Аннотации статей. Том 55, 2019 г., № 2
ГЕНЕТИЧЕСКИЕ И ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ ПУТИ СУПРЕССОРА ОПУХОЛИ lethal (2) giant larvae У Drosophila melanogaster
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, 630090 Россия; e-mail: weisman@bionet.nsc.ru
Супрессоры опухоли являются фундаментальными генами развития с полной пенетрантностью. Рецессивные мутации супрессора l(2)gl у дрозофилы сопровождаются сложными фенотипическими синдромами. Реализация функций локуса l(2)gl осуществляется генетическими и эпигенетическими путями. Продукт гена Lgl в сложных белковых комплексах контролирует установление клеточной полярности в стволовых эпителиальных и нервных клетках. Степень участия l(2)gl в регуляции раннего развития, продолжительности жизни, ответа на стресс, развития опухоли может зависеть от уровня экспрессии микроРНК, наличия внутриклеточных симбионтов, мутаций других жизненно важных генов и подвержена влиянию различного рода воздействий.
DOI: 10.1134/S0016675819020152
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ ГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ ПЛАЗМИДЫ ВИРУЛЕНТНОСТИ Salmonella enterica ПОДВИД enterica СЕРОТИП Enteritidis
Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова, Владивосток, 690087 Россия; e-mail: rakovalexey@gmail.com
Некоторые серотипы Salmonella enterica подвид enterica содержат серотипоспецифические плазмиды вирулентности. Доступность полных последовательностей плазмиды вирулентности S. Enteritidis (pSEV) позволила проследить ее эволюционные изменения. Нами были изучены плазмиды вирулентности S. Enteritidis из различных штаммов для выявления эволюции pSEV и определения предковой плазмиды и ее точного размера. Сравнение всех доступных последовательностей плазмид вирулентности S. Enteritidis показало, что они консервативны и ограничены в размерах. Эти размеры колебались от 59336 до 59374 пн, а более половины плазмид имели размер, равный 59372 пн. Генный состав плазмиды является консервативным и состоит из 81 открытой рамки считывания с небольшой псевдогенизацией плазмид, размер которой отличался от 59372 пн. Предположено, что прототипом плазмиды вирулентности S. Enteritidis pSEV является плазмида из SEJ-подобного предкового штамма с размером 56372 пн и таким же нуклеотидным и генным составом, как S. Enteritidis штамм SEJ. Последовательность данной плазмиды может быть использована в качестве референсной для всех будущих работ по плазмиде вирулентности S. Enteritidis.
DOI: 10.1134/S0016675819020127
ФУНКЦИИ ИНСУЛЯТОРОВ В КОНТЕКСТЕ СОВРЕМЕННЫХ ПОЛНОГЕНОМНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ
Институт биологии гена Российской академии наук, группа динамики транскрипционных комплексов, Москва, 199334 Россия; e-mail: magadovam@yandex.ru; info@genebiology.ru
Инсуляторы принято определять как элементы ДНК, обладающие свойством защищать ген от действия других регуляторных элементов: энхансер-блокирующие инсуляторы предотвращают активацию промотора гена энхансером, будучи расположенными между ними; барьерные инсуляторы снимают так называемый эффект положения, предотвращая распространение гетерохроматина. В последние годы использование полногеномных методов анализа привело к накоплению информации относительно свойств инсуляторных элементов, выходящих за рамки канонических определений. В предлагаемом обзоре суммированы самые современные данные о функциях инсуляторов в организации архитектуры и транскрипции хроматина, а также о неканонических функциях, дополняющих общепринятые взгляды на роль инсуляторов в регуляции работы генома.
DOI: 10.1134/S0016675819020188
РЕМОДЕЛИРУЮЩИЙ ХРОМАТИН КОМПЛЕКС SWI/SNF ВЛИЯЕТ НА ПРОСТРАНСТВЕННУЮ ОРГАНИЗАЦИЮ ЛОКУСА ГЕНА ftz-f1
Институт биологии гена Российской академии наук, Москва, 119334 Россия; e-mail: julia.v.nikolenko@gmail.com
Ген ftz-f1 кодирует ядерный рецептор, играющий важную роль в процессе онтогенеза Drosophila melanogaster. Транскрипция этого гена в начале метаморфоза ограничена узким периодом времени и подвержена сложной многоступенчатой регуляции. Недавно в дистальной части первого интрона гена ftz-f1 нами был обнаружен регуляторный элемент, обладающий свойствами энхансера. В настоящей работе мы продолжили исследование свойств хроматина в локусе гена ftz-f1. При помощи метода фиксации конформации хромосом (3С) было обнаружено пространственное взаимодействие промотора и интронного энхансера исследуемого локуса. На фоне нокдауна субъединицы SAYP, привлекающей комплекс SWI/SNF на ген ftz-f1, было детектировано значительное ослабление этого взаимодействия на подготовительной стадии транскрипции гена. На стадии активной транскрипции гена нокдаун SAYP приводил к значительному снижению уровня ацетилирования гистона Н3 по 27-му положению на промоторе и на энхансере. Полученные данные указывают на важную роль SWI/SNF в формировании структуры хроматина, необходимой для адекватной экспрессии гена ftz-f1, и на его важную роль в функционировании интронного энхансера.
DOI: 10.1134/S0016675819020115
ОЦЕНКА ГЕНЕТИЧЕСКОГО ПОЛИМОРФИЗМА СЛИВЫ ДОМАШНЕЙ НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ЛОКУСОВ
1 Северо-Кавказский федеральный научный центр садоводства, виноградарства, виноделия, Краснодар, 350901 Россия; e-mail: supruni@mail.ru
2 Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова, Крымская опытно-селекционная станция, Краснодарский край, Крымск, 353384 Россия
Проведено исследование внутривидового генетического разнообразия и структуры вида слива домашняя на основе анализа 60 сортов по восьми SSR-локусам. В выборку изучаемых образцов вошли различные подвиды сливы домашней: мирабели, ренклоды, терносливы, венгерки. Выявленное в ходе исследования число аллелей на локус варьировало от 6 до 39, всего было идентифицировано 153 аллеля. Байесовский анализ позволил выявить четыре гипотетические панмиктические популяции. При этом вклад панмиктических популяций специфичен для каждого подвида сливы домашней. Основываясь на результатах кластеризации методом UPGMA и данных PCoA, можно заключить, что наиболее генетически обособленным подвидом сливы домашней являются терносливы. Наряду с этим большинство сортов отечественной и зарубежной селекции не образуют выраженных групп при кластеризации, это свидетельствует о единстве генофонда культурных форм сливы домашней.
DOI: 10.1134/S0016675819010144
МОРФОЛОГИЧЕСКАЯ ИЗМЕНЧИВОСТЬ И ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ПОПУЛЯЦИЙ Gymnadenia conopsea (L.) R. Br. (Orchidaceae) НА ЕВРОПЕЙСКОМ СЕВЕРО-ВОСТОКЕ РОССИИ (РЕСПУБЛИКА КОМИ)
Институт биологии Коми научного центра Уральского отделения Российской академии наук, Сыктывкар, 167982 Россия; e-mail: valuyskikh@ib.komisc.ru
С использованием метода ISSR-PCR проведены исследования генетического разнообразия и структуры 10 популяций орхидеи G. conopsea в Республике Коми, где вид находится на северной границе своего ареала и демонстрирует высокий уровень фенотипической изменчивости. Установлено, что реакция особей G. conopsea на недостаток тепла выражается в уменьшении величин наиболее пластичных признаков фенотипа (высота побега, длина соцветия, число цветков, размеры листьев) и определяет четкую морфологическую дифференциацию популяций в разных по температурному режиму карстовых ландшафтах Тиманского кряжа. Два ISSR-праймера позволили выделить 839 локусов, из них доля полиморфных – 37.79%. Анализ UPGMA разделил всю совокупность популяций G. conopsea на два кластера: популяции на известняках Тиманского кряжа (180 растений) и группу особей на Вычегодско-Мезенской равнине (20 растений). Оценка генетической изменчивости позволила выявить пониженные показатели для популяции G. conopsea с Вычегодско-Мезенской равнины (P = 26.94%, He = 0.050, Is = 0.084). На известняках Южного Тимана для вида характерны как высоковариабельные популяции (P = 55.5–60.6%, He = 0.084–0.089), так и с пониженными показателями генетической изменчивости (P = 29.3–29.6%, He = 0.053–0.059), при этом, несмотря на разнообразие карстовых ландшафтов и территориальную разобщенность выборок, между ними существует достаточно активный поток генов (D = 0.007–0.020, I = 0.980–0.993). Тест Мантела не выявил корреляции между генетическими и географическими расстояниями (r = –0.047; р = 0.04). Установлено, что большая часть выявленной генетической изменчивости G. conopsea реализуется внутри популяций, а на долю межпопуляционной составляющей приходится 14%. Анализ генетических взаимоотношений на основе программы Structure позволил разделить выборку по принадлежности к двум географическим районам, а также предположить, что на Южном Тимане существуют минимум четыре генетически обособленные группы. Очевидной связи между типом карстовых ландшафтов, морфологической изменчивостью и генетическим разнообразием популяций не обнаружено.
DOI: 10.1134/S0016675819020164
К ВОПРОСУ О ПРОИСХОЖДЕНИИ Larix × lubarskii Sukaczev: АНАЛИЗ ПОЛИМОРФИЗМА МАРКЕРОВ МИТОХОНДРИАЛЬНОГО ГЕНОМА
Федеральный научный центр биоразнообразия наземной биоты Восточной Азии Дальневосточного отделения Российской академии наук, Владивосток, 690022 Россия; e-mail: levina@biosoil.ru
Впервые исследованы генетическое разнообразие Larix × lubarskii Sukaczev и ее генетические взаимоотношения с другими лиственницами юга Приморского края, дальневосточными и сибирскими видами Larix по данным анализа полиморфизма длины фрагмента UBC460 митохондриального происхождения и нуклеотидных последовательностей 5'-фланкирующей области гена atpA и региона nad4(3c–4r) митохондриальной ДНК. В популяции L. × lubarskii выявлено два варианта длины фрагмента UBC460, с преобладанием короткого. Этот таксон характеризуется средним гаплотипическим (0.582) и низким нуклеотидным (0.0003) разнообразием. Сравнительный анализ нуклеотидного полиморфизма двух регионов мтДНК у лиственниц юга Приморского края выявил у L. × lubarskii три митотипа, из них только один был общим с L. olgensis A. Henry (locus classicus). Сеть генеалогических связей митотипов указывает на общность происхождения L. × lubarskii и L. olgensis и относительно недавнюю их дивергенцию, а также на более близкую связь с L. sibirica Ledeb., чем с L. gmelinii (Rupr.) Rupr.
DOI: 10.1134/S0016675819020176
ВЫСОКОЕ АЛЛЕЛЬНОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ГЕНА DRB3 (КЛАСС II ГКГ) У САЙГАКА (Saiga tatarica L., 1766), ПОЛУЧЕННОЕ С ПОМОЩЬЮ СЕКВЕНИРОВАНИЯ НОВОГО ПОКОЛЕНИЯ
1 Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук, Москва, 119071 Россия; e-mail: sorokin-p@yandex.ru
2 Томский государственный университет, кафедра зоологии, Томск, 634050 Россия
Впервые описаны нуклеотидные последовательности аллелей гена DRB3 главного комплекса гистосовместимости (класс II) сайгака. Для исследованной выборки получена высокая степень гетерозиготности. Результаты анализа согласуются с гипотезой сверхдоминирования гетерозигот. Филогенетические связи аллей гена DRB3 сайгака и других полорогих не соответствуют систематическому положению сайгака в сем. Bovidae. Предполагается, что полиморфизм аллелей гена DRB3 ГКГ сайгака в первую очередь обусловлен разнообразием возбудителей заболеваний (бактерий, простейших, гельминтов и др.), воздействующих на популяцию сайгаков в ходе эволюционной истории.
DOI: 10.1134/S0016675819020140
МЕТИЛИРОВАНИЕ ДНК В ЛОКУСЕ MIR137HG, АССОЦИИРОВАННОМ С ШИЗОФРЕНИЕЙ И ИНТЕЛЛЕКТОМ, МОЖЕТ БЫТЬ СВЯЗАНО С ЗАБОЛЕВАНИЕМ И КОГНИТИВНЫМИ ФУНКЦИЯМИ
Научный центр психического здоровья, Москва, 115522 Россия; e-mail: m.alfimova@gmail.com
В крупнейших полногеномных исследованиях шизофрении и когниций выявлены ассоциации этих фенотипов с полиморфными сайтами в локусе MIR137HG, содержащем гены микроРНК MIR137 и MIR2682. В настоящей работе мы предприняли изучение особенностей метилирования CpG-островка, расположенного внутри MIR137HG и включающего полностью ген MIR137 и область, прилегающую к 5'-концу MIR2682, в периферической крови 44 больных шизофренией и 50 здоровых. Была проведена оценка связи метилирования данного CpG-островка с шизофренией и когнитивным функционированием. С помощью метода бисульфитного секвенирования единичных молекул ДНК в реальном времени были установлены индивидуальные уровни метилирования каждого из 91 CpG, находящегося на выбранном участке. Все испытуемые заполнили батарею нейропсихологических тестов. Проведенное исследование показало, что изученный CpG-островок является гипометилированным в обеих группах, за исключением одного сайта – CpG (chr1: 98511049), со значительной межиндивидуальной вариативностью доли метилирования. Более высокий уровень метилирования этого CpG был характерен для больных мужчин и связан со снижением когнитивного индекса в общей группе больных и здоровых. Полученные результаты указывают на перспективность дальнейшего изучения различных регуляторных механизмов работы генов MIR137 и MIR2682 для понимания молекулярной основы формирования когнитивного дефицита при шизофрении.
DOI: 10.1134/S0016675819020036
МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ ПОЯСНО-КОНЕЧНОСТНОЙ МЫШЕЧНОЙ ДИСТРОФИИ 2D В ВЫБОРКАХ БОЛЬНЫХ РАЗЛИЧНЫМИ ФОРМАМИ ПРОГРЕССИРУЮЩИХ МЫШЕЧНЫХ ДИСТРОФИЙ
Медико-генетический научный центр, Москва, 115522 Россия; e-mail: * mariya.bulakh@gmail.com, ** e-mail: apol@dnalab.com
Поясно-конечностная мышечная дистрофия 2D (ПКМД 2D) является самой частой в мире формой саркогликанопатий – аутосомно-рецессивных ПКМД, обусловленных различными молекулярными дефектами в генах, кодирующих белки саркогликанового семейства (α, β, γ и δ). ПКМД 2D возникает при наличии мутаций в гене SGCA, кодирующем α-саркогликан, и в целом по своей клинической картине сложно отличима как от других псевдогипертрофических форм ПКМД, так и от мышечной дистрофии Дюшенна/Беккера (МДД/Б). В настоящей работе проведено исследование ПКМД 2D на основании анализа встречаемости повторяющихся вариантов гена SGCA (c.229C>T, c.271G>A и c.850C>T) в трех выборках больных прогрессирующими мышечными дистрофиями, манифестирующими после периода нормального моторного развития. В выборке больных с направляющим диагнозом “мышечная дистрофия Эмери–Дрейфуса” не было выявлено ни одного больного ПКМД 2D. В выборке больных с направляющим диагнозом “ПКМД” доля ПКМД 2D составила не менее 1.9%, а в выборке больных с направляющим диагнозом “МДД/Б” – не менее 0.6%. Примечательно, что в этих двух выборках на долю самого частого в мире варианта гена SGCA – c.229C>T и варианта c.271G>A, зарегистрированного всего в одной итальянской семье, приходится практически одинаковое число больных хромосом. Следовательно, больные ПКМД 2D из РФ отличаются от больных во всем мире наличием двух мажорных вариантов этого гена (c.229C>T и c.271G>A). Информативность тест-системы для поиска трех вариантов гена SGCA (способность выявить хотя бы один мутантный аллель) оказалась в среднем довольно высокой (70% в группе больных ПКМД и 50% в группе больных МДД/Б), следовательно, данная тест-система может быть рекомендована в качестве первичного этапа молекулярной диагностики ПКМД 2D у больных с соответствующей клинической картиной.
DOI: 10.1134/S0016675819020048
ХАРАКТЕРИСТИКА ГЕНОВ-ГОМОЛОГОВ INNER NO OUTER У ДИКОРАСТУЩИХ ВИДОВ ТОМАТА
1 Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии”
Российской академии наук, Москва, 119071 Россия; e-mail: michel7753@mail.ru
2 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Москва, 119991 Россия
Ген INNER NO OUTER принадлежит семейству факторов транскрипции YABBY и определяет идентичность абаксиального слоя клеток внешнего интегумента семязачатка. В настоящем исследовании идентифицированы и охарактеризованы полногеномные последовательности INO у 12 образцов 11 видов томата секции Lycopersicon. В белках INO всех анализируемых видов томата были идентифицированы консервативные домены цинкового пальца и YABBY. В последовательностях генов INO видов томата выявлено 243 вариабельных сайта (12.9% от выровненной длины), из которых 43 локализованы в экзонах, включая SNPs, приводящие к замещениям аминокислотных остатков в домене цинкового пальца (10), YABBY-домене (2) и внедоменной области (10). У INO S. arcanum была выявлена делеция 10 а.о. в С-концевой внедоменной области.
DOI: 10.1134/S0016675819020073
МАЖОРНАЯ МУТАЦИЯ В ГЕНЕ SPAST У ПАЦИЕНТОВ С АУТОСОМНО-ДОМИНАНТНОЙ СПАСТИЧЕСКОЙ ПАРАПЛЕГИЕЙ ИЗ РЕСПУБЛИКИ БАШКОРТОСТАН
1 Институт биохимии и генетики Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук, Уфа, 450054 Россия; e-mail: imkhid@mail.ru
2 Башкирский государственный университет, Уфа, 450076 Россия
3 Башкирский государственный медицинский университет, Уфа, 450000 Россия
4 Республиканская клиническая больница им. Г.Г. Куватова, Уфа, 450005 Россия
Наследственные спастические параплегии (НСП) – группа нейродегенеративных болезней с преимущественным поражением пирамидного тракта. На сегодняшний день мутации, ответственные за заболевание, идентифицированы более чем в 70 генных локусах. К наиболее частым причинам развития НСП относятся мутации в гене спастина (SPAST), однако мажорные мутации являются редкостью для данного заболевания. При исследовании пациентов из 63 неродственных семей с НСП, проживающих в Республике Башкортостан (РБ), в гене SPAST была идентифицирована мутация c.283delG (p.Ala95Profs*66), обнаруженная в семьях татарской этнической принадлежности с высокой частотой. В общей выборке неродственных больных из РБ ее частота составила 19%, а в выборке пациентов-татар – 44%. Было установлено, что во всех семьях с данной мутацией НСП наследуется по аутосомно-доминантному типу, а клинические симптомы заболевания в большинстве случаев соответствуют типичному неосложненному фенотипу, характерному для НСП формы SPG4.
DOI: 10.1134/S0016675819020103
ЭВОЛЮЦИИ РИЗОБИЙ КОЗЛЯТНИКА (Neorhizobium galegae): АНАЛИЗ ПОЛИМОРФИЗМА ГЕНОВ ФИКСАЦИИ АЗОТА И РАЗВИТИЯ КЛУБЕНЬКОВ
1 Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии,
Санкт-Петербург, 196608 Россия; *e-mail: ev genii1991.karasev@gmail.com
2 Почвенный институт им. В.В. Докучаева Российской академии наук, Москва, 119017 Россия
3 Санкт-Петербургский государственный университет, кафедра генетики и биотехнологии, Санкт-Петербург, 199034 Россия
4 Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, 630090 Россия
Ризобии козлятника (Neorhizobium galegae) – удобная модель для изучения эволюции и видообразования симбиотических бактерий. Для этого вида ризобий выделяют два биотипа (bv. orientalis, bv. officinalis), каждый из которых образует N2-фиксирующие клубеньки с определенным видом козлятника (Galega orientalis, G. officinalis). Перекрестная инокуляция между ними приводит к образованию не фиксирующих азот клубеньков. По данным полногеномного секвенирования мы изучили нуклеотидный полиморфизм 11 штаммов N. galegae, выделенных из экосистем Северного Кавказа, где G. orientalis характеризуется гораздо более высоким разнообразием, чем G. officinalis. Низкий уровень различий по уровню полиморфизма в группе sym-генов по сравнению с “несимбиотическими” генами может быть связан с активным участием растений-хозяев в эволюции ризобий. Внутригенный полиморфизм у bv. orientalis оказался значительно выше, чем у bv. officinalis. Уровень полиморфизма “несимбиотических” генов по сравнению с функционально более однородными симбиотическими генами оказался ниже. Дивергенция генов азотфиксации (nif/fix) биотипов N. galegae более выражена, чем по генам клубенькообразования (nod). Эти факты указывают на ведущую роль хозяин-специфичной азотфиксации в эволюции изучаемого вида ризобий.
DOI: 10.1134/S0016675819020085
ПОЛИМОРФИЗМ ГИПЕРВАРИАБЕЛЬНОГО УЧАСТКА ГЕНА csd В ПОПУЛЯЦИИ Apis mellifera L. НА ЮЖНОМ УРАЛЕ
Институт биохимии и генетики Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук, Уфа, 450054 Россия; e-mail: kaskinovamilyausha@mail.ru
У медоносных пчел пол определяется аллельной комбинацией гена csd. Низкое аллельное разнообразие по гену csd приводит к потере силы семьи вследствие появления нежизнеспособных диплоидных трутней из гомозиготных по гену пола яиц, поэтому в пчеловодстве существует острая необходимость идентификации и мониторинга аллелей гена csd. В данной работе представлены результаты анализа полиморфизма гипервариабельного участка (ГВУ) гена csd в локальной популяции Apis mellifera mellifera L. на Южном Урале. Среди 42 аминокислотных последовательностей, кодируемых аллелями ГВУ, выявлены 20 различных последовательностей, пять из которых ранее были неизвестны. Показано, что аллельное разнообразие по гену пола для данной популяции соответствует показателям, известным для других популяций A. mellifera L.
DOI: 10.1134/S0016675819020097
Статьи, опубликованные только в Russian J. of Genetics, № 2 – 2019 г.
Comparative Analyses of Genetic Variation in a Tomato (Solanum lycopersicum L.) Germplasm Collection with Single Nucleotide Polymorphism and Insertion-Deletion Markers
Institute of Vegetables, Liaoning Academy of Agricultural Sciences, Shenyang, 110161 China; e-mail: * huixue224@163.com, ** syzouqingdao@163.com
Estimation of genetic diversity and relative relatedness in breeding materials is critical for improving breeding efficiency. To compare the ability of single nucleotide polymorphism (SNP) and insertion-deletion (InDel) markers for characterizing cultivated tomato germplasm, 120 SNPs and 109 InDels were used to genotype 191 tomato inbred lines representing cherry tomato, traditional varieties, and contemporary lines. The results showed that SNPs provided more information on genetic diversity than the InDels. The expected heterozygosity (He) of SNPs and InDels averaged 0.384 and 0.265, respectively, and the polymorphic information content (PIC) of these two markers was 0.302 and 0.221, respectively. Except for the cherry tomato group, the traditional group showed higher He and PIC for the SNP data, and the contemporary group had the higher InDel diversity. Population structure analysis revealed that the traditional varieties constituted distinct subpopulations relative to the contemporary lines with both marker systems, and three subpopulations were found within the traditional group with SNPs. Additionally, SNPs provided more resolution in discriminating the closely related tomato lines, and InDels may be more effective at resolving genotypes from an inter-gene pool. A lower correlation (R = 0.4155) was found between SNPs and InDels based on the genetic distances among accessions. The present study systematically compares the performance of SNP and InDel markers for population genetics analysis in cultivated tomato. These results contribute to the choice of molecular marker type for analysis of genetic diversity and other genetic studies in tomato.
DOI: 10.1134/S1022795419020182
Widely Applicable PCR Markers for Sex Identification in Birds
a Comparative and Functional Genomics Group, School of Biosciences, University of Kent, Canterbury, Kent, CT2 7NJ UK; e-mail: m.romanov@kent.ac.uk
b The Center for Genomic Advocacy, Department of Biology, Indiana State University, Terre Haute, IN 47809 USA
c Genetics Division, San Diego Zoo Institute for Conservation Research, 15600 Escondido, CA 92027 USA
d Institute of Animal Science, National Academy of Agrarian Sciences of Ukraine, Kulinichi, Kharkov District, 62404 Ukraine
e State Poultry Research Station, National Academy of Agrarian Sciences of Ukraine, Birky, Kharkiv Region, 6342, Ukraine
f Department of Microbiology and Molecular Genetics, Biomedical and Physical Sciences Bldg., Michigan State University, East Lansing, MI 48824 USA
To aid in avian sex determination if birds are not sexually dimorphic and/or they are sexually immature, several molecular assays involving the polymerase chain reaction (PCR) have been developed. To test in a variety of domestic and wild avian species applicability of five sexing assays: previously described four assays based on nucleotide sequence differences between the Z and W copy of the chicken chromodomain-helicase-DNA-binding protein gene (CHD1Z and CHD1W), and a new sexing marker using the ubiquitin associated protein 2 (UBAP2) gene sequence. At least one molecular sexing marker was successful in 84 out of 88 examined species across 13 avian orders. These assays may be useful in breeding management of domestic and wild birds as well as in studies of avian ecology, population genetics, embryology and transgenesis.
DOI: 10.1134/S1022795419020121
Evaluation of Population Data and Forensic Parameters of Turkish Population on 30 Autosomal Insertion and Deletion Polymorphisms
Institute of Forensic Science Istanbul University, Cerrahpasa, Istanbul, 34303 Turkey; e-mail: gonulfiloglu@yahoo.com.tr
The InDel, based on the insertion or deletion in the human genome, is an alternative genetic marker for the widely used forensic STRs identification method. In this study we aim to determine forensic parameters of autosomal 30 InDel lociin Turkish population and to analyze the genetic differences between Turkish population and previously published other population data of alleged loci. We collected 250 blood samples from non-relative healthy volunteers. Then 30 insertion-deletion loci and amelogenin were amplified according to Investigator DIPplex® Kit manual (Qiagen). The PCR products were separated and were analyzed. Forensic and population parameters of the 30 InDels were estimated with Promega PowerStats excelsheet, p-values of Hardy–Weinberg Equilibrium and FST test of population differentiation were calculated with Arlequin ver. 3.5. After Bonferonni correction the DIPplex allele frequency distributions showed no significant deviation from HWE. FST indicated that significant statistical differences were found between our populationand Korean population at 16, Somalian population at 16, Taiwanian population at 9, Finnish population at 5, Polish population at 1 InDel loci. There is no statistically significant results in between our Turkish population sample, Turkish population in Denmark, and Italian populations in North-East Italy.We present population data and forensic parameters for 30 autosomal InDels studied in Turkish population samples. This data set will be useful in paternity, kinship analysis and also in identification of the forensic case samples. We also emphesis that Turkish population data is genetically closer to the nearby European populations as expected.
DOI: 10.1134/S1022795419020042