Аннотации статей. Том 57, 2021 г., № 11
МЕТИЛИРОВАНИЕ ГЕНОВ В СВОБОДНОЙ ЦИРКУЛИРУЮЩЕЙ ДНК ПЛАЗМЫ КРОВИ КАК ПРОГНОСТИЧЕСКИЙ И ПРЕДИКТИВНЫЙ ФАКТОРЫ ПРИ РАКЕ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ
1 Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии, Москва, 125315 Россия; e-mail: * enterru@yandex.ru, ** e-mail: eleonora10_45@mail.ru
2 Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт” – ГосНИИгенетика, Курчатовский геномный центр, Москва, 117545 Россия
Несмотря на значительный прогресс в методах ранней диагностики и лечения рака молочной железы (РМЖ), сохраняется высокий шанс рецидива. Существующие методы выявления рецидивов не пригодны для раннего обнаружения, поскольку требуют инвазивных процедур и не способны оперативно сопровождать лечение. Многообещающим методом стала так называемая жидкая биопсия, основанная на анализе генетического материала из периферической крови, в частности фракции свободной циркулирующей ДНК (сцДНК) плазмы крови. Определение мутаций, копийности и метилирования отдельных генов в сцДНК позволяет отслеживать изменения как в опухолевом очаге, так и в патологическом процессе у пациента в целом, причем мало инвазивно и с хорошей точностью и оперативностью. В представленном обзоре обобщены данные литературы по прогностической и предиктивной ценности эпигенетических маркеров, основанных на анализе метилирования генов в сцДНК плазмы или сыворотки крови у больных РМЖ. Показано, что гены, гиперметилированные в сцДНК (RASSF1A, RARB, SOX17, WNT5A и др.), могут служить эффективными маркерами общей и опухоль-специфичной выживаемости и химиорезистентности. Важным преимуществом маркеров метилирования, в отличие от маркеров на основе однонуклеотидных замен, микросателлитов и вариаций числа копий, являются универсальность, раннее проявление и ясная связь с биологией патологического процесса. Анализ метилирования наиболее эффективных маркеров может решать задачи своевременного выявления метастазирования и рецидива заболевания, оперативно наблюдать за ответом на неоадъювантную и послеоперационную химиотерапию, что является основой для персонифицированного подхода к лечению больных РМЖ.
DOI: 10.31857/S0016675821110126
ФЕНОТИПИЧЕСКИ НЕСТАБИЛЬНЫЕ МУТАЦИИ – МАРКЕРЫ ХРОМОСОМНЫХ ПЕРЕСТРОЕК С УЧАСТИЕМ ДНК-ТРАНСПОЗОНОВ
Федеральный исследовательский центр, Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, 630090 Россия; e-mail: zakharlp@bionet.nsc.ru
В обзоре анализировали правомочность использования нестабильных аллелей генов Drosophila melanogaster для оценки скорости перемещения мобильных генетических элементов по частоте смены фенотипа. На нескольких примерах показано, что нестабильность аллелей со встроенными в них транспозонами обусловлена в большей степени рекомбинациями между ними, чем истинным перемещением транспозонов с участием транспозазы.
DOI: 10.318 57/ S 00166758 21110151
ИЗМЕНЧИВОСТЬ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК УКАЗЫВАЕТ НА АМЕРИКАНСКОЕ ПРОИСХОЖДЕНИЕ СОВРЕМЕННЫХ ПИХТ
1 Институт экологии растений и животных, Уральское отделение Российской академии наук, Екатеринбург, 620144 Россия; e-mail: semerikov@ipae.uran.ru
2 Cибирский федеральный университет, Красноярск, 660041 Россия; e-mail: yputintseva@sfu-kras.ru
Приводятся результаты филогенетического анализа 15 видов пихт, представляющих все основные эволюционные линии рода Abies, и Keteleeria davidiana, использованной в качестве внешней группы. Данные включают нуклеотидные последовательности митохондриальной ДНК длиной около 28000 пн, полученные путем частичного ресеквенирования сборки митохондриального генома пихты сибирской A. sibirica. Установлено базальное положение линий мтДНК некоторых американских пихт, что подтверждает американское происхождение современных Abies. Митотипы большинства евроазиатских видов образуют кладу, дочернюю по отношению к американским пихтам, указывая на ее происхождение в результате одной миграции из Америки в Евразию. В то же время ранее полученные данные по ядерной и хлоропластной ДНК свидетельствуют о неоднократных миграциях пихт из Америки в Евразию. Этот конфликт митохондриальных и ядерных данных можно объяснить, предполагая гибридный захват митохондриальной ДНК аборигенных евроазиатских видов видами-мигрантами.
DOI: 10.31857/S0016675821100118
ИЗМЕНЧИВОСТЬ КОНТРОЛЬНОГО РЕГИОНА мтДНК ВОСТОЧНОЕВРОПЕЙСКОЙ ПОЛЕВКИ Microtus rossiaemeridionalis (Rodentia, Arvicolini) ИЗ ДВУХ ИНВАЗИВНЫХ ПОПУЛЯЦИЙ ЮГА ДАЛЬНЕГО ВОСТОКА РОССИИ
1 Федеральный научный центр биоразнообразия наземной биоты Восточной Азии Дальневосточного отделения Российской академии наук, Владивосток, 690022 Россия; е-mail: sheremet76@yandex.ru
2 Хабаровская противочумная станция, Хабаровск, 680031 Россия
Изучена изменчивость контрольного региона мтДНК восточноевропейской полевки Microtus rossiaemeridionalis (Rodentia, Arvicolini) из двух инвазивных популяций юга Дальнего Востока России. Результаты продемонстрировали более низкое генетическое разнообразие в популяции восточноевропейской полевки из Советской Гавани по сравнению с популяцией из города Хабаровск. F-статистика Райта не выявила гетерогенности выборок из этих популяций. Высказано предположение, что обнаруженные гаплотипы относятся к субкладе EU европейской линии.
DOI: 10.31857/S0016675821110138
ОСОБЕННОСТИ ГЕНОМНОГО РАСПРЕДЕЛЕНИЯ РЕГИОНОВ ВЫСОКОЙ ГОМОЗИГОТНОСТИ У КОРЕННОГО НАСЕЛЕНИЯ СЕВЕРНОЙ ЕВРАЗИИ НА ИНДИВИДУАЛЬНОМ И ПОПУЛЯЦИОННОМ УРОВНЯХ НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА SNP ВЫСОКОЙ ПЛОТНОСТИ
1 Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский
медицинский центр Российской академии наук, Томск, 634050 Россия; е-mail: * nikita.kolesnikov@medgenetics.ru, ** nik.fleming@mail.ru
2 Институт физики им. Х.И. Амирханова, Дагестанский федеральный исследовательский центр Российской академии наук, Махачкала, 367012 Россия
3 Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медицины, Новосибирск, 630060 Россия
4 Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, 630090 Россия
5 Институт биохимии и генетики, Уфимский федеральный исследовательский центр Российской академии наук, Уфа, 450054 Россия
6 Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова, Абакан, 655000 Россия
7 Северо-Восточный федеральный университет им. М.К. Аммосова, Якутск, 677000 Россия
Анализ геномных данных по 886889 аутосомных SNP позволил оценить уровень инбридинга на основе исследования регионов высокой гомозиготности (FROH) в выборке из 1836 человек, включающей 76 популяций коренного населения Восточной Европы, Кавказа, Волго-Уральского региона, Сибири и Средней Азии. Данные были получены с помощью биочипов Infinium Multi-Ethnic Global-8 Kit. Среди популяций Дагестана, внутри нахско-дагестанской языковой семьи, можно выделить представителей языковых групп с максимальным уровнем FROH: дидойская (0.0727) и андийская (0.0378) группы. Последний показатель близок к таковому в популяциях, говорящих на чукотско-камчатском и нивхском языках Сибири (0.0360). Для популяций Сибири характерно наибольшее значение суммарной длины коротких и средних регионов высокой гомозиготности на человека, по сравнению с другими исследованными популяциями. Популяции коренных народов Дагестана и Сибири в целом характеризуются большей степенью гомозиготизации генома и большей вариабельностью регионов с повышенной гомозиготностью по сравнению с другими популяциями Кавказа, Средней Азии, Европы и Волго-Уральского региона.
DOI: 10.31857/S0016675821110059
БИОИНФОРМАЦИОННАЯ АННОТАЦИЯ ГЕНОВ ПРЕДРАСПОЛОЖЕННОСТИ К БОЛЕЗНИ АЛЬЦГЕЙМЕРА И ИШЕМИЧЕСКОЙ БОЛЕЗНИ СЕРДЦА
Сибирский государственный медицинский университет, Томск, 634050 Россия; e-mail: evgenika06@gmail.com
Проведена функциональная аннотация для генов предрасположенности к болезни Альцгеймера (БА) и генов предрасположенности к ишемической болезни сердца (ИБС) при помощи Cytoscape v 3.6.0. Идентифицированные гены вовлечены в реализацию иммунного ответа, апоптоза, а также регулируют процессы нейрогенеза и ангиогенеза. По результатам проведенной функциональной аннотации гены предрасположенности к БА и гены предрасположенности к ИБС были отнесены к терминам в соответствии с генной онтологией и объединены в группы. Число общих групп функций, в которые были вовлечены гены предрасположенности к болезни Альцгеймера и ишемической болезни сердца, составило 106. Общие гены предрасположенности APOE, APOA1, ABCA1, вовлеченные в метаболизм жирных кислот, потенциально могут участвовать в механизмах ассоциации исследуемых заболеваний. Полученные результаты могут служить предпосылкой для дальнейших исследований вклада наследственных факторов в совместное проявление БА и ИБС.
DOI: 10.31857/S0016675821110035
РОЛЬ ГЕНОВ НЕЙРОТРАНСМИТТЕРНОЙ СИСТЕМЫ В РАЗВИТИИ ХРОНИЧЕСКОЙ ОБСТРУКТИВНОЙ БОЛЕЗНИ ЛЕГКИХ
1 Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение
Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук, Уфа, 450054 Россия; е-mail: guly_kory@mail.ru
2 Башкирский государственный медицинский университет, Уфа, 450000 Россия
Курение – основной фактор риска хронической обструктивной болезни легких (ХОБЛ), многофакторного воспалительного заболевания респираторной системы. Использовали образцы ДНК больных (N = 601) и здоровых (N = 617) индивидов. Полиморфные варианты генов GRIK3 (rs534131), GRIN2B (rs7301328, rs1805476), GRIA1 (rs2195450), GRIN1 (rs6293), GABBR2 (rs3750344), BDNF (rs6265, rs11030107), ANKK1 (rs1800497) анализировали методом полимеразной цепной реакции в реальном времени. Показана ассоциация генов GRIK3 (rs534131) (P = 0.009, OR = 1.42 в доминантной модели), GRIA1 (rs2195450) (P = 0.015, OR = 1.35 в доминантной модели), GRIN1 (rs6293) (P = 0.036, OR = 0.79 в лог-аддитивной модели), GRIN2B (rs7301328) (P = 0.0009, OR = 0.54 в рецессивной модели) с ХОБЛ. Среди курильщиков ассоциация подтверждена для генов GRIK3 (rs534131) (P = 0.0001, OR = 1.68 в доминантной модели) и GRIN2B (rs7301328) (P = 0.001, OR = 0.52 в рецессивной модели). У некурящих ассоциации с ХОБЛ выявлены для генов GRIN1 (rs6293) (P = 0.0001, OR = 0.36 в доминантной модели), GRIA1 (rs2195450) (P = 0.0018, OR = 2.40 в лог-аддитивной модели) и BDNF (rs11030107) (P = 0.005, OR = 2.86 для генотипа TT). У индивидов с генотипами GG гена GRIK3 (rs534131) и GG гена GRIA1 (rs2195450) установлены более низкие показатели индекса курения (P = 0.028 и 0.0001 соответственно). Уровень никотиновой зависимости значимо выше у носителей редкого аллеля A гена GRIK3 (rs534131) и генотипа GC гена GRIN2B (rs7301328) (P = 0.011 и 0.023 соответственно). С помощью алгоритма APSampler получены информативные сочетания генотипов, ассоциированные с ХОБЛ, включающие GRIN2B rs2268132*T, GRIN2B rs7301328*G, GRIN2B rs1805476*C, ANKK1 rs1800497*G, GABBR2 rs3750344*A, CHRNA5 rs16969968*T, CHRNA3 rs1051730*A, HTR2A rs6313*CC, GRIA1 rs2195450*G.
DOI: 10.31857/S0016675821110060
ЭКСПРЕССИЯ ГЕНА β1-АДРЕНОРЕЦЕПТОРА (ADRB1) В МИОКАРДЕ БОЛЬНЫХ ХРОНИЧЕСКОЙ СЕРДЕЧНОЙ НЕДОСТАТОЧНОСТЬЮ
Научно-исследовательский институт кардиологии, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук, Томск, 634012 Россия; e-mail: muslimovef@yandex.ru
Проведен анализ уровня относительной экспрессии гена β1-адренорецептора ADRB1 в миокарде 78 пациентов с хронической сердечной недостаточностью на фоне сочетанного развития ишемической болезни сердца и артериальной гипертензии. Выявлено значимое снижение уровня экспрессии гена ADRB1 у пациентов с гипертрофией левого желудочка. В рассматриваемой когорте уровень экспрессии гена ADRB1 не зависел от функционального класса сердечной недостаточности. Экспрессия ADRB1 оказалась более высокой у пациентов, принимавших препараты ацетилсалициловой кислоты, но не показала значимой связи с приeмом β-адреноблокаторов или ингибиторов АПФ.
DOI: 10.31857/S0016675821110084
ТКАНЕВОЙ ГОНОСОМНЫЙ МОЗАИЦИЗМ У ПАЦИЕНТОВ С НАРУШЕНИЕМ ФОРМИРОВАНИЯ ПОЛА, СВЯЗАННЫМ С АНОМАЛИЯМИ ДИФФЕРЕНЦИРОВКИ ГОНАД
1 Московский областной научно-исследовательский клинический институт
им. М.Ф. Владимирского, Москва, 129110 Россия; e-mail: nv_oparina@mail.ru
2 Саратовский государственный медицинский университет им. В.И. Разумовского, Саратов, 410012 Россия
3 Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования, Москва, 125993 Россия
4 Государственный университет управления, Москва, 109542 Россия
5 Медико-генетический научный центр им. академика Н.П. Бочкова, Москва, 115522 Россия
Представлены результаты исследования гоносомного мозаицизма, в том числе его межтканевой вариабельности в лимфоцитах периферической крови, буккальном эпителии и ткани гонад, у пациентов с нарушением формирования пола (НФП), связанным с аномалиями половых хромосом (гоносомные НФП, n = 8) и с аномалиями дифференцировки гонад (46,XY НФП, n = 10). При исследовании использовался комплекс методов анализа отдельных клеток: стандартное кариотипирование в комбинации с интерфазным FISH. По результатам исследования гоносомный мозаицизм выявлен у 12 (67%) из 18 обследованных пациентов. Скрытый, изолированный тканью гонад, соматический мозаицизм с Х-моносомной клеточной линией выявлен у 4/10 пациентов из группы 46,XY НФП. Истинный, межтканевой, мозаицизм с двумя клеточными линиями, одна из которых с Х-моносомией, выявлен у 8/8 пациентов группы гоносомных НФП. Впервые для пациентов с истинным мозаицизмом была произведена количественная оценка межтканевой вариабельности Х-моносомной клеточной линии. Для этого использовался коэффициент вариации (CV), диапазон выявленных значений которого составил от 2.3 до 49%. В соответствии с полученными значениями CV межтканевая вариабельность оценена как низкая, умеренная или высокая. При проведении корреляционного анализа выявлена статистически значимая (p < 0.1) обратная зависимость степени маскулинизации по шкале Прадера от доли Х-моносомной клеточной линии в лимфоцитах, буккальном эпителии и ткани гонад, а также прямая связь присутствия Х-моносомной клеточной линии в одной из тканей с ее наличием в других тканях. Поиск мозаицизма в тканях разного гистогенеза с использованием комплекса методов анализа отдельных клеток позволяет получить более полное представление о гоносомной конституции и выявить скрытый дисбаланс, что очень важно при обследовании пациентов с НФП. Предложенный и использованный нами в настоящей работе коэффициент вариации (CV) является удобным инструментом для количественной оценки вариабельности клеточных линий в разных тканях одного пациента и шагом к стандартизации результатов генетических исследований.
DOI: 10.31857/S0016675821110102
К АНАЛИЗУ СЛУЧАЙНЫХ ПРОЦЕССОВ ИЗОНИМИИ. II. ДИНАМИКА ДИВЕРГЕНЦИИ ПОПУЛЯЦИЙ
Вычислительный центр им. А.А. Дородницына Федерального исследовательского центра “Информатика и управление” Российской академии наук, Москва, 119991 Россия; e-mail: pass40@mail.ru
Рассматривается случайная динамика фамильного состава популяции конечного размера в дискретном времени при неперекрывающихся поколениях. Наследование фамилий предполагается патрилинейным. Динамика анализируется на малом промежутке эффективного времени t/NE(t), где NE(t) – средний гармонический эффективный размер популяции за t поколений. Так как при этом систематическими давлениями можно пренебречь, то в результате фамильная микроэволюция приближенно соответствует процессу случайного генного дрейфа, синхронно протекающему в той же самой популяции с вчетверо меньшей, чем для фамилий, интенсивностью. Подобно модели дрейфа генов фамильный состав очередного поколения τ является случайной выборкой с возвращением размера Ne(τ)/2 из фамилий мужской составляющей родительской популяции, т. е. размера в 4 раза меньшего, чем выборка 2Ne(τ) гамет при дрейфе генов (Ne(τ) – эффективный размер популяции в поколении τ). Изучается динамика вероятности случайной встречи индивидуума с однофамильцем и поведение вероятности встречи индивидуумов с разными фамилиями. Данные вероятности аналогичны гомозиготам и гетерозиготам соответственно при анализе генетической структуры. Приведены точные зависимости от времени для указанных вероятностей, дисперсий концентраций фамилий и фамильного аналога коэффициента инбридинга. Дана аппроксимация точных зависимостей более простыми при малой величине эффективного времени t/NE(t), где дивергенция фамилий идет вчетверо быстрей, чем генная. Результаты не предполагают монофилии фамилий и описывают умозрительную теоретическую совокупность популяций-реплик, как бы прошедших заново микроэволюционную историю рассматриваемой популяции в тех же условиях. Использование малого по сравнению с размером популяции времени оправдано недавним возникновением большинства фамилий в России и тем, что прошедшее время в поколениях много меньше типичных размеров популяций. В реальных подразделенных популяциях процедуры оценивания коэффициента инбридинга по концентрациям фамилий не позволяют различить ситуации механической смеси субпопуляций или их общего происхождения.
DOI: 10.31857/S0016675821110114
КОНКОРДАНТНОСТЬ КОЛИЧЕСТВЕННЫХ ПРИЗНАКОВ НЕСАХАРНОГО ДИАБЕТА И ВЫЖИВАЕМОСТИ ЕДИНОУТРОБНЫХ ПОТОМКОВ У ГИБРИДОВ КРЫС ЛИНИЙ Brattleboro И WAG
Федеральный исследовательский центр, Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, 630090 Россия; e-mail: khegay@bionet.nsc.ru
У крыс линии Brattleboro зафиксирована мутация di (diabetes insipidus), детерминирующая развитие несахарного диабета с высоким уровнем потребления воды. Нами исследован эффект переноса мутантного гена di в линию WAG под действие гена с (альбино). Гены di и альбино локализованы в различных хромосомах и наследуются как рецессивные аллели. Исходную родительскую пару составили самки линии WAG генотипа c di+/c di+ и самцы линии Brattleboro генотипа С di/С di. В F2 дигибридного скрещивания выщепились четыре фенотипических класса. Исследование у самок F2 индивидуального потребления воды и размеров пометов крысят к моменту отъятия от грудного вскармливания выявило высокий уровень конкордантности с коэффициентом корреляции 0.996.
DOI: 10.31857/S0016675821110047
ИДЕНТИФИКАЦИЯ ПАТОГЕННЫХ CNV С ПОМОЩЬЮ ЭКЗОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ ПРИ НЕОБЪЯСНЕННЫХ ЗАДЕРЖКАХ РАЗВИТИЯ: ИССЛЕДОВАНИЕ СЕМЕЙНОГО ТРИО
1 Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва, 119991 Россия; e-mail: oksana.yu.naumova@gmail.com
2 Хьюстонский Университет, Хьюстон, Техас, 77204 США
3 Университет информационных технологий, механики и оптики, Санкт-Петербург, 197101 Россия
4 Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, 119034 Россия
На примере исследования отдельного семейного случая, показано успешное применение экзомного секвенирования семейных трио (ребенок-пробанд и родители) в качестве первого метода геномной диагностики множественных необъясненных нарушений и задержек развития, с целью скриннинга на наличие патогенных однуклеотидных замен и структурных геномных вариантов (Copy Number Variation – CNV). В конкретном исследованном случае установлены клинически значимые структурные вариации de novo в геноме ребенка, связанные с синдромом дупликации 17p11.2, или синдромом Потоки–Люпски. Установленные геномные перестройки 17p11.2 были подтверждены методами FISH и MLPA в сертифицированных клинических лабораториях.
DOI: 10.31857/S0016675821110096
РАЗНООБРАЗИЕ МОНОГЕННЫХ НАСЛЕДСТВЕННЫХ БОЛЕЗНЕЙ СРЕДИ РУССКОГО НАСЕЛЕНИЯ ВОЛГО-УРАЛЬСКОГО РЕГИОНА
1 Медико-генетический научный центр им. академика Н.П. Бочкова, Москва, 115522 Россия; е-mail: renazinchenko@mail.ru
2 Национальный научно-исследовательский институт общественного здоровья им. Н.А. Семашко, Москва, 105064 Россия
3 Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования, Москва, 125993 Россия
4 Ростовский государственный медицинский университет, Ростов-на-Дону, 344022 Россия
Представлены результаты разнообразия моногенных наследственных болезней (МНБ) среди русского населения десяти регионов Российской Федерации с различной этнической экстракцией: пять с коренным обитанием, пять в этнических популяциях Поволжья. Сравнительный анализ проведен с разнообразием МНБ у десяти этнических групп РФ. Суммарная численность обследованного населения составила 2.837 млн чел. (включая 1.624 млн русских и 1.213 млн представителей десяти различных этнических групп). Разнообразие МНБ составило 480 заболеваний, выявленных у 8355 больных. Определен спектр и распространенность частых заболеваний. Проведен сравнительный анализ геногеографических взаимоотношений между двадцатью этносами/популяциями по распространенности 201 аутосомно-рецессивного заболевания. Показано, что несмотря на интенсивную метисацию русских с коренным населением Поволжья, при положительной этнической брачной ассортативности генофонд русских по генам МНБ сохраняется.
DOI: 10.31857/S0016675821110163
Статьи, опубликованные только в Russian J. of Genetics, № 11 – 2021 г.
Novel Mutations in LRTOMT Associated with Congenital Profound Sensorineural Hearing Loss in a Chinese Patient
1 Department of Otolaryngology, Head and Neck Surgery, Peking University First Hospital, Beijing, China;
2 Department of central laboratory, Peking University First Hospital, Beijing, China
Correspondence to Y. Liu
Objective: the novel mutations in the LRTOMT gene was reported in a Chinese patient with nonsyndromic, congenital profound sensorineural hearing loss. Methods: One boy with hearing loss was enrolled from nonconsanguineous family in the study. Targeted genomic enrichment and massively parallel sequencing of all 415 known hearing loss genes were performed to find possible genetic etiology. Various Bioinformatics tools were used to assess the pathogenicity of the variants. Interpretation of variants was performed according to the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) guidelines to identify the genetic cause of hearing loss. Results: Compound heterozygotes with a novel nonsense mutation (c.451C>T, p.Arg151X) and a novel missense mutation (c.358G>A, p.Gly120Ser) located in splice site were identified in the LRTOMT gene. The two mutations were segregated in both alleles of LRTOMT, present within the LRTOMT2 protein coding region. Nonsyndromic, congenital profound sensorineural hearing loss without detectable residual hearing was found in the patient, and autosomal recessive inheritance was indicated. Conclusion: a novel missense mutation located in splice site was found in the LRTOMT gene in our study. The compound heterozygous mutation increases the spectrum of LRTOMT gene mutations associated with hearing loss in the Chinese population.
DOI: 10.1134/S1022795421110144
The Correlation of MTHFR SNPs, Homocysteine, and Conventional Risk Predictors with Coronary Aartery Disease
1 CMH Kharian Medical College, next to CMH, Kharian Cantt, Kharian, Punjab, 49600 Pakistan; *e-mail: DrRizwan.M@hotmail.com
2 Al - Nafees Medical Collage, Farash Town, Islamabad, 44000 Pakistan
3 College of Medicine, King Faisal University, Al-Ahsa, 31982 Kingdom of Saudi Arabia
Correspondence to R. Masud
Arterial thromboembolic disease affects coronary vasculature and has an exhaustive list of etiologies. The aim of the present study was to investigate the effects of genetic variants in homocysteine pathway genes, homocysteine levels, and other modifiable and non-modifiable conventionally allotted risk factors for coronary artery disease. Study was retrospective case control study, comprised 404 participants (controls, n = 179, ischemic heart disease (IHD) patients, n = 89, and myocardial infarction (MI) cases, n = 136, respectively). Single nucleotide polymorphisms (SNPs); rs1801133, rs1801131 in methylenetetrahydrofolate reductase 'MTHFR' gene, rs1805087 in methyl tetrahydrofolate homocysteine methyltransferase 'MTR' gene, and rs662 in paroxanse1 'PON1' gene, rs4646994, angiotensin converting enzyme 'ACE' insertion/deletion (I/D) polymorphism were resolved employing conventional, and by tetra primer allele refractory mutation system polymerase chain reaction (PCR). ANOVA association testing revealed that homocysteine, cholesterol, creatinine, triglyceride levels, age, family history of CAD, and polymorphisms in MTHFR and PON1 related to coronary artery disease. The Post HOC analysis also maintained significance differences in the control, ischemic heart disease and case groups respectively. The regression analysis failed to maintain statistical significance for creatinine, triglycerides, age, and rs662 PON1 polymorphism, whereby, serum homocysteine, cholesterol, family history, and rs1801133/rs1801131 MTHFR SNPs maintained statistical significance. The results from the present study provide hint into interlaced nature of traditional and novel risk factors in the causation of arterial disease and an insight into their shared detrimental effects in affecting the coronary vasculature.
DOI: 10.1134/S1022795421110077