I. R. Gilyazova, E. A. Ivanova, S. M. Izmailova, G. R. Gilyazova, V. N. Pavlov, E. K. Khusnutdinova
Exosomal miRNA-146a and miRNA-424 as Possible Predictors of Immune Checkpoint Inhibitors Therapy Response in Clear Cell Renal Cell Carcinoma
DOI: 10.1134/S1022795424030025
ИССЛЕДОВАНИЕ СВЯЗИ МЕЖДУ ПОЛИМОРФИЗМОМ ГЕНА ОКСИТОЦИНОВОГО РЕЦЕПТОРА, НЕВЗГОДАМИ ДЕТСТВА И НЕГАТИВНЫМИ СИМПТОМАМИ ШИЗОФРЕНИИ
Научный центр психического здоровья, Москва, 115522 Россия; e-mail: Lezheiko@list.ru
Известно, что нейрогормон окситоцин играет важную роль в патогенезе психических заболеваний, а также моделирует связь между стрессовыми факторами, особенно действующими на ранних этапах развития, и развитием психических расстройств. Основываясь на этих данных, мы исследовали эффекты взаимодействия средового фактора, в качестве которого рассматривали невзгоды детства (НД) и генотипов гена окситоцинового рецептора (OXTR) в полиморфных сайтах rs4686302 и rs7632287 на выраженность негативных симптомов шизофрении. В исследовании приняли участие 592 больных шизофренией (рубрики F20. по МКБ-10). Информация о наличии НД была получена из историй болезни и опроса пациента и ближайших родственников. Для статистической обработки данных применяли ковариационный анализ (GML); при post-hoс попарном сравнении применяли критерий Тьюки. Выявлен значимый эффект взаимодействия НД и полиморфизма гена OXTR rs7632287(G/A) на выраженность негативных симптомов у больных шизофренией. У больных без НД полиморфизмы не оказывали значимого эффекта на изучаемый фенотип. Таким образом, в нашем исследовании впервые показано, что полиморфизм rs7632287(G/A) и НД оказывают взаимное влияние на тяжесть негативных симптомов шизофрении.
DOI: 10.31857/S0016675824030114
EDN: DOGDMT
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
T. V. Lezheiko, V. A. Mikhailova, M. V. Gabaeva, V. E. Golimbet
Study of the Association between Oxytocin Receptor Gene Polymorphism, Childhood Adversity, and Negative Symptoms of Schizophrenia
DOI: 10.1134/S1022795424030098
АНАЛИЗ ГЕНОТИПОВ ГРЕЧИХИ, ПОЛУЧЕННЫХ НА СЕЛЕКТИВНЫХ СРДАХ С ЦИНКОМ in vitro, С ПОМОЩЬЮ ISSR-МАРКЕРОВ
Федеральный научный центр агробиотехнологий Дальнего Востока им. А.К. Чайки, Приморский край, пос.Тимирязевский, 692539 Россия; e-mail: borovayasveta@mail.ru
Показана эффективность использования четырех ISSR-маркеров (М1, М2, М7 и М11) для исследования генетической изменчивости регенерантов Fagopyrum esculentum, полученных на селективных средах с высокими дозами ZnSO4×7 H2O (808–1313 мг/л) in vitro. Обнаружен высокий уровень полиморфизма в объединенной выборке – 74.4%. Полученные образцы могут быть использованы в селекции для создания сортов с хозяйственно-ценными признаками.
DOI: 10.31857/S0016675824030126
EDN: DOBSZM
Translated version (Russ J Genet. Volume 60, issue 3, 2024):
S. A. Borovaya, A. G. Klykov, N. G. Boginskaya
Аnalyzing Buckwheat Genotypes Obtained on Selective Media with Zinc In Vitro Using ISSR Markers
DOI: 10.1134/S1022795424030062
Статьи, опубликованные только в Russian J. of Genetics, № 3 – 2024 г.
Comparison of Genetic Diversity and Core Locus Information of Abies yuanbaoshanensis Natural Population and Progeny
1 Guangxi Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences, 541006, Guangxi, Guangxi Zhuang Autonomous Region, China
2 State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany, Chinese Academy of Sciences, 100093, Beijing, China
Correspondence to J. Tang or T. Ding
Abies yuanbaoshanensis is an endemic endangered plant species in China. It is a global key protected coniferous tree species with critical academic value for phylogenetic and global climate change studies. Seven SSR primer pairs were used to amplify eight natural population and progeny. The results showed that a total of 29 alleles were amplified. The average Na, I, Ho, He, and F indices of the eight native populations were 3.125, 0.811, 0.413, 0.467, and 0.108, respectively. Compared with the natural population, the number of alleles, Shannon diversity index, and expected heterozygosity of the progeny population were higher than the average of the natural population. However, the number of effective alleles, observed heterozygosity, and inbreeding coefficient were lower than the average of the original population. SSR is usually a dominant marker with good stability and polymorphism in Mendelian inheritance. Priority should be given to LPF and LSP populations, which have high genetic diversity and private alleles. The results of SSR genetic information loci of natural populations and their progeny is helpful to study the genetic relationship between Abies yuanbaoshanensis and Abies from the molecular level, which lays a foundation for the classification of Abies and the construction of the core germplasm of Abies yuanbaoshanensis.
DOI: 10.1134/S1022795424030141
К статье на сайте SpringerLink
Development Immune-Related Prognostic Model and LncRNA-miRNA-mRNA ceRNA Network for Cervical Cancer
Department of Obstetrics and Gynecology, The Affiliated Huai’an No. 1 People’s Hospital of Nanjing Medical University, 223300, Huai’an, Jiangsu, China
Correspondence to C. Shi
Cervical cancer is a serious threat to women’s health. The aim of this study was to provide new insights into the mechanism of cervical cancer by constructing immune-related prognostic model and ceRNA network. The mRNA and circRNA datasets of cervical cancer were downloaded from NCBI GEO database. Wilcox.test was used to screen the differential immune cells between cervical cancer patients and normal participants. WGCNA was performed for identification immune related genes. A circRNA-lncRNA-mRNA network was constructed and the genes in the network were further screened for genes related to prognosis using survival package in R software. The prognostic risk model was further validated in the TCGA database. Finally, GSEA was performed to investigate the different enrichment pathways between high_risk and low_risk groups. Nine genes (BEX4, CCL14, CCL3, CMPK2, FMOD, GHR, HLF, IGFBP5, PAG1) were selected to construct the prognostic model. Patients in the low_risk group had a significantly better prognosis than those in the high_risk group. hsa_circ_0021727-hsa-miR-133b-PAG1 regulatory axis may participate in the regulatory of cervical cancer. The enrichment pathways to patients in the high-risk group and the low-risk group were different. The results were not validated by in vitro and in vivo experiments. We developed an immune-related prognostic model and lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA network, which can predict prognosis and understand the mechanism of cervical cancer.
DOI: 10.1134/S1022795424030165
К статье на сайте SpringerLink
Elucidating the Molecular Genetics of Genes CYP19A1, CYP17, and FSHR Variants Association in Polycystic Ovarian Syndrome
Department of Zoology, Institute of Molecular Biology and Biotechnology, University of Lahore, Sargodha Campus, 40100, Sargodha, Pakistan
Correspondence to K. Bashir
Association of genes CYP19A1 (rs2414096), CYP17 (rs743572) and FSHR (rs2268361) variants on the susceptibility of developing PCOS was studied. This disease is most common problem faced by Pakistani females. The incidence of this disease has increased last couple of decades but no work on genes involved in PCOS has been done so far in Pakistan. Blood samples of 300 subjects including 150 PCOS cases and 150 age-matched controls were collected from different hospitals of Pakistan. DNA extraction from whole blood was done followed by DNA amplification. Data was collected on a pre-designed questionnaire for age, BMI, smoking status, and family history. Statistical analysis was done using different statistical tools. Homozygous mutant (GG) of rs2414096 SNP of CYP19A1 gene contributes significantly to the decreased risk of PCOS (OR = 0.24; 95% CI = 0.15–0.40; P = 0.0001), while heterozygous (AG) of the same SNP shows positive association with increased PCOS risk up to 2.62 folds (OR = 2.62; 95% CI = 1.60–4.30; P = 0.0001). Combined genotype model (GG+AG) of this SNP again shows significant association with decreased PCOS risk (OR = 0.44; 95% CI = 0.24–0.81; P = 0.0086). In Case of rs743572 polymorphism of CYP17 gene, homozygous mutant (CC) significantly increased the risk of PCOS by 3.2-fold (OR = 3.22; 95% CI = 1.94–4.34; p = 0.0001) while heterozygous (TC) of the same SNP significantly decreased the risk of PCOS (OR = 0.34; 95% CI = 0.20–0.58; p = 0.0001). In rs2268361 variants of FSHR gene, homozygous mutant (TT) significantly decreases the risk of PCOS and plays a protective role (OR = 0.52; 95% CI = 0.33–0.84; p = 0.0072) while heterozygous (CT) of the same SNP significantly increases the risk of PCOS up to 3 folds (OR = 3.46; 95% CI = 1.97–6.07; p = 0.0001). An increased risk of PCOS is associated with the rs2414096, rs743572 and rs2268361 genotype of genes CYP19A1, CYP17 and FSHR respectively.
DOI: 10.1134/S1022795424030049
К статье на сайте SpringerLink