Аннотации статей. Том 54, 2018 г., № 1
ГЕНОТИПИРОВАНИЕ Bacillus anthracis И БЛИЗКОРОДСТВЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ
Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии, Оболенск Московской области 142279; e-mail: timofeev@obolensk.org
Группа Bacillus cereus sensu lato, в которую входит возбудитель сибирской язвы Bacillus anthracis, имеет высокую степень генетического родства. Тем не менее развитие молекулярной генетики в последние годы позволило определить ряд молекулярных маркеров, пригодных для идентификации сибиреязвенного микроба, его дифференциации от близкородственных бацилл, деления представительных коллекций штаммов на кластеры и описания филогенетических отношений между этими кластерами. В данной статье рассматриваются основные современные методы молекулярно-генетического типирования сибиреязвенного микроба, дается оценка их дискриминирующей способности, информативности, обоснованности и пригодности их применения, сложности и экономичности методических подходов. Кроме того, обсуждаются международные онлайн ресурсы и возможность их применения для сравнения собственных коллекций со штаммами В. anthracis, выделенными в различных частях мира.
DOI: 10.7868/S0016675818010113
ГЕНЫ ГИСТАМИНОВОГО МЕТАБОЛИЧЕСКОГО ПУТИ И МНОГОФАКТОРНЫЕ ЗАБОЛЕВАНИЯ ЧЕЛОВЕКА
1 Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук, Томск 634050; e-mail: aksana.kucher@medgenetics.ru
2 Национальный исследовательский Томский государственный университет, Томск 634050
3 Сибирский государственный медицинский университет, Томск 634050
В обзоре представлены сведения о функциональной роли гистамина, генетических факторах, задействованных в поддержании физиологического уровня данного амина в организме, а также о вовлеченности гистамина и генов гистаминового метаболического пути в развитие некоторых заболеваний многофакторной природы.
Гистамин – биогенный амин с широкой сферой компетенций, физиологические эффекты которого реализуются при помощи четырех типов рецепторов (HRH1, HRH2, HRH3 и HRH4), характеризующихся тканеспецифичной экспрессией. Ключевыми генами, ответственными за поддержание физиологического уровня гистамина, являются HDC (отвечает за синтез эндогенного гистамина), АОС1, HNMT, МАОВ и ALDH7A1 (участвуют в процессах деградации гистамина и его метаболитов); но в общей сложности по данным "Gene Ontology" в метаболических путях гистамина задействованы белки и ферменты, кодируемые более 200 генами.
Как временные, так и хронические нарушения баланса между синтезом/поступлением гистамина и его деградацией/метаболизмом
в организме человека (в том числе и в результате генетических особенностей) опосредуют развитие воспалительных
проявлений с нарушением гомеостаза различных систем органов (нервной, иммунной, эндокринной, сердечно-сосудистой
и др.). Иммунопатологические реакции, опосредованные гистамином, сопровождают развитие антиген-специфической и
неспецифической гиперчувствительности немедленного и замедленного типов воспаления, эффекторные иммунокомплексные
реакции, аутоиммунные расстройства, онкологию и в конечном итоге могут определять коморбидность многофакторных
патологий. В обзоре также представлена информация об ассоциациях генов гистаминового метаболического пути с многофакторными
заболеваниями (по данным работ с использованием кандидатного подхода и полногеномных ассоциативных исследований).
DOI: 10.7868/S0016675818010083
ПЕРСПЕКТИВА ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ФАКТОРОВ ТРАНСКРИПЦИИ ДЛЯ УЛУЧШЕНИЯ УСТОЙЧИВОСТИ ПРОДУКТИВНЫХ СОРТОВ ПШЕНИЦЫ К АБИОТИЧЕСКИМ СТРЕССАМ
Институт биологии развития им. Н.К. Кольцова Российской академии наук, Москва 119334; e-mail: akgaponenko@gmail.com
Для увеличения урожайности пшеницы в условиях быстро меняющегося климата и экстремальности погодных условий необходимы новые сорта, адаптивные к стрессам среды. Улучшение сортов пшеницы методами трансгенных технологий осуществляется более 20 лет. Продуктивным сортам придаются комплексы устойчивости к экстремальным температурам, засухе, засолению, патогенам и насекомым. Для улучшения продуктивных сортов методами трансгенной технологии необходимо наличие: 1) генов, определяющих устойчивость к стрессам; 2) эффективных систем генетической трансформации; 3) факторов, регулирующих экспрессию большого числа генов ответа на стрессы. Гены, кодирующие транскрипционные факторы (ТФ), привлекают особое внимание, поскольку являются основными регуляторами клеточных процессов, они отличные кандидаты для модификации сложных полигенно контролируемых признаков сельскохозяйственных растений. В различных стрессовых условиях ТФ регулируют гены ответа на стресс, связываясь специфически с цис-элементами в их промоторах и индуцируя активацию или подавление транскрипции этих генов. Результаты улучшения сельскохозяйственных культур с помощью трансгенных технологий и использования ТФ указывают на то, что такой подход может стать основой следующего поколения биотехнологических культур. В обзоре приведены данные о различных семействах ТФ и некоторых их свойствах, а также о достижениях и перспективах использования ТФ при генно-инженерном улучшении пшеницы.
DOI: 10.7868/S0016675818010034
НЕЙРОГОРМОНАЛЬНАЯ РЕГУЛЯЦИЯ РОСТА ОПУХОЛЕЙ
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск 630090; e-mail: khegay@bionet.nsc.ru
Нейрогормоны вазопрессин и окситоцин синтезируются в гипоталамусе и транспортируются по аксонам в нейрогипофиз в составе эквимолярных комплексов с гормоноспецифичными нейрофизинами. Опухоли эпителиального происхождения синтезируют эктопический вазопрессин и обладают способностью экспрессировать все типы рецепторов гормонов нейрогипофиза. Рецепторы вазо-прессина и окситоцина обеспечивают трансдукцию сигналов на протеинкиназы А, В и С и активируют внутриклеточные каскады белков CREB, MDM2, TORC1/2 и митоген-активируемых протеинкиназ. Центральные эндокринные и аутокринные нейрогормональные контуры участвуют в регуляции пролиферативных, миграционных и ангиогенных процессов, сопровождающих прогрессию опухолей. Рост и развитие опухоли происходят в тесном взаимодействии с поддерживающей стромой. Интерстициальная ткань вовлечена в сигнальную коммуникацию опухолевых клеток интегринами и интегральными гликопротеинами CD44, рецептирующими гиалуроновую кислоту. Метаболиты гиалуроновой кислоты модулируют действие нейрогормонов и пептидных ростовых факторов, наиболее выраженный ангиогенный эффект оказывают промежуточные фрагменты гиа-луронана с молекулярным весом около 20 кДа. Тромбоциты, экспрессирующие AVPR1 рецепторы вазопрессина, являются важным источником гиалуронидазы-2, гидролизирующей макромолеку-лярный гиалуронан до фрагментов промежуточной длины. AVPR2 рецепторы, локализованные в эндотелии, и AVPR1-AVPR2 рецепторы вазопрессина, экспрессирующиеся в опухолевых клетках, задействованы в механизмах, контролирующих локальный гемостаз. Нейрогормональные регуля-торные контуры участвуют в оптимизации баланса индуцирующих и ингибирующих сигналов, генерируемых опухолью и стромой в процессе прогрессивного роста.
DOI: 10.7868/S001667581801006X
НАТРИЕВЫЕ КАНАЛОПАТИИ: ОТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ФИЗИОЛОГИИ ДО МЕДИЦИНСКОЙ ГЕНЕТИКИ
1 Медико-генетический научный центр, Москва 115478; e-mail: * marakhonov@generesearch.ru ,
** mskoblov@gmail.com
2 Московский физико-технический институт, г. Долгопрудный Московской области 141701
Потенциал-зависимые натриевые каналы представляют собой гетеромерные трансмембранные белки, участвующие в проведении токов ионов натрия в ответ на деполяризацию мембраны. У человека известны девять гомологичных генов, SCN1A—5A, SCN8A—11A, которые кодируют различные изоформы семейства потенциал-зависимых натриевых каналов. Изоформы натриевых каналов проявляют различные кинетические свойства и за счет этого определяют различные типы нейронов. Мутации в разных каналах описаны у больных различными врожденными нарушениями: от эпилепсии до нечувствительности к боли. В данном обзоре представлен анализ современной литературы, посвященной свойствам разных изоформ потенциал-зависимых натриевых каналов и ассоциированных с ними заболеваний.
DOI: 10.7868/S0016675818010095
ПОИСК КАНОНИЧЕСКОГО Р-ЭЛЕМЕНТА В ГЕНОМАХ ВИДОВ ПОДСЕМЕЙСТВА Drosophilinae
1 Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск 630090; e-mail: zakharlp@bionet.nsc.ru
2 Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, кафедра цитологии и генетики, Новосибирск 630090
С помощью метода FISH и ПЦР-анализа исследовали присутствие канонического Р-элемента в геномах ряда лабораторных линий, выделенных из природы в разные годы, из рода Zaprionus (Z. indianus) и рода Drosophila подрода Sophophora (D. ananassae, D. eugracilis, D. simulans, D. immigrans), подрода Drosophila (D. virilis, D. mercatorum, D. hydei, D. funebris, D. pseudoobscura), подрода Lordiphosa (L. magnipectinata) и подрода Dorsilopha (D. busckii) в поисках новых случаев горизонтального переноса. По нашим данным геном L. magnipectinata содержит последовательности, гомологичные концевым участкам канонического Р-элемента, а также последовательность со слабой гомологией из центральной части канонического Р-элемента. В геноме D. pseudoobscura обнаружены сайты гибридизации Р-элемента, прилежащие к хромоцентру, что может свидетельствовать о древнем происхождении последовательностей, гомологичных Р-элементу. В старых линиях D. simulans P-элемент отсутствует, за исключением линии, выделенной из природы в 2014 г., в которой Р-элемент был обнаружен, что подтверждает данные других исследователей о недавнем случае горизонтального переноса Р-элемента в этот вид. Новых случаев горизонтального переноса в анализируемых линиях не выявлено.
DOI: 10.7868/S0016675818010137
ПОЛИМОРФИЗМ ХЛОРОПЛАСТНОЙ ДНК И ФИЛОГЕОГРАФИЯ ОЛЬХИ ЗЕЛЕНОЙ (Alnus alnobetula (Ehrh.) К. Koch s. l.) В АЗИАТСКОЙ РОССИИ
1 Институт экологии растений и животных Уральского отделения Российской академии наук, Екатеринбург 620144; e-mail: hantemirova@ipae.uran.ru
2 Ботанический сад-институт Дальневосточного отделения Российской академии наук, Владивосток 690024; e-mail: pimenova@botsad.ru
Проведено исследование филогеографии Alnus alnobetula s. l. в азиатской части российского ареала с использованием сиквенсов хлоропластной ДНК (хпДНК) (межгенные спейсеры trnH-psbA, trnS-trnG,psaA-trnS). В результате комбинации полиморфизма всех сайтов у 241 растения в 20 популяциях A. alnobetula выделены девять гаплотипов. Обнаружены высокая межпопуляционная дифференциация (GST = 0.914, NST = 0.928) и значительная филогеографическая структура (NST > GST, p < 0.05). Реконструкция генеалогических отношений гаплотипов ольхи зеленой выявила пять высокодивергентных генетических линий: одну географически широко распространенную по всей Сибири и на Урале и несколько аллопатрических линий на Дальнем Востоке России, а именно п-ов Чукотка и устье р. Яна, Магаданская область, Приморье и центральная часть о-ва Сахалин, южная часть о-ва Сахалин. Наши данные подтверждают, что в прошлом ареал этого вида на Дальнем Востоке был фрагментирован в нескольких рефугиумах, которые были длительное время изолированы в различных свободных ото льда регионах. Это могло способствовать высокому уровню внутривидового полиморфизма ольхи зеленой в результате дивергенции эндемичных гаплотипов, с почти неперекрывающимся распространением. Однако уровень их молекулярной дивергенции не соответствует уровню морфологических различий.
DOI: 10.7868/S0016675818010058
НАСЛЕДСТВЕННЫЕ БОЛЕЗНИ У ЧЕРКЕСОВ КАРАЧАЕВО-ЧЕРКЕССКОЙ РЕСПУБЛИКИ
1 Медико-генетический научный центр, Москва 115478; e-mail: renazinchenko@mail.ru
2 Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова, Москва 117997
3 Хабезская центральная районная больница, Хабез 369400
4 Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова, Москва 127473
5 Центральный научно-исследовательский институт травматологии и ортопедии им. Н.Н. Приорова, Москва 127299
6 Московский физико-технический институт (государственный университет), г. Долгопрудный Московсой области 141701
Представлены результаты медико-генетического обследования моногенной наследственной патологии (МНП) у черкесов Карачаево-Черкесской Республики (КЧР) суммарной численностью 50817 человек. Обследовано население восьми районов (Усть-Джегутинского, Карачаевского, Малокарачаевского, Прикубанского, Хабезского, Абазинского, Ногайского и Адыге-Хабльского) и г. Черкесск. В общей совокупности зарегистрировано 250 пациентов из 167 семей, частота встречаемости МНП у черкесов составила 1:214 человек. Нозологический спектр МНП у черкесов составил 70 заболеваний: 34 с АД-типом наследования, 25 с АР, 11 с Х-сц. наследованием. Подтверждающая ДНК-диагностика проведена 56 больным. Выявлено накопление отдельных заболеваний у черкесского населения по сравнению с ранее обследованными этносами/популяциями России. На основе распространенности АД и АР МНП проведен кластерный анализ, определивший геногеографическое положение черкесов среди восьми этнических групп России (13 популяций) — с общей численностью обследованного населения более 3.5 млн человек: русские шести регионов, татары Татарстана, башкиры Башкортостана, чуваши Республики Чувашия, марийцы Республики Марий Эл, удмурты Удмуртии, адыгейцы Адыгеи и черкесы КЧР. Выявлены общие закономерности для АД- и АР-заболеваний — объединение русских шести популяций в единый кластер и отдаленность народов Волго-Уральского региона и Северного Кавказа (адыгов: адыгейцев и черкесов) от русских популяций.
DOI: 10.7868/S0016675818010150
РОЛЬ МЕЖГЕННЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ В ФОРМИРОВАНИИ ХРОМОСОМНЫХ НАРУШЕНИЙ У РАБОТНИКОВ УГОЛЬНЫХ ТЕПЛОЭЛЕКТРОСТАНЦИЙ
1 Федеральный исследовательский центр угля и углехимии Сибирского отделения Российской академии наук, Кемерово 650099; e-mail: yasavchenko@ya.ru
2 Кемеровский государственный университет, кафедра генетики, Кемерово 650000
3 Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск 630090
4 Кемеровский областной центр крови, Кемерово 650000
Проведен анализ 23 полиморфных вариантов генов ферментов биотрансформации ксенобиотиков (CYP1A1 (rs4646903), CYP1A2 (rs762551), GSTP1 (rs1138272, rs1695), GSTM1 (del), GSTT1 (del)), репарации ДНК (XRCC1 (rs25489, rs25487), APEX1 (rs1130409), hOGG1 (rs1052133), ADPRT (rs1136410), XPD (rs13181), XPG (rs17655), XPC (rs2228001), ATM (rs1801516), NBS (rs1805794), XRCC2 (rs3218536), XRCC3 (rs861539)), антиоксидантной системы (MnSOD (rs4880), GPx1 (rs1050450)), контроля клеточного цикла и апоптоза (ТР53 (rs1042522)), метилирования ДНК (MTHFR (rs1801133), MTR (rs1805087)) и хромосомных аберраций в лимфоцитах крови рабочих теплоэнергетического производства. Выявлены варианты генов, ассоциированные с наиболее высоким уровнем хромосомных повреждений у рабочих: CYP1A1 (rs4646903), hOGG1 (rs1052133), XRCC1 (rs25487), APEX1 (rs1130409). Выявлены информативные модели межгенных взаимодействий: CYP1A1 (rs4646903, T>C), CYP1A2 (rs762551, C>A), GSTT1 (del); XRCC1 (rs25487, G>A), MTHFR (rs1801133, C>Т), GSTT1 (del); XRCC1 (rs25487, G>A), APEX1 (rs1130409, T>G), TP53 (rs1042522, G>C), детерминирующие формирование повышенного уровня хромосомных аберраций у рабочих угольных теплоэлектростанций.
DOI: 10.7868/S0016675818010101
ВАЛИДАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ПОЛНОГЕНОМНЫХ АССОЦИАТИВНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ ТУБЕРКУЛЕЗА У РУССКИХ ЗАПАДНОЙ СИБИРИ
1 Научно-исследовательский институт медицинской генетики, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук, Томск 634050; e-mail: nad.babushkina@medgenetics.ru
2 Сибирский государственный медицинский университет, Томск 634050
При развитии туберкулезной инфекции большую роль играет генетически опосредованная способность хозяина давать адекватный иммунный ответ на патоген. Полногеномные исследования ассоциаций, выполненные в различных популяциях, показали связь ряда хромосомных регионов с развитием туберкулеза (ТБ). Вместе с тем полная характеристика факторов генетической чувствительности к заболеванию остается пока нерешенной задачей, а выявленные ассоциации далеко не всегда повторяются при исследованиях в других популяциях. Проанализированы 45 однонуклеотидных полиморфных вариантов (SNP) у 768 человек, включая 323 больных туберкулезом и 445 здоровых индивидов. Анализ ассоциаций туберкулеза с генетическими маркерами проведен с помощью логистической регрессии. Для учета множественных сравнений использовали пермутации. Номинальная статистически значимая ассоциация с туберкулезом выявлена для двух SNP: rs10515787 (интронный вариант гена EBF1) и rs10956514 (интронный вариант гена ASAP1) (р = 0.005 и 0.049 соответственно); после проведения пермутационного теста сохранилась лишь одна из ассоциаций – для rs10515787 (р = 0.003). Таким образом, у русских г. Томска подтверждена ассоциация rs10515787 в гене EBF1 с развитием туберкулеза. Однако результаты настоящего исследования определяют редкий аллель А как рисковый для развития ТБ, в то время как в более раннем исследовании он указан в качестве протективного в отношении риска развития туберкулеза. Выявленная "инверсия ассоциации" представляет собой интересный факт, требующий дополнительных исследований.
DOI: 10.7868/S0016675818010022
F2breed - НОВАЯ ПРОГРАММА ДЛЯ ПОСТРОЕНИЯ ГЕНЕТИЧЕСКИХ КАРТ ПРИ АНАЛИЗЕ НАСЛЕДОВАНИЯ В ПОПУЛЯЦИИ ПОКОЛЕНИЯ F2
Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург 196608 ; e-mail: azhernakov@arriam.ru
Представлена новая программа F2breed для операционных систем семейств Windows и Linux, предназначенная для оценки частоты рекомбинации между генетическими локусами и построения генетических карт при анализе наследования в популяции поколения F2. В программе реализован подход, заключающийся в ориентации n точек, соответствующих n анализируемым генам, в (n-1)-мерном пространстве и рассмотрении различных проекций данной структуры для взаимного расположения локусов на генетической карте. Программа характеризуется удобным, понятным интерфейсом, проста в управлении и хорошо подходит для работы с небольшими группами локусов (до 100).
DOI: 10.7868/S0016675818010149
МЕТОД ИЗМЕРЕНИЯ СТЕПЕНИ ГЕТЕРОПЛАЗМИИ МУТАЦИЙ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК
1 Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии, Москва 125315; e-mail: igor.sobenin@gmail.com
2 Российский экономический университет им. Г.В. Плеханова, Москва 117997
3 Российский кардиологический научно-производственный комплекс, Москва 121552
4 Научно-исследовательский институт атеросклероза, Инновационный центр "Сколково", Московская область, Сколково 143025
В данной работе представлен метод измерения степени гетероплазмии мутаций митохондриальной ДНК, основанный на технологии ПЦР в режиме реального времени (ПЦР-РВ), с использованием флуоресцентных зондов TaqMan. Метод позволяет детектировать степень гетероплазмии мутаций мтДНК, имеет высокую точность и разрешающую способность. Данный метод показывает достоверные различия между показателями гетероплазмии пациентов, относящихся к разным группам по степени заболевания. Применяя данный метод, в частности для определения предрасположенности к атеросклерозу, можно определить принадлежность пациента к низкой, средней или высокой группе риска атеросклероза.
DOI: 10.7868/S001667581710006X
Статьи, опубликованные только в Russian J. of Genetics, № 1 – 2018 г.
MOLECULAR CLONING OF CATHELICIDIN-LIKE cDNA FROM ANDRIAS DAVIDIANUS
Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Wuhan, China; e-mail: mengy@yfi.ac.cn
Antimicrobial peptides (AMPs) as part of host defense systems has been widely recognized in most organisms. Cathelicidin is an important family of AMPs acting as multifunctional effector molecules in innate immunity and exists in organisms with cathelicidin-like precursor. Andrias davidianus (A. davidianus) is a unique species in China and the biggest amphibians in the world. With the rapid growth of A. davidianus aquaculture, pathogens of bacteria, virus and fungus were reported, however little is known about antimicrobial peptides derived from A. davidianus. To investigate antimicrobial peptides of cathelicidin-like in A. davidianus, cathelicidin-like precursor gene cloning and bioinformatic analysis was carried out. The results showed that 1106 bp full-length cDNA of cathelicidin-like precursor was obtained, which was including a 35 bp 5' terminal UTR, a 546 bp open reading frame (ORF) and a 525 bp 5' terminal UTR. The cathelicidin-like precursor amino acid (AA) sequence of A. davidianus comprised N-terminal signal peptide (21 AA), highly conserved cathelin domain and C-terminal mature peptide. The cathelicidin-like precursor gene nucleotide sequence showed low identify with other cathelicidin-like sequences, while AA sequence displayed relatively higher similarity with cathelicidin-like isolated from other species. Phylogenetic tree indicated cathelicidin-like precursor of A. davidianus was firstly clade with Tylototrition verrucosus, which also belonged to Caudata, Amphibian. The precursor gene expression was detected by RT-qPCR. The result displayed this gene was abundant expression in A. davidianus skin. According the specificity proteases cleavage and characteristic of cathelicidin, five putative mature cathelicidin were predicted. This study confirms the presence of cathelicidin in A. davidianus. Their results not only reveal innate immune system of A. davidianus but also enlarge the AMP knowledge of urodele amphibians.
10.1134/S102279541801012X
THREE NOVEL NF1 GENE MUTATIONS IN A COHORT OF BULGARIAN NEUROFIBROMATOSES PATIENTS
1 Department of Medical Chemistry and Biochemistry, Medical University Sofia, Sofia, Bulgaria; e-mail: glushkova.mariq@gmail.com
2 Genetic Medico-Diagnostic Laboratory Genica, Sofia, Bulgaria
3 Clinic of Child Neurology, University Hospital "Sv. Naum", Medical University Sofia, Sofia, Bulgaria
4 Epilepsy Center, Department of Neurosurgery, University Hospital "St. Ivan Rilski", Sofia, Bulgaria
5 Department of Neurology, Medical University Sofia, Sofia, Bulgaria
6 Department of Cognitive Science and Psychology, New Bulgarian University, Sofia, Bulgaria
7 Department of Pediatric Diseases and Medical Genetics, Medical University Varna, Varna, Bulgaria
Neurofibromatosis (NF) is a clinically heterogeneous autosomal dominant disorder. Three distinct forms have been identified: neurofibromatosis type 1 (NF1), type 2 (NF2) and schwannomatosis. In the present study, we report clinical and genetic findings in the NF1 and NF2 genes in a cohort of 27 Bulgarian patients, with 18 cases (67%) genetically verified. Both NF1 and NF2 genes were screened by Sanger sequencing on DNA samples. The Sanger negative samples were screened by Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) for deletions and duplications. The results from genetic testing revealed three novel mutations and fifteen previously reported ones (13 in the NF1 gene and 2 in the NF2 gene). The novel variants in the NF1 gene are a splice site mutation c.4725-1G>A, a small deletion of five bases c.823delATCTT, p.Leu275ValfsTer14, and a single base duplication c.6547dupC, p.Arg2183ProfsTer11. The novel splice site mutation is manifested by multiple "café au lait" macules and neurofibromas. Both novel frameshift mutations were found in patients with multiple "café au lait" spots and focal epilepsy. A segmental neurofibromatosis (SNF1)is restricted to one or more body segments. Here we present a case with SNF1 caused by a somatic deletion of exons 1 to 12 of the NF1 gene which is manifested by multiple neurofibromas in the right hand. Two nonsense mutations are found in the NF2 gene. Our study adds three novel mutations to the NF1 mutation spectra and contributes to the clinical-genetic NF1-characterization. Here we report strikingly different phenotypic spectra caused by the same mutation in a single family. Our findings contribute to the genotype-phenotype correlations which are difficult to establish, due to the extremely complex NF phenotype being a combination of clinical features.
10.1134/S1022795418010040