Аннотации статей. Том 54, 2018 г., № 11
НОВАЯ РОЛЬ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ФАКТОРА СysB В ДЕГРАДАЦИИ ЦИСТЕИНА И ОБРАЗОВАНИИ СЕРОВОДОРОДА
1 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук,
Москва 119991 Россия; e-mail: alexmir_98@yahoo.com
2 Институт биохимии и физиологии микроорганизмов Российской академии наук, Пущино, Московская обл.,
142290 Россия
3 Государственный научно-исследовательский институт генетики и селекции промышленных микроорганизмов,
Москва 117545 Россия
Исследован парадоксальный эффект делеции генов cysK, cysМ Escherichia coli, кодирующих ферменты цистеинсинтазы: такие цистеиновые ауксотрофы активно деградируют избыток транспортируемого из среды цистеина с образованием H2S. Мы показали, что делеции любого из известных генов, контролирующих деградацию экзогенного цистеина, включая гены aspC, mstА, cysK, cysM, tnaA, metC, malY, а также недавно обнаруженных генов yciW, сyuA, cyuP, cyuR, не лишают цистеиновых ауксотрофов ΔcysK ΔcysM способности к деградации цистеина. Деградация цистеина в мутанте ΔcysK ΔcysM позитивно регулируется продуктами генов сysB и cysE. Существенно, что в мутанте ΔcysK ΔcysM обнаружена повышенная транскрипция генов, противодействующих окислительному стрессу (sodА, сatG, arcA, cydD). Мы предполагаем, что окислительный стресс в клетках мутанта ΔcysK ΔcysM провоцируется ограничением ресинтеза цистеина, в то время как cysB-зависимая деградация экзогенного цистеина и образующийся H2S обеспечивают защиту от окислительного стресса.
DOI: 10.1134/S0016675818110140
СОЗДАНИЕ И ХАРАКТЕРИСТИКА ПШЕНИЧНО-РЖАНЫХ ГИБРИДОВ, ПОЛУЧЕННЫХ С ПОМОЩЬЮ МЕЙОТИЧЕСКОЙ РЕСТИТУЦИИ
1 Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского
отделения Российской академии наук, Новосибирск, 630090 Россия; e-mail: silkova@bionet.nsc.ru
2 Институт генетики и цитологии Национальной академии наук Беларуси, Минск, 220072 Беларусь; e-mail:
nadezhdadubovets@gmail.com
Изучен характер формообразования плодовитых потомств F2 и F3 поколений пшенично-ржаных гибридов, полученных в результате мейотической реституции с использованием сорта Саратовская 29 (С29 × R) и пшенично-ржаной замещенной линии 1Rv(1A) (1Rv(1A) × R). В кариотипе гибрида F2 С29 × R выявлено 56 хромосом, из них 42 хромосомы пшеницы и 14 хромосом ржи, а в кариотипе гибрида F2 1Rv(1A) × R – 46 хромосом, из них три пары хромосом ржи 1R1R4R4R2RL2RL, 1R1R замещали хромосомы 1А1А, а 2RL2RL и 4R4R были дополненными к комплекту хромосом пшеницы. В F3 поколении у гибридов С29 × R сохранялось октоплоидное число хромосом с анеуплоидией по единичным хромосомам ржи и пшеницы, а у гибридов 1Rv(1A) × R число хромосом варьировало от 42 до 49, однако у большинства растений сохранялось 2n = 46. Мейоз гибридов F3 1Rv(1A) × R был более стабильным, чем у гибридов С29 × R. Среднее число унивалентов у гибридов 1Rv(1A) × R составило 1.54 ± 0.17, что было достоверно ниже, чем у потомков гибридов С29 × R, (2.56 ± 0.23 и 2.07 ± 0.27). Гибриды F3 поколения С29 × R и 1Rv(1A) × R характеризовались большой вариабельностью по числу зерен с растения и массе 1000 зерен. В среднем растения С29 × R завязывали меньше зерен, которые имели большую массу 1000 зерен, чем растения 1Rv(1A) × R, которые завязывали больше зерен с меньшей массой 1000 зерен. Полученные результаты свидетельствуют о влиянии замещения 1Rv/1A на формообразование пшенично-ржаных гибридов.
DOI: 10.1134/S0016675818110152
ГЕНЕТИЧЕСКИЙ КОНТРОЛЬ ОТСУТСТВИЯ ВОСКОВОГО НАЛЕТА НА РАСТЕНИЯХ ПШЕНИЦЫ
1 Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского
отделения Российской академии наук, Новосибирск, 630090, Россия; e-mail: gonch@bionet.nsc.ru
2 Колледж сельского хозяйства, Университет г. Ибараки, Инашики, 300-0393 Япония
Изучен генетический контроль наследования признака “наличие–отсутствие воскового налета на вегетативных органах растений” у ди-, тетра- и гексаплоидных пшениц. Из 284 изученных образцов диплоидной (2n = 14) пшеницы Triticum urartu Thum. ex Gandil. не выявлено ни одного с восковым налетом. Показан моногенный контроль отсутствия воскового налета у Aegilops squarrosa L. – донора генома D гексаплоидных пшениц. Среди 730 образцов тетраплоидной (2n = 4x = 28) пшеницы T . durum Desf. из коллекции ICARDA обнаружено 19 образцов без воскового налета. Показано, что у этих образцов признак “отсутствие воскового налета” контролируется аллельным доминантным геном. С использованием D-геномных хромосомных замещенных линий сорта Langdon данный ген локализован в хромосоме 2В и сделано предположение, что это доминантный ген-ингибитор воскового налета Iw1. Обнаружен ранее не описанный рецессивный ген, определяющий отсутствие воскового налета у tetraThatcher – тетраплоидной (2n = 4x = 28) формы канадского сорта гексаплоидной (2n = 6x = 42) мягкой пшеницы Thatcher. С использованием линий с делециями 2BS-1, 2BS-3 и 2BS-11 сорта Chinese Spring ген w1, обусловливающий наличие воскового налета у мягкой пшеницы, картирован физически в проксимальной части хромосомы 2В до точки разрыва 0.53.
DOI: 10.1134/S0016675818110061
НОВЫЕ ДАННЫЕ О ТАКСОНОМИЧЕСКОМ И ГЕОГРАФИЧЕСКОМ РАСПРОСТРАНЕНИИ ДЕЛЕЦИИ ИНТРОНА trnLUAA хпДНК В РОДЕ Hedysarum L. (Fabaceae L.)
1 Центральный сибирский ботанический сад Сибирского отделения Российской академии
наук, Новосибирск, 630090 Россия; *e-mail: nszvyagina@mail.ru
2 Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии
наук, Новосибирск, 630090 Россия
Анализ последовательностей пластидного межгенного спейсера trnL-trnF хлоропластной ДНК выявил высокий полиморфизм длины (309–735 пн) и нуклеотидного состава у видов секций Hedysarum и Multicaulia рода Hedysarum (сем. Fabaceae). Среди 19 проанализированных видов регион trnL-trnF ранее не был изучен для 13. Для четырех видов (H. austrosibiricum, H. cisbaiсalense, H. theinum и H. consanguineum) делеция интрона trnL зафиксирована впервые. Обнаружен новый гаплотип для H. alpinum, не обладающий делецией интрона trnL. Предложены гипотеза возникновения полифилетичности рода и механизмы формирования впервые установленных для рода Hedysarum явлений гетероплазмии и поливариантности хлоропластного цитотипа, обнаруженных у H. consanguineum и H. alpinum по данным маркирования интрона гена trnL.
DOI: 10.1134/S0016675818110103
АЛЛЕЛЬНОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ГОРДЕИН-КОДИРУЮЩИХ ЛОКУСОВ Hrd A И Hrd B У КУЛЬТУРНОГО (Hordeum vulgare L.) И ДИКОГО (Hordeum spontaneum C. Koch) ЯЧМЕНЯ В СИРИИ (КАК ЧАСТИ ДУГИ ПЛОДОРОДИЯ)
Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва, 119991 Россия; e-mail: Pomortsev@vigg.ru
Методом электрофореза в крахмальном геле изучен полиморфизм гордеинов, контролируемых локусами Hrd A и Hrd B, у 60 местных образцов культурного и у 23 образцов дикого ячменя из Сирии. Для локуса Hrd A у H. vulgare и H. spontaneum идентифицированы 37 и 28 аллелей, для локуса Hrd B – 54 и 38 аллелей соответственно. Частоты аллелей локусов Hrd A и Hrd B у культурного ячменя варьировали в пределах 0.0017–0.2250 и 0.017–0.2182 соответственно, а у дикого ячменя – в пределах 0.0087– 0.1391 и 0.0087–0.0696 соответственно. У сирийских образцов H. spontaneum и H. vulgare из 62 аллелей локуса Hrd A обнаружено три общих аллеля, а из 92 аллелей локуса Hrd В общих аллелей не было найдено. Отмечено, что гипотеза о доместикации в Юго-Восточной Турции/Северной Сирии в 9000–8000 гг. до н.э. основана на археологических данных. Однако самое раннее использование зерна ячменя на Ближнем Востоке зафиксировано в Охало II около Галилейского моря и датируется 17 тысячелетием до н.э., а возраст археологических находок культурного и дикого ячменя в Египте определяется в 18 тыс. лет. Сделан вывод, что Сирию вряд ли можно рассматривать как центр доместикации ячменя. При этом H. spontaneum из Сирии мог являться донором отдельных аллелей гордеин-кодирующих локусов H. vulgare в результате интрогрессии вследствие спонтанной гибридизации при распространении культурного ячменя.
DOI: 10.1134/S0016675818110127
ИДЕНТИФИКАЦИЯ ПЛАНКТОННЫХ ДИНОФЛАГЕЛЛЯТ РОДОВ Gyrodinium И Gymnodinium ИЗ ОЗЕРА БАЙКАЛ С ПОМОЩЬЮ АМПЛИФИКАЦИИ ФРАГМЕНТОВ ДНК ИЗ ОДНОЙ КЛЕТКИ
Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук, Иркутск, 664033 Россия; e-mail: tasha.annenkova@gmail.com
Наибольшая часть эукариот в природе представлена одноклеточными организмами – протистами, степень изученности которых до сих пор остается невысокой из-за ряда методических проблем. В настоящей работе показано, как анализ фрагментов ДНК из одной клетки может использоваться для более эффективного изучения протист на примере двух видов динофлагеллят из оз. Байкал. Фрагменты ДНК из живых и из зафиксированных клеток Gymnodinium baicalense и Gyrodinium helveticum были успешно расшифрованы, что свидетельствует о пользе данного метода при изучении некультивируемых динофлагеллят. В то же время данный подход чересчур трудоемок, чтобы внедрять его в традиционные мониторинговые исследования. Полученные данные подтвердили ранее сделанное предположение о том, что байкальская популяция гетеротрофного вида G. helveticum была ошибочно описана как эндемик оз. Байкал Gymnodinium coeruleum. Впервые для G. helveticum расшифрованы участок гена 28S рРНК и ITS2. Филогенетические деревья на основе генов 28S рРНК и 18S рРНК подтверждают принадлежность G. helveticum к роду Gyrodinium. Анализ фрагментов гена 18S рРНК из базы данных GenBank выявил большое количество схожих с G. helveticum неизвестных эукариот из различных водоемов, что свидетельствует о возможном наличии скрытого разнообразия в рамках морфовида G. helveticum, а также в целом большего числа видов рода Gyrodinium. Несомненно, для G. helveticum (одной из немногих известных пресноводных гетеротрофных динофлагеллят) в будущем необходим комплексный филогеографический анализ.
DOI: 10.1134/S0016675818110036
ИССЛЕДОВАНИЕ ПРИСПОСОБИТЕЛЬНОГО ХАРАКТЕРА ПОЛИМОРФИЗМА ГЛАВНОГО КОМПЛЕКСА ГИСТОСОВМЕСТИМОСТИ (MHC) ПО ОДНОНУКЛЕОТИДНЫМ ЗАМЕНАМ В ПОПУЛЯЦИЯХ АЗИАТСКОЙ НЕРКИ. II. ФАКТОРЫ, ОПРЕДЕЛЯЮЩИЕ ИЗМЕНЧИВОСТЬ ГЕНА Onne-DAB В БАССЕЙНЕ РЕКИ КАМЧАТКИ
Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии, Москва, 107140 Россия; e-mail: mailfed@mail.ru
Проанализирована изменчивость гена Onne-DAB по двум однонуклеотидным заменам (One_MHC2_190v2 и One_MHC2_251v2) в выборках ранней (весенней) нерки из притоков и малых рек бассейна р. Камчатки. Различия в оценках внутрипопуляционной изменчивости и межпопуляционной дифференциации в выборках из разных участков бассейна наиболее вероятно обусловлены воздействием различных форм патоген-индуцированного отбора в отдельных локальностях данной озерно-речной системы. По результатам факторного анализа были выделены две главные компоненты (ГК), объясняющие в сумме 72% общей изменчивости генетических признаков в выборках нерки. Между второй ГК (33.4%) и географическими расстояниями от соответствующего притока до протоки Азабачьей (оз. Азабачье было выбрано в качестве реперной точки, так как расположено недалеко от устья р. Камчатки и является нагульным водоемом для молоди из многих ее притоков) установлена значимая корреляция. Кроме того, высокодостоверная корреляция обнаружена между второй ГК и экстенсивностью заражения рыб из обследованных притоков плероцеркоидами Diphyllobothrium sp.
DOI: 10.1134/S0016675818110085
ОСОБЕННОСТИ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ИЗМЕНЧИВОСТИ НАТИВНЫХ И ИНВАЗИВНЫХ ПОПУЛЯЦИЙ Harmonia axyridis (COLEOPTERA, COCCINELLIDAE)
Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва, 119991 Россия; e-mail: andrianovb@mail.ru
Божья коровка Harmonia axyridis – широко распространенный полифаг, образует стабильные популяции в Восточной Азии и распространяющиеся инвазивные популяции в Европе и других регионах с умеренным и субтропическим климатом. Дана характеристика гаплотипического разнообразия нативных и инвазивных популяций H. axyridis по гену atp6. Выявлены характерные различия в составе и количественном соотношении митохондриальных гаплотипов между западной и восточной группами популяций нативного ареала. Генетическая структура инвазивных популяций единообразна на всем ареале в Европе от Атлантического побережья до Черноморского побережья Кавказа, что указывает на распространение инвазивных популяций H. axyridis в Европе из одного центра. Митохондриальный генофонд инвазивных популяций в Европе образован двумя основными гаплотипами. Этот состав митохондриальных гаплотипов остается постоянным в процессе расширения инвазии. Обсуждается возможная роль смешанного происхождения инвазивных популяций H. axyridis для формирования способности к инвазии.
DOI: 10.1134/S0016675818110024
ВНУТРИВИДОВОЙ ПОЛИМОРФИЗМ КОНТРОЛЬНОГО РЕГИОНА МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК И ФИЛОГЕОГРАФИЯ МАЛОГО СУСЛИКА (Spermophilus pygmaeus, Sciuridae, Rodentia)
1 Пензенский государственный университет, кафедра зоологии и экологии, Пенза, 440026
Россия; e-mail: oaermakov@list.ru
2 Сибирский федеральный университет, кафедра защиты и современных технологий мониторинга лесов,
Красноярск, 660041 Россия
3 Институт систематики и экологии животных Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск,
630091 Россия
4 Национальный медицинский исследовательский центр гематологии, Москва, 125167 Россия
Малый суслик (Spermophilus pygmaeus) – политипический вид, имеющий протяженный ареал, разделенный крупными реками (Дон, Волга и Урал). Предварительное исследование фрагмента контрольного региона мтДНК обнаружило значительный уровень генетической дифференциации (7%) между популяциями малого суслика, обитающими на правом и левом берегах Волги, что позволило предположить изолирующую роль крупных рек для этого вида. В настоящей работе представлены результаты изучения генетического разнообразия малого суслика (52 особи из 35 локалитетов) на всем ареале вида. Реки Дон и Урал, в отличие от Волги, не оказали значительного влияния на филогеографическую структуру малого суслика. Некоторое географическое подразделение обнаружено у сусликов, живущих к востоку от Волги, что, вероятно, объясняется влиянием крупной палеореки, протекавшей по Тургайской ложбине в периоды оледенений. Волга разделяет малых сусликов на две основные группы – “западную” и “восточную”, в которых наблюдается высокий уровень гаплотипического разнообразия. Показатели генетической изменчивости почти в 2 раза больше у сусликов “западной” клады. Значения тестов на нейтральность и изоляцию расстоянием свидетельствуют в пользу относительно недавнего расширения ареала “восточной” клады. Структура генетического разнообразия малых сусликов поддерживает гипотезу европейского происхождения S. pygmaeus с центром формирования вида на территории Кавказского географического региона. Разделение “западной” и “восточной” филогенетических линий малого суслика произошло, вероятно, под воздействием колебаний уровня Каспийского моря, в связи с образованием временных миграционных коридоров в периоды регрессий.
DOI: 10.1134/S0016675818110048
ТАКСОНОМИЧЕСКИЙ СТАТУС И ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ СОБОЛЯ АЛТАЯ (Martes zibellina averini Bazhanov, 1943)
1 Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва, 119991
Россия; e-mail: snkashtanov@mail.ru
2 Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук, Москва, 119071
Россия
3 Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской
академии наук, Новосибирск, 630090 Россия
4 Московский педагогический государственный университет, кафедра зоологии и экологии, Москва, 129164
Россия
Исследовались генетическая структура и уровень дифференциации популяций соболя Алтайской горной области и сопредельных географических регионов с применением маркеров ядерного и митохондриального геномов. Подтверждена обособленность соболя северо-западной физико-географической провинции Алтайской горной области. Ранее таксономический статус соболя этого региона был определен по морфологическим признакам как подвид Martes zibellina averini Bashanov, 1943. Результаты статистического анализа свидетельствуют о существовании в Алтайской горной области двух популяционных группировок: северо-западной, изолированной ландшафтными особенностями горного региона, и образованной популяциями востока и северо-востока Горного Алтая. Последние имеют устойчивые миграционные связи с основным ареалом соболя Алтае-Саянского экорегиона и Среднесибирского плоскогорья. Выявлен центр аллельного разнообразия исследуемой части ареала вида.
DOI: 10.1134/S0016675818110073
ОЦЕНКА МЕТОДОВ ПРИОРИТИЗАЦИИ ГЕНОВ ВНЕШНЕГО ПУТИ АПОПТОЗА В КАЧЕСТВЕ КАНДИДАТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С БОЛЬШИМ ДЕПРЕССИВНЫМ РАССТРОЙСТВОМ
1 Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Уфимского
федерального исследовательского центра Российской академии наук, Уфа, 450054 Россия; e-mail: evensky.maria@gmail.com
2 Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской
академии наук, Новосибирск, 630090 Россия; e-mail: saik@bionet.nsc.ru
3 Башкирский государственный университет, кафедра генетики и фундаментальной медицины, Уфа, 450074
Росси; e-mail: ekkh@anrb.ru
Большое депрессивное расстройство (БДР) является серьезной проблемой в области психофизического здоровья людей и благополучия общества в России и в мире. В настоящей работе изучали роль процесса апоптоза в ассоциативной генной сети данного расстройства. Проанализированы методы приоритизации генов и предсказаны гены-кандидаты для дальнейшего исследования. Проведены проверка качества методов приоритизации, используемых по отдельности и совместно, и выбор наиболее эффективных методов. Приоритизацию проводили для генов внешнего пути апоптоза, важного для разработки лекарственных средств, с учетом их роли в структуре ассоциативной генной сети БДР. Были рассмотрены и использовались для приоритизации методы ANDSystem–компьютерной системы, с помощью которой можно реконструировать генные сети на основе информации, извлеченной из текстов научных публикаций. Предложены гены-кандидаты для дальнейшего экспериментального подтверждения их роли в механизме БДР: CAV1, FYN, JAK2, PTEN, RAF1, RELA и SRC.
DOI: 10.1134/S0016675818110176
АНАЛИЗ МУТАЦИЙ ШТАММОВ Streptomyces fradiae ATCC 19609-Olg2R, УСТОЙЧИВЫХ К (33S)-АЗИДО-33-ДЕЗОКСИОЛИГОМИЦИНУ А
1 Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва, 119991
Россия; e-mail: vatlin_alexey123@mail.ru
2 Научно-исследовательский институт по изысканию новых антибиотиков им. Г.Ф. Гаузе, Москва, 119021
Россия
Приводятся результаты анализа мутантных штаммов Streptomyces fradiae ATCC 19609, устойчивых к (33S)-азидо-33-дезоксиолигомицину А, полученных с частотой от 10–8 до 2.5 × 10–9. Анализ мутантных штаммов позволил разделить их на две группы по уровню устойчивости к олигомицину А. Один мутант из 15 полученных был устойчив к олигомицину А при МИК 0.1 нм/мл и 14 мутантных штаммов – при МИК 0.01 нм/мл олигомицина А (МИК для исходного штамма – 0.001 нм/мл). С использованием ПЦР анализа и последующего секвенирования по Сенгеру проанализированы три генакандидата, продукты которых связаны с устойчивостью к олигомицину А: хеликаза IV, С-субъединица и А-субъединица FоF1-АТФ-синтазы. Установлено, что в геномах всех 15 мутантов имелась единичная нуклеотидная замена (SNP) в гене хеликазы IV, в то время как у одного наиболее устойчивого штамма имелась дополнительная SNP в гене А-субъединицы FоF1-ATФ-синтазы. Этот мутантный штамм будет использован для получения мутантов устойчивости к олигомицину А с целью дальнейшего полногеномного секвенирования их геномов и выявления биомишеней олигомицина А.
DOI: 10.1134/S0016675818110164
РАЗРАБОТКА МЕТОДОВ СЕЛЕКТИВНОЙ ЭЛИМИНАЦИИ БЕЛКОВ В РАСТИТЕЛЬНЫХ КЛЕТКАХ
Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва, 119991 Россия; e-mail: maloshenoklg@mail.ru
Разработан метод направленной элиминации определенных внутриклеточных белков в растениях за счет использования убиквитин-протеасомной системы клетки. Получены два делеционных варианта убиквитин-лигазы Е3 (Chip) A. thaliana, несущих домен узнавания белка-мишени GFP. Взаимодействие GFP и химерной убиквитин-лигазы подтверждено с помощью дрожжевого двугибридного анализа. Методами флуоресцентной микроскопии и флуориметрии показано, что при инфильтрации растений N. benthamiana, экспрессирующих ген gfp, агробактериями, несущими гибридный ген Е3 убиквитин-лигазы Chip с доменом узнавания белка GFP, наблюдается существенное снижение сигнала флуоресценции для обоих вариантов – как при делеции N-концевого домена размером в 100 аминокислот, так и при делеции размером 140 аминокислот.
DOI: 10.1134/S0016675818110097
Опечатка к статье
ЭКСПРЕССИЯ ГЕНА АЦИЛАМИДАЗЫ В ШТАММАХ Rhodococcus erythropolis
DOI: 10.1134/S0016675818110115
На странице 1134, вторая колонка, третий абзац, вместо: “эти штаммы были выращены на минимальной среде М3” следует читать: “эти штаммы были выращены на среде ЛБ”.
На странице 1136, в подписи к таблице, вместо “Удельная ациламидазная активность клеток выражена в мкМ п-нитроанилина/мг с.в. × ч” следует читать: “Удельная ациламидазная активность клеток выражена в единицах отношения ОП405/ОП492. Одна такая единица соответствует 1.7 × 10–2 мкМ п-нитроанилина/мг с.в. × ч”.
Статьи, опубликованные только в Russian J. of Genetics, № 11 – 2018 г.
Genetic variation of β-casein gene using AS-PCR and ARMS-PCR techniques in bovine populations
1 Department of Pathobiology, Faculty of Veterinary Medicine, 5166, University of Tabriz, Tabriz, Iran; e-mail: m.firouzamandi@tabrizu.ac.ir
2 Faculty of Veterinary Medicine, University of Tabriz, Iran
3 Department of Clinical Science, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tabriz, Iran
Proteins in bovine milk are a common source of bioactive peptides. The peptides are released by the digestion of caseins and whey proteins. Therefore, the main aim of present study was to evaluation of the frequency of beta-casein variants of A1 (as bad peptide) and A2 (as beneficial peptide) and also, A and B alleles in Holstein and native breeds using both AS-PCR and ARMS techniques. Totally, 40 Holstein, 38 Sarabi and 13 Gaja breeds were tested. In AS-PCR, three genotypes as A1A1, A1A2, and A2A2 were detected and frequencies of A1 allele of β-casein were calculated as 52.5, 51.31 and 50% in Holstein, Sarabi and Gaja breeds, respectively. Frequencies of heterozygote genotypes A1A2 were observed as 90, 71 and 100% in Holstein, Sarabi and Gaja breeds, in that order. Frequencies of A2A2 genotypes of β-casein were calculated as 2.5, 13.157, and 0.00% in the three studied breeds respectively. In ARMS-PCR, two genotypes as AA, and AB were observed and BB genotype wasn’t found. Frequencies of AA, and AB genotypes were as 80 and 20%, 94.73 and 5.26% and 100 and 0.00% in Holstein, Sarabi and Gaja populations, respectively. Subsequently, allele B frequencies were calculated as 3.38, 1.92, and 0.00% in order to these three breeds. Comparison of both techniques was showed that samples having A1A1 genotype in AS-PCR technique were as AB genotype in ARMS-PCR significantly (p ≥ 0.05). All of the identified alleles in both techniques weren’t in Hardy–Weinberg equilibrium. Overall, results of our study were revealed that frequencies of bad peptides were more than good peptide in the three different populations.
DOI: 10.1134/S1022795418110054
Next-Generation Sequencing of Matched Ectopic and Eutopic Endometrium Identifies Novel Endometriosis-Related Genes
1 Bioinformatics Institute, Saint Petersburg, Russia
2 D.O. Ott Research Institute of Obstetrics, Gynecology and Reproductology, Saint Petersburg, Russia;
e-mail: baranov@vb2475.spb.edu, vsbar40@mail.ru
3 Biobank of the Research Park, Saint Petersburg State University, Saint Petersburg, Russia
4 North-Western State Medical University named after I.I. Mechnikov, Saint Petersburg, Russia
Here, we determined basic differentially expressed genes in endometrial lesions compared to eutopic endometrium of the patients with endometriosis (EM). Endometrial biopsy and tissue sampling were performed in ten women with pelvic EM and nine controls at their mid-secretory phase. NGS of mRNA combined with bioinformatic analysis and complemented by RT-qPCR analysis were used for analysis. A list of differentially expressed genes of ectopic compared to eutopic endometrium during mid-secretary phase has been composed. Functional annotation has found profound gene expression perturbations in numerous EM pathways including extracellular matrix, complement and coagulation, as well as cell cycle-related gene family. The genes of alcohol dehydrogenase 1B (ADH1B) and fatty binding protein 4 (FABP4) were determined as the most dramatically up-regulated genes in ectopic endometrial lesions. Both genes were not reported before to be associated with EM. Several other genes including PLA2G2A were also up-regulated in ectopic EM lesions. Notably, FABP4 and ADH1B are key genes in basic metabolism and known for their function in adipose tissue. The results provide intriguing new avenue for endometriosis studies.
DOI: 10.1134/S1022795418110133